Bei der Gesamterneuerungswahl der Regierung traten die Bisherigen Charles Beer (sp), Mark Muller (lp), David Hiler (gp), Pierre-François Unger (cvp) und François Longchamp (fdp) erneut an. Robert Cramer (gp) und Laurent Moutinot (sp) verzichteten dagegen auf eine erneute Kandidatur. Die Grünen nominierten Michèle Künzler als Nachfolgerin von Cramer, die SP portierte Véronique Pürro, die sich im Nominationsverfahren unter anderem gegen den Genfer Bürgermeister Manuel Tornare durchsetzte. Die bürgerlichen Parteien griffen die seit 2005 bestehende linke Mehrheit in der Regierung an (2 SP, 2 GP, 1 LP, 1 CVP, 1 FDP). Für die LP kandidierte neben Muller (bisher) Isabel Rochat (neu). Am linken Rand des Parteienspektrums stellte eine kommunistische Partei drei Kandidaten auf. PdA und SolidaritéS kandidierten nicht, weil ihnen der Einzug ins Parlament bei den einen Monat zuvor stattgefundenen Wahlen nicht gelungen war. PdA und SolidaritéS verweigerten aber auch der SP und den Grünen die Unterstützung. Die SVP nominierte Yves Nidegger. Das populistische „Mouvement Citoyens Genevois“ (MCG), das bei den Parlamentswahlen einen grossen Erfolg gefeiert hatte, stellte mit ihrem Präsidenten Eric Stauffer und Mario Poggia zwei Kandidaten auf. Das Kandidatenfeld wurde komplettiert durch zwei Aussenseiterkandidaturen. Bei den Wahlen verlor die Linke ihre Mehrheit und die „Cohabitation“ mit einer linken Regierung und einem rechten Parlament endete: Gewählt wurden alle Bisherigen sowie Michèle Künzler (gp) und Isabel Rochat (lp). Die LP konnte damit einen Sitz der SP erobern. Véronique Pürro (sp) verpasste die Wahl mit einem Rückstand von gut 1200 Stimmen auf die siebtplatzierte Künzler (gp). Die beiden MCG-Kandidaten lagen auf den Plätzen neun und zehn und hatten gut 10'000 Stimmen Rückstand auf Künzler. Der SVP-Kandidat Nidegger blieb chancenlos. Mit Künzler und Rochat sind neu zwei Frauen im Genfer Staatsrat vertreten.

Tous les membres du gouvernement sortant ont déposé leur candidature pour un mandat supplémentaire, à l’exception de la directrice des Finances, Martine Brunschwig Graf (pl), qui avait annoncé sa démission suite à son élection au Conseil national, et de Carlo Lamprecht (pdc), chef du Département de l’économie. Sur la liste de l’Entente bourgeoise figuraient les noms de quatre personnes: ceux des conseillers d’État Pierre-François Unger (pdc) et Micheline Spoerri (pl), celui de Mark Muller, qui voulait défendre le deuxième siège libéral, et celui de François Longchamp, président cantonal des radicaux, qui est entré en lice afin que son parti soit à nouveau représenté au gouvernement, après en avoir été exclu il y a quatre ans. Le démocrate-chrétien Pierre-Louis Portier, qui voulait défendre le deuxième siège de son parti au gouvernement, avait retiré sa candidature après la défaite du PDC aux élections au Grand Conseil. La gauche a fait campagne avec ses trois conseillers d’État Charles Beer (ps), Laurent Moutinot (ps) et Robert Cramer (pe), et, pour compléter la liste, le secrétaire du parti cantonal des Verts et membre du Grand Conseil, David Hiler. L’Union démocratique du centre s’est engagée avec deux candidats, dont le conseiller national André Reymond, tandis que le Mouvement des Citoyens genevois, un regroupement nationaliste d’anciens membres de presque tous les partis, a désigné Eric Stauffer comme candidat, après son succès aux élections au parlement.

À la mi-novembre, les citoyennes et citoyens genevois ont opté, avec un des taux de participation électorale les plus élevés depuis plus de soixante ans (45,9%), pour une majorité «verte-gauche» au Conseil d’État (au parlement, les partis bourgeois ont gardé une courte majorité). Le chef du Département de la santé, le démocrate-chrétien Pierre-François Unger, a obtenu le meilleur résultat, suivi par les deux écologistes, le directeur des transports Robert Cramer, et son colistier David Hiler. Viennent ensuite le radical François Longchamp, puis le chef du Département de l’éducation Charles Beer (ps), le libéral Mark Muller et l’autre socialiste à l’exécutif, le chef du Département des constructions, Laurent Moutinot. La libérale Micheline Spoerri n’a pas été réélue; la directrice du Département de la police a subi de vives critiques à cause de sa gestion des manifestations du G8 en 2003. C’est la deuxième fois de son histoire que le canton sera ainsi gouverné par une majorité de gauche (2 PE, 2 PS, 1 PDC, 1 PL, 1 PRD). En 1933, les socialistes l’avaient obtenue sous la direction de Léon Nicole, après que l’armée eut tiré sur des manifestants. Selon la presse, le bon résultat des écologistes symbolise le désaccord de la population genevoise avec la politique polarisée du canton; les Verts, qui ont gagné un deuxième siège, sont en effet perçus comme un parti à la politique pragmatique et éloigné de considérations purement idéologiques.

Nach 155-jähriger Mitgliedschaft im siebenköpfigen Staatsrat ist die FDP, der grand vieux parti, nicht mehr in der Genfer Kantonsregierung vertreten. Bisher waren mit dem Linksliberalen Guy-Olivier Segond und dem Rechtsbürgerlichen Gérard Ramseyer beide Flügel des Freisinns integriert. Nachdem die FDP Segond zu einem Verzicht auf eine weitere Amtsperiode hatte bewegen können, schlug sie mit der Nomination von Pierre Kunz, dem Direktor des Centre commercial von Balexert, einen prononciert rechtsbürgerlichen Kurs ein. Die Liberalen schickten zwei Frauen, Staatsrätin Martine Brunschwig Graf und Micheline Spoerri, ins Rennen. Für die CVP kandidierten Staatsrat Carlo Lamprecht und Pierre-François Unger. Nach dem schlechten Abschneiden der FDP in den Parlamentswahlen einigten sich die Bürgerlichen auf eine gemeinsame Fünferliste mit nur einem Freisinnigen, dem Bisherigen Ramseyer. Seine parteiinternen Mitbewerber, Nationalrat John Dupraz und der im Frühjahr provisorisch nominierte Kunz, blieben an der FDP-Delegiertenversammlung chancenlos. Die bei den Parlamentswahlen siegreiche SVP verzichtete auf eine Nominierung, weil sie keinen geeigneten Bewerber finden konnte. Die Linke kandidierte auf einer gemeinsamen Liste mit ihren Regierungsmitgliedern Micheline Calmy-Rey (sp), Laurent Moutinot (sp) und Robert Cramer (gp) sowie mit Erica Deuber Ziegler von der Linksallianz.

Im November wählten Genferinnen und Genfer bei einer Beteiligung von 43% eine weiterhin bürgerlich dominierte Exekutive. Das beste Resultat erreichte jedoch mit 59'000 Stimmen die Sozialdemokratin Micheline Calmy-Rey. Platz zwei belegte Carlo Lamprecht (cvp), Platz drei der Grüne Robert Cramer. Der Neue Pierre-François Unger (cvp) schaffte auf Anhieb den vierten Rang. Danach folgten die Bisherigen Laurent Moutinot (sp) und Martine Brunschwig Graf (lp) sowie die Neue Micheline Spoerri (lp). Der Freisinnige Gérard Ramseyer landete weit abgeschlagen, mit 8000 Stimmen Rückstand auf Erica Deuber Ziegler von der Alliance de Gauche auf dem letzten Platz und wurde abgewählt. Die Affären in den kantonalen Betreibungs- und Konkursämtern und die Neuausrichtung seiner Partei waren ihm offenbar zum Verhängnis geworden.

Im Kanton Genf, wo die bürgerlichen Parteien vier Jahre zuvor dank eines zerstrittenen Linksblocks sämtliche Regierungssitze erobern konnten (3 LP, 2 CVP, 2 FDP), kündigten sich spannende Wahlen an. Die Frage lautete dabei spätestens nach der Präsentation einer bürgerlichen Fünferliste nicht mehr, ob das "homogene" Regierungsmodell beibehalten wird, als vielmehr, ob die Bürgerlichen die Regierungsmehrheit retten können. Denn das Versprechen einer gradlinigen bürgerlichen Politik hatte sich als uneinlösbar erwiesen; die Regierung war wiederholt in Volksabstimmungen gescheitert. Ausserdem war sie insbesondere in Fragen der Finanzpolitik uneinig. Zusätzliche Spannung erhielten die Wahlen durch die freiwilligen Rücktritte von Olivier Vodoz (lp) und Jean-Philippe Maitre (cvp) und die zwei unfreiwilligen Rücktritte von Philippe Joye (cvp) und Claude Haegi (lp). Joye wurde nach privaten Vorkommnissen die Unterstützung seiner Partei und der Liberalen entzogen. Haegi wurde von seiner Partei fallengelassen. Diese hatte zuvor auf einer Dreierliste bestanden und neben den Bisherigen Haegi und Martine Brunschwig Graf auch Michel Balestra zum Kandidaten nominiert. CVP und FDP, die - auch angesichts der bürgerlichen Wahlverluste bei den Parlamentswahlen - eine gemeinsame Fünferliste (2 LP, 2 FDP, 1 CVP) wollten, um sich nicht Hegemonieansprüche vorwerfen lassen zu müssen, zeigten sich verärgert und drohten mit einer eigenen Liste. Drei Wochen vor der Wahl lenkten die Liberalen auf einen Zweiervorschlag ein, opferten aber den eher im Hintergrund agierenden Haegi zugunsten des radikal auftretenden und Bankkreisen nahestehenden Balestra. Anders als die Rechte trat die Linke diesmal geschlossen auf. Die SP liebäugelte zwar mit drei Kandidaturen, schliesslich stimmte sie aber einer gemeinsamen Fünferliste zu, auf der je zwei Kandidaten der SP und der Linksallianz (PdA, Solidarités und unabhängige Sozialisten) sowie ein Grüner vertreten waren. Der frühere SP-Stadtrat und heutige Nationalrat Christian Grobet, der 1993 massgeblich zum Ausschluss der Linken aus der Regierung beigetragen hatte, kandidierte für die Linksallianz.

Die Stimmbeteiligung war mit gut 48% ungewöhnlich hoch und führte zu Überraschungen und einer völlig veränderten Regierungszusammensetzung (2 FDP, 2 SP, 1 CVP, 1 GP, 1 LP). Die Bürgerlichen konnten die Regierungsmehrheit mit vier Sitzen aber retten. Das beste Resultat erreichte Guy-Olivier Segond (fdp), knapp gefolgt von den beiden SP-Kandidaten Micheline Calmy-Rey und, mit grossem Abstand, Laurent Moutinot. Damit eroberte die SP ihre 1993 verlorenen zwei Regierungssitze zurück. Platz vier belegte Gérard Ramseyer (fdp), womit die Freisinnigen ihre beiden Bisherigen problemlos durchbrachten. Überraschend folgte danach der Kandidat der Grünen, Anti-AKW-Anwalt Robert Cramer, was den Grünen erstmals den Einzug in die Genfer Regierung bescherte. Er schlug sogar die Bisherige Brunschwig Graf (lp), die auf dem enttäuschenden sechsten Platz landete. Den letzten zu vergebenden Regierungssitz konnte überraschend Carlo Lamprecht für die CVP retten. Der Partei, die im voraus auf einen ihrer beiden bisherigen Sitze verzichtet hatte, war allgemein das Ausscheiden aus der Regierung vorausgesagt worden. Die Kandidatin der Links-Allianz, Erica Deuber-Pauli, verlor auf Lamprecht über 2000 Stimmen. Die grossen Verlierer dieser Wahlen waren die Liberalen, die als stärkste Partei im Grossen Rat zwei ihrer drei Regierungssitze verloren. Die Wähler goutierten ihr Wahlscharmützel offensichtlich nicht.

Damit ging das erstmals in einem Kanton mit einer relativ starken Linken gestartete Experiment einer bürgerlichen Koalitionsregierung nach vier Jahren zu Ende, und Genf kehrte vom Konkurrenz- zum Konkordanzmodell zurück. Dass die kompromisslos auftretenden Grobet und Balestra abgeschlagen auf den Plätzen neun und zehn landeten, zeigt auf, dass die Wähler der Grabenkämpfe müde waren und eine Regierung der Mitte wünschten. Nach Vorbild der französischen Nachbarn boten sie aber Hand zu einem neuen Experiment: einer Kohabitation von bürgerlicher Exekutive und linker Legislative.