Nachdem der Ständerat seine Debatte des Voranschlags 2018 nach vier Stunden beendet hatte, machte sich tags darauf der Nationalrat zu einer schliesslich fast zwölfstündigen Debatte inklusive Nachtsitzung auf, in deren Rahmen er über 80 Minderheitsanträge behandelte. Dies hatte bereits im Vorfeld zu Kommentaren geführt. Finanzminister Maurer hatte den Parlamentarierinnen und Parlamentariern in Bezug auf die Budgetdebatte geraten, ihren Schlafsack einzupacken, Ständerat Comte (fdp, NE) verstand den „Basar“ und die „Quasi-Hysterie“ im Nationalrat als Anzeichen für dessen fehlenden Willen zur Kompromisssuche.
Die grosse Kammer hatte zuerst einen Rückweisungsantrag Meyer (sp, ZH) zu behandeln, gemäss dem der Bundesrat beauftragt werden sollte, den K-Faktor, den Konjunkturfaktor, den wirtschaftlichen Prognosen anzupassen und nach oben zu korrigieren, bei den Teuerungskürzungen die bereits im Rahmen des Stabilisierungsprogramms erfolgte Teuerungskorrektur von 0.7 Prozent in Betracht zu ziehen sowie auf die Kürzungen im Eigenbereich und bei den gezielten Massnahmen zu verzichten. Der K-Faktor erlaube es dem Bund, antizyklisch zu handeln, somit sollen in konjunkturell schlechteren Situationen die Einnahmen auch einmal die Ausgaben übersteigen dürfen. Unter Berücksichtigung des höheren K-Faktors für das Jahr 2018 sei es somit möglich, auf Kürzungen zu verzichten. Mit 134 zu 52 Stimmen (bei einer Enthaltung) sprach sich der Nationalrat jedoch gegen den Widerstand der SP- und der Grünen-Fraktion deutlich gegen eine Rückweisung des Budgets aus.
Die Detailberatung war anschliessend aufgrund der zahlreichen Minderheitsanträge in sechs thematische Blöcke gegliedert. Im Allgemeinen lehnte der Nationalrat die Minderheitsanträge auf (zusätzliche) Kürzungen von der rechten sowie auf eine Reduktion der beantragten Kürzungen von der linken Ratsseite beinahe durchgehend ab und folgte mehrheitlich dem Ständerat. Im ersten Block zu den Querschnittsmassnahmen wurden nur wenige Differenzen zum Ständerat geschaffen. Eine davon betraf die Einlage in die Publica respektive die Lohnmassnahmen beim Bundespersonal, wie sie auch für den Nachtrag II zum Voranschlag 2017 relevant sind. Diesbezüglich wollte Alois Gmür (cvp, SZ) mittels eines Ordnungsantrags, gemäss dem zuerst über die Einlage in die Publica und anschliessend über die Lohnmassnahmen abgestimmt werden sollte, sicherstellen, dass nur einer der beiden Vorschläge angenommen würde, aber nicht beide. Das Bundespersonal solle entsprechend nicht leer ausgehen, jedoch auch nicht übervorteilt werden. Nach Annahme des Ordnungsantrags entschied sich eine aus Mitgliedern der SVP-, FDP- und GLP-Fraktionen bestehende Mehrheit für den anfänglichen Vorschlag des Bundesrates, der Lohnmassnahmen in der Höhe von knapp CHF 33 Mio., dafür keine zusätzliche Einlage in die Publica vorsah, und schuf damit eine gewichtige Differenz zum Ständerat. Eine weitere Differenz kam durch die Zustimmung einer nationalrätlichen Mehrheit aus Mitgliedern der SVP-, FDP- und BDP-Fraktionen zur Änderung des Sollwerts bei der Personalbedarfsplanung zustande: Neu darf diese nicht mehr um maximal 2 Prozent, sondern nur noch um 1 Prozent von den budgetierten Beträgen abweichen.
Im zweiten Block wurden die Ausgaben im Rahmen von Beziehungen zum Ausland behandelt, wo vor allem die Umwandlung der Darlehen an die Sifem, wie sie bereits im Rahmen des Stabilisierungsprogramms angedacht worden war, sowie die Kürzungsanträge beim Seco und der Entwicklungshilfe für Gesprächsstoff sorgten. Differenzen zum Ständerat wurden allerdings keine geschaffen, unter anderem lehnte der Nationalrat einen Vorschlag seiner FK-NR zur Reduktion des Transferaufwands des EDA um CHF 100 Mio. ab. Auch bezüglich der Umwandlung des Darlehens der Sifem in Aktienkapital stimmte der Nationalrat nicht der knappen Mehrheit der FK-NR zu, welche die Ablehnung der Umwandlung beantragt hatte, sondern einem Minderheitsantrag Vitali (fdp, LU), der dem Ständerat folgen und das Aktienkapital der Sifem zusätzlich um CHF 150 Mio. erhöhen wollte. Zuvor waren jedoch erneut Stimmen laut geworden, welche die Umwandlung der Sifem kritisierten – von linker Seite aufgrund der Angst, dass dadurch weniger Geld für die klassische Entwicklungshilfe vorhanden sein könnte, und von rechter Seite, weil der Bund durch eine Umwandlung in Aktienkapital die Hauptlast des Risikos trage.
Der dritte Block beinhaltete die soziale Wohlfahrt und damit die im Vorfeld am stärksten diskutierte Frage, was mit den durch die Ablehnung der Altersvorsorge 2020 freigewordenen CHF 442 Mio. geschehen soll. Eine so genannte unheilige Allianz zwischen der SVP- und der SP-Fraktion, unterstützt von der Grünen-, der GLP- sowie von Teilen der CVP-Fraktion, entschied sich dafür, den zwei Minderheitsanträgen Nordmann (sp, VD) und Aeschi (svp, ZG) zu folgen (130 zu 63 Stimmen, 1 Enthaltung) und diese Gelder der AHV zukommen zu lassen. Dies würde jedoch eine gesetzliche Grundlage erfordern, die im Laufe des Jahres 2018 mittels einer parlamentarischen Initiative geschaffen werden sollte.
Deutlich mehr – wenn auch finanziell weniger gewichtige – Differenzen zum Erstrat wurden im vierten, fünften und sechsten Block geschaffen. Bezüglich der Landwirtschaft stellte sich der Nationalrat wenig überraschend gegen die Kürzungen des Ständerats bei den Direktzahlungen, bei den landwirtschaftlichen Strukturverbesserungen sowie bei weiteren kleineren Beträgen in der Landwirtschaft. Im Bereich Bildung und Forschung folgte die grosse Kammer nicht allen Korrekturen des Ständerats, der die Sparanstrengungen des Bundesrates vielerorts reduziert hatte, zeigte sich aber in diesem Bereich mehrheitlich doch grosszügiger als der Bundesrat. Dafür beschloss er, verschiedene Einrichtungen (Schweizerisches Institut für Kunstwissenschaft, Schweizerisches Sozialarchiv, Stiftung schweizerischer Theatersammlung, Vitrocentre de Romont und Swisspeace) von der Liste der Forschungseinrichtungen mit nationaler Bedeutung zu streichen, ihre Finanzierung in den Finanzplanjahren laufend zu reduzieren und schliesslich auslaufen zu lassen. Zudem entschied sich der Nationalrat, entgegen den Beschlüssen des Ständerats, bei den Globalbudgets der Steuerverwaltung und der Finanzkontrolle mehr und stattdessen bei der Zollverwaltung weniger zu sparen. Abgelehnt wurde hingegen ein Antrag der Mehrheit der FK-NR zur Aufhebung des Büros für Konsumentenfragen.
Insgesamt schuf der Nationalrat somit 30 Differenzen zum Ständerat und entschied sich, CHF 225 Mio. mehr auszugeben als der Bundesrat und CHF 585 Mio. mehr als die FK-NR vorgeschlagen hatte. Mit 124 zu 66 Stimmen aus der SVP-Fraktion (bei drei Enthaltungen) verabschiedete er seinen Voranschlag, der ein Defizit von CHF 122 Mio., aber einen strukturellen Überschuss von CHF 21 Mio. beinhaltete.

In der Wintersession 2016 folgte die Beratung des Stabilisierungsprogramms 2017-2019 durch den Zweitrat, den Nationalrat. Wie bereits im Ständerat beantragte auch in der grossen Kammer eine Minderheit Meyer (sp, ZH) eine Rückweisung an den Bundesrat, der ebenso abgelehnt wurde wie der Nichteintretensantrag Hadorn (sp, SO). Ebenfalls in Übereinstimmung mit dem Ständerat reduzierte der Nationalrat das Sparvolumen im Vergleich zum Bundesrat, sprach sich aber für deutlich grössere Sparanstrengungen von CHF 658 Mio. (2017), 773 Mio. (2018) und 914 Mio. (2019) aus als der Ständerat. Dabei schuf der Nationalrat mehrere inhaltliche Differenzen zum Ständerat: So befürwortete er die vom Bundesrat vorgeschlagene Kürzung des Bundesanteils an den Krankenkassen-Prämienverbilligungen, welche der Ständerat zuvor abgelehnt hatte. Als Begründung wurde angeführt, dass diese Kürzung erst nach der Änderung des Bundesgesetzes über Ergänzungsleistungen zur Alters-, Hinterlassenen- und Invalidenversicherung (ELG) in Kraft treten und entsprechend erst 2019 wirksam werden solle. Die Änderung des ELG sollten bei Bund und Kantonen zu Entlastungen von rund CHF 150-170 Mio. führen, womit die in den Kantonen durch das Stabilisierungsprogramm anfallenden Mehrkosten kompensiert werden könnten. Erfolglos wies eine Minderheit um Marina Carobbio Guscetti (sp, TI) darauf hin, dass bisher noch unklar sei, wie diese Reform genau aussehen werde und ob sie die Kantone wirklich entlasten könne. Ebenfalls restriktiver als der Ständerat zeigte sich der Nationalrat im Integrationsbereich, in dem er den Sparvorschlägen des Bundesrates folgte, sowie bei der Regionalförderung, bei der er die Einlagen an den Fonds für Regionalentwicklung für die Jahre 2018 und 2019 um zusätzliche CHF 10 Mio. reduzierte. Auch bei den Ausgaben im Eigenbereich, also beim Bundespersonal, sieht die grosse Kammer grösseres Sparpotential als der Bundesrat – hier erhöht sie den vom Bundesrat vorgeschlagenen Sparbetrag um je CHF 100 Mio. für die Jahre 2018 und 2019. Der Ständerat hatte diesen Betrag im Herbst noch leicht reduziert. Bei den übrigen zentralen Diskussionspunkten wie der Landwirtschaft, der Bildung und der Entwicklungshilfe hingegen schloss sich der Nationalrat den Beschlüssen des Ständerates an.
In der ersten Runde des Differenzbereinigungsverfahrens bestätigte der Ständerat auf Anraten seiner FK-SR alle im Herbst gefassten Beschlüsse, Differenzen konnten somit keine abgebaut werden. Diskussionen gab es stattdessen hauptsächlich bezüglich der Schliessung von zivilen Zollstellen. So hatte Finanzminister Maurer im Vorfeld dieser Sitzung auf Anfrage von Nationalrätin Munz (sp, SH) erklärt, dass einzelne Schliessungen von Zollstellen bereits vor der Beratung im Parlament – in der sich sowohl National- als auch Ständerat gegen solche Schliessungen ausgesprochen hatten – vorgenommen, respektive in die Wege geleitet worden seien. Dies hatte zu einem grossen Aufschrei in der Ostschweiz geführt, die besonders stark von diesen Schliessungen betroffen gewesen wäre, und gleich mehrere Ständeräte dazu veranlasst, Bundesrat Maurer zu einer Revision dieses Entscheides aufzufordern. Dieser versicherte in der Folge, auf den Abbau der betroffenen Zollstellen zu verzichten, bei den nächsten Sparforderungen des Parlaments beim Bundespersonal jedoch auf dieses Beispiel zurückkommen zu wollen.
Bezüglich des Stabilisierungsprogramms gibt es folglich in der Frühjahrssession 2017 noch einige Differenzen zu klären – vorgängig hat jedoch auch die FK-NR beantragt, bei allen offenen Positionen an den Beschlüssen des Nationalrats festzuhalten.