Neben den verschiedenen parlamentarischen Vorstössen wurde das Parlament auch mit Untersuchungen seiner Kontrollorgane, konkret der GPK und der FinDel aktiv. Letztere beschäftigte sich mit der Prüfung des Verkaufsprozesses, zudem untersuchte die EFK die Abläufe und Verantwortlichkeiten im BWL.
Im September 2017 gaben die Geschäftsprüfungskommissionen der eidgenössischen Räte bekannt, Fragen zur departementalen Aufsicht und zum Risikomanagement im Rahmen dieser Bundesbürgschaften nachzugehen. Dazu setzten sie eine Arbeitsgruppe unter der Leitung von Yvonne Feri (sp, AG) ein, die den Auftrag erhielt, den Handlungsbedarf seitens der parlamentarischen Oberaufsicht zu prüfen. Die Arbeitsgruppe der GPK überprüfte in der Folge die Aufsicht des WBF über das BWL, des EDA über das eidgenössische Seeschifffahrtsamt (SSA), die Kontrolle des BWL durch die EFK sowie die Information des Gesamtbundesrates.
Im Juni 2018 erschien der Bericht der Geschäftsprüfungskommission der eidgenössischen Räte zu den Hochseeschifffahrts-Bürgschaften. Nach Anhörung des Vorstehers sowie des Generalsekretärs des WBF und gegenwärtiger und ehemaliger Vertretenden des BWL und der EFK und nach Analyse der relevanten rechtlichen Vorgaben und Unterlagen wie Sitzungsprotokollen, Informationsnotizen und Riskmaps aus dem Risikoreporting des Bundes stellten die GPK fest, dass das BWL seine Bringschuld durch verspätete Reaktion auf die Probleme und ungenügende Information des Departements «nicht angemessen erfüllt» habe. Die Hauptverantwortung orteten die GPK jedoch im WBF. Seit 2011 hätten konkrete Hinweise vorgelegen, dass die SCT-SCL-Gruppe in finanziellen Schwierigkeiten sei. Das BWL habe die Probleme heruntergespielt, erst im Juni 2015 habe das WBF den Ernst der Lage begriffen und in der Folge angemessen reagiert. Dennoch seien die Schiffe erst 2017 verkauft worden. Neben Versäumnissen stellten die GPK auch Unregelmässigkeiten fest: So existierten von Amtssitzungen vor 2013 keine Protokolle mehr, obwohl es diese gegeben haben soll; hier liege also ein Verstoss gegen das Archivierungsgesetz vor. Auch die Einsetzung der EFK für die Administrativuntersuchung im Jahr 2016 kritisierte der Bericht; die EFK sei voreingenommen und nicht unabhängig gewesen. Die EFK ihrerseits habe in der Folge das rechtliche Gehör des damaligen BWL-Stabschefs verletzt, indem sie diesen beschuldigt, aber nicht vernommen habe. Der Bericht der EFK durfte in der Folge zum Ärger des Parlaments aufgrund von Einsprachen zweier Personen nicht veröffentlicht werden; die beiden zogen ihre Beschwerde bis ans Bundesverfassungsgericht weiter. Da «die EFK dieses Vorgehen auch heute noch als richtig erachtet und die Problematik bezüglich ihrer fehlenden Unabhängigkeit negiert», bezweifelten die GPK gar die fachliche Eignung der EFK als Untersuchungsorgan für Administrativuntersuchungen.
In der Folge formulierten die GPK acht Empfehlungen an den Bundesrat und luden diesen wie auch die EFK zu Stellungnahmen ein. Die Empfehlungen betrafen eine adäquate Protokollierung, die Überprüfung der Organisationsstruktur des BWL, verschiedene Kriterien und Vorschläge bezüglich Administrativuntersuchungen sowie die Überprüfung des weiteren Vorgehens bezüglich Bürgschaften.
Die Medien griffen in der Folge vor allem eine Aussage von Bundesrat Schneider-Ammann im Bericht auf, gemäss der das Risikomanagement des Amtes sowie des Departements ungenügend gewesen seien. Ihm selbst sowie dem Generalsekretariat des WBF habe das Bewusstsein für die Tragweite der Risiken sowie für das Schadenspotenzial der Hochseeschifffahrtsbürgschaften gefehlt.

Ende März 2017 wurde der Bericht des Bundesrats bezüglich der Umwandlung von Bundesdarlehen an die SIFEM AG in Aktienkapital in Erfüllung eines gleichlautenden Postulats der FK-NR publiziert. Darin wird unter anderem aufgezeigt, dass die SIFEM AG die Kontrolle, Aufsicht und Transparenz der Investitionsförderung des Bundes erhöht, insgesamt eine breite Entwicklungswirkung bezüglich der Schaffung und Erhaltung von Arbeitsplätzen erzielt und allgemein vom Bundesrat, der beratenden Kommission für internationale Zusammenarbeit sowie der OECD positiv beurteilt wird. Die von Bundesrat und Parlament definierten Anforderungen von Gouvernanz, Effizienz, Wirtschaftlichkeit, Mobilisierung von Privatkapital und Risikominderung bedürfen die Form einer Entwicklungsfinanzierungsgesellschaft. Entsprechend seien solche Organisationen weit verbreitet, ihre Bedeutung nehme zudem international zu. Die Umwandlung der Bundesdarlehen in Aktienkapital beseitige schliesslich negative Auswirkungen der Rechnungslegung, reduziere das Wechselkursrisiko, mache die SIFEM AG für private Investoren attraktiver und stärke ihre Zukunftsfähigkeit. Dadurch dass die Umwandlung haushaltsneutral sei, ergäben sich zudem keine Nachteile für den Bund.
Die Finanzkommission des Nationalrats pflichtete nach Kenntnisnahme des Berichts dem Bundesrat bei und sprach sich in einer Konsultivabstimmung mit 14 zu 4 Stimmen bei 2 Enthaltungen für die Umwandlung aus. In der Sommersession lag es am Parlament, den Bericht zur Kenntnis zu nehmen, was zu weiteren Diskussionen über den Nutzen der SIFEM AG sowie ihrer Umwandlung Anlass gab. Kritisch zeigte sich in der Ständeratsdebatte Thomas Minder (parteilos, SH). Dabei beanstandete er nicht die Umwandlung der Bundesdarlehen, sondern stellte den Nutzen der SIFEM AG selbst in Frage. Einerseits sei eine AG dazu da, Gewinn zu erzielen, was bei der Entwicklungshilfe nicht sinnvoll sei. Andererseits sei die SIFEM AG ein „komplizierte[s], kostspielige[s], verschachtelte[s] Konstrukt", dessen hohe Betriebskosten im Jahr 2016 nochmals angestiegen seien. Mit Investitionen in fast 500 Firmen in 72 Ländern sei sie verzettelt und die Übertragung des Portfoliomanagements an die Obviam AG erlaube es dieser, „ihre teuren Portfoliomanager [zu füttern]". Kostengünstiger wäre es stattdessen, diese Gelder der Deza zu geben. Zudem zog Minder Parallelen zur lange Zeit unkritischen Haltung von Bundesrat und Parlament gegenüber den Bürgschaften für Hochseeschiffe. Im Gegenzug betonte Wirtschaftsminister Schneider-Ammann, dass die SIFEM AG mindestens 70 Prozent ihrer Gelder in KMU investiere und somit vor allem unternehmerische Projekte, keine Projekte mit Hilfscharakter, unterstütze. Sie stelle daher ein komplementäres Instrument zur Deza dar. Die Spezialisten der Obviam AG verfügen über Fachkenntnisse und übernehmen die Verwaltung der Portfolios entsprechend den von der SIFEM AG vorgegebenen Richtlinien. Die SIFEM AG kontrolliere die Tätigkeiten der Obviam AG sorgfältig. Die Betriebskosten seien „nicht weit weg" von den Werten der Deza oder vergleichbarer Organisationen anderer Staaten. Die Parallelen zur Hochseeschifffahrt liess der Wirtschaftsminister nur bedingt gelten. So gehe es bei der Schifffahrt um deutlich höhere Beträge pro Unternehmen, da es nur wenige Reeder mit jeweils grossen Anteilen gebe. Wenn hingegen ein von der SIFEM AG unterstütztes Projekt nicht erfolgreich ist, seien die Verluste deutlich geringer und würden die SIFEM AG nicht gefährden.
In der Nationalratsdebatte zeigte sich vor allem Pirmin Schwander (svp, SZ) kritisch gegenüber dem Bericht des Bundesrates. So seien die zentralen Fragen des Postulats nicht beantwortet worden. Zwar erkläre der Bericht die Ziele der SIFEM AG als erreicht, es würden aber keine substanziellen Angaben dazu gemacht, wie viele Arbeitsplätze auch nach dem Rückzug der SIFEM AG erhalten bleiben würden. Zudem sei noch immer nicht klar, ob diese Ziele nicht auch mit Instrumenten der klassischen Entwicklungshilfe erreicht werden könnten. Insgesamt vermutete Schwander, dass dem Bund durch die Umwandlung ein grösseres Risiko entstehen würde als zuvor. Trotz dieser Einwände nahmen beide Räte den Bericht zur Kenntnis.