Der Nationalrat befasste sich in der Herbstsession 2022 als Erstrat mit der Biodiversitätsinitiative sowie mit dem indirekten Gegenvorschlag. Die umfassende Vorlage wurde während drei Sitzungen und in über 160 Wortmeldungen diskutiert. Als erstes wurden das Volksbegehren und der Gegenvorschlag von den Kommissionssprechern Matthias Jauslin (fdp, AG) und Christophe Clivaz (gp, VS) vorgestellt. Matthias Jauslin betonte die Wichtigkeit einer intakten Biodiversität für das Wohlergehen der Bevölkerung, aber auch der Wirtschaft. Leider sei rund ein Drittel der bekannten Tier-, Pflanzen- und Pilzarten in der Schweiz vom Aussterben bedroht – und dies, obwohl die Schweiz seit 2012 über die Biodiversitätsstrategie und den dazugehörigen Aktionsplan verfüge. Da die bislang unternommenen Anstrengungen nicht genügten, um dem Schwinden der Biodiversität Einhalt zu gebieten, brauche es nun griffige Massnahmen. Der Kommissionsmehrheit ginge die Volksinitiative dabei jedoch zu weit, sie schränke insbesondere den Handlungsspielraum von Bund und Kantonen zu stark ein. Die UREK-NR setze daher mehrheitlich auf den Gegenvorschlag in Form einer Änderung des NHG. Daran anschliessend bat Ursula Schneider Schüttel (sp, FR), Präsidentin von Pro Natura und Mitglied des Initiativkomitees, um Unterstützung für ihren Minderheitsantrag, der die Annahme der Volksinitiative empfehlen wollte. Schneider Schüttel liess es dabei jedoch bei einem allgemeinen Votum bleiben und ging nicht auf die Unterschiede zwischen Volksinitiative und Gegenvorschlag ein. Michael Graber (svp, VS) hingegen votierte mit seinem Minderheitsantrag dafür, die Initiative zur Ablehnung zu empfehlen und nicht auf den Gegenvorschlag einzutreten. Graber vertrat die Ansicht, dass die Biodiversität in der Schweiz nicht schlecht dastehe. Initiative und Gegenvorschlag seien daher gar nicht notwendig. Falls die Initiative oder der Gegenvorschlag angenommen werde, würden insbesondere die Landwirtschaft und die Energieproduktion darunter leiden, so Graber.

Danach folgten die Voten der Fraktionen:
Die Grünen sprachen sich sowohl für die Initiative als auch für den Gegenvorschlag aus. Während Delphine Klopfenstein (gp, GE) darauf hinwies, dass die Klimakrise und der Biodiversitätsverlust zusammen angegangen werden müssten, betonte Bastien Girod (gp, ZH), dass für die Grünen insbesondere die Steigerung der Qualität in ohnehin bereits geschützten Gebieten sowie die Vernetzung der Lebensräume im Zentrum stehe.
Auch die SP-Fraktion unterstützte beide Projekte. Martina Munz (sp, SH) unterstrich, dass die Landwirtschaft auf die Biodiversität angewiesen sei, da diese die Bodenfruchtbarkeit und die Bestäubung sichere und damit erst die Ernährungssicherheit garantiert werden könne.
Die GLP-Fraktion unterstützte die Initiative teilweise, sprach sich aber geschlossen für Eintreten auf den Gegenvorschlag aus. Roland Fischer (glp, LU) bemängelte, dass die Schweiz bislang quasi tatenlos zugesehen habe, wie die Biodiversität immer weiter abgenommen habe. Die Schweiz stehe im internationalen Vergleich sehr schlecht da. Folglich müssten die entsprechenden finanziellen Mittel für den Erhalt der Biodiversität bereitgestellt werden, da ein weiterer Verlust an Biodiversität die Schweiz viel teurer zu stehen kommen werde.
Die FDP.Liberale-Fraktion hingegen unterstützte den indirekten Gegenvorschlag mehrheitlich, wie Susanne Vincenz-Stauffacher (fdp, SG) ausführte. Allerdings sei bei der Ausgestaltung des NHG darauf zu achten, dass die Zielkonflikte, insbesondere zwischen der Produktion erneuerbarer Energien und dem Schutz der Biodiversität, immer durch eine umfassende Güterabwägung, die auch die Interessen der Wirtschaft miteinbeziehe, gelöst würden. Die Initiative lehnte die Fraktion mit dem Verweis ab, dass dadurch praktisch die ganze Schweiz unter Schutz gestellt würde.
Die Mitte-Fraktion zeigte sich ähnlich wie die FDP-Fraktion gespalten bei der Haltung zum Gegenvorschlag; die Initiative lehnte sie ab. Wie Priska Wismer-Felder (mitte, LU) ausführte, würde die Initiative dazu führen, dass die Produktion von Nahrungsmitteln eingeschränkt würde, was die Versorgungssicherheit in Frage stellen würde. Beim Gegenvorschlag stosse insbesondere das Flächenziel von 17 Prozent an Flächen, die dem Schutz von Lebensräumen und Arten dienen (so genannte Kerngebiete), auf Widerstand in ihrer Fraktion. Sie bemängelte zudem, dass «die Flächen, auf denen heute schon aktive Biodiversitätsförderung betrieben wird, [...] den 17 Prozent Kerngebiet nicht angerechnet werden» könnten. Eine Minderheit der Mitte-Fraktion gehe jedoch davon aus, dass der Gegenvorschlag die Biodiversität fördere, ohne die Versorgungssicherheit in den Bereichen Ernährung und Energie zu schwächen.
Die SVP-Fraktion lehnte schliesslich sowohl die Initiative als auch den Gegenvorschlag ab. Pierre-André Page (svp, FR) bezeichnete die Initiative als extrem und sprach von einer Diktatur der Biodiversität auf Kosten der Landwirtschaft und der Energie. Aber auch der Gegenvorschlag sei abzulehnen, zumal er teilweise sogar weiterginge als die Initiative.
Auch Umweltministerin Sommaruga äusserte sich in ihrem Eintretensvotum zu diesem – für sie – vermeintlichen Widerspruch. Sommaruga zeigte sich erstaunt, dass versucht werde, den Schutz der Biodiversität gegen die Landwirtschaft auszuspielen, da diese sich doch gegenseitig bedingten.
Bevor der Rat zur Detailberatung überging, wurde der Nichteintretensantrag Graber mit 106 zu 78 Stimmen bei 4 Enthaltungen abgelehnt. Die geschlossen stimmende SVP-Fraktion, eine Mehrheit der Mitte-Fraktion sowie einzelne Mitglieder der FDP-Fraktion stimmten gegen Eintreten.

Anschliessend befasste sich der der Rat in einem ersten Block der Detailberatung mit den Themen hohe Baukultur und ökologische Infrastruktur.
Zuerst stimmte der Nationalrat einer Minderheit Müller-Altermatt (mitte, SO) zu, welcher den Begriff «Schönheit» aus dem Zweckartikel streichen wollte. Andere Minderheiten, wie etwa diejenige von Michael Graber zur Entfernung der Vernetzung der für Tiere und Pflanzen wichtigen Lebensräume aus dem Zweckartikel, fanden keine Mehrheit. Graber hatte vergeblich argumentiert, dass ein «Netz von grünen Korridoren, von grünen Autobahnen» keinen Platz mehr für die Menschen übrigliesse. Sodann beschloss der Nationalrat stillschweigend, der Kommission zu folgen und die Bestimmungen zur hohen Baukultur aus dieser Vorlage zu streichen und in einer Motion (22.3892) anzugehen. Diese Motion forderte den Bundesrat dazu auf, gesetzliche Bestimmungen zur Förderung der Baukultur im Rahmen der nächsten Kulturbotschaft 2025-2028 vorzuschlagen. Der Bundesrat hatte dieses Vorgehen der Auslagerung und die Motion zuvor unterstützt.
Im Anschluss stimmte der Rat über einen viel diskutierten Minderheitsantrag II Jauslin ab, welcher im Artikel über die ökologische Infrastruktur den festen Prozentsatz an Kerngebieten an der Landesfläche streichen wollte und stattdessen dafür plädierte, die Definition von Kerngebieten dem Bundesrat zu überlassen. Dieser solle dabei neben den Biotopen von nationaler Bedeutung auch so genannte Biodiversitätsgebiete von nationaler Bedeutung bezeichnen und die Ziele für diese Gebiete festlegen können. Die Kantone sollen gemäss Jauslin die zur Erreichung der Ziele notwendigen Massnahmen ergreifen und die Umsetzung sicherstellen. Ursula Schneider Schüttel legte als Sprecherin dieser Minderheit dar, dass eine Nutzung dieser Biodiversitätsgebiete und Vernetzungsgebiete durch die Landwirtschaft nicht ausgeschlossen sei. Auch könnten in diesen Gebieten alternative Energieerzeugungsanlagen betrieben werden. Die Kommissionsmehrheit wollte hingegen eine abschliessende Liste an Gebieten festlegen, welche als Kerngebiete kategorisiert werden können. Bundesrätin Sommaruga zeigte sich offen gegenüber dem Minderheitsantrag Jauslin, zumal damit womöglich gewisse Abwehrreflexe gegenüber dem fixen Flächenziel von 17 Prozent gestoppt werden könnten. In den Abstimmungen obsiegte der Antrag II Jauslin gegenüber der Kommissionsmehrheit und auch gegenüber zwei weiteren Minderheiten und einem Einzelantrag Müller-Altermatt. Diese Minderheitsanträge hatten einen Anteil der Kerngebiete an der Landesfläche von 30 Prozent (Klopfenstein Broggini), die Bekämpfung der Vergandung und Verwaldung der Landwirtschaftsflächen (Graber) sowie eine bessere Honorierung der Leistungen der Landwirtschaft (Müller-Altermatt) gefordert.

In einem zweiten Block der Detailberatung wurden weitere Änderungen des NHG sowie anderer Erlasse diskutiert. Dabei blieben alle Minderheitsanträge bis auf einen erfolglos. So lehnte der Rat etwa die erneut geforderte Streichung der Vernetzung von Schutzgebieten – dieses Mal der Biotope von nationaler Bedeutung – ab (Minderheit Rüegger; svp, OW) und konnte sich auch nicht für das Verbot der Übertragung von Vollzugsaufgaben an Private erwärmen (Minderheit Rösti; svp, BE). Abgelehnt wurde aber auch ein Antrag von links-grüner Seite, welcher die Vernetzung für bedrohte und prioritäre Tier- und Pflanzenarten stärker fördern wollte (Minderheit Clivaz). Hingegen vermochte sich die Minderheit Schneider Schüttel mit ihrem Anliegen, auch die Biotope von regionaler Bedeutung in den ökologischen Leistungsnachweis aufzunehmen, mit Stichentscheid von Ratspräsidentin Kälin (gp, AG) knapp durchzusetzen. Der Mehrheit folgend angenommen wurde sodann eine Ergänzung des JSG, wonach der Bundesrat im Einvernehmen mit den Kantonen Wildtierkorridore von überregionaler Bedeutung bezeichnen kann; diese dienen der grossräumigen Vernetzung der Lebensräume der Wildtiere.

In der Gesamtabstimmung sprach sich die grosse Kammer mit 104 zu 83 Stimmen bei 5 Enthaltungen für den Entwurf des indirekten Gegenvorschlags aus. Dagegen votierten die geschlossen stimmende SVP-Fraktion, eine Mehrheit der Mitte-Fraktion sowie einzelne Mitglieder der FDP.Liberalen-Fraktion. Bei der Abstimmung zur Volksinitiative sprach sich der Rat mehrheitlich dafür aus, die Initiative zur Ablehnung zu empfehlen (101 zu 72 Stimmen bei 19 Enthaltungen), wobei ähnliche Koalitionen zu beobachten waren wie bei der Abstimmung zum indirekten Gegenvorschlag; die Enthaltungen stammten zu einem grossen Teil von der GLP-Fraktion. Zudem verlängerte der Nationalrat die Behandlungsfrist für die Volksinitiative bis zum 8. März 2024.

Mitte Januar 2021 startete mit Medienkonferenzen sowohl seitens des Initiativkomitees als auch des Bundesrats der Abstimmungskampf zur Volksinitiative «Ja zum Verhüllungsverbot». In den zwei darauffolgenden Monaten bis zum Abstimmungstermin am 7. März 2021 war das Thema Verhüllungsverbot in der Presse praktisch täglich präsent. Wie die Zeitungs- und Inserateanalyse zeigte, erhielt die Volksinitiative im angegebenen Zeitraum deutlich mehr Medienaufmerksamkeit als die beiden anderen Abstimmungsvorlagen vom 7. März, das E-ID-Gesetz und das Freihandelsabkommen mit Indonesien. Obgleich über das Verhüllungsverbot sehr viel debattiert wurde, gab es weder für noch gegen die Initiative eine nennenswerte Inseratekampagne. Dies ging mit einer komplexen Gemengelage in der intensiv geführten Debatte einher: Die Grenze zwischen dem befürwortenden und dem ablehnenden Lager war äusserst diffus; praktisch in jeder Partei oder gesellschaftlichen Gruppierung, die ihren Standpunkt kundtat, gab es gewichtige Stimmen, die sich für die jeweils gegnerische Seite starkmachten. Neben dem Egerkinger Komitee, das die Initiative lanciert hatte, und der SVP, die sie im Parlament unterstützt hatte, stand auf der Pro-Seite etwa auch ein Mitte-links-Komitee aus der Westschweiz, in dem sich unter anderen GLP-Nationalrätin Isabelle Chevalley (VD), der Genfer FDP-Grossrat Jean Romain, der Berner SP-Grossrat Mohamed Hamdaoui und alt-CVP-Nationalrätin Marlyse Dormond Béguelin (VD) für das Verhüllungsverbot engagierten. Ferner warb ein überparteiliches Frauenkomitee um die Nationalrätinnen Marianne Binder-Keller (mitte, AG) und Monika Rüegger (svp, OW) sowie die Präsidentin des Forums für einen fortschrittlichen Islam Saïda Keller-Messahli für die Initiative. Für ein Nein plädierten indes alle grossen Parteien ausser der SVP – allerdings keineswegs geschlossen –, ein parlamentarisches Komitee unter der Federführung von FDP-Ständerat Andrea Caroni (AR), der Schweizer Tourismusverband, mehrere Frauenverbände und Frauenstreikkomitees sowie diverse Akteure, die sich selbst als liberal verstanden oder sich für die Religionsfreiheit einsetzten, darunter die Operation Libero, Amnesty International und verschiedene religiöse Organisationen. Die grossen Abwesenden im Abstimmungskampf waren die direkt Betroffenen, die Nikabträgerinnen selber. Wie der Tages-Anzeiger berichtete, lag das jedoch nicht daran, dass man sie nicht hätte zu Wort kommen lassen, sondern dass sie sich – abgesehen von zwei Interviews während der gesamten Kampagne – nicht äussern wollten. Nach gemäss eigenen Angaben monatelanger Suche blieb der Zeitung deshalb nichts als die Erkenntnis, «dass verhüllte Frauen in der Schweiz nicht nur Körper und Gesicht verstecken, sondern unsichtbar und stumm bleiben».

Argumentativ bewegte sich der Abstimmungskampf auf verschiedenen Ebenen, wobei die Befürwortenden und die Gegnerschaft über weite Strecken dieselben Punkte vorbrachten, sie aber unterschiedlich interpretierten und daher zu gegenteiligen Schlüssen kamen. Neben der Islamdebatte und der Grundrechtsdiskussion wurde von beiden Seiten aus feministischer, sicherheitspolitischer, staatspolitischer und empirischer Warte argumentiert. Wenngleich der Initiativtext keinen Bezug zur islamischen Gesichtsverschleierung herstellte, war beiden Seiten klar, dass sie sich vor allem gegen jene richtete. In der Presse war daher meist vom «Burkaverbot» oder von der «Anti-Burka-Initiative» die Rede, obwohl in der Schweiz – wenn überhaupt – ausschliesslich der Nikab zu sehen sei, wie eine im Abstimmungskampf viel zitierte Studie der Universität Luzern feststellte. Während das Contra-Lager die Initiative als anti-islamisch und diskriminierend gegenüber Musliminnen verstand, sah die Pro-Seite sie als Mittel zum Kampf gegen den radikalen Islam und den Islamismus. Die Religionsfreiheit der Musliminnen tangiere die Initiative nicht, weil die Verschleierung nicht vom Islam verlangt werde, sondern ein kultureller Ausdruck für die Unterdrückung der Frau sei; sie könne daher nicht als Ausübung der persönlichen Freiheit gewertet werden. Vielmehr sei die Vollverschleierung sexistisch und entwürdigend, weil sie die Frauen im öffentlichen Leben unsichtbar mache und entmenschliche. Die muslimischen Frauen müssten davor bewahrt werden, weil sie sich mit Gesichtsschleier nicht in die Schweizer Gesellschaft integrieren könnten. Die Gegenseite betonte, dass sich die Nikabträgerinnen in der Schweiz in der Regel aus religiöser Überzeugung freiwillig verschleierten und nicht befreit werden müssten – im Gegenteil: Soziologische Studien aus Frankreich zeigten, dass die Verschleierung von den strenggläubigen Musliminnen im westlichen Kulturkreis als antikonformistischer, emanzipatorischer Akt verstanden werde. In Frankreich habe das Verbot den Gesichtsschleier sogar populärer werden lassen, weil er jetzt auch als Ausdruck des Protests getragen werde. Zudem sei es sexistisch und paternalistisch, den Frauen vorzuschreiben, wie sie sich zu kleiden hätten und ihnen die freie Entscheidung für den Schleier nicht zuzutrauen. Falls eine Frau den Schleier tatsächlich unter Zwang trage, kriminalisiere das Verbot überdies das Opfer und wirke kontraproduktiv, indem es die betroffenen Frauen zuhause einsperre und erst recht aus der Gesellschaft ausschliesse. Dass es gemäss der Studie der Universität Luzern in der Schweiz nur 20 bis 30 vollverschleierte Frauen gebe, gab dem ablehnenden Lager Anlass, das Anliegen als unnötige Symbolpolitik zu bezeichnen. Für die Befürworterinnen und Befürworter war die Gesichtsverhüllung jedoch eine Prinzipienfrage und auch in noch so kleinen Zahlen nicht tolerierbar. Sie sahen sich im Motto «Wehret den Anfängen» bestärkt und forderten, jetzt zu handeln, solange es noch nicht zu spät sei.

Weiter hob die Pro-Seite hervor, dass die Identifizierbarkeit von Personen sicherheitsrelevant sei. Das Verhüllungsverbot schütze die Gesellschaft somit auch vor vermummten Kriminellen wie zum Beispiel Hooligans oder gewalttätigen Demonstrierenden. Dem setzte die Gegenseite entgegen, dass es in fünfzehn Kantonen bereits verboten sei, sich bei Demonstrationen und Sportveranstaltungen zu vermummen. (Als erster Kanton hatte Basel-Stadt 1990 ein solches Verbot eingeführt.) Ausserdem verhindere das Verhüllungsverbot – anders als von den Initianten schon bei der medienwirksamen Lancierung der Initiative suggeriert – keine Terroranschläge. Dafür brauche es strafrechtliche und präventiv-polizeiliche Massnahmen, denn allein durch ein Verhüllungsverbot würden radikalisierte Islamisten und Islamistinnen «nicht plötzlich zurück in die Mitte der Gesellschaft finden», wie es der «Sonntags-Blick» formulierte. In anderen Kontexten, etwa in winterlicher Kälte, an der Fasnacht oder in der Pandemiesituation, sei die Verhüllung zudem auch für die Initiantinnen und Initianten kein Problem, wie die im Initiativtext enthaltenen Ausnahmen zeigten.

Auf der staatspolitischen Ebene drehte sich die Diskussion um die Frage, ob das Verhüllungsverbot in die Bundesverfassung gehöre. Während die Contra-Seite es ablehnte, Kleidervorschriften in die Verfassung zu schreiben, sah das Pro-Lager dies als gerechtfertigt an, weil es eben nicht um eine blosse Kleidervorschrift gehe, sondern um einen Grundsatz der liberalen und demokratischen Gesellschaft: In der Öffentlichkeit das Gesicht zu zeigen und dasjenige des Gegenübers zu sehen, sei fundamental für das Zusammenleben. Diese Begründung hatte auch den EGMR von der menschenrechtlichen Zulässigkeit des Verhüllungsverbots in Frankreich überzeugt, als dieses in Strassburg vergeblich angefochten worden war. Darüber, ob die seit Monaten geltende Maskenpflicht aufgrund der Corona-Pandemie dieses Argument ad absurdum führe oder ob sie gerade beweise, dass es das Verhüllungsverbot für das Funktionieren der zwischenmenschlichen Beziehungen brauche, wurden sich die beiden Lager nicht einig. Derweil war das gegnerische Lager der Ansicht, es sei gerade höchst illiberal, etwas zu verbieten, das niemandem schade, nur weil es auf Ablehnung stosse. Auch der Bundesrat argumentierte hauptsächlich staatspolitisch: Ein nationales Verhüllungsverbot greife in die Souveränität der Kantone ein, denen die Polizeihoheit obliege. Das Tessin und St. Gallen hätten bereits ein Verhüllungsverbot eingeführt, während andere Kantone ein solches explizit abgelehnt hätten. Diese Entscheide seien zu respektieren. Die Befürwortendenseite argumentierte indessen, dass die Regelung einer solch fundamentalen gesellschaftlichen Frage nicht den Kantonen überlassen werden dürfe. Dass die Gesichtsverhüllung in vielen anderen europäischen Ländern – darunter Belgien, Bulgarien, Dänemark, Frankreich, Lettland und Österreich – und sogar einigen arabischen Staaten wie Ägypten, Marokko, Senegal oder Tunesien verboten – und im Falle von Frankreich das Verbot explizit vom EGMR als menschenrechtskonform bestätigt – sei, wertete die Pro-Seite als Zeichen der Legitimität ihres Anliegens. Sie betonte zudem die guten Erfahrungen, welche die Kantone Tessin und St. Gallen damit gemacht hätten. Weder im Tessin noch in den bei arabischen Gästen beliebten österreichischen Ferienorten habe sich das Verhüllungsverbot negativ auf den Tourismus ausgewirkt, wie es der Tourismusverband befürchtete. Die Contra-Seite hob hingegen hervor, dass im Tessin und in St. Gallen praktisch keine Verstösse gegen das Verbot registriert würden, was bestätige, dass es sich nur um ein Scheinproblem handle. In diesem Zusammenhang war in den Augen der Befürworterinnen und Befürworter auch Justizministerin Karin Keller-Sutter, die sich im Namen des Bundesrats gegen das Verhüllungsverbot aussprach, nicht glaubwürdig, weil sie in St. Gallen als ehemalige Polizeidirektorin genau ebendieses eingeführt habe. Gleichzeitig attestierten die Gegnerinnen und Gegner dem Egerkinger Komitee und der SVP ein Glaubwürdigkeitsproblem, weil sie ihnen ihr Engagement für Frauenrechte nicht abkauften.

Neben der Initiative selbst sorgte auch der indirekte Gegenvorschlag, der bei Ablehnung der Initiative automatisch in Kraft treten würde, für einige Diskussionen. Die Initiativgegnerinnen und -gegner waren der Ansicht, der Gegenvorschlag regle mit der gesetzlichen Pflicht, zur Identifizierung vor Behörden das Gesicht zu zeigen, alles Nötige. Ausserdem leiste er – im Gegensatz zum Verhüllungsverbot – einen tatsächlichen Beitrag an die Stärkung der Frauenrechte und die bessere Integration von ausländischen Frauen in die Gesellschaft. Die Initianten argumentierten hingegen, der Gegenvorschlag löse das eigentliche Problem nicht und wer keine «Gleichstellungsoffensive» («Weltwoche») wolle, müsse mit der Annahme der Initiative den Gegenvorschlag verhindern.

Die durchgeführten Umfragen attestierten der Initiative von Anfang an gute Chancen. Nachdem Ende Januar eine klare Ja-Mehrheit von 63 Prozent (Tamedia) bzw. 56 Prozent (SRF) resultiert hatte, legte die Nein-Kampagne im Folgenden etwas zu. Zwei Wochen vor der Abstimmung bekundeten noch 59 bzw. 49 Prozent der Befragten eine Ja-Stimmabsicht. Während die Parteibasis der SVP durchwegs zu rund 90 Prozent ja stimmen wollte, zeigten sich die Anhängerschaften von FDP, Mitte und GLP gespalten – hier konnte das Nein-Lager im Verlauf der Kampagne Boden gutmachen. Auch im linken Lager traf das Anliegen immerhin bei rund 30 Prozent der Befragten auf Wohlwollen.