Im März 2024 veröffentlichte der Bundesrat die Botschaft zur Förderung von Bildung, Forschung und Innovation in den Jahren 2025–2028. Diese Vorlage war äusserst umfangreich; der Bundesrat präsentierte insgesamt 12 Bundesbeschlüsse mit finanziellen Mitteln unter anderem für die Berufsbildung, die Weiterbildung, den Hochschulbereich, die Institutionen der Forschungsförderung oder auch für Innosuisse. Insgesamt beantragte der Bundesrat Mittel in der Höhe von CHF 29.2 Mrd. Er schlug zudem punktuelle Änderungen in vier Gesetzen des BFI-Bereichs (BBG; ETH‑Gesetz; HFKG, FIFG) vor. Der Bundesrat setzte sich das Ziel, auch in der kommenden BFI-Periode die hohe Qualität und die Durchlässigkeit des Schweizer Bildungssystems aufrecht zu erhalten, da sie die Basis für die persönliche Entwicklung jedes einzelnen darstellen. Zudem sollen durch den BFI-Standort Schweiz die dringend benötigten Fachkräfte für Wirtschaft und Wissenschaft ausgebildet werden. Mit der Überweisung der Botschaft an das Parlament beantragte der Bundesrat schliesslich die Abschreibung von vier Vorstössen (Po. 20.3462; Po. 20.3927; Po. 21.3008 und Mo. 21.3007).

Für die BFI-Botschaft 2025-2028 wurde erstmals eine Vernehmlassung durchgeführt, die auf grosses Interesse stiess. Auch sieben im Parlament vertretene Parteien äusserten sich im Rahmen der Vernehmlassung. Die SVP lehnte ein generelles reales Wachstum ab, mit Ausnahme des ETH-Bereichs und der Berufsbildung. Die FDP unterstützte das geplante nominale Wachstum. Die GLP wiederum verlangte, dass die finanziellen Mittel garantiert gesprochen werden und es sich bei den aufgeführten Mittel nicht um Obergrenzen handeln soll. SP und LDP forderten eine allgemeine Steigerung der vorgesehenen Mittel. Während sich die Mitte für ein reales jährliches Wachstum der Mittel um 2 Prozent aussprach, forderten die Grünen gar einen realen Mittelzuwachs um jährlich 2.5 Prozent. Auch viele weitere Vernehmlassungsteilnehmende forderten eine Erhöhung der finanziellen Mittel. Der Bundesrat konnte jedoch nicht darauf eingehen. Vielmehr musste er bekannt geben, dass er – aufgrund der anhaltenden schwierigen finanziellen Lage des Bundes – nach der Vernehmlassung gar noch Kürzungen am eigenen Entwurf habe vornehmen müssen. Dies hatte zur Folge, dass der Beitrag für den ETH-Bereich im Jahr 2025 um CHF 100 Mio. gekürzt wurde und auch alle schwach gebundenen Ausgaben eine Querschnittkürzung von 1.4 Prozent hinnehmen mussten. In der Folge resultierte in der Botschaft eine Streichung von insgesamt CHF 500 Mio. im Vergleich zur Vernehmlassungsvorlage.Einige materielle Anliegen, die im Rahmen der Vernehmlassung vorgebracht worden waren, fanden hingegen Eingang in die bundesrätliche Botschaft; so wurde etwa die einmalige Verlängerung der Bundesunterstützung für das Laufbahnprojekt «viamia» beschlossen.

In den Medien gaben diese Kürzungen viel zu reden. Die Presse griff insbesondere die Kritik des ETH-Rates auf, der darauf hinwies, dass dadurch national bedeutende Forschungsinfrastrukturprojekte und auch strategische Initiativen nicht wie geplant realisiert werden könnten. Der Präsident der ETH Zürich, Joël Mesot, doppelte nach und stellte in Aussicht, dass die ETHZ angesichts der knappen Mittel das Wachstum der Studierendenzahlen begrenzen müsse und dass die ETHZ auch über einen Einstellungsstopp nachdenke. Ende April 2024 und damit kurz vor Aufnahme der Beratungen in den zuständigen parlamentarischen Kommissionen äusserten sich der ETH-Rat, die kantonalen Universitäten, der Nationalfonds und die Akademien der Wissenschaften gemeinsam zu den geplanten Kürzungen. Aufgrund der generellen Streichung bei den schwach gebundenen Ausgaben und der Teuerung komme es in der Förderperiode 2025-2028 zu einem Nullwachstum oder gar zu einer Abnahme der Mittel bei den Hochschulen. Diese fehlenden Gelder würden zu Planungsunsicherheit führen und schränkten die Handlungsfähigkeit der Hochschulen ein, womit letztlich die Qualität von Lehre und Forschung gefährdet werde. In der Folge appellierten sie an das Parlament, die geplanten Kürzungen zurückzunehmen.

BFI-Botschaft 2025-2028
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