Verschiedene Ereignisse nährten die bereits seit Jahren diskutierte Idee einer Regierungsreform. In den GPK-Berichten zur UBS- und zur Libyen-Krise sowie zur politischen Steuerung des Bundesrats wurde harsche Kritik an der Regierung geübt. Bedeutende Führungsdefizite, unzureichender Informationsaustausch und mangelndes gegenseitiges Vertrauen seien mit Gründe dafür, dass die Krisensituationen überhaupt eingetreten seien. Insbesondere Bundesrat Merz hätte viel zu spät informiert und reagiert. Nicht nur der Eindruck der Führungsschwäche in Krisensituationen, sondern auch der Konkordanz- und Kollegialitätsverlust, der sich etwa im Streit um die Departementsverteilung oder in der mangelnden Rücktrittskoordination zwischen Merz und Leuenberger manifestierte, waren Öl ins Feuer der Diskussion um Reformen der Exekutive. Zusätzlichen Zunder lieferte auch die von der SVP lancierte Initiative zur Volkswahl des Bundesrates.

Die Hauptkritik des GPK-Berichts betraf die Krisenorganisation. Zum einen wurde moniert, dass die SNB, EBK und der EFD-Vorsteher die Krisenvorbereitung zwischen Januar und April 2008 ohne Einbezug des restlichen Bundesrats vorangetrieben hatten. Zum anderen wurde kritisiert, dass der Bundesrat die Führung des Krisendossiers bis im Herbst 2008 allein – dem im Bericht hart kritisierten – Bundesrat Merz überlassen hatte und zu den Beratungen im Fall UBS bewusst kein Protokoll geführt worden war. Neben 18 Empfehlungen an die verschiedenen beteiligten Behörden formulierten die GPK zwei Postulate und fünf Motionen. Das eine Postulat fordert vom Bundesrat die Überprüfung der gesetzlich festgelegten Aufgaben, die den Revisionsfirmen bei den Grossbanken übertragen sind. Das andere verlangt eine Abklärung zu Art. 271 StGB (verbotene Handlung für einen fremden Staat) sowie zur Kompatibilität des schweizerischen Bankgeheimnisses mit den Vorgaben (Melde- und Steuerrückbehaltspflichten), welche die amerikanische Steuerbehörde IRS in den USA tätigen Finanzinstituten im Rahmen von sogenannten Qualified Intermediary Agreements (QIA) auferlegt. Beide Postulate wurden im September vom Ständerat überwiesen. Im Dezember folgte der Nationalrat mit zwei gleichlautenden Eingaben.

Après avoir exprimé ses intentions à l’égard de Swisscom, le Conseil fédéral a rencontré la direction de l’opérateur. Malgré des divergences sur les objectifs stratégiques et opérationnels, il a obtenu de cette dernière que Swisscom renonce à tout investissement dans des opérateurs fournissant les services de base d’un pays étranger. En contrepartie, le gouvernement a accepté de réviser les objectifs stratégiques 2006-2009 avant la fin de l’année. Dans sa réponse aux interpellations urgentes de tous les groupes parlementaires, le Conseil fédéral a plaidé pour une procédure accélérée. Les modalités d’une privatisation totale et les différentes mesures possibles seront précisées en janvier 2006 dans un rapport. Pris à parti au Conseil des Etats et au Conseil national, en particulier par les élus de centre gauche, le conseiller fédéral Merz a dû défendre les choix du gouvernement ainsi que sa gestion de la communication dans cette affaire. La Commission de gestion du Conseil national a mis sur pied une commission ad hoc pour examiner la communication du Conseil fédéral au sujet de Swisscom et rechercher les faits. Les partis gouvernementaux ont désigné leurs représentants au sein de l’organe, à l’exception de l’UDC qui a refusé d’en faire partie.

Das Parlament nahm den Finanzplan zur Kenntnis, kritisierte aber den Einsatz der Kreditsperre: Die Regierung müsste die nötigen Prioritäten setzen, welche zur Schuldenbremsenkonformität führten und den Räten einen minimalen Handlungsspielraum im Budgetprozess gewähren. Zudem vermissten die Räte eine auf einen längeren Planungshorizont angelegte Verknüpfung zwischen Sach- und Finanzpolitik. Der Nationalrat lehnte einen Ordnungsantrag seiner Finanzkommission ab, die Behandlung des Finanzplanes auszusetzen, bis ein überarbeiteter Plan vorliege, der den in den Motionen Schweiger (fdp, ZG) (Mo. 04.3518) und Loepfe (cvp, AI) (Mo. 04.3563) verlangten Schranken der Ausgabenentwicklung (Wachstum nur im Rahmen der Teuerung) Rechnung trage. Bundesrat Merz kündigte an, durch die Erstellung von Aufgabenportfolios künftig Sach- und Finanzpolitik besser zu verknüpfen. Im Anschluss an die Beratungen überwies die grosse Kammer diskussionslos eine Motion ihrer Finanzkommission (Mo. 05.3714), welche von der Regierung verlangt, im Finanzplan künftig zu allen Aufgabengebieten die Ziele und Strategien zu liefern und diese so zu definieren, dass sie mit Hilfe von Indikatoren beurteilt werden können. Sie lehnte eine Motion der SP-Fraktion (Mo. 05.3611) ab, die im Finanzplan 2008-2011 dem Wirtschaftswachstum und der Nachhaltigkeit Rechnung tragen und neue Einnahmen prüfen wollte.

Die Sparpläne des Bundes und die in diesem Zusammenhang angekündigten Personalreduktionen haben zu einer Abnahme der Arbeitszufriedenheit beim Bundespersonal geführt. Gemäss einer vom EFD durchgeführten repräsentativen Befragung sind im Vergleich zu früheren Befragungen wesentlich mehr Mitarbeiter demotiviert oder gar resigniert. Besonders schlecht fiel das Urteil bei den Beschäftigten der Departemente von Blocher (EJPD) und Merz (EFD) aus.