En novembre 2017, à l'occasion de la venue du président de la Commission européenne Jean-Claude Juncker à Berne, Doris Leuthard, alors présidente de la Confédération, confirmait devant la presse que la Suisse verserait bien un «nouveau milliard de cohésion» à l'Union européenne. Il n'en fallait alors pas moins pour que les commentateurs et commentatrices s'empressent d'annoncer un «réchauffement des relations entre la Suisse et l'UE», du moins pour un temps.
Dans un tel contexte, le Conseil fédéral a publié, au mois de septembre 2018, son message sur la deuxième contribution de la Suisse en faveur de certains Etats membres de l'UE. Deux arrêtés fédéraux – un pour chacun des deux volets différenciés composant cette deuxième contribution – sont ainsi soumis parallèlement à l'approbation du Parlement. Le premier, intitulé «crédit-cadre pour la cohésion», prévoit l'allocation de 1'046.9 millions de francs pour la réduction des disparités économiques et sociales au sein de l'UE-13 – soit les treize pays ayant intégré l'Union européenne depuis 2004. Le deuxième arrêté fédéral, sous l'appellation de «crédit-cadre pour la migration», envisage l'octroi de 190 millions aux Etats membres de l'UE pour le financement de mesures à adopter dans le domaine de la migration. Dans son message, l'exécutif national précise également que si cette deuxième contribution s'inscrit bel et bien dans le cadre de la politique européenne de la Suisse, elle est néanmoins décidée de «manière autonome». Elle ne présente en ce sens «aucun lien direct» avec l'accord-institutionnel ou la reconnaissance de l'équivalence boursière.
En novembre 2018, le Conseil des Etats a approuvé les deux arrêtés fédéraux relatifs à la deuxième contribution en faveur de certains Etats membres de l'UE, mais uniquement à condition que l'Union européenne n'adopte aucune mesure discriminatoire à son encontre. La chambre haute a alors accepté (par 38 voix pour, 1 contre et 2 abstentions) la proposition du sénateur Ruedi Noser (plr, ZH), modifiant le projet initialement proposé par le Conseil fédéral. Tel que mentionné par Christian Levrat (ps, FR), la proposition Noser «est une solution de compromis raisonnable [...] Elle se limite à exiger un traitement non discriminatoire de la part de l'Union européenne, elle ne pose pas d'exigence de réciprocité». Selon le conseiller fédéral Ignazio Cassis, la contribution de la Suisse constitue un signal politique important pour le développement des relations bilatérales. La première contribution avait en ce sens permis d'améliorer la réputation de la Suisse auprès de ses partenaires européens. Le principe général du versement d'une nouvelle contribution n'a d'ailleurs pas été contesté par la chambre des cantons. Lors des votes sur l'ensemble, les crédits-cadres pour la cohésion et pour la migration n'ont chacun récolté qu'une seule et unique voix d'opposition, celle de Peter Föhn (udc, SZ).

Deuxième contribution de la Suisse en faveur de certains Etats membres de l'UE (MCF 18.067)
Dossier: Schweizer Beitrag an die erweiterte EU