Rechtsstaatliche Bedenken gegenüber der diskutierten Rückwirkungsklausel äusserte auch das Bundesamt für Justiz: Ein von dieser Stelle verfasstes Rechtsgutachten kam zum Schluss, dass die erforderlichen Bedingungen für eine Rückwirkungsklausel nicht erfüllt seien, weil für eine solche einerseits kein öffentliches Interesse bestehe, und sie andererseits zwischen den begünstigten Firmen und solchen, deren Fälle vor 2011 abgeschlossen worden waren, eine erhebliche Rechtsungleichheit schaffen würde. Ein von der WAK-SR beim emeritierten Zürcher Rechtsprofessor Georg Müller angefordertes Gutachten kam derweil zu einer anderen Einschätzung: Eine Rückwirkungsklausel sei sehr wohl zulässig, weil die dadurch erreichte Wirtschaftsförderung ein öffentliches Interesse darstelle, von einer erheblichen Rechtsungleichheit jedoch nicht die Rede sein könne.
Da sich die juristische Situation als unklar erwies, rückten in der ständerätlichen Debatte wieder vermehrt politische Argumente in den Vordergrund. Während die bürgerliche Kommissionsmehrheit der kleinen Kammer empfahl, dem Nationalrat zu folgen und eine Rückwirkungsklausel im Gesetz zu implementieren, wehrten sich linke Standesvertreter dagegen. Vertreter der Gegnerschaft warnten davor, mit der Schaffung einer Rückwirkungsklausel in dieser Vorlage ein Präjudiz zu schaffen und damit dieser Art von Gesetzgebung auch in anderen Fällen Tür und Tor zu öffnen; zudem befürchteten sie aufgrund der geschätzten Einnahmeausfälle von rund CHF 600 Mio. für den Bund finanzielle Einschnitte in anderen Bereichen. Auf das Gutachten des Bundesamts für Justiz Bezug nehmend, unterstrich dieses Lager überdies seine starken rechtsstaatlichen Bedenken gegenüber dem zur Debatte stehenden Vorschlag. Selbstredend stützten sich Befürworter einer Rückwirkungsklausel hingegen in erster Linie auf das Gutachten Müllers und bemühten sich dabei, den dort aufgegriffenen Stossrichtungen zusätzliches Gewicht zu verleihen: Rechtsungleichheit würde durch eine entsprechende Klausel nicht geschaffen, da es kaum vor dem Bundesgerichtsentscheid von 2011 abgeschlossene Fälle gebe. Vielmehr würde durch die Klausel die bestehende Rechtsungleichheit, dass nach dem Bundesgerichtsurteil nicht in allen Fällen gleich vorgegangen worden sei – sprich: die Verzugszinsen belastet –, beseitigt. Standortfördernd sei die Massnahme hingegen insbesondere auch deshalb, weil davon nicht ausschliesslich Grossunternehmungen, sondern auch KMU profitieren könnten. Für diese könnten sich allfällige Verzugszinsen auf Verrechnungssteuerschulden rasch auf existenzielle Summen belaufen, und eine Rückwirkungsklausel dürfte eine entsprechend hohe Bedeutung auf das Fortbestehen solcher Betriebe ausüben. Kernpunkt der Argumentation der Kommissionsmehrheit blieb aber auch in dieser Debatte die Haltung, dass es dem Staat schlicht nicht zustehe, auf einer nur vorübergehend bestehenden Schuld, wie sie die Verrechnungssteuer darstellt, Verzugszinsen zu erheben.
Schliesslich sprach sich die kleine Kammer mit 27 zu 13 Stimmen bei fünf Enthaltungen trotz anderslautender Empfehlung des Bundesrats dafür aus, auf die Linie des Nationalrats einzuschwenken, die viel diskutierte Rückwirkungsklausel in das Gesetz einzubauen und auf hängige Verzugszinsforderungen in der Höhe von rund CHF 600 Mio. zu verzichten. Eine letzte geringfügige Differenz zwischen den Räten bezüglich der Maximalhöhe von Bussen bei nicht fristgerechter Einreichung des Meldeformulars bereinigte schliesslich der Nationalrat, indem er sich mit der ständerätlichen Fassung, die eine maximale Busse von 5'000 CHF vorsah, einverstanden erklärte. Damit war das Geschäft, das die Räte nunmehr während dreier Jahre beschäftigt hatte, bereit für die Schlussabstimmung. In beiden Kammern konnte die ausgehandelte Vorlage dabei eine satte Mehrheit auf sich vereinigen: Der Nationalrat stimmte mit 134 zu 57 Stimmen, der Ständerat mit 31 zu 12 Stimmen zu.

Für seine Verhältnisse ungewohnt aktiv war der Hauseigentümerverband (HEV) im Vorfeld der Abstimmung über die Änderung des Asylgesetzes, welche auf den 5. Juni 2016 datiert war und wogegen der Verband die Nein-Parole beschlossen hatte. Der HEV beschloss, eine eigene Kampagne gegen das neue Asylgesetz zu führen, unabhängig von der SVP, die gegen das Gesetz das Referendum ergriffen hatte. Dem HEV ging das Gesetz insofern zu weit, als das EJPD mit dem vorgesehenen Plangenehmigungsverfahren für die Unterbringung von Asylsuchenden nötigenfalls Enteignungen durchführen könnte. In einem offenen Brief, adressiert an Bundesrätin Simonetta Sommaruga, wollte der Verband im April 2016 wissen, wann Enteignungen zur Anwendung kommen und ob konkret mit solchen gerechnet werden müsse. Im Antwortbrief, der auch auf der Webseite des EJPD veröffentlicht wurde, hielt Sommaruga fest, dass es „keinen einzigen Standort“ für die geplanten Bundesasylzentren gebe, an dem eine Enteignung in Betracht gezogen werde. Alle für die Umsetzung des neuen Asylgesetzes vorgesehenen Bundeszentren würden sich entweder bereits im Besitz des Bundes bzw. der Kantone befinden oder durch den Bund noch erworben oder gemietet werden. Zudem wies sie den HEV darauf hin, dass das Enteignungsrecht als ultima ratio auch im Bereich des Verkehrs, der Stromversorgung und des Militärs Anwendung findet. Diese Worte vermochten den HEV-Präsidenten Hans Egloff nicht zu überzeugen. „Das Eigentum gerät zunehmend in Gefahr, auch durch dieses Gesetz“, sagte er gegenüber dem Tages-Anzeiger. Daher hielt der Verband an seiner Nein-Parole und der damit einhergehenden Kampagne fest.
Weil der HEV das Enteignungsrecht des Bundes in anderen Bereichen bisher nicht in Frage gestellt hatte, warfen ihm der ehemalige SP-Nationalrat Rudolf Strahm und der emeritierte Staatsrechtsprofessor Georg Müller vor, SVP-Politik zu betreiben. Egloff bestritt dies und verwies darauf, dass nicht er, sondern der Vorstand die Parole gegen die Asylreform gefasst habe und dieser aus deutlich mehr Vertretern der CVP und der FDP bestehe als aus Vertretern der SVP.