Die UBS-Affäre beschäftigte auch die FDP. Die Partei, die sich als „Helferin des Finanzplatzes Schweiz“ (Pelli) betrachtet, bekundete aber Mühe, sich deutlich von den Grossbanken zu distanzieren. Der Unmut gegenüber der UBS wuchs auch in der Wirtschaftspartei. Insbesondere Nationalrat Philipp Müller (AG) schoss scharf gegen die Bank und dachte laut über einen Bruch der FDP mit den Grossbanken nach. Daraufhin trat der frühere UBS-Chef Peter Wuffli als Präsident der Freunde der FDP zurück, einem Sponsorenverein, welcher der Partei jährlich mehrere 100'000 Fr. zukommen lässt. Wuffli begründete seinen Rücktritt damit, dass er die FDP in der Vorwahlphase nicht belasten wolle. Der Streit innerhalb der FDP weitete sich aus, nachdem die Parteileitung die Parlamentarier angehalten hatte, sich in Bezug auf die Finanzplatzstrategie des Bundes an die Parteilinie zu halten. Mit der Idee einer Weissgeldstrategie hatte sich der Unternehmerflügel um die Nationalräte Otto Ineichen (LU), Philipp Müller (AG), Tarzisius Caviezel (GR) und Werner Messmer (TG) den Unmut der Parteileitung zugezogen. Allerdings schwenkte dann aber auch die offizielle Partei von der Verteidigung des Bankgeheimnisses ab. An einer Medienkonferenz demonstrierte sie einen Schulterschluss und präsentierte eine Weiterentwicklung der schweizerischen Finanzmarktstrategie. In der Folge wurde eine Strategiegruppe unter Führung von Rolf Schweiger (ZG) eingesetzt, die an der Delegiertenversammlung vom 24. April einen Bericht vorlegte. Die ursprüngliche Weissgeldidee war bereits im Vorfeld der Versammlung von den kantonalen Parteipräsidenten abgeschwächt worden, nachdem mehrere Kantonalsektionen Widerstand angekündigt hatten. Anstelle einer Belegpflicht wurde eine Selbstdeklaration für ausländische Bankkunden gefordert und statt der Einführung der schweren Steuerhinterziehung als Strafdelikt wurden eine Steuerrechtsrevision und Verhaltensregeln für Banken vorgeschlagen. Nach einer heftigen Diskussion wurde das Papier von den Delegierten knapp angenommen.

Zu innerparteilichen Differenzen kam es trotz der Bemühungen um eine klare Linie schon bald wieder: Die FDP-Delegierten hatten die SVP-Einbürgerungsinitiative deutlich abgelehnt. Trotzdem warben Exponenten wie Hans Hess (OW), Otto Ineichen (LU), Filippo Leutenegger (ZH), Walter Müller (SG) und Georges Theiler (LU) für ein Ja und nahmen gar Einsitz im überparteilichen Ja-Komitee. Philipp Müller (AG), der „Leuchtturm“ für das Thema schlanker Staat (der sich mit Pelli darauf geeinigt hatte, nicht im Ja-Komitee mitzumachen), vertrat am Parteitag der FDP Aargau die Ja-Position zur Einbürgerungsinitiative, die der offiziellen FDP-Parole entsprechende Nein-Position wurde durch eine SP-Politikerin vertreten. Gespalten blieb die Partei auch beim Gesundheitsartikel, nach dem Ja auf nationaler Ebene beschloss eine grosse Zahl von Kantonalsektionen die Nein-Parole.

Anfangs Jahr sprachen sich die Freisinnigen mit lediglich fünf Gegenstimmen für den Beitritt der Schweiz zur UNO aus; 1986 waren sie noch gespalten gewesen, hatten aber für einen UNO-Beitritt optiert. Die Volksinitiative des Gewerkschaftsbundes "für eine kürzere Arbeitszeit", welche die 36-Stunden-Woche einführen wollte, lehnten die Delegierten einstimmig ab. In der Gesundheitspolitik forderte die FDP eine wettbewerbsorientierte Reform des KVG. Mit der Erhöhung der obligatorischen und der selbstwählbaren Franchise sowie des Selbstbehaltes bei Bagatellfällen soll die Selbstverantwortung gestärkt werden. Bis im Herbst soll eine Arbeitsgruppe, die von FDP-Fraktionspräsidentin Christine Beerli geleitet wird und der auch der Präsident der Zürcher Ärztegesellschaft Walter Grete, Nationalrat Felix Gutzwiller (fdp, ZH), der Unternehmer Otto Ineichen und Robert Leu, Professor für angewandte Wirtschaftsforschung und Wirtschaftspolitik der Universität Bern, angehören, eine vertiefte und vorurteilslose Überprüfung der ökonomischen Anreize für alle Akteure im Gesundheitswesen vornehmen.