Bereits im Mai 2016, kurz nach Bekanntwerden der Schwierigkeiten der SCT-SCL-Gruppe, hatte der WBF-Vorsteher Johann Schneider-Ammann die EFK beauftragt, eine Administrativuntersuchung zur Vergabepraxis der Bürgschaften des BWL, zur Vorbereitungen der Erhöhung des Bürgschafts-Rahmenkredits im Jahr 2008, zum Umgang des BWL mit den stark gestiegenen Risiken seit 2008, zu den Mängeln in der Organisation des BWL sowie zu allfälligen Hinweisen auf strafrechtlich relevante Tatbestände durchzuführen. Grund dafür seien verschiedene Hinweise auf Mängel in der Prüfung von Vergaben und Amortisationsstundungen sowie das hohe Schadenspotenzial für den Bund. Im Rahmen des Nachtrags Ia zum Voranschlag 2017 gab das WBF im Oktober 2016 bekannt, dass die EFK «bedeutende Schwachstellen» gefunden habe. Unter anderem seien Abläufe beim BWL bis 2013 nur informell geregelt gewesen, wesentliche Funktionen bis 2012 auf eine Person konzentriert gewesen, sei das interne Kontrollsystem sowie die Kontrolle der Reedereien unzureichend gewesen und neue Bürgschaften, Revalutierungen und Amortisationsstundungen zu wenig kritisch geprüft worden. Das WBF sei nun daran, dieser Kritik mit einem Massnahmenplan zu begegnen.
Kurz darauf machte die Zeitung «Nordwestschweiz» bekannt, dass dieser Bericht der EFK nicht veröffentlicht werden dürfe, weil sich zwei betroffene und im Bericht erwähnte Personen dagegen wehrten, dass sie im Bericht für die Missstände zu den Hochseebürgschaften mitverantwortlich gemacht würden, aber nie angehört worden seien.
Im September 2019 erschien das Urteil des Bundesverwaltungsgerichts zu dieser Anschuldigung. Dieses gab den Klägern recht: Die EFK habe die Kläger nicht angehört und ihnen keine Akteneinsicht gewährt. Da der Anspruch auf rechtliches Gehör Teil der allgemeinen Verfahrensgarantien sei, stelle dies eine schwerwiegende Verletzung ihrer Rechte dar. Damit seien sie in ihren Persönlichkeitsrechten berührt worden. Diese Verletzung könne nachträglich nicht korrigiert werden, weshalb die entsprechenden Personendaten aus dem Bericht gelöscht werden müssten. Die EFK hatte zuvor angegeben, sie habe auf eine Anhörung der betroffenen Personen verzichtet, «um das Strafverfahren nicht zu behindern».

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