En novembre 2017, à l'occasion de la venue du président de la Commission européenne Jean-Claude Juncker à Berne, Doris Leuthard, alors présidente de la Confédération, confirmait devant la presse que la Suisse verserait bien un «nouveau milliard de cohésion» à l'Union européenne. Il n'en fallait alors pas moins pour que les commentateurs et commentatrices s'empressent d'annoncer un «réchauffement des relations entre la Suisse et l'UE», du moins pour un temps.
Dans un tel contexte, le Conseil fédéral a publié, au mois de septembre 2018, son message sur la deuxième contribution de la Suisse en faveur de certains Etats membres de l'UE. Deux arrêtés fédéraux – un pour chacun des deux volets différenciés composant cette deuxième contribution – sont ainsi soumis parallèlement à l'approbation du Parlement. Le premier, intitulé «crédit-cadre pour la cohésion», prévoit l'allocation de 1'046.9 millions de francs pour la réduction des disparités économiques et sociales au sein de l'UE-13 – soit les treize pays ayant intégré l'Union européenne depuis 2004. Le deuxième arrêté fédéral, sous l'appellation de «crédit-cadre pour la migration», envisage l'octroi de 190 millions aux Etats membres de l'UE pour le financement de mesures à adopter dans le domaine de la migration. Dans son message, l'exécutif national précise également que si cette deuxième contribution s'inscrit bel et bien dans le cadre de la politique européenne de la Suisse, elle est néanmoins décidée de «manière autonome». Elle ne présente en ce sens «aucun lien direct» avec l'accord-institutionnel ou la reconnaissance de l'équivalence boursière.
En novembre 2018, le Conseil des Etats a approuvé les deux arrêtés fédéraux relatifs à la deuxième contribution en faveur de certains Etats membres de l'UE, mais uniquement à condition que l'Union européenne n'adopte aucune mesure discriminatoire à son encontre. La chambre haute a alors accepté (par 38 voix pour, 1 contre et 2 abstentions) la proposition du sénateur Ruedi Noser (plr, ZH), modifiant le projet initialement proposé par le Conseil fédéral. Tel que mentionné par Christian Levrat (ps, FR), la proposition Noser «est une solution de compromis raisonnable [...] Elle se limite à exiger un traitement non discriminatoire de la part de l'Union européenne, elle ne pose pas d'exigence de réciprocité». Selon le conseiller fédéral Ignazio Cassis, la contribution de la Suisse constitue un signal politique important pour le développement des relations bilatérales. La première contribution avait en ce sens permis d'améliorer la réputation de la Suisse auprès de ses partenaires européens. Le principe général du versement d'une nouvelle contribution n'a d'ailleurs pas été contesté par la chambre des cantons. Lors des votes sur l'ensemble, les crédits-cadres pour la cohésion et pour la migration n'ont chacun récolté qu'une seule et unique voix d'opposition, celle de Peter Föhn (udc, SZ).

Nachdem der Bundesrat in seiner Botschaft vom Mai 2018 vorgeschlagen hatte, das derzeit befristete Wasserzinsmaximum doch nicht auf CHF 80 pro Kilowatt Bruttoleistung zu senken, sondern dieses in der Höhe von CHF 110 bis ins Jahr 2024 beizubehalten, zeigte sich im August auch die UREK-SR mit zehn zu zwei Stimmen mit diesem Entscheid einverstanden. Eine Senkung des Wasserzinsmaximums hätte gemäss deren Befürwortern den Vorteil, dass Wasserkraftwerksbetreiber entlastet und Arbeitsplätze in den Bergregionen gesichert würden. Dem gegenüber standen jedoch die Randregionen, die in der Vernehmlassung ein finanzielles und regionalpolitisches Interesse an angemessen hohen Wassernutzungsentschädigungen geltend gemacht hatten. Im Zentrum der bundesrätlichen Vorlage steht erstens die Änderung des Wasserrechtsgesetzes mit der Weiterführung des oben erwähnten Zinses bis ins Jahr 2024. Zweitens soll gleichzeitig die von der nationalrätlichen Energiekommission eingereichte Motion (14.3668) zur Wasserzinsregelung nach 2019 abgeschrieben werden. Als dritter Punkt sah der Bundesrat in seinem Entwurf vor, dass bei Investitionen in Wasserkraftanlagen die Wasserzinsen für einen Zeitraum von zehn Jahren entfallen sollen. Damit soll ein gewisser Fördermechanismus für den Ausbau der Wasserkraft Einzug haben. Als vierter Punkt sollen die Behördenzuständigkeiten bei der Wasserkraftnutzung von Grenzgewässern präzisiert werden. Mit diesen vier Vorschlägen des Bundesrates zeigte sich eine Mehrheit der Kommission einverstanden. In Ergänzung zum bundesrätlichen Entwurf verlangte die Kommissionsmehrheit jedoch fünftens, dass nach 2024 bei der Regelung der Wasserzinsabgabe ein fixer und ein variabler Teil erarbeitet werden soll. Als letztes Element der Vorlage verlangte die Kommissionsmehrheit zusätzlich, dass die bestehenden Regelungen weitergeführt werden sollten, falls in der Revision des StromVG kein marktnahes Strommarktmodell termingerecht in Kraft treten würde. Die UREK-SR nahm die gesamte Vorlage schliesslich einstimmig bei einer Enthaltung an.

Obwohl es sich bei dieser Vorlage nur um eine Übergangsvorlage handelte, sorgte das Thema Wasserrechtsgesetzesänderung in der Herbstsession 2018 im Ständerat für viel Diskussionsstoff. Dabei wurden drei grosse Konflikte ersichtlich: Der erste Konflikt behandelte die Frage nach der Höhe des Wasserzinsmaximums selber. Eine Kommissionsminderheit Luginbühl (bdp, BE) plädierte im Rat dafür, das Maximum in Art. 49 Abs. 1 WRG nicht bei CHF 110 zu belassen, sondern dieses auf CHF 90 zu senken. Die Minderheit begründete dies damit, dass die Probleme der Wasserkraft nicht einfach nur auf ruinöse Unternehmensstrategien zurückzuführen seinen, wie dies gemäss Martin Schmid (fdp, GR) die Mehrheit der Kantone in der Vernehmlassung angedeutet hatte, sondern die Wasserzinsabgaben mit einem Anteil von beinahe einem Drittel der Gestehungskosten einfach zu hoch seien und die Wasserkraftwerke dadurch belasteten. Mit einer Senkung des Wasserzinses und der damit verbundenen Unterstützung der Unternehmen könnten zudem Arbeitsplätze in den Randregionen gesichert werden. Im internationalen Vergleich sei die Abgabe zudem viel zu hoch und die Idee des Wasserzinses, einer Abgabe der Konsumenten an die Berggebiete, sei schon in der NFA eingebunden. Gerade letzteres Argument konterte aber beispielsweise Thomas Hefti (fdp, GL) vehement und unterstrich, man dürfe die NFA und den Wasserzins nicht gegeneinander ausspielen, da dies zwei völlig verschiedene Instrumente seien.
Befürworter der 110-Franken-Obergrenze deuteten darauf hin, dass die jeweiligen Kantone nicht gezwungen seien, die CHF 110 einzufordern. Sie könnten auch einen viel tieferen Wasserzins berechnen, um die Wasserkraftwerke nicht aufs Spiel zu setzen und sich dadurch selber zu schaden. Genannt wurden in der Diskussion beispielsweise die Kantone Jura mit einem sehr tiefen Wasserzins von nur CHF 40 oder der Kanton Waadt mit CHF 80. Einige Ratsmitglieder waren zudem der Meinung, dass eine Senkung des Wasserzinses die Wettbewerbsfähigkeit der betroffenen Unternehmen nicht stärke und man vielmehr auch auf das interne Verrechnungswesen schauen müsse.
Die zwei weiteren Konflikte fanden sich in Art. 49 Abs. 1bis WRG. Gegenüber dem Entwurf des Bundesrates hatte die Kommissionsmehrheit – wie schon in der Einleitung angedeutet – zwei zentrale Änderungen vorgenommen. Eine davon war, dass sie im Gesetz verankern wollte, dass der Bundesrat für die Zeit nach dem 1. Januar 2025 den Wasserzins aus einem fixen und einem variablen Teil zusammenzusetzen habe. Bei guter Geschäftslage würden so dank des variablen Teils den Bergkantonen grössere Einnahmen zukommen, während in schlechten Zeiten die Wasserkraftunternehmen weniger stark mit den Wasserzinsen belastet würden. Auch Bundesrätin Doris Leuthard begrüsste die Festlegung dieser Ausgestaltungsvariante, da die Wissenschaft schon jetzt erklärte, dass dies wohl die beste Variante sei und der Bund so viel Aufwand einsparen könnte. Eine Minderheit Hösli (svp, GL) beantragte dem Rat jedoch, dem Bundesrat keine Vorgabe bei der Ausgestaltung des zukünftigen Wasserzinses im Rahmen der Revision des StromVG zu machen.
Zuletzt gab auch die von der Kommissionsmehrheit ergänzte Klausel im selben Absatz zu reden, die besagt, dass das aktuelle Wasserzinsmaximum automatisch ab dem 1. Januar 2025 verlängert würde, sollte das neue Strommarktmodell nicht rechtzeitig in Kraft treten. Gegen eine solche, ihrer Meinung nach überflüssige, automatische Weiterführung des bisherigen Regimes wehrten sich Roland Eberle (svp, TG) sowie Robert Cramer (gp, GE). Diese Klausel sei ein falscher Anreiz, kein neues Marktmodell zu schaffen, da den Bergkantonen bei einer Verweigerung neuer Marktmodelle eine Weiterführung der bisherigen Praxis gesichert wäre. Für diese Automatisierung sprach sich hingegen unter anderen Werner Hösli aus. Er argumentierte, dies sei eine unbürokratische und effiziente Lösung, die eine erneute Debatte um den Wasserzins bei Ausstehen eines neuen Marktmodells verhindern könne.
In den Detailabstimmungen folgte die Mehrheit der kleinen Kammer in allen Anliegen der Kommissionsmehrheit. So sprach sich der Ständerat mit 30 zu 13 Stimmen dafür aus, das Wasserzinsmaximum bei CHF 110 zu belassen. Betreffend die Einführung des flexiblen Wasserzinses fand sich eine knappe Mehrheit mit 22 gegen 20 Stimmen. Die automatische Verlängerung des Wasserzinsmaximums erachteten 20 Ständerätinnen und Ständeräte als sinnvoll, während sich 15 gegen eine solche aussprachen und fünf sich in dieser Frage enthielten. Stillschweigend folgte der Rat in den übrigen Bestimmungen dem Antrag der UREK-SR und schrieb auf Vorschlag des Bundesrates die Motion der UREK-NR (Mo. 14.3668) ab. In der Gesamtabstimmung herrschte nebst fünf Enthaltungen aber Einigkeit.

Zu Beginn der Herbstsession 2018 nahm sich der Nationalrat erneut der Organisation der Bahninfrastruktur an. Es galt, die letzten verbliebenen Differenzen zum Ständerat zu diskutieren. Die KVF-NR hatte ihrem Rat in zwei Punkten (bei einer redaktionellen Korrektur im Behindertengleichstellungsgesetz und bei der Regelung der Entschädigung für Verspätungen) die Zustimmung zum Ständerat empfohlen, bei fünf Detailfragen im Eisenbahngesetz beantragte sie jedoch festhalten oder schlug neue Formulierungen vor. Eine Minderheit Grossen (glp, BE) wollte bezüglich der Fernbus-Angebote eine liberalere Lösung, als Ständerat und KVF-NR vorgesehen hatten. Insbesondere aus der SVP erhielt die Minderheit Unterstützung, aber auch Bundesrätin Leuthard warb für «ein wenig Konkurrenz», was dem öffentlichen Verkehr sicher gut tue, und bat um Annahme des Minderheitenantrags. Mit 100 zu 89 Stimmen (keine Enthaltungen) nahm die Volkskammer jedoch den Mehrheitsantrag an, dessen Formulierung Nationalrat Burkart (fdp, AG) für die Kommission als «Kompromiss zwischen der liberalen Lösung des Nationalrates und der einschränkenden Lösung des Ständerates» bezeichnete. Auch bei den übrigen Punkten folgte der Rat der Kommissionsmehrheit, so dass die Vorlage erneut an den Ständerat ging.

Zwischen der Ständeratsdebatte zum AHV-Steuer-Deal, wie die Steuervorlage 17 trotz neuem Namen (STAF) hauptsächlich genannt wurde, und deren Behandlung im Nationalrat geriet die Vorlage von verschiedenen Seiten weiter unter Druck.
Kritisch zeigten sich zum Beispiel die Städte, denen durch die Änderungen der WAK-SR am bundesrätlichen Vorschlag Mindereinnahmen drohten: CHF 315 Mio. sollen ihnen durch den Verzicht auf eine Erhöhung der minimalen Dividendenbesteuerung, wie sie der Vorschlag des Bundesrates noch beinhaltet hatte, verloren gehen. Dies müsse mit Bundeskompensationen ausgeglichen werden, zudem solle die Gemeindeklausel strenger formuliert werden, schlugen verschiedene Städtevertreterinnen und -vertreter vor.
Auch Hans-Ulrich Bigler (fdp, ZH) zeigte sich als Vertreter des Gewerbeverbands gegenüber dem AHV-Steuer-Deal kritisch. Er schlug vor, die zusätzlichen Gelder für die AHV nicht durch Lohnerhöhungen, sondern durch eine Mehrwertsteuererhöhung um 0.3 Prozent zu erzielen. Dies sei gerechter, weil so auch Pensionierte ihren Beitrag an die Gesundung der AHV leisten müssten und die Kosten dafür nicht ausschliesslich von Arbeitstätigen und Unternehmen getragen würden. Dieser Vorschlag stiess jedoch auf vielseitige Kritik: Einerseits sah SP-Vizepräsident Beat Jans (sp, BS) darin eine Gefährdung des fragilen Kompromisses, den die WAK-SR ausgehandelt hatte. Andererseits betonte CVP-Nationalrat Markus Ritter (cvp, SG), dass die von der Unternehmenssteuerreform stark profitierenden Unternehmen zumindest die Hälfte der Kosten der AHV-Zusatzfinanzierung übernehmen sollten. In der FK-NR fand Biglers Vorschlag jedoch Anklang; in ihrem Mitbericht von Ende Juni 2018 an die WAK-NR zog die Finanzkommission mit 13 zu 9 Stimmen (2 Enthaltungen) eine Gegenfinanzierung des AHV-Zuschusses über eine Mehrwertsteuererhöhung einer Erhöhung der Lohnprozente vor.
Einen weiteren Vorschlag für die Finanzierung des AHV-Zuschusses präsentierte die SGK-NR in ihrem Mitbericht anfangs Juli: Äusserst knapp, mit 13 zu 12 Stimmen, schlug sie vor, neben der Zusatzfinanzierung durch das vollständige Demographieprozent – dem seit 1999 zusätzlich erhobenen Mehrwertsteuerprozent – auch auf Leistungsseite zu handeln: In vier Schritten sollte das Rentenalter der Frauen ab 2020 auf 65 Jahre angehoben werden. Der Bundesbeitrag an die AHV sollte anfänglich auf 21.5 Prozent erhöht, anschliessend bis 2030 auf 20.5 Prozent reduziert werden. Die zusätzlichen Gelder für die AHV würden durch die Bundeskasse – geäufnet durch die dynamischen Effekte der Steuervorlage – gesprochen.
Am heftigsten kritisierten Exponenten der SVP den AHV-Steuer-Deal. Entsprechend zahlreich waren auch die von ihnen vor der Behandlung durch die WAK-NR eingereichten Änderungsvorschläge. Fraktionspräsident Thomas Aeschi (svp, ZG) wurde nicht müde zu betonen, dass der «Kuhhandel» chancenlos sei. Statt der Erhöhung der Lohnprozente sollte die AHV-Zusatzfinanzierung über die Streichung der Kohäsionsmilliarde, eine Reduktion der Ausgaben für die Entwicklungshilfe und durch strengere Vorgaben für die Unterstützung von Asylbewerbern, anerkannten Flüchtlingen und Sans-Papiers sichergestellt werden. Ferner schlug Nationalrat Aeschi eine Erhöhung der Abzüge zum Beispiel für Krankenkassenprämien und Zinserträge auf Sparkonten bei der direkten Bundessteuer vor. Dies blieb jedoch nicht der einzige Vorschlag des SVP-Fraktionspräsidenten. Unter anderem schlug er zudem vor, die bereits sehr umfassende Vorlage noch zu vergrössern: Da die Reform der Unternehmenssteuern direkt mit dem Finanzausgleich (NFA) verbunden ist, soll die Steuervorlage 17 um den Kompromiss der Finanzdirektoren zur NFA ergänzt werden.
Gleich mehrere Seiten brachten schliesslich eine bereits häufiger geäusserte Forderung wieder ins Spiel: Die FK-NR, die SGK-NR sowie Grünen-Präsidentin Regula Rytz (gp, BE) reichten Anträge auf Aufteilung des AHV-Steuer-Deals in zwei miteinander verknüpfte Entwürfe ein. Diese sollten nur gemeinsam in Kraft treten können, jedoch würde falls nötig über beide getrennt abgestimmt. So könne die bisherige «demokratiepolitisch fragwürdige» Vorgehensweise korrigiert werden, erklärte Rytz.

Die WAK-NR hatte folglich in ihren darauffolgenden Sitzungen unzählige Anträge zu behandeln, ihr Urteil fiel jedoch zu beinahe allen negativ aus. Mitte August lehnte sie den Antrag der FK-NR zur Zusatzfinanzierung der AHV über eine Mehrwertsteuererhöhung deutlich ab, weil dadurch eine Verfassungsänderung und somit ein obligatorisches Referendum nötig würden. Sie entschied sich überdies unter anderem gegen Anträge auf Streichung der sozialen Kompensation, auf Erhöhung der Teilbesteuerung der Dividenden oder auf eine Verschärfung des Gemeindeartikels. Auch eine Aufteilung des Vorschlags befürwortete sie nicht, da sie eine einzige Vorlage für transparenter hielt als zwei separate Vorlagen. Das «Volk sei in der Lage, die Reform als Ganzes zu beurteilen», erklärte sie in ihrer Medienmitteilung. Anfang September entschied sich die WAK-NR zusätzlich gegen Änderungsvorschläge beim Steuerteil der Vorlage: Sie wollte keine Änderungen an der Patentbox oder am Abzug für Forschung und Entwicklung; und auch eine Zulassung des Abzugs für Eigenfinanzierung für alle oder zumindest für weitere Kantone hiess sie nicht gut. Einzig bezüglich des Kapitaleinlageprinzips (KEP) entschied sie, dass Kapitalreserven von seit Annahme der USTR II zugezogenen Unternehmen von der Rückzahlungs- und Teilliquidationsregel zu befreien seien. Folglich unterstützte die WAK-NR den Vorschlag ihrer Schwesterkommission weitgehend. Dies überraschte zahlreiche Medien insofern, als aufgrund der Mehrheit der SVP und der FDP in der Kommission die Zukunft des AHV-Steuer-Deals vor der abschliessenden Kommissionssitzung als höchst ungewiss gegolten hatte.
Nach diesem Entscheid der WAK-NR gab sich die SVP-Fraktion jedoch noch nicht geschlagen. In ihrer kurz darauf stattgefundenen Fraktionssitzung bemühten sich die SVP-Parlamentarierinnen und -Parlamentarier darum, die Fronten zu schliessen. Hatten sich einige Mitglieder der SVP-Fraktion, allen voran Magdalena Martullo-Blocher (svp, GR), anfangs noch für den AHV-Steuer-Deal ausgesprochen, liess nun auch sie verlauten, sie hätte die von der WAK-NR abgelehnten Änderungen bevorzugt. Fraktionspräsident Aeschi erklärte, dass die SVP-Fraktion einen Rückweisungsantrag an den Bundesrat stellen werde, wobei dieser einen neuen Vorschlag ausarbeiten solle, den Aeschi bereits skizzierte: Nach einer siebenjährigen Übergangsfrist sollten die Steuerprivilegien abgeschafft werden. Die Kantone könnten dann nach eigenem Ermessen die bisher geplanten Steuererleichterungen einführen und erhielten dazu wiederum einen höheren Anteil an den Bundessteuern. Dieser Vorschlag der SVP stiess auf breite Kritik. Nationalrat Leo Müller (cvp, LU) zum Beispiel bezeichnete ihn als «utopisch» und als «Provokation» für die Linke, da die Vorlage beinahe identisch sei mit der abgelehnten USR III.

Kurz vor der Behandlung der Vorlage im Nationalrat war die Ausgangslage somit noch immer sehr unübersichtlich. Wie die Medien beschrieben, verliefen die Spaltungen nicht mehr wie bei der USR III zwischen Linken und Bürgerlichen, sondern innerhalb der Blöcke und Parteien. So sei noch immer nicht klar, wie geeint die SVP gegen die Vorlage sei. Bei der FDP würden sich vor allem die Jungliberalen – so wie generell beinahe alle Jungparteien – gegen den Deal aussprechen, bei der SP lehne der linke Flügel die Steuererleichterungen ab, genauso wie die Grünen. Die BDP und die GLP missbilligten die Verknüpfung von AHV und Steuerreform und weder Wirtschaftsverbände noch Gewerkschaften konnten sich im Vorfeld der Parlamentsdebatte auf eine gemeinsame Linie einigen. Mit Spannung wurde folglich die Nationalratsdebatte in der Herbstsession 2018 erwartet.

Le Conseil des Etats s'empare de la modification de la loi sur la chasse, d'après un projet du Conseil fédéral retravaillé en quelques points par la CEATE-CE, qui a mené les auditions avec divers acteurs impliqués dans ces questions. Ce projet répond notamment à divers objets parlementaires acceptés par les chambres, dont les motions Engler (pdc, GR) 14.3151, Fournier (pdc, VS) 10.3264, et Landolt (pbd, GL) 14.3830 ainsi que le postulat Landolt 14.3818 et l'initiative cantonale thurgovienne 15.300. De l'aveu même du rapporteur de la commission Roland Eberle (udc, TG), le point le plus important de cette révision est le nouvel article 7a qui concerne la régulation des espèces protégées dont fait partie le loup. Mais, cette modification contient toute une série d'autres points, dont le soutien financier de la Confédération en cas de dégâts engendrés par les castors, le changement du terme «district franc» en «sites de protection de la faune sauvage» ainsi que l'adaptation des périodes temporelles de chasse et des espèces protégées ou non. Le sénateur Eberle précise également qu'une minorité Cramer (verts, GE) souhaite le renvoi du projet au Conseil fédéral, celle-ci le trouvant trop peu équilibré et critiquant la délégation de compétences aux cantons en ce qui concerne la régulation du loup. A cela s'ajouterait une discussion émotionnelle quant à ce grand prédateur, les chiffres disponibles concernant le nombre de moutons tués par le loup étant dérisoires en comparaison au nombre de moutons mourant chaque année d'autres causes. Robert Cramer estime, de plus, que la révision proposée ne va pas dans le sens d'une augmentation de la protection des mammifères, contrairement à l'intitulé de la présente loi («loi fédérale sur la chasse et la protection des mammifères et oiseaux sauvages»).
Bien qu'admettant que les préoccupations autour du loup sont légèrement exagérées au vu des chiffres le concernant, la conseillère fédérale Doris Leuthard, considère que ce débat très émotionnel doit trouver une issue. Les loups s'approchent de plus en plus des zones habitées et il s'agit de garantir la sécurité de la population d'une part, tout en prenant des mesures pour limiter l'ampleur des dégâts engendrés d'autre part. De plus, elle estime que cette révision est équilibrée, bien qu'elle ne soit pas d'accord avec tous les points modifiés par la commission compétente. Elle précise que l'ajout de l'article 7a sur la régulation des espèces protégées respecte la Convention de Berne, les autorités ayant utilisé la marge de manœuvre à disposition. Pour cela, le Conseil fédéral va déposer auprès du Conseil de l'Europe une demande de rétrogradation du statut du loup, qui passerait de «strictement protégé» à «protégé».
Lors du vote, la proposition de la minorité – à savoir, renvoyer le projet au Conseil fédéral – est rejetée par 29 voix contre 14, permettant la discussion par article. Ainsi est accepté par une courte majorité – 22 voix contre 19 – le remplacement du terme «districts francs» par «sites de protection de la faune sauvage», la minorité redoutait que ce changement n'ouvre la porte à plus de restrictions dans ces zones. La proposition de la minorité concernant l'article 4 (biffer les propositions du Conseil fédéral et le conserver tel qu'existant) passe la rampe par 24 voix contre 19. Ainsi, contrairement à ce que souhaitait le Conseil fédéral, il ne sera pas demandé aux cantons une reconnaissance mutuelle du permis de chasse, leur laissant la liberté de le faire ou non.
Aux articles 5 et 7 alinéa 2 et 3, toute une série de modifications ont été apportées quant aux diverses listes des périodes de chasse et des animaux concernés. Les propositions de la commission ont toutes trouvé l'approbation des sénateurs et sénatrices à l'exception de l'alinéa 7 de l'article 5, pour lequel la proposition de la minorité Rieder (pdc, VS) introduisant la non-possibilité de recours en cas de décision de la part des autorités cantonales de tir d'un animal pouvant être chassé. Le nerf de la guerre se situait à l'article 7a. En effet, comme souligné par le rapporteur de la commission, une majorité de celle-ci souhaite rajouter au projet du Conseil fédéral d'autres espèces protégées que seul le loup. La chambre haute accepte donc l'ajout du castor et du lynx, en plus du loup (pour qui la période de chasse est rallongée) et du bouquetin initialement inclus dans le projet du Conseil fédéral dans la liste des animaux protégés pouvant être régulés.
Pour l'article 11, il a été décidé de suivre la minorité qui proposait de rendre l'abattage des loups, en plus de celui des bouquetins, possible dans les districts francs, l'argument invoqué par Beat Rieder faisant mouche. Le sénateur fait remarquer que les loups s'adapteraient à la situation et resteraient dans ces zones intouchables, bien que, comme rappelé par Doris Leuthard, le plus grand district franc qui existe actuellement en Suisse est plus petit que le territoire utilisé par un loup. Parmi les autres modifications votées par le Conseil des Etats, se trouve l'article 11a, qui donne à la Confédération la tâche, d'entente avec les cantons, de désigner des corridors faunistiques suprarégionaux permettant de relier la faune sauvage sur un vaste périmètre. Finalement, plusieurs mesures ont été rajoutées dans la loi en ce qui concerne la gestion des dégâts engendrés par les animaux sauvages (en particulier les grands prédateurs et le castor).
Au vote sur l'ensemble, les différentes modifications de la loi sur la chasse ont été approuvées par 28 voix contre 14 et 2 abstentions.
A la suite de l'acceptation de ces modifications, les milieux écologistes ainsi que les Verts ont fait savoir qu'ils allaient s'emparer du référendum afin de combattre ce qu'ils considèrent être une politique de «suppression des nuisibles». Les médias, quant à eux, présentent ce débat comme une confrontation entre deux visions: celle des urbains souhaitant protéger les grands prédateurs et la biodiversité contre celle des montagnards voulant contrôler les espèces présentes sur leur territoire.

Ende Mai 2018 debattierte der Ständerat ausgiebig über die Organisation der Bahninfrastruktur. Während er in vielen Fragen dem Bundesrat und dem Nationalrat folgte, schuf er doch auch Differenzen: Hatte der Nationalrat bezüglich der Regulierung des Fernbus-Verkehrs entgegen des Antrags seiner Verkehrskommission auf schärfere Bestimmungen verzichtet, so folgte die kleine Kammer ihrer Kommission und erhöhte die Restriktionen für Fernbusanbieter. Bundesrätin Leuthard hielt fest, der Kommissionsantrag beinhalte «schon extrem viel Heimatschutz» und etwas Konkurrenz schade dem öffentlichen Verkehr bestimmt nicht – der Rat folgte trotzdem seiner Kommission. Weiter wollte der Ständerat die Regelung der Entschädigung von Passagieren bei Verspätungen dem Bundesrat überlassen und kippte die detaillierte Regelung aus der Vorlage. Die kleine Kammer nahm die Vorlage schliesslich einstimmig an.

Par 19 voix contre 2, la CEATE-CN a approuvé les amendements du Protocole relatif aux polluants organiques persistants. Les modifications apportées visent à réduire la pollution atmosphérique, en limitant davantage les émissions de polluants organiques persistants. Durant le débat au Conseil national, Eric Nussbaumer (ps, BL) interpelle la conseillère fédérale Doris Leuthard afin qu'elle confirme que le traité est un exemple de reprise dynamique du droit international sous respect du choix du Parlement et de la démocratie directe. Elle acquiesce et rappelle que les lois étrangères ne sont pas adoptées automatiquement. Au vote d'ensemble, l'arrêté fédéral est adopté au Conseil national par 150 voix. Huit parlementaires du groupe UDC s'y sont opposés. Le Conseil des Etats, à son tour, va devoir statuer.

Ende Februar debattierte der Nationalrat über die Organisation der Bahninfrastruktur. Die meisten Änderungen, welche die KVF-NR dem Rat beantragt hatte, nahm dieser an. Eine Minderheit Giezendanner (svp, AG) setzte sich jedoch gegen den Kommissionsantrag zur Konkurrenz-Klausel für Fernbusse durch, welcher mit Stichentscheid des Kommissionspräsidenten zustande gekommen war. Nationalrat Giezendanner sah im Kommissionsantrag, welcher Fernbusse nur zulassen wollte, wenn sie keine wesentliche Konkurrenzierung zu bestehenden Angeboten des öffentlichen Verkehrs darstellten, eine Rückkehr zur Planwirtschaft. Die Kommissionsminderheit wollte dagegen einen geregelten Wettbewerb zulassen. Bundesrätin Leuthard gab Giezendanner in dieser Frage Recht und der Rat folgte der Minderheit mit 122 gegen 69 Stimmen (2 Enthaltungen). In der Gesamtabstimmung zur Vorlage nahm die grosse Kammer die Organisation der Bahninfrastruktur mit 178 gegen 1 Stimme (bei 16 Enthaltungen) an.

Zu Beginn der Wintersession 2017 lag der Ball in der Debatte um das Bundesgesetz zum Um- und Ausbau der Stromnetze wieder beim Ständerat. Hauptdifferenz war immer noch die sogenannte „Wasserkraft-Klausel“, die eine rückwirkende Aufhebung der Durchschnittspreismethode enthält und vom Ständerat eingeführt worden war, vom Nationalrat aber abgelehnt wurde. Eine Minderheit Zanetti (sp, SO) zog ihren Antrag auf Zustimmung zum Nationalrat zurück und begründete dies mit den Schritten, mit welchen der Ständerat gemäss dem Vorschlag der UREK-SR auf den Nationalrat zuging. So sollte die Rückwirkung auf fünf Jahre beschränkt und die Pflicht zur Anwendung der Durchschnittspreismethode nicht aufgehoben, aber mit Ausnahmen versehen werden. Preisvorteile müssten nicht an die gebundenen Bezüger weitergegeben werden, wenn diese Strom aus erneuerbaren Energiequellen bezögen. Für Strom aus inländischen Kraftwerken, die keine Unterstützung erhalten, soll es das Recht geben, auf die Durchschnittspreismethode zu verzichten. Bundesrätin Leuthard bezeichnete diese Vorschläge als diskriminierend und unfair und wollte „klar darlegen, dass das [...] nicht wahnsinnig klug ist.“ Der Ständerat liess sich von diesem Votum nicht beirren und hielt an der angepassten Wasserkraft-Klausel fest.
Auch eine zweite Differenz blieb bestehen: Der Ständerat hielt daran fest, das Messwesen dem Netzbetrieb zuzurechnen. Hingegen gab die kleine Kammer bei den intelligenten Steuer- und Regelsystemen nach: Netzbetreiber dürfen die Systeme nur nach der aktiven Zustimmung durch die Konsumenten installieren.

Im September 2017 behandelte der Nationalrat wieder das Bundesgesetz zum Um- und Ausbau der Stromnetze. Nationalrat Nussbaumer (sp, BL) erklärte für die UREK-NR, dass die Kommission in vier kleineren Differenzen auf die Linie des Ständerates eingeschwenkt sei, die beiden wichtigsten Differenzen aber aufrechterhalten wolle. Man erwarte erstens vom Ständerat, dass dieser die Auslagerung der gesetzlichen Regelung der Durchschnittspreismethode in eine zweite Vorlage als Teil der Kompromisssuche akzeptiere. Zweitens wolle es die Kommission den Endverbrauchern offenhalten, der Installation und dem Betrieb von intelligenten Steuer- und Regelsystemen zuzustimmen. Deren Betrieb sei nicht automatisch dem Netzbetreiber zu überlassen. Bundesrätin Leuthard erläuterte wie schon in den vorangegangenen Debatten in dieser Sache, weshalb dem Ansinnen des Ständerates bezüglich der Durchschnittspreismethode nicht nachzukommen sei. Sie begrüsste die Haltung der UREK-NR. Der Rat folgte seiner Kommission einstimmig.

In der Differenzbereinigung zum Bundesgesetz zum Um- und Ausbau der Stromnetze beriet der Ständerat im September 2017 wieder über die Vorlage. Die kleine Kammer wollte vom nationalrätlichen Entscheid zur Auslagerung der Fragen rund um die Durchschnittspreismethode in eine zweite Vorlage nichts wissen und hielt an der eigenen Lösung fest. Mit dieser würde die Durchschnittspreismethode nicht mehr angewendet; Stromunternehmen müssten Gewinne aus dem Zukauf von billigem, ausländischem Strom nicht mehr mit den Kosten der eigenen Produktion verrechnen. Die von der Liberalisierung vorerst ausgenommenen Kleinkunden müssten den höheren Preis der inländischen Produktion zahlen. Bundesrätin Leuthard bezeichnete dieses Vorhaben der kleinen Kammer als bedenklich und rief im Plenum in Erinnerung, dass diese Fragen gar nichts mit dem Um- und Ausbau der Stromnetze zu tun hätten. Trotzdem mochte eine Mehrheit im Rat nicht auf den Entscheid des Nationalrates einschwenken. Auch bezüglich Verkauf und Installation von intelligenten Messsystemen durch die Netzbetreiber blieb der Ständerat bei seiner Ansicht. Damit blieben die wichtigsten Differenzen bestehen.

Im August 2016 legte der Bundesrat die Botschaft zur Teilrevision 1+ des Luftfahrtgesetzes (LFG 1+) vor. Diese ziemlich technische Vorlage war vom Bundesrat in vier Themenblöcke gegliedert worden: Bezüglich der «Luftfahrtinfrastruktur» ging es um die Abgrenzung der Kompetenzen bei der zivilen Mitbenützung einer militärischen Infrastrukturanlage. Im Themenblock «Verfahren» wurden Rahmenbedingungen zur Erfassung und Finanzierung von Luftfahrtdaten festgelegt sowie das Verfahren zur Zulassung von Luftfahrthindernissen vereinfacht und gestrafft. Die «Flugsicherheit» sollte durch die einheitliche Verwendung der englischen Sprache beim Funkverkehr mit der Flugsicherung und durch die Aufzeichnung von Hintergrundgesprächen und -geräuschen bei Flugverkehrsstellen erhöht werden. Die «Luftsicherheit» sollte verbessert werden, indem Fluggesellschaften verpflichtet werden könnten, Passagierlisten an Strafverfolgungsbehörden herauszugeben, wenn wegen Straftaten ermittelt würde oder dadurch solche verhindert werden könnten. Staatsanwaltschaften und Gerichte sollten Meldung erstatten müssen bei Verurteilungen von im Sicherheitsbereich tätigen Flughafenangestellten oder laufenden Verfahren gegen diese. Zudem sollten mit einer Änderung des Fernmeldegesetzes die Einfuhr und der Besitz von Störsendern verboten werden. Neu sollte bereits der Versuch, einen gefährlichen Gegenstand in den Sicherheitsbereich eines Flughafens einzuführen oder unberechtigt in den Sicherheitsbereich einzudringen, geahndet werden können.
Im Dezember 2016 stimmte der Nationalrat der Vorlage in weiten Teilen zu, brachte aber auch Änderungen an: Die Schaffung einer Luftfahrt-Datenbank wurde abgelehnt, da sie laut Kommissionssprecher Hurter (svp, SH) kostentreibend und nicht gewinnbringend sei. Auch von der Verpflichtung zur englischen Sprache im Flugverkehr sah der Nationalrat ab – Nationalrat Jauslin (fdp, AG) hatte dargelegt, dass dies für Piloten der Sport- und Leichtaviatik einen unverhältnismässigen Aufwand bedeuten würde. Der Nationalrat wollte zudem, dass alle drei Jahre überprüft werde, ob und zu welchem Teil der Bund für die Kosten der Flugsicherung im benachbarten Ausland aufkommen soll.
Im März 2017 kam die Vorlage in den Ständerat, wo ohne Gegenantrag Eintreten beschlossen wurde. Während die KVF-SR ihrem Rat empfahl, bezüglich der Verpflichtung zur englischen Sprache im Flugverkehr dem Nationalrat zu folgen, bat Bundesrätin Leuthard darum, dem Bundesrat zu folgen. Die Kommunikation in den Landessprachen führe immer wieder zu Missverständnissen, was ein Sicherheitsrisiko darstelle. Die kleine Kammer folgte ihrem Votum mit 21 zu 18 Stimmen (0 Enthaltungen) und schuf so eine Differenz zum Nationalrat. Eine weitere Differenz ergab sich bezüglich den Luftfahrtdaten: Während der Bundesrat die Geoinformationsdaten zu Luftfahrthindernissen (Stromkabel, Berge, andere Hindernisse) digitalisieren und zentral zugänglich machen wollte, hatte der Nationalrat diese aus der Vorlage gestrichen. Die Kommission des Ständerats wollte dem Nationalrat folgen, aber Bundesrätin Leuthard konnte auch in dieser Frage das Plenum überzeugen.
Ende Mai 2017 beriet der Nationalrat die Differenzen. Bezüglich der Vorschrift zur englischen Sprache im Flugverkehr nahm der Rat einen Kompromiss an: Englisch sollte Vorschrift sein, doch könnte der Bundesrat für gewisse Bereiche Ausnahmen definieren. Mit dieser Lösung zeigte sich auch Bundesrätin Leuthard einverstanden. Bei der Frage nach einer Datenbank mit Luftfahrtdaten schwenkte der Nationalrat auf die Linie von Bundes- und Ständerat ein.
Anfang Juni 2017 stimmte der Ständerat in der letzten Differenz, dem nationalrätlichen Kompromiss zur Vorschrift von Englisch, diskussionslos zu.
In der Schlussabstimmung vom 16. Juni 2017 nahm der Nationalrat die Vorlage mit 184 Stimmen ohne Gegenstimmen bei 11 Enthaltungen an. Der Ständerat stimmte der Teilrevision gleichentags ebenfalls einstimmig zu: Mit 43 Stimmen bei einer Enthaltung.

Die Vorlage zur Änderung des Personenbeförderungsgesetzes war 2014 vom Nationalrat an den Bundesrat zurückgewiesen worden mit dem Auftrag, anstelle von gesetzgeberischen Massnahmen mit den von den Fantransporten betroffenen Kreisen alternative Lösungen zu suchen. Daraufhin organisierte Bundesrätin Doris Leuthard einen runden Tisch, an dem Handlungsmöglichkeiten erörtert und Massnahmen zur Verbesserung der Fantransporte ergriffen werden konnten. In den Augen der KVF-NR habe eine Grundsatzdiskussion stattgefunden und Lösungen zu Tage gebracht, weshalb kein weiterer Gesetzgebungsbedarf bestehe und das Geschäft abgeschrieben werden könne. Auch die KVF-SR zeigte sich erfreut über den konstruktiven Lösungsansatz und sprach sich für eine Fortsetzung des Dialogs in den bestehenden Arbeitsgruppen aus. In der ersten Jahreshälfte 2017 wurde das Geschäft von beiden Räten oppositionslos abgeschrieben.

Die Organisation der Bahninfrastruktur wurde im Juni 2017 im Ständerat behandelt. Nachdem der Nationalrat die Rückweisung der Vorlage an den Bundesrat beschlossen hatte, drehten sich die Voten in der kleinen Kammer nicht um inhaltliche Fragen, sondern darum, ob der Rückweisung zugestimmt werden soll oder nicht. Sprecher aus allen Parteien stellten klar, dass alle strittigen Punkte in der Detailberatung geklärt werden könnten. Bundesrätin Leuthard bat den Rat, seine Aufgabe wahrzunehmen – eine Rückweisung bringe eigentlich nur Mehraufwand; inhaltlich würden sich die Räte früher oder später trotzdem um diese Vorlage kümmern müssen. Ohne Opposition lehnte der Ständerat die Rückweisung schliesslich ab und gab das Geschäft damit zurück an den Nationalrat.

Im Geschäftsbericht des Bundesrates gibt die Regierung seit 1996 jährlich Auskunft über ihre Geschäftsführung, die zudem mit den Jahres- und Legislaturzielen abgeglichen wird, um einen Soll-Ist-Vergleich und ein Controlling der Exekutive und der Verwaltung zu ermöglichen. Der Bericht 2016 beschrieb das erste Jahr der 50. Legislatur (2015-2019), die entlang von drei Leitlinien geplant worden war: Die nachhaltige Sicherung des Wohlstandes in der Schweiz, die Förderung des nationalen Zusammenhaltes und die Stärkung der internationalen Zusammenarbeit sowie die Sorge um Sicherheit und das Handeln als verlässliche Partnerin in der Welt. Diese Leitlinien sollen mit unterschiedlichen Jahreszielen erreicht werden. Von den 16 für das Jahr 2016 geplanten Zielen waren lauf Bericht drei vollständig, vier überwiegend und neun teilweise erreicht worden. Zu den lediglich teilweise realisierten Zielen gehörten etwa die Erneuerung und Entwicklung der politischen und wirtschaftlichen Beziehungen zur EU, die nachhaltige Energieversorgung oder die Reformen und nachhaltige Finanzierung der Sozialwerke.
In den Räten berichteten die verschiedenen Sprecher der Aufsichtskommissionen über ihre Eindrücke, die mehrheitlich positiv waren. Im Ständerat gab allerdings das Verhältnis zwischen der Verwaltung und der Finanzkommission zu reden. Ein Anlass für das laut Joachim Eder (fdp, ZG) „etwas gereizte" Verhältnis war wohl der Bericht der EFK kurz vor der Abstimmung zur Unternehmenssteuerreform III, der gerügt hatte, dass die Folgen von Finanzerlassen nicht immer genügend abgeschätzt würden. Eder zitierte auch aus einer Rede von Bundeskanzler Thurnherr, die dieser unter dem Titel „Die Aufsicht aus der Sicht eines Beaufsichtigten, am Beispiel der Bundesverwaltung" vor der Schweizerischen Gesellschaft für Verwaltungswissenschaften gehalten und darin vor zu viel Aufsicht gewarnte hatte. Eder wies darauf hin, dass nach Nachfrage beim Direktor der Eidgenössischen Finanzkontrolle, Michel Huissoud, die Kommunikation gut sei und man eine Empfehlung der EFK nicht als Befehl auffassen solle. Auch Bundesrätin Doris Leuthard kritisierte die „intensive Kommunikationstätigkeit, welche die Eidgenössische Finanzkontrolle ab und zu entfaltet, [als] nicht hilfreich", hob aber auch die gute Zusammenarbeit zwischen allen Amtsstellen hervor. Sie dankte für die positiven Berichte und zeigte sich insbesondere auch mit Blick auf andere Länder erfreut darüber, dass die Schweiz auf einem soliden, stabilen und sicheren Niveau funktioniere und sich stetig optimiere. Im Nationalrat lobte Leuthard die Umsetzung der Masseneinwanderungsinitiative als gangbaren Weg, der die Beziehungen zur EU wieder etwas einfacher machen werde. Zudem wünscht sie sich, dass grundlegende Reformen im Gesundheitswesen angegangen werden. Die grosse Kammer nahm den Bericht stillschweigend zur Kenntnis und beide Räte gaben in der Sommersession Zustimmung zum Bundesbeschluss über die Geschäftsführung.

Die letzte Differenz, die Verwendung von Antibiotikaresistenzgenen in der Forschung betreffend, wurde im Ständerat behandelt. Die Mehrheit der Kommission schlug vor, bei der eigenen Fassung zu bleiben, welche die Freisetzung der umstrittenen Gene für Forschungszwecke erlauben will. Ein Minderheitsantrag aus der sozialdemokratischen Fraktion beantragte die letzte Differenz bei der Änderung des Gentechnikgesetzes aus dem Weg zu räumen, dem Nationalrat zuzustimmen und die Freisetzung der Gene nicht zu erlauben. Die Befürworter und Befürworterinnen des Antrags argumentierten, dass die Forschung im Labor von der Regelung nicht betroffen sei und dass sie glaubten, dass die Wissenschaft innovativ genug sei, um Lösungen zu finden, welche ohne Freisetzungen auskämen. Zusätzlich sei das Risiko, welches eine Freisetzung beinhalte, grösser als der daraus resultierende Nutzen.
Vor der Abstimmung nutzte Bundesrätin Leuthard nochmals die Gelegenheit, um ihren Unmut über die parlamentarischen Anpassungen des Gesetzesentwurfs kundzutun. Sie kritisierte den Entschluss der Räte, die Koexistenzregelung aus dem Gesetz zu streichen, wodurch diese einen sehr restriktiven Weg gewählt hätten. Der Ständerat beschloss trotzdem sehr knapp, der Minderheit zuzustimmen und die Freisetzung der umstrittenen Gene nicht zuzulassen, und bereinigte somit die letzte Differenz mit 21 zu 20 Stimmen (1 Enthaltung).

Im März 2017 debattierte der Nationalrat über den Verfassungsartikel über ein Klima- und Energielenkungssystem (KELS). Nachdem die UREK-NR im Januar einstimmig Nichteintreten empfohlen hatte, deklarierten alle Fraktionen der grossen Kammer, dass sie nicht auf die Vorlage eintreten wollen. Die Parteien argumentierten dabei sehr unterschiedlich. Während die SVP ein Energielenkungssystem und die Energie- und Klimaziele insgesamt in Frage stellte, betonten FDP und CVP die Schwierigkeiten für die Wirtschaft, welche das KELS nach sich ziehen würde. Stefan Müller-Altermatt (cvp, SO) sagte für die CVP-Fraktion, das KELS sei „in der besten aller Welten das beste aller Systeme". Da wir aber nicht in der besten aller Welten leben würden, lehne die CVP die Vorlage ab. Eric Nussbaumer (sp, BL) hielt fest, dass es bereits eine Verfassungsgrundlage für Lenkungsabgaben gebe und das KELS deshalb nicht notwendig sei. Grüne und Grünliberale lehnten das KELS ebenfalls ab, betonten aber die Wichtigkeit eines Massnahmenmixes zur Erreichung der Energie- und Klimaziele. Obschon ein Nichteintreten quasi von Beginn der Debatte an feststand, dauerte die Diskussion über zwei Stunden. Dies war vor allem auf die zahlreichen Fragestellungen aus der SVP-Fraktion zurückzuführen: Insgesamt 39 Fragen stellten Mitglieder der SVP-Fraktion den Rednerinnen und Rednern der anderen Fraktionen, zumeist mit dem Ziel, deren Haltung zum ersten Massnahmenpaket der Energiestrategie 2050 in Frage zu stellen. Die meisten Wortmeldungen kamen dabei von Magdalena Martullo-Blocher, Adrian Amstutz, Albert Rösti, Walter Wobmann, Christian Imark und Toni Brunner. Das abschliessende Votum von Bundesrat Maurer für das KELS änderte nichts: Die grosse Kammer beschloss ohne Gegenantrag Nichteintreten.

Im November 2016 richtete der Bundesrat seine Botschaft zum Regionalen Personenverkehr 2018-2021 und den zugehörigen Verpflichtungskredit an das Parlament. Zum Einen sollte mit einer Änderung des Personenbeförderungsgesetzes (PBG) der Zahlungsrahmen als Instrument der Abgeltung von Leistungen des regionalen Personenverkehrs durch den Verpflichtungskredit ersetzt werden. Zum Anderen sollte mit einem Bundesbeschluss ein Verpflichtungskredit von CHF 3'959,6 Mio. für die Abgeltung von Leistungen des regionalen Personenverkehrs in den Jahren 2018 bis 2021 bewilligt werden.
Als Erstrat nahm der Ständerat die Beratung des Geschäfts am 8. März 2017 auf. Die Kommissionsmehrheit der KVF-SR empfahl dem Rat, auf das Geschäft einzutreten, die Änderung des PBG anzunehmen und den Verpflichtungskredit um CHF 144 Mio. zu erhöhen. Bundesrätin Leuthard rief mit ungewohnt starken Worten zur finanzpolitischen Vernunft auf und kritisierte, dass diverse Unterstützerinnen und Unterstützer der Kommissionsmehrheit im Rat ihre Interessenbindungen nicht offengelegt hatten. Eine Minderheit Wicki (fdp, NW) wollte dem Verpflichtungskredit gemäss Bundesrat zustimmen. Die kleine Kammer trat ohne Gegenantrag auf die Vorlage ein und stimmte der Änderung des PBG einstimmig zu. Mit 26 zu 17 Stimmen (keine Enthaltungen) folgte der Rat der Kommissionsmehrheit, erhöhte den Verpflichtungskredit und strich einen Artikel, der eine gestaffelte Freigabe der Mittel des Kredits vorsah.
Der Nationalrat nahm die Debatte am 3. Mai 2017 auf. Die Mehrheit der KVF-NR empfahl, auf die Vorlage einzutreten, der Änderung des Personenbeförderungsgesetzes zuzustimmen und beim Verpflichtungskredit dem Beschluss des Ständerates zu folgen. Eine Minderheit Giezendanner (svp, AG) verlangte Nichteintreten und eine Minderheit Bühler wollte bezüglich der Höhe des Verpflichtungskredits dem Bundesrat folgen. Die Finanzkommission äusserte sich ebenfalls zu diesem Geschäft: Eine Kommissionsmehrheit empfahl, bezüglich des Verpflichtungskredits dem Bundesrat zu folgen, eine Minderheit Hadorn (sp, SO) wollte hingegen dem Ständerat folgen. Mit 133 zu 44 Stimmen bei 7 Enthaltungen trat der Nationalrat auf die Vorlage ein. Die Gesetzesänderung wurde mit 141 zu 40 Stimmen bei 9 Enthaltungen angenommen, wobei sämtliche Gegenstimmen und Enthaltungen aus der SVP-Fraktion stammten, die in dieser Sache ungewöhnlich gespalten auftrat. Der vom Ständerat aufgenommenen Erhöhung des Verpflichtungskredits stimmte der Nationalrat mit 98 zu 92 Stimmen bei einer Enthaltung zu, ebenso bestätigte die grosse Kammer die Streichung des Artikels zur gestaffelten Auszahlung der Gelder mit 116 zu 76 Stimmen (keine Enthaltungen). In der Gesamtabstimmung stimmte der Nationalrat mit 136 zu 51 Stimmen bei 5 Enthaltungen der ständerätlichen Fassung zu. Am 16. Juni 2017 nahm der Nationalrat die Vorlage in der Schlussabstimmung mit 149 zu 45 Stimmen bei 2 Enthaltungen an, wobei erneut alle Gegenstimmen und Enthaltungen aus den Reihen der SVP stammten. Der Ständerat stimmte in der Schlussabstimmung am selben Tag mit 43 zu 1 Stimme (keine Enthaltungen) zu.

Als Erstrat nahm der Ständerat im Dezember 2016 die Debatte über das Bundesgesetz zum Um- und Ausbau der Stromnetze auf. Passend zu den Zielen der Energiestrategie 2050 hatte der Bundesrat im April 2016 eine Botschaft zum Um- und Ausbau der Stromnetze an das Parlament gerichtet. Diese Stromnetzstrategie soll sicherstellen, dass das Elektrizitätsnetz den zukünftigen Ansprüchen gerecht und die Versorgungssicherheit gewährleistet wird. Die UREK-SR hatte die Vorlage mit einigen kleineren Änderungen gutgeheissen. Die Ständekammer trat denn auch ohne Gegenantrag ein. Mit der Annahme eines Kommissionsvorschlags zur Plangenehmigungspflicht von Schwachstromanlagen schuf der Rat eine Differenz zum Bundesrat. Weiteren kleinen Änderungen stimmte auch Bundesrätin Leuthard zu. Der Ständerat nahm einen Einzelantrag Engler (cvp, GR) bezüglich der Plangenehmigungspflicht an, lehnte den Antrag Engler zum Enteignungsverfahren hingegen ab. Mit einigen Differenzen in Detailfragen nahm die kleine Kammer den Entwurf schlussendlich einstimmig an. Der Ständerat stimmte weiter auch der Abschreibung der folgenden Geschäfte gemäss der Botschaft des Bundesrates zu: 09.4041, 10.3348, 10.4082, 11.3408, 11.3423, 11.3458, 12.3312 und 12.3843.

Der Ständerat kam umgehend auf die am Vortag vom Nationalrat geschaffene Differenz beim Bundesbeschluss zur Verlängerung des Moratoriums zur Wiederaufarbeitung abgebrannter Brennelemente zurück, da das bestehende Moratorium nur noch bis Ende Juni galt und ein Hauptmotiv für die Vorlage gerade das Verhindern einer zeitlichen Gesetzeslücke war. Unter dem Aspekt der Eile und des lückenlosen Weiterführens des Moratoriums beantragte die UREK-SR dem Rat, dem Nationalrat zu folgen. Bundesrätin Leuthard hatte diesem Antrag nichts hinzuzufügen und der Rat nahm die Vorlage stillschweigend an.

In der Sommersession 2016 kam der Ständerat auf die Energiestrategie 2050 zurück. Der Präsident der UREK-SR, Werner Luginbühl (bdp, BE), wies bei der Eröffnung der Debatte darauf hin, dass die Differenzbereinigung nur schleppend vorangehen und weiterhin 15 Differenzen bestehen würden, jedoch nur vier Differenzen als schwerwiegend anzusehen seien. Gerade in der ersten Differenz, dem Richtwert zum Zubau erneuerbarer Energien, hielt der Ständerat am eigenen, tieferen Wert fest. Die zweite (eine nach Luginbühl gewichtige) Differenz bestand beim Verhältnis von Kraftwerksanlagen und Landschaftsschutz. Die Kommissionsmehrheit wollte an der ständerätlichen Fassung festhalten, welche das nationale Interesse an Energieanlagen als "grundsätzlich gleichrangig" zum Landschaftsschutz stellt (und nicht als "gleichrangig", wie der Nationalrat dies beschloss) und in Differenz zum Bundesrat auch festhält, dass der "Kern des Schutzwertes" eines geschützten Objekts nicht verletzt werden dürfe. Eine Minderheit Vonlanthen (cvp, FR) wollte gemäss Bundesrat beschliessen, da der "Kern des Schutzwertes" ein unbestimmter Rechtsbegriff sei und damit Rechtsunsicherheit verursache. Die Minderheit setzte sich mit 31 zu 12 Stimmen bei 2 Enthaltungen durch und verkleinerte damit die Differenz zum Nationalrat. In der Abnahme- und Vergütungspflicht bei der Einspeisung netzgebundener Energie hielt der Ständerat an der bundesrätlichen Fassung fest und hielt also die Differenz zum Nationalrat aufrecht: Die Abnahmepflicht soll nur für Anlagen bis zu einer Leistung von 3 Megawatt gelten. In der Differenz zur Förderuntergrenze bei Wasserkraftanlagen schwenkte der Ständerat auf die Fassung des Nationalrates ein: Wasserkraftwerke sollen erst ab einer Leistung von einem Megawatt gefördert werden. Die Minderheit Vonlanthen (cvp, FR) wurde der Kommissionsmehrheit mit 26 zu 18 Stimmen (keine Enthaltungen) vorgezogen. Der Nationalrat hatte die Möglichkeit, den Vergütungssatz für eingespeiste Energie durch eine Auktion zu ermitteln, gestrichen. Der Ständerat hielt aber daran fest, da Auktionen aus ökonomischer Sicht sinnvoll seien. Auch bei den vom Nationalrat gestrichenen Sanktionen bei Nichterreichen der Produktionsziele hielt der Ständerat an seinem früheren Entscheid gemäss Bundesrat fest. Der Ständerat übernahm das Marktprämienmodell des Nationalrates zur Stützung der Grosswasserkraft, jedoch ohne die Zweckbindungsklausel und mit einem zusätzlichen Artikel, welcher den Bundesrat verpflichtet, dem Parlament bis 2019 einen Erlassentwurf für die Einführung eines marktnahen Modells vorzulegen. Auch beim Artikel zum Auslaufen der KEV folgte der Ständerat dem Nationalrat. In der Frage von Regelungen zu Heizungen und Grossfeuerungen hielt die kleine Kammer jedoch am Streichen des Artikels 45a fest, um die Kompetenzenordnung zwischen Bund und Kantonen nicht zu stören. Während die Kommissionsmehrheit die Anrechenbarkeit von Biogas als erneuerbare Energie regeln wollte, störte sich eine Minderheit Vonlanthen (cvp, FR) am bürokratischen Aufwand, den eine solche Regelung mit sich bringen würde. Obschon auch Bundesrätin Leuthard darum bat, der Minderheit zu folgen und gemäss Nationalrat und Bundesrat zu entscheiden, obsiegte die Kommissionsmehrheit mit 22 zu 18 Stimmen und erhielt damit die Differenz. Auf die Linie des Nationalrates schwenkte der Ständerat in der Frage der Verknüpfung von Energiestrategie 2050 und Atomausstiegs-Initiative ein: Obschon die Energiestrategie 2050 auch als Gegenvorschlag zur Atomausstiegs-Initiative der Grünen gedacht ist, soll mit der Publikation im Bundesblatt nach der Schlussabstimmung nicht auf die Volksabstimmung über die Initiative gewartet werden. Mit dem Ablauf der maximal möglichen Verlängerungsfrist kommt die Atomausstiegs-Initiative im November 2016 zur Abstimmung. Die Aufhebung der Verknüpfung der beiden Geschäfte sei deshalb ohne Nachteil und erlaube es, das Gesetz rund ein halbes Jahr früher in Kraft zu setzen, als bei Beibehaltung der Verknüpfung, betonte Bundesrätin Leuthard in dieser Frage. Die Minderheit Cramer (grüne, GE) setzte sich nach diesem Votum mit 25 zu 17 Stimmen gegen die Kommissionsmehrheit durch, welche an der Verknüpfung der Geschäfte festhalten wollte. In der Frage der steuerlichen Abzugsfähigkeit von Gebäudesanierungen und Ersatzneubauten - der nach Luginbühl gewichtigsten Differenz - stellte sich die UREK-SR gegen die vom Nationalrat vorgesehenen "Steuergeschenke", da ein Steuerausfall von mehreren hundert Millionen Franken resultieren würde, die Mitnahmeeffekte gross seien und der Nutzen im Vergleich zu Subventionen gering ausfalle. Die Kommission beantragte dem Rat daher, den Artikel komplett zu streichen. Eine Minderheit Schmid (fdp, GR) störte sich jedoch daran, dass Sanierungen von alter Bausubstanz steuerlich absetzbar seien, die Abrisskosten aber nicht - dies sei unlogisch, zumal ein Ersatzneubau energetisch besser sei, als ein sanierter Altbau. Der Minderheitsantrag sah deshalb vor, die Abrisskosten in die Liste der abzugsberechtigten Sanierungsmassnahmen aufzunehmen. Diesem Vorschlag, der auch als Brücke zum Nationalrat gedacht war, stimmte der Rat mit 26 zu 14 Stimmen bei 4 Enthaltungen zu. Eine letzte kleine Differenz blieb bestehen im Stromversorgungsgesetz: Der Ständerat hielt an einem Zusatz fest, der verhindern soll, dass Kleinstproduzenten ein hohes Netzentgelt zahlen müssen. Der Nationalrat wird sich in der Herbstsession 2016 wieder der Energiestrategie 2050 annehmen.

Aufgrund des vorangegangenen nationalrätlichen Verdikts zu Ungunsten des indirekten Gegenvorschlags zur Grünen Wirtschaft in der Gesamtabstimmung hatte sich die UREK-SR erneut zuerst mit der Frage zu befassen, ob sie auf die Gesetzesvorlage eintreten wolle. Im Einklang mit bisherigen Stimmverhältnissen fiel die Empfehlung der ständerätlichen Kommission äusserst knapp aus. Mit Stichentscheid des Kommissionspräsidenten Bischofberger (cvp, AI) empfahl die Mehrheit der Kommission, nicht auf das Geschäft einzutreten. Ausschlaggebend für diesen Entscheid war nicht nur die Ansicht der Mehrheit, dass die Schweiz in der Umweltpolitik bereits führend sei und es keiner weiteren Regelungen bedürfe, sondern darüber hinaus auch die Überzeugung, dass der – gemäss UREK-SR – austarierte eigene Entwurf im Nationalrat keine Chance gehabt habe und die nationalrätliche Fassung gar weniger weit gehe als die geltenden Bestimmungen. Letztere Argumentation stützte auch Bundesrätin Leuthard: Wenn die ständerätliche Lösung nicht obsiege, sei es ihr auch lieber, wenn es gar keine neuen Bestimmungen gebe. Nichtsdestotrotz mahnte sie in einem längeren Plädoyer davor, sich auf bestehenden Errungenschaften auszuruhen und in Untätigkeit zu verharren – als Beispiel nannte die Bundesrätin etwa die im internationalen Vergleich zwar hohe Recyclingquote in der Schweiz, die aber von einer ebenfalls vergleichsweise hohen Abfallmenge begleitet würde, die reduziert werden könnte. Mit 25 zu 17 Stimmen folgte der Ständerat der Kommissionsmehrheit und besiegelte das Schicksal des indirekten Gegenvorschlags, indem er nicht erneut auf die Vorlage eintrat. Enttäuscht zeigten sich neben den Initianten des Anliegens auch die Interessengemeinschaft Detailhandel Schweiz, der auch die Grossverteiler Migros und Coop angehören. Sie hätten den vom Ständerat präsentierten "gutschweizerischen Kompromiss" begrüsst. Mit seinem Entscheid begründete das Parlament auch das weitere Los der Volksinitiative der Grünen, die nun definitiv dem Volk vorgelegt wird. Das Vorliegen eines austarierten indirekten Gegenvorschlags hätte die Grüne Partei gegebenenfalls dazu bewegen können, ihr Anliegen zurückzuziehen.

In Erfüllung der Motion 10.3881 legte der Bundesrat dem Parlament im April 2014 eine Botschaft zur Totalrevision des Gütertransportgesetzes vor. Die Vorlage zielte auf eine Institutionalisierung des Planungsprozesses für den Schienengüterverkehr, in den auch die Kantone und die betroffenen Akteure einbezogen werden sollen. Mit Netznutzungskonzept und -plänen soll der Verdrängung des Güterverkehrs durch den Personenverkehr aus dem Netz vorgebeugt werden. Der Bundesrat wollte die SBB von der Verpflichtung, Güterverkehr als Kerngeschäft anzubieten, befreien. Investitionsbeiträge für Anschlussgleise und Umschlagsanlagen des kombinierten Verkehrs soll der Bund als A-fonds-perdu-Beiträge leisten, Darlehen soll der Bund für Umschlagsanlagen im Ausland gewähren können. Der Bund kann Förderbeiträge für neue Angebote auszahlen oder sich an Bestellungen von Transportangeboten der Kantone beteiligen. Die Fördermöglichkeiten sind jedoch bis 2027 befristet. Der Bundesrat forderte zudem, dass Güterverkehrsangebote grundsätzlich eigenwirtschaftlich sein müssen. Von einem Verlagerungsziel in der Fläche analog zum Verlagerungsziel im alpenquerenden Güterverkehr sah der Bundesrat ab. Der Nationalrat hatte in der Frühlingssession 2015 dem Vorschlag des Bundesrates zugestimmt, den Güterverkehr nicht mehr als Kernaufgabe der SBB festzuschreiben. Mit der Annahme einer Motion der KVF-NR (14.3998) ging die grosse Kammer sogar noch weiter: Die SBB-Cargo solle aus der SBB herausgelöst und als eigenständiges Unternehmen weitergeführt werden. Der Ständerat, der im Juni 2015 die Behandlung der Totalrevision des Gütertransportgesetzes aufnahm, war mit dieser Stossrichtung nicht einverstanden und lehnte die Motion der KVF-NR ab. Mit der Annahme eines Postulat der KVF-SR (15.3496) beauftragte die kleine Kammer den Bundesrat aber, eine „Evaluation der Weiterentwicklungsmöglichkeiten von SBB Cargo“ vorzunehmen. Die KVF-SR empfahl, über die wichtige Frage der Zukunft der SBB-Cargo erst zu beschliessen, wenn dieser Bericht vorliege.
Im September 2015 diskutierte der Nationalrat die Differenzen zum Ständerat. Während er bei einigen Differenzen auf die Formulierungen der kleinen Kammer einschwenkte, so blieb er doch in der Frage hart, ob der Bund nicht nur Bau und Erweiterung, sondern auch die Erneuerung von Anschlussgleisen und Umschlaganlagen unterstützen können soll. Erneuerungen würden zum betrieblichen Aufwand gehören, welcher in der Regel gerade nicht mehr unterstützt werden solle, warnte Bundesrätin Leuthard vergebens vor den Kosten dieses „neuen Subventionstatbestands“. Der Ständerat gab in der Debatte vom 21. September nach und akzeptierte die Position des Nationalrates in der letzten Differenz stillschweigend. In den Schlussabstimmungen vom 25. September nahm der Nationalrat die Totalrevision des Gütertransportgesetzes mit 142 zu 53 Stimmen (1 Enthaltung) an, der Ständerat stimmte mit 43 Stimmen einstimmig zu.

In der Herbstsession 2015 verhandelte der Ständerat als Zweitrat das erste Massnahmenpaket der Energiestrategie 2050. Während die UREK-SR dem Rat das Eintreten empfahl, verlangte eine Minderheit Hösli (svp, GL) Nichteintreten und ein Antrag Hefti (fdp, GL) die Rückweisung der Vorlage an die UREK-SR mit dem Auftrag, den Wirtschaftsstandort Schweiz nicht übermässig durch Förderabgaben zu belasten und die Regulierungsdichte in der Vorlage zu senken. In der Eintretensdebatte wurde von verschiedenen Seiten die grosse Arbeit verdankt, welche die UREK-SR in dieser Sache geleistet habe. Obschon in jedem Votum der Eintretensdebatte gewisse Vorbehalte vorgetragen wurden, so begrüssten doch ausser den Antragstellern Hösli und Hefti alle das Eintreten auf das von Ständerätin Bruderer Wyss (sp, AG) als "Generationenvorlage" bezeichnete Geschäft. In der Abstimmung wurde mit grosser Mehrheit Eintreten beschlossen, die Minderheit Hösli (Nichteintreten) erhielt nur 2 Stimmen, der Rückweisungsantrag Hefti 3 Stimmen.
In der Detailberatung schlug die Kommission vor, den Richtwert der durchschnittlichen inländischen Produktion im Jahre 2035 auf mindestens 11 400 Gigawattstunden zu legen, was realistischer sei als die vom Bundesrat vorgeschlagenen und vom Nationalrat übernommenen 14 500 GWh. Eine Minderheit Bruderer Wyss (sp, AG) wollte an der Version des Nationalrates festhalten und eine Minderheit Theiler (fdp, LU) wollte den Richtwert ganz aus der Vorlage streichen. Der Antrag für den höheren Richtwert unterlag dem Kommissionsantrag mit 16 zu 27 Stimmen, der Antrag auf Streichen wurde mit 32 zu 11 Stimmen abgelehnt.
Zwei Minderheitsanträge Hösli (svp, GL), welche die Richtziele in Energie- und Stromverbrauch gegenüber der Mehrheit tiefer ansetzen wollten, wurden ebenfalls abgelehnt. Einen Einzelantrag Gutzwiller (fdp, ZH), welcher die vom Nationalrat gekippte bundesrätliche Bestimmung zur Prüfung von Alternativen beim Bau eines neuen fossil-thermischen Kraftwerks wieder aufnehmen wollte, wurde mit 21 zu 19 Stimmen abgelehnt. Während die Kommissionsmehrheit an der bundesrätlichen Vorgabe eines Energie-Richtplanes festhalten wollte, verlangte eine Minderheit Imoberdorf (cvp, VS) die Zustimmung zum Nationalrat, welcher diese Vorgabe gekippt hatte. Imoberdorf beklagte, der Bund mische sich mit der bundesrätlichen Bestimmung in die raumplanerische Kompetenz der Kantone ein. Obschon Bundesrätin Leuthard diese Einmischung des Bundes bestritt, folgte die kleine Kammer mit 25 zu 15 Stimmen der Minderheit und dem Nationalrat. Eine Minderheit Hösli (svp, GL) wollte dem Nationalrat auch darin folgen, in einem Zusatz zu Artikel 13 die Unterstützung der Kantone durch den Bund festzuhalten. Weil dies nach der zuvor abgelehnten Regelung sinnvoll sei, sprach sich auch Bundesrätin Leuthard dafür aus und der Antrag wurde mit 32 zu 10 Stimmen bei 3 Enthaltungen angenommen. Die kleine Kammer folgte dem Nationalrat in den ersten beiden Absätzen des Artikels 14, welcher die Nutzung erneuerbarer Energie als nationales Interesse einstuft und die Grundlage zur Interessenabwägung beim Neubau von Kraftwerken in Schutzgebieten legt. Allerdings schuf die kleine Kammer auch eine Differenz zur grossen, indem sie bei den zwei weiteren Absätzen des Artikels dem Bundesrat folgte und sich dabei für die Anhörung von Umwelt- und Heimatschutzverbänden aussprach. In diesem Zusammenhang wurde auf die parlamentarische Initiative Eder (fdp, ZG) verwiesen, deren Anliegen damit teilweise begegnet wurde.
Bei Artikel 17 strich der Ständerat die Absätze, welche der Nationalrat eingefügt hatte, mit der Begründung, die Abnahmepflicht von Strom zu staatlich vorgegebenen Preisen sei zu bürokratisch. Eine Differenz zur grossen Kammer schuf der Ständerat weiter auch bei Artikel 18, in welchem die Kommission des Ständerates das Konzept des Eigenverbrauchs gemäss den Anforderungen der Praxis klarer regeln wollte. Die Kommission hatte zusammen mit Fachleuten und dem Verband Schweizerischer Elektrizitätsunternehmen sowie Nationalrat Grossen (glp, BE), dessen diesbezüglicher Antrag im Nationalrat angenommen worden war, eine Lösung gefunden, welche auch von Bundesrätin Leuthard gutgeheissen und vom Ständerat ohne Einwände angenommen wurde. Leuthard wies in diesem Zusammenhang auf die angenommene parlamentarische Initiative der UREK-NR hin. Während die Kommissionsmehrheit in der Frage der Förderung von Kleinwasserkraftwerken eine Untergrenze bei der Leistung von 300 Kilowatt setzen wollte, verlangte eine Minderheit Luginbühl (bdp, BE) eine Untergrenze von 1 Megawatt. Luginbühl begründete dies mit den hohen Förderkosten, die einer kleinen Leistung gegenüberstünden. Unterstützung erhielt der Antrag von Ständerat Zanetti (sp, SO), welcher als "Vertreter der Fische" um eine höhere Fördergrenze bat. Alle weiteren Voten von links bis rechts hielten fest, dass es eben auch die Kleinkraftwerke brauche, um den Atomstrom zu ersetzen. Die Minderheit Luginbühl unterlag in der Abstimmung schliesslich mit 18 zu 25 Stimmen. Ein Einzelantrag Graber (cvp, LU) wollte Kleinproduzenten von der Direktvermarktung befreien: Kleinproduzenten mit weniger als 1 Megawatt Leistung sollen vom Netzbetreiber den Referenzmarktpreis für den produzierten Strom erhalten, da der Aufwand der Selbstvermarktung gemessen an der Produktion zu hoch sei. Der Ständerat verwarf den Antrag Graber und folgte im übrigen der Fassung des Bundesrates, was die Schaffung einer Differenz zum Nationalrat bedeutete. In Artikel 22 wich die kleine Kammer erneut von der nationalrätlichen Fassung ab: Sie strich die Festlegung der maximal anrechenbaren Gestehungskosten auf höchstens 20 Rappen pro Kilowattstunde. Ein Antrag Schmid (fdp, GR), der günstige Bundesdarlehen für neue Wasserkraftwerke ermöglichen wollte, wurde kontrovers diskutiert und schliesslich mit 23 zu 22 Stimmen abgelehnt. Die ständerätliche Kommission hatte neu ein als Notfalllösung ausgelegtes Konzept zur Unterstützung der Grosswasserkraft aufgenommen. Grosswasserkraftwerke, die aufgrund der schwierigen Marktlage in finanzielle Probleme geraten, sollen für eine beschränkte Zeit Unterstützung erhalten - dies, weil die Grosswasserkraft weiterhin eine zentrale Rolle im schweizerischen Energiehaushalt einnehmen soll und Konkurse die Versorgungssicherheit gefährden könnten. Die UREK-S schlug vor, die Unterstützung auf jährlich CHF 120 Mio. zu beschränken sowie eine maximale Unterstützungsdauer von 5 Jahren festzulegen. Die Finanzierung soll über den Netzzuschlagsfonds sowie über eine Wasserzinsreduktion erfolgen. Laut Kommissionssprecher Bischofberger (cvp, AI) soll eine Differenz zum Nationalrat geschaffen werden, damit eine Lösung für die sich akzentuierenden Probleme der Grosswasserkraft vertieft geprüft werden können. Gegen diese Kommissionsmehrheit wandte sich eine Minderheit I Imoberdorf, die nur die Finanzierung ändern wollte - keine Wasserzinsreduktion, stattdessen grössere Beiträge aus dem Netzzuschlagfonds - und eine Minderheit II Theiler, die im Vertrauen auf die Marktkräfte ganz auf die vorgeschlagene Notfallunterstützung verzichten wollte. Ein Einzelantrag Engler (cvp, GR) wollte die Grosswasserkraft substanziell an den KEV-Beiträgen teilhaben lassen, wurde aber vor der Abstimmung zurückgezogen. Die beiden Minderheitsanträge unterlagen mit 33 zu 11 und mit 32 zu 11 Stimmen bei einer Enthaltung. Die Kommission schlug weiter Regelungen vor, um Rückerstattungen des Netzzuschlages zu begrenzen und auf stromintensive Unternehmen zu beschränken. Eine Minderheit Hösli (svp, GL) wollte die Rückerstattung des Netzzugschlages für Unternehmen in förderungswürdigen Regionen verstärken und ein Einzelantrag Germann (svp, SH) verlangte, dass alle Grossverbraucher dann eine Rückerstattung des Netzzuschlages erreichen können, wenn sie interne Massnahmen für Energieeffizienz nachweisen. Sowohl Kommissionssprecher Bischofberger wie auch Bundesrätin Leuthard wiesen darauf hin, dass es hier um die Finanzierung der KEV gehe und nicht um Wirtschaftsförderung und schon gar nicht um Regionalpolitik. Die Grossverbraucher profitierten schon heute gegenüber den KMU, weil sie auf dem liberalisierten Markt einkaufen können. Könnten sie ihre Netzzuschläge zurückforden, müssten die Abgaben von kleineren Unternehmen und von Haushalten höher sein, um die angestrebte Alimentation der KEV zu erreichen. Sowohl der Minderheits- wie auch der Einzelantrag wurden in der Abstimmung deutlich verworfen. In Abweichung vom Nationalrat wollte die Kommissionsmehrheit die Kompetenzen zur Ausgestaltung von Vorschriften im Gebäudebereich den Kantonen überlassen. Ein Antrag Hess (fdp, OW) wollte in dieser Frage die nationalrätliche Fassung beibehalten und eine Minderheit Bruderer Wyss (sp, AG) verlangte, dass die von der Kommissionsmehrheit abgelehnten Regelungen zu effizienten Geräten, zur Haustechnik und zur Energieverbrauchserfassung beibehalten werden. Während der Minderheitsantrag Bruderer Wyss abgelehnt wurde, erklärte eine Ratsmehrheit mit Unterstützung von Bundesrätin Leuthard ihre Zustimmung zum Antrag Hess. Mit dem vom Nationalrat aufgenommenen Bonus-Malus-System für Stromlieferanten war die Kommissionsmehrheit nicht einverstanden, sie beantragte dem Rat, diesen Artikel zu streichen. Eine Minderheit Cramer (grüne, GE) wollte dem Nationalrat folgen und eine Minderheit Diener Lenz (glp, ZH) schlug andere Regelungen vor, um die Energieeffizienz zu erhöhen. Der Rat zog die Minderheit Diener Lenz der Minderheit Cramer deutlich vor, gab aber in einer zweiten Abstimmung der Mehrheit mit 23 zu 21 Stimmen den Vorzug, so dass der Artikel gestrichen wurde. Die Kommissionsmehrheit wollte die vom Bundesrat vorgeschlagene und vom Nationalrat übernommene Lösung für das Einspeisevergütungssystem nicht mittragen und beantragte die Streichung der Artikel 39 und 76. Der Rat stimmte zu, die geschaffene Differenz erlaube es dem Nationalrat, in dieser Sache weiter nach einer brauchbaren Lösung zu suchen. Mit 27 zu 16 Stimmen bei zwei Enthaltungen strich der Ständerat die sogenannte "Dreckstromabgabe", eine Abgabe auf nicht garantiert CO2-freien Strom. Was von der Kommission als Stützung der einheimischen Wasserkraft gedacht war, erschien der Ratsmehrheit als kaum tragbare "Industriesteuer". Die Ratskommission wollte weiter, dass die Hälfte der Rückbaukosten von den Steuern abgezogen werden kann, wenn statt einer Gebäudesanierung ein Ersatzneubau realisiert wird. Eine Minderheit Luginbühl (bdp, BE) beantragte die Streichung und berief sich dabei auch auf die Finanzdirektoren- und Energiedirektorenkonferenz. Mit 25 zu 15 Stimmen bei einer Enthaltung folgte der Rat dieser Minderheit. Der Ständerat folgte dem Bundesrat und dem Nationalrat in der Änderung des Kernenergiegesetzes bezüglich der Wiederaufbereitung von abgebrannten Brennelementen und nahm das Verbot der Wiederaufbereitung an. Ständerat Eberle (svp, TG) hielt fest, dass es sich dabei um eine Ressourcenverschwendung "der gröberen Art" handle, verzichtete aber auf einen Antrag, weil er diesen für chancenlos hielt. Die vom Nationalrat eingebrachte Regelung eines Langzeitbetriebskonzepts, welches die Betreiber eines AKW nach 40 Betriebsjahren vorlegen müssten, war in der ständerätlichen Kommission sehr kontrovers diskutiert und schliesslich mit 7 zu 6 Stimmen abgelehnt worden. Eine Minderheit Diener Lenz beantragte dem Rat, dem Nationalrat zuzustimmen und die Langzeitbetriebskonzepte gutzuheissen. Während die Ständeräte Eberle (svp, TG) und Theiler (fdp, LU) die bisherigen Sicherheits- und Aufsichtsmechanismen lobten und Änderungen als gefährlich darstellten, betonten die Ständerätinnen Diener Lenz (glp, ZH) und Bruderer Wyss (sp, AG), dass das ENSI selber solche Konzepte wünsche und die Sicherheit ohne diese Konzepte durch ausbleibende Investitionen gefährdet sei. Mit 25 zu 20 Stimmen folgte der Rat seiner Kommissionsmehrheit und strich die Langzeitbetriebskonzepte aus dem Gesetz. Eine Laufzeitbeschränkung auf 50 Jahre, die eine Minderheit Berberat (sp, NE) einbringen wollte, fand keine Mehrheit im Rat. Bevor das Geschäft in der Schlussabstimmung mit 27 zu 4 Stimmen bei 8 Enthaltungen angenommen wurde, drückte Ständerat Recordon (grüne, VD) in deutlichen Worten sein Missfallen über die vom Ständerat getroffenen Entscheide aus - er werde Mühe haben, nach diesen Entscheiden auf das Ende der Legislatur anstossen zu können.

Als Erstrat nahm der Ständerat die Debatte über den Nationalstrassen- und Agglomerationsverkehrs-Fonds (NAF) im Herbst 2015 auf. Die KVF-SR hatte sich eingehend mit dem Geschäft befasst und dabei gar einen Alternativentwurf geschaffen: Sie integrierte den Netzbeschluss von 2012, welcher zusammen mit der Erhöhung der Vignettenpreise 2013 vom Volk abgelehnt worden war, in den NAF. Gleichzeitig sah sie auch eine Erhöhung des Vignettenpreises auf CHF 60 bis 70 (und nicht auf CHF 100, wie vom Volk abgelehnt) und eine Kostenbeteiligung der Kantone vor. Die konsultierten Automobilverbände und Kantone lehnten diese Variante jedoch ab, worauf die KVF-SR ihren Entwurf verwarf und mit 5 zu 3 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) den bundesrätlichen Entwurf empfahl. Roland Eberle (svp, TG) reichte darauf den Antrag ein, die Vorlage an die Kommission zurückzuweisen mit dem Auftrag, den Netzbeschluss doch noch in den NAF zu integrieren.
In der Debatte wurde mehrfach betont, dass im Rat bei der Debatte zum Bahninfrastrukturfonds BIF im Rahmen der FABI das Versprechen abgegeben worden sei, eine dauerhafte Finanzierungslösung auch für die Strasse zu schaffen. Dies sei mit dem NAF der Fall, weshalb die Vorlage grundsätzlich begrüsst werde. Die Ansicht, der Netzbeschluss von 2012, bei dem es um die Übernahme von fast 400 km Strasse von den Kantonen ins Nationalstrassennetz (und damit in die Hände des Bundes) geht, sei gerade auch für die Kantone wichtig, war verbreitet. Der Rückweisungsantrag Eberle wurde - trotz der mahnenden Worte von Bundesrätin Leuthard, welche eine drohende Finanzierungslücke ausmachte - schliesslich mit 27 zu 14 Stimmen bei 1 Enthaltung angenommen.