Der Nationalrat behandelte den Voranschlag 2019 in der Wintersession 2018 als Erstrat. Die Mehrheit der FK-NR hatte entschieden, die Ausgaben im Voranschlag gegenüber dem bundesrätlichen Vorschlag um 60 Mio. zu reduzieren. Den grössten Teil dieser Differenz wollte die Kommission durch Kürzungen in der Höhe von CHF 45 Mio. bei der Sozialhilfe für Asylsuchende, vorläufig Aufgenommene und Flüchtlinge erzielen; diese Einsparungen könnten erreicht werden, wenn die aktuelle, sinkende Zahl an Asylgesuchen berücksichtigt werde, erklärte die Kommission. Zusätzliche Finanzierung sah die Kommission für das Grenzwachtkorps vor, das mit CHF 2.8 Mio. 44 neue Stellen finanzieren sollte; dieser Betrag sollte jedoch departementsübergreifend beim Personal kompensiert werden.
Daneben lagen 54 Minderheitsanträge vor, von denen die meisten von der SVP- und der SP-Fraktion stammten und nur vereinzelte erfolgreich waren. Die Stossrichtung dieser Anträge widerspiegelt sich deutlich in den Voten der Fraktionssprechenden in der allgemeinen Debatte: Während Franz Grüter (svp, LU) für die SVP «zur Vorsicht im Umgang mit den Staatsfinanzen» mahnte und wie zahlreiche weitere Votantinnen und Votanten der bürgerlichen Parteien den begrenzten finanziellen Handlungsspielraum des Bundes hervorhob, erachtete Samuel Bendahan (sp, VD) als Vertreter der SP-Fraktion die aktuelle Situation als Chance für Investitionen in die Zukunft.
Der Nationalrat behandelte den Voranschlag 2019 in sechs Blöcken. Die SVP bemühte sich mit ihren Minderheitsanträgen zum Beispiel um Kürzungen oder zumindest um einen Verzicht auf Erhöhungen bei den Personalkosten, bei Beratung und Auftragsforschung über alle Departemente hinweg, beim Bundesamt für Energie, beim Generalsekretariat des VBS, beim Bundesamt für Kultur oder beim BFS. Nach dem starken Anstieg in den letzten Jahren brauche es zudem eine «massvolle Dämpfung» durch eine Plafonierung der Ausgaben für die internationale Zusammenarbeit, beim EDA und bei der Entwicklungshilfe, erklärte Peter Keller (svp, NW). Zudem wurde eine vollständige Streichung des Aufwands des Eidgenössischen Büros für die Gleichstellung von Frau und Mann gefordert. Alle aufgezählten Anträge wurden abgelehnt.
Die Mitglieder der SP-Fraktion beantragten in ihren Minderheitsanträgen, auf die Querschnittskürzungen beim Sach- und Betriebsaufwand, welche die Mehrheit der FK-NR vorgeschlagen hatte, zu verzichten. Weitere Anträge auf zusätzliche Finanzierung oder auf einen Verzicht auf Reduktion wurden unter anderem im Bereich der Entwicklungszusammenarbeit, beim Funktionsaufwand des Gleichstellungsbüros, beim BSV-Globalbudget oder beim Verteidigungsbudget gestellt. Philipp Hadorn (sp, SO) beantragte, die Zahlen für die Sozialhilfe für Asylsuchende und vorläufig Aufgenommene auf die neue Formel des SEM zu stützten, anstatt die aktuellen Zahlen des laufenden Jahres zu verwenden. Bereits in der Debatte zum Voranschlag 2017 hatte die FK-NR darauf verzichtet, die neu entwickelten Kennzahlen zu verwenden. Schliesslich beantragte eine Minderheit Meyer (sp, ZH), die zusätzlichen Stellen für das Grenzwachtkorps ohne Kürzungen bei anderen Departementen zu verwirklichen. Auch diese Anträge scheiterten allesamt. Erfolgreich waren die Anträge der SP hingegen bezüglich Bildung und Forschung. Hier reichte die SP-Fraktion acht Anträge ein, mit denen das Budget in Übereinstimmung mit dem Mitbericht der WBK-NR wieder dem Niveau der BFI-Botschaft 2017-2020 angepasst werden sollte. Umstritten war dabei vor allem die Frage, ob diese neuen Beträge in Übereinstimmung mit der Motion Dittli (fdp, UR; Mo. 16.3705) teuerungsbereinigt seien, wie Ursula Schneider Schüttel (sp, FR) argumentierte, oder ob dadurch die Teuerungsbereinigung, die departementsübergreifend vorgenommen worden war, im Bildungsbereich wieder rückgängig gemacht werde, wie Finanzminister Maurer beteuerte. Bis auf einen wurden alle Anträge betreffend das WBF angenommen.
Anträge erfolgten auch durch Mitglieder der übrigen Fraktionen, auch sie waren jedoch grösstenteils erfolglos. Angenommen wurde jedoch ein Minderheitsantrag Bigler (fdp, ZH), der den Funktionsaufwand der Eidgenössischen Finanzkontrolle (EFK) verglichen mit dem bundesrätlichen Vorschlag um CHF 1.97 Mio. kürzen wollte. Der Bundesrat hatte den Funktionsaufwand um 10 Prozent aufgestockt, damit die EFK ihren Personalbestand um 10 Vollzeitstellen ausbauen kann. Die EFK ist laut Finanzkontrollgesetz das oberste Aufsichtsorgan des Bundes und überwacht unter anderem die finanzielle Führung der Bundesverwaltung. Sie sei mit den Untersuchungen und Prüfungen unter anderem bezüglich der Bürgschaften für Hochseeschiffe, der Ruag und dem Mandat der Finanzdelegation zur Governance der Arbeitslosenversicherung überlastet, hatte die EFK erklärt. Der Antragssteller warf diesbezüglich jedoch die Frage auf, ob man wirklich eine «eigentliche Überwachungsbehörde» wolle. Mit dem bisherigen Personalbestand sei ein «priorisiertes Controlling» durchaus möglich, zumal es der EFK – mit Verweis auf die Abstimmung zur Unternehmenssteuerreform III und zur Debatte zu den Waffenexporten – bereits jetzt möglich sei, «kaum gesetzeskonforme Stellungnahmen zu politischen Geschäften abzugeben». Albert Vitali (fdp, LU) betonte als Vizepräsident der Finanzdelegation (FinDel) die einstimmige Unterstützung Letzterer für den Antrag der Eidgenössischen Finanzkontrolle auf mehr Ressourcen für ihre Kontrolltätigkeit. Diskussionen zum Rollenverständnis und zur Kommunikation der EFK seien nicht im Rahmen der Budgetdebatte vorzunehmen; die FinDel werde dies mit der EFK in Kürze diskutieren. Mit 111 zu 77 Stimmen setzten sich die SVP-Fraktion, Mehrheiten der FDP- und der CVP-Fraktion sowie ein Mitglied der BDP-Fraktion durch und verwarfen die Erhöhung.
Erfolgreich war auch ein Antrag Gschwind (cvp, JU) für eine Erhöhung des Bundesbeitrags für das Alpine Museum Schweiz 2019 sowie in den Finanzplanjahren. In der Antwort auf die Interpellation Engler (cvp, GR; Ip. 18.3543) habe der Bundesrat die Bedeutung des Museums anerkannt, argumentierte Gschwind. Nun solle die Vernetzungsarbeit nicht nur mit CHF 250'000, sondern zusätzlich mit CHF 530'000 unterstützt werden.

«Mit dem Budget werden die Finanzen gesteuert», betonte Heinz Siegenthaler (bdp, BE) im Rahmen der Budgetdebatte. Dass dies nicht ausschliesslich der Fall ist, liegt am neuen Führungsmodell für die Bundesverwaltung (NFB), das die Steuerung der Verwaltungseinheiten durch eine Kombination aus Globalbudgets und Leistungsinformationen im Rahmen des Voranschlags und des Finanzplans erlaubt. So erfreuten sich die Sollwerte, die im Rahmen der Planungsgrössen im Voranschlag festgelegt werden können, in betreffendem Jahr grosser Beliebtheit. Die Mehrheit der Finanzkommission schlug vor, als neues Ziel für die Bundeskanzlei eine Überprüfung der ausserparlamentarischen Kommissionen festzulegen. Die Bundeskanzlei solle diese Kommissionen anhand der Kriterien «ausgewiesene Notwendigkeit» und «effektiv nachgewiesene Subsidiarität» beurteilen und ihre Anzahl im nächsten Jahr um mindestens 10 Prozent reduzieren. Allgemein kritisierte Heinz Siegenthaler dieses Vorgehen deutlich: Verwaltungsakte seien nicht Aufgabe der Finanzpolitik, erklärte er. In diesem Falle komme hinzu, dass die Bundeskanzlei – wie auch Finanzminister Maurer betonte – diesbezüglich gar keine Entscheidungskompetenz habe und dieses Ziel daher gar nicht erreichen könne. Dennoch folgte der Nationalrat dem Mehrheitsantrag und stimmte der Sollgrösse mit 106 zu 88 Stimmen gegen den Widerstand von SP, Grünen, BDP und der Mehrheit der CVP zu.
Ebenso umstritten war die Frage, ob die durchgeführten Personalbeurteilungen in der Bundesverwaltung zukünftig als Sollwert einer Normalverteilung folgen müssen, wie es die FK-NR forderte. Thomas Weibel (glp, ZH) erklärte das Anliegen zwar für unterstützungswürdig, kritisierte aber die «Hauruck-Übung» der Kommission. Barbara Gysi (sp, SG) kritisierte die «komische Forderung», gemäss der man gleich viele schlechte wie gute Mitarbeitende haben müsse. Auch hier waren die Proteste jedoch nicht von Erfolg gekrönt, mit 118 zu 76 Stimmen stimmte der Nationalrat dem Mehrheitsantrag der Kommission zu.
Schliesslich schlug die Finanzkommission mit 16 zu 8 Stimmen (bei 1 Enthaltung) vor, es dem SEM als Ziel aufzuerlegen, bis zum 31. Dezember 2020 ein Rückübernahmeabkommen mit Eritrea abzuschliessen. Während Kommissionssprecher Thomas Müller (svp, SG) die Meinung vertrat, man müsse – wie im Fussball – mit einer «klaren Zielsetzung in den Match gehen», um zu gewinnen, hielt Alois Gmür (cvp, SZ) im Namen der Minderheit fest, dass dieses Ziel «völlig aus der Luft gegriffen» sei. Eritrea habe noch mit keinem Land ein solches Abkommen abgeschlossen. Zudem sei nicht klar, welche Konsequenzen ein Nichterreichen des Ziels habe. Mit 99 zu 92 Stimmen setzten sich die geschlossen stimmenden SVP- und FDP-Fraktionen mit Unterstützung je eines Mitglieds der CVP und der BDP auch hier durch.
Doch nicht nur die bürgerliche Mehrheit der FK-NR, auch Mitglieder der SP-Fraktion beabsichtigten die Nutzung des Instruments der Sollwerte: Eine Minderheit Kiener Nellen (sp, BE) wollte die eidgenössische Steuerverwaltung über die Planungsgrössen in zwei Anträgen dazu verpflichten, sowohl für die Verrechnungssteuer als auch für die Mehrwertsteuer mehr Steuerinspektionen vor Ort vorzunehmen. Beide Anträge fanden jedoch nur bei den Mitgliedern der SP, der Grünen und der EVP Unterstützung.

Nach dreitägiger Debatte verabschiedete die grosse Kammer den Voranschlag 2019 mit 126 zu 60 Stimmen (bei 7 Enthaltungen). Wie bereits im Jahr zuvor lehnte die Mehrheit der SVP-Fraktion das Budget ab. Der Voranschlag beinhaltete in dieser Version einen Überschuss von CHF 1.209 Mrd. und einen strukturellen Überschuss von 915 Mio., wies also um CHF 54 Mio. höhere Ausgaben auf als die Version des Bundesrates und um CHF 121 Mio. höhere als die Version der FK-NR.

Im Nationalrat war der Gesprächsbedarf zum Geschäft „Förderung der internationalen Mobilität in der Bildung in den Jahren 2018 bis 2020“ deutlich grösser als im Ständerat. Das zeigte sich bereits in den Kommissionen: Neben der WBK-NR, die das Geschäft regulär vorberiet, äusserte sich auch die Finanzkommission (FK-NR) im Rahmen eines Mitberichts zum Geschäft. Knapp, mit 13 zu 11 Stimmen, beantragte die FK-NR der WBK-NR und dem Nationalrat, auf die Förderung der Kooperation zwischen schweizerischen und ausländischen Bildungsinstitutionen und -akteuren zu verzichten. Der Teilkredit von CHF 93,8 Mio., den der Bundesrat für internationale Mobilitäts- und Kooperationsaktivitäten vorsah, sollte gemäss diesem Antrag um CHF 9,3 Mio. auf CHF 84,5 Mio. gesenkt und der Gesamtkredit somit auf CHF 105,2 Mio. reduziert werden. Peter Keller (svp, NW), Mitglied der Finanzkommission, begründete im Nationalrat diesen Antrag: Die Förderung der Kooperation zwischen ausländischen und Schweizer Bildungsinstitutionen habe nichts mit dem Kernanliegen von Erasmus Plus, nämlich der Mobilität der Studierenden, zu tun, weshalb die CHF 9,3 Mio. aus dem Entwurf gestrichen werden müssten. Ein weiterer Antrag der FK-NR – nämlich das Geld für den Betrieb der Agentur Movetia zu streichen – wurde mit dem Stichentscheid der Kommissionspräsidentin Bulliard-Marbach (cvp, FR) abgelehnt, weshalb dieser Antrag lediglich von einer Kommissions-Minderheit an den Nationalrat herangetragen wurde. Der Vizepräsident der Finanzkommission, Hans-Ulrich Bigler (fdp, ZH), verteidigte diesen im Nationalrat. Movetia würde nicht nur den Bildungsaustausch von Studierenden abwickeln, sondern auch Ferien- und Klassenaustausche in andere Schweizer Sprachregionen von Schülern der Sekundarstufe I, also der Volksschule, organisieren. Die Volksschule sei aber Kompetenz der Kantone und nicht des Bundes, so Bigler. Er störte sich auch daran, dass Movetia Bildungsaustausche für Lehrlinge anbietet. „Die wenigsten Lehrbetriebe – und vor allem die KMU nicht – [haben] die Möglichkeit, ihre Lehrlinge für zwei oder drei Wochen ins Ausland zu schicken“, so Bigler, der gleichzeitig als SGV-Direktor amtet.
In der WBK-NR war man anderer Meinung: Eine Mehrheit sprach sich für die vom Bundesrat beschlossene und vom Ständerat angenommene Übergangslösung und für die Annahme des Gesamtkredits von CHF 114,5 Mio. aus. Eine Minderheit der WBK-NR beantragte dem Nationalrat jedoch, das Geschäft an den Bundesrat zurückzuweisen: Der Bundesrat solle eine neue Vorlage präsentieren, die den beiden Bedenken der Finanzkommission Rechnung trage.
Vor diesem Hintergrund wurde das Geschäft Ende November im Nationalrat beraten. Nicht weniger als 17 Nationalräte und Nationalrätinnen äusserten sich zur Vorlage. Zuletzt ging Bundesrat Schneider-Ammann nochmals auf die Movetia ein: Angesichts der Kritik an Movetia habe er die Agentur kürzlich besucht und sich deren Betrieb angeschaut. Dort werde effizient gearbeitet, erklärte der Bildungsminister und meinte gar, einen Kulturwandel gegenüber der ch Stiftung wahrgenommen zu haben. Allfällige Bedenken betreffend die Kompetenzbereiche zwischen Bund und Kantonen versuchte er damit auszuräumen, dass die EDK ebenfalls Trägerin von Movetia sei, wodurch Doppelspurigkeiten bei Bund und Kantonen verhindert würden. „Wichtig ist, dass wir die Movetia jetzt auffahren können“, so Schneider-Ammann.
Danach wurde abgestimmt. Der Rückweisungsantrag der Minderheit WBK-NR wurde mit 124 zu 62 Stimmen (3 Enthaltungen) abgelehnt. Die beiden Anträge der FK-NR, den Gesamtkredit um 9,3 Mio. zu kürzen und die 11,1 Mio. für den Betrieb der Agentur Movetia zu streichen, wurden mit 117 zu 73 Stimmen (0 Enthaltungen) respektive mit 112 zu 79 Stimmen (0 Enthaltungen) verworfen. In der Gesamtabstimmung folgte der Nationalrat dem Votum des Ständerates und nahm den Entwurf des Bundesrats mit 126 zu 65 Stimmen (0 Enthaltungen) an. Auffallend war das Abstimmungsverhalten der SVP: Alle 65 anwesenden Räte der SVP-Fraktion stimmten für die Anträge aus der Finanzkommission und für den Rückweisungsantrag. Auch die 65 Nein-Stimmen in der Gesamtabstimmung stammten ausschliesslich aus der Reihe der SVP.
Weil dieser Beschluss nicht dem Referendum unterstand, traten die Bestimmungen am 1. Januar 2018 in Kraft.

Der Nationalrat diskutierte in der Frühjahrssession 2017 über die Teilrevision des Finanzkontrollgesetzes. Eintreten wurde ohne Gegenantrag beschlossen. Zu reden gab allerdings ein Minderheitsantrag Keller (svp, NW). Die Teilrevision sah vor, dass die EFK selber entscheiden könne, wie sie über laufende Geschäfte informiert. Peter Keller beanstandete im Namen seiner achtköpfigen Minderheit, dass die EFK in letzter Zeit mit ihrer Kommunikation in die politische Debatte eingegriffen habe. Das gehe nicht an, weshalb die Minderheit das Festhalten einer zurückhaltenden Kommunikation seitens der Kontrollstelle fordere, wenn es um Geschäfte gehe, die sich noch in der parlamentarischen Beratung befänden oder über die in einer Volksabstimmung entschieden werde.
Keller deutete dabei die Information der EFK im Vorfeld der Abstimmung zur Unternehmenssteuerreform III an: Wenige Tage vor der Abstimmung informierte die EFK, dass die Prognosen des Bundesrates hinsichtlich Folgekosten von Regulierungen nicht immer korrekt seien. Die Forderung der Minderheit vermochte allerdings nur die geschlossene SVP-Fraktion und 7 Mitglieder der FDP-Liberale Fraktion zu überzeugen. Die restlichen 112 stimmenden Nationalrätinnen und Nationalräte schlossen sich der Vorlage an, wie sie vom Ständerat überwiesen worden war. In der Gesamtabstimmung hiess die grosse Kammer den Entwurf dann mit 187 zu 0 Stimmen (keine Enthaltungen) gut.
Am Ende der Frühjahrssession gab es bei den Schlussabstimmungen weder im Nationalrat (195 zu 0 Stimmen; 2 Enthaltungen) noch im Ständerat (45 zu 0 Stimmen; keine Enthaltungen) Opposition gegen das revidierte Finanzkontrollgesetz.

In der Sommersession 2016 befassten sich die Räte mit dem Nachtrag I zum Voranschlag 2016, der 22 Nachtragskredite im Umfang von insgesamt CHF 397 Mio. umfasste. Davon entfielen CHF 353 Mio. auf den Asylbereich. Im Budget war man von rund 26'000 neuen Asylgesuchen ausgegangen, tatsächlich waren dann aber fast 39'500 Gesuche gestellt worden. Bereits im Dezember 2015 hatten aufgrund des anhaltenden Migrationsdrucks aus Syrien, Afghanistan und Teilen Afrikas im Asylbereich über CHF 200 Mio. in Form von Nachtragskrediten gesprochen werden müssen. Daran störte sich im Nationalrat die SVP-Fraktion. Nationalrat Keller (svp, NW) sprach von einer "gross angelegten illegalen Zuwanderung", die man nicht unterstützen dürfe. Die SVP votierte in der grossen Kammer dann auch geschlossen gegen den Nachtrag I und sorgte für die einzigen Gegenstimmen (125 zu 64 Stimmen; Ständerat einstimmig). Die weiteren Kredite des Nachtragpakets, unter anderem die Verstärkung von Massnahmen im Bereich der Kommission für Technologie und Innovation (KTI) (CHF 15,8 Mio.), die Weiterentwicklung des nationalen Sicherheitsfunksystems Polycom (CHF 13,8 Mio.) und Massnahmen zur Bekämpfung von Terrorismus (CHF 6,3 Mio.), waren allesamt unbestritten gewesen. Damit resultierten Mehrausgaben von 0,6% der budgetierten Gesamtausgaben (Durchschnitt 2009-15: 0,2%).