Mit Ausrufen der ausserordentlichen Lage am 16. März erhielt der Bundesrat basierend auf dem Epidemiengesetz weitgehende Kompetenzen und die Möglichkeit, mittels Notverordnung, also ohne unmittelbare parlamentarische oder kantonale Legitimierung die «notwendigen Massnahmen» zur Bewältigung der gesundheitlichen Notlage zu verordnen. Wurden die als notwendig erachteten, raschen Aktionen der Regierung zuerst von allen Seiten begrüsst und gelobt, machten sich mit der Zeit staatsrechtliche Bedenken und Angst vor zu viel Machtkonzentration in der Exekutive breit. Die Schweiz gleiche «einem autoritären Staat» analysierte etwa der Sonntagsblick Ende April, weil die Regierung nicht mehr kontrolliert werde. In der NZZ wurde davor gewarnt, dass Menschen in einer Krise bereit seien, «Eingriff in ihre individuellen Freiheitsrechte zu erdulden», dass sich der Staat nach der Krise dann aber oft nicht mehr gänzlich zurückziehe. Es gelte deshalb, besonders wachsam zu bleiben. Auch die Weltwoche urteilte: «Bundesrat und Verwaltung bauen in der Coronakrise ihre Macht aus». Staatsrechtler Andreas Kley warf dem Bundesrat im Wochenblatt Verfassungsbruch vor und im Editorial der von ihm herausgegebenen Weltwoche schrieb Roger Köppel (svp, ZH) gar von einer Diktatur, die leichter zu installieren als wieder abzuschaffen sei.
Auch im Parlament regte sich Unbehagen dagegen, dass der Bundesrat «schalten und walten [kann], wie er will», wie sich die Sonntagszeitung ausdrückte. Sie präsentierte verschiedene Ideen von Parlamentarierinnen und Parlamentariern, welche «die Demokratie retten» würden – so das Sonntagsblatt. Vorgeschlagen wurden etwa eine Art Rechtsdelegation (Pa.Iv. 20.414 und Pa.Iv. 20.418), die in Krisenzeiten die Notverordnungen des Bundesrats prüfen soll; eine qualitatives Mehr durch das Parlament für die Ausrufung einer ausserordentlichen Lage (Pa.Iv. 20.452); oder eine juristische Institution zur Kontrolle der Recht- und Verhältnismässigkeit von Notverordnungen (Pa.Iv. 20.430). Die Zeitung forderte für Krisenzeiten gar ein Berufsparlament, das praktisch permanent tagen müsste. Auch die GPK schalteten sich ein und zwar nicht – wie GPK-Präsident Erich von Siebenthal (svp, BE) im Sonntagsblick betonte, um den Bundesrat zu tadeln, sondern um zu analysieren, was man in künftigen Krisensituationen besser machen könnte. Die NZZ forderte Ende April das Parlament auf, «seine Stellung gegenüber dem Bundesrat in ausserordentlichen Lagen» zu stärken.
Zur Beruhigung der Diskussion sorgte dann die Absicht des Bundesrats die bestehenden Notverordnungen mit dem Covid-19-Gesetz in ordentliches Recht zu überführen und dieses hierzu dem Parlament vorzulegen. Die «Kritiker und Skeptiker, die [dem Bundesrat] unterstellten, er richte sich im Notrecht ein und werde die neu gewonnene Macht nicht kampflos abgeben», seien mit diesem Gesetzesentwurf Lügen gestraft worden, urteilte die NZZ. Anderer Meinung war freilich die Weltwoche, die befürchtete, dass mit der Überführung der Notverordnungen in ein dringliches Bundesgesetz das «Krisenregime (...) zum Dauerzustand» werde. Kritiker, die mit einem Referendum gegen das Covid-19-Gesetz drohten, vermuteten gar, dass es der Politik darum gehe, «den Souverän auszuschalten». Dies sei zwar «nichts als Propaganda», urteilte die NZZ, sie war aber auch der Meinung, dass die vielen Kann-Vorschriften im Gesetz dem Bundesrat zu viel Macht gäben. Dies sei ein «Blankocheck für den Bundesrat», doppelte wiederum die Weltwoche nach. Die Corona-Pandemie habe «zu einer gigantischen Ausweitung staatlicher Macht geführt. Fast widerstandslos ergeben sich die Leute der Bevormundung», so die Weltwoche weiter. Man habe Freiheit gegen Sicherheit ausgetauscht.
Mit der Zurückstufung der ausserordentlichen in die besondere Lage Mitte Juni, nahmen die Diskussionen um die Notrechtskompetenzen des Bundesrats wieder ein wenig ab. Auch wenn die Regierung auch in der besonderen Lage noch über weitreichende Kompetenzen verfügt, so ist sie doch verpflichtet, die Kantone zu konsultieren. Damit verschob sich allerdings die Debatte von der Kritik mangelnder Gewaltenkontrolle auf die Frage der föderalistischen Aufgabenteilung in der Krise, die zu einem eigentlichen Flickenteppich an verschiedenen Massnahmen führte.
Das Parlament selber hiess dann in der Folge nicht nur das bis Ende 2021 befristete Covid-19-Gesetz gut und schuf damit eine demokratisch legitimierte Basis für die Massnahmen, sondern es wird in nächster Zeit wohl auch darüber diskutieren, wie es sich in Krisen stärker einbringen kann. Eine Debatte die bereits 2009 im Nachgang zu den Entscheiden des Bundesrats beim Fall Tinner sowie bei der Swissair- und der UBS-Krise, als der Vorwurf im Raum stand, der Bundesrat habe das Parlament umgangen, zu einer Anpassung der Informationspflicht des Parlaments bei Notverordnungen geführt hatte. Schon damals wurde unter anderem beschlossen, dass der Bundesrat in ausserordentlichen Lagen dringliche Ausgaben der Zustimmung der Finanzdelegation unterstellen muss und dass ein Viertel der Mitglieder eines Rats eine ausserordentliche Session zu dringlichen Ausgabenbeschlüssen beantragen kann. So viel Macht, wie Medien und Politik dem Bundesrat zuschrieben, hatte dieser in der Tat also auch aufgrund dieses 2010 gefällten Beschlusses während der ausserordentlichen Lage nicht. So hatte die FinDel bereits kurz nach dem eiligen Abbruch der Frühjahrssession einiges zu tun und auch der Antrag für eine ausserordentliche Session wurde lediglich neun Tage nach Ausrufen der ausserordentlichen Lage gestellt – nota bene, weil der Bundesrat dem Parlament von sich aus die dringlichen Notkredite zur Genehmigung unterbreiten wollte.

Diskussionen um Anwendung von Notrecht
Dossier: Parlament in Krisensituationen