Im April 2020 hatte der Kanton Neuenburg eine Standesinitiative zum Freihandelsabkommen mit dem Mercosur eingereicht, die grundsätzlich einer älteren Standesinitiative des Kantons Genf (Kt. Iv. 19.313) entsprach. Der Bundesrat wurde in der Initiative dazu aufgefordert, zu überprüfen, ob das Abkommen nicht dem fakultativen Referendum unterstellt werden müsste. Das Abkommen verfüge über sehr schwache Kontroll- und Sanktionsmechanismen im Falle einer Verletzung von sozial- und umweltpolitischen Verpflichtungen, argumentierte das Neuenburger Parlament. Es war davon überzeugt, dass der Schweizer Agrarsektor durch das Abkommen unter Druck geraten würde, weil das FHA nicht zur nachhaltigen Entwicklung der Land- und Ernährungswirtschaft in der Schweiz beitrage. Es sei zentral, dass die Schweizer Bevölkerung über ein derart wichtiges Abkommen abstimmen könne, argumentierte das Neuenburger Parlament.
Die APK-SR prüfte die Standesinitiative im August 2021 und beantragte mit 10 zu 1 Stimmen, der Initiative keine Folge zu geben. Wirtschaftsminister Parmelin habe der Kommission bereits im Februar 2020 versprochen, dass das WBF dem Gesamtbundesrat empfehlen werde, das Abkommen dem fakultativen Referendum zu unterstellen. Dies entspreche der seit August 2019 kommunizierten Praxis in Bezug auf Standardabkommen, so die Kommission. Folglich beantragte Kommissionssprecher Müller (fdp, LU) im Ständerat während der Herbstsession 2021 die Ablehnung der Standesinitiative. Die kleine Kammer gab der Initiative daraufhin keine Folge.

Im September 2019 reichte der Grosse Rat des Kantons Genf eine Standesinitiative zu einem Referendum über das Freihandelsabkommen mit dem Mercosur ein. Darin wird die Bundesversammlung aufgefordert, ein fakultatives Referendum über das Freihandelsabkommen, das planmässig im Verlauf des Jahres 2020 durch das Parlament ratifiziert werden sollte, zuzulassen. Der Grosse Rat begründete die Initiative damit, dass das im August 2019 abgeschlossene Abkommen nur unzureichende Kontroll- und Sanktionsmechanismen biete. Zudem gäbe es keine Garantie für die Bekämpfung von Abholzung und den Schutz der lokalen Landwirtschaft.

Die APK-SR entschied im Februar des darauffolgenden Jahres mit 9 zu 2 Stimmen (bei einer Enthaltung), der Initiative keine Folge zu geben. Dabei war die Kommission der Forderung gegenüber keineswegs abgeneigt. Doch der zuständige Departementsvorsteher – Bundesrat Parmelin – versicherte, dass sein Departement gegenüber dem Parlament beantragen werde, das Abkommen dem fakultativen Referendum zu unterstellen. Dies entspräche der im August 2019 beschlossenen Praxis, wonach derartige Standardabkommen dem fakultativen Staatsvertragsreferendum unterstehen.

Der Ständerat beschloss in der Frühjahrssession 2020 mit 29 zu 8 Stimmen (bei 2 Enthaltungen), der Initiative keine Folge zu geben. Eine ausführlichere Debatte wurde dadurch verhindert, dass sich der finale Abkommenstext zum Zeitpunkt der Ratsversammlung noch in rechtlicher Prüfung befand und somit nicht bekannt war. Ebenfalls keine Folge gegeben wurde der gleichzeitig in der Kommission geprüften Standesinitiative des Kantons Jura (Kt. Iv. 19.302).