Am 4. Dezember wählte die Vereinigte Bundesversammlung die Nachfolgerin für Ruth Dreifuss. Die Fraktionen der CVP und der FDP hatten beide offiziellen Bewerberinnen der SP als wählbar taxiert, ohne aber einer von ihnen der Vorzug zu geben. Im ersten Wahlgang erzielte Calmy-Rey mit 80 Stimmen das beste Resultat, gefolgt vom SVP-Kandidaten Bortoluzzi (69 Stimmen) und der zweiten sozialdemokratischen Bewerberin Lüthi (61). Die beiden im Vorverfahren von der SP nicht berücksichtigten Pesenti und Studer erhielten 15 resp. 11 Stimmen und schieden in den folgenden zwei Wahlgängen aus. Im vierten Wahlgang wurde Bortoluzzi als Letztplatzierter eliminiert. Seine Stimmenzahl in den Wahlgängen zwei bis vier (zwischen 56 und 59 Stimmen) lag nur wenig über der Fraktionsstärke der SVP (51). Nachdem SVP-Präsident Maurer nochmals gegen die Nichtberücksichtigung des Proporzanspruchs seiner Partei und vor allem gegen die Unterstützung einer linken Kandidatin durch die beiden anderen bürgerlichen Regierungsparteien protestiert hatte, wählte die Bundesversammlung im fünften Wahlgang die Genferin Micheline Calmy-Rey zur neuen Bundesrätin. Bei einem absoluten Mehr von 100 Stimmen hatte sie deren 131 erhalten; Ruth Lüthi kam auf 68. Die SVP-Fraktion hatte praktisch geschlossen leer eingelegt. In den Medien vom folgenden Tag wurde die SVP dafür, und dass sie die vom Fernsehen direkt übertragene Bundesratswahl zu einem Propagandaanlass für die Nationalratswahlen vom Herbst 2003 gemacht habe, heftig kritisiert.