Etwa anderthalb Stunden diskutierte der Nationalrat in der Herbstsession 2021 über die Freigabe des zweiten Kohäsionsbeitrags an die EU. Die APK-NR empfehle, den Vorschlag des Bundesrats anzunehmen und mit dem Entscheid einem «konstruktiven Ansatz in der Europapolitik Raum zu geben», teilte Kommissionssprecher Nussbaumer (sp, BL) zu Beginn der Debatte mit. Die Kommission wolle den Bundesbeschluss zur Freigabe der Kohäsionsmilliarde jedoch dahingehend ergänzen, dass Verpflichtungen auf Grundlage des Kohäsionskredits erst eingegangen würden, nachdem der Bundesrat die Finanzierungsbotschaft zur Schweizer Teilnahme an Erasmus plus vorgelegt hat. Um diesen Prozess zu beschleunigen, hatte die APK-NR Anfang September 2021 eine entsprechende Kommissionsmotion eingereicht.
Obwohl sich alle Fraktionen mit Ausnahme der SVP für die Annahme des Bundesbeschlusses aussprachen, benötigten die Mitglieder des Nationalrats in der Folge viel Sitzfleisch, bis sie eine Entscheidung treffen konnten. So wehrte sich die SVP-Fraktion vehement gegen das Anliegen der Kommissionsmehrheit, wobei ihre Mitglieder zahlreiche Fragen an die Rednerinnern und Redner stellten und dem Rat mehrere Minderheitsanträge vorlegten. Thomas Aeschi (svp, ZG) etwa wollte von Kommissionssprecher Nussbaumer wissen, weshalb die APK-NR trotz weiterer Diskriminierungen die Freigabe unterstütze. Er beklagte die fehlende Assoziierung an Horizon Europe und an Erasmus plus sowie die Probleme im gesamten Strombereich und beim Mutual Recognition Agreement (MRA). Nussbaumer erklärte die Entscheidung der Kommission damit, dass man mit dem Entscheid ein neues Kapitel in den bilateralen Beziehungen aufschlagen könne. Zwei Minderheitsanträge von Roger Köppel (svp, ZH) verlangten, nicht auf das Geschäft einzutreten respektive keine Verpflichtungen auf Grundlage des Rahmenkredits einzugehen, bis die Schweiz an Horizon Europe assoziiert sei oder die Börsenäquivalenz wiederhergestellt worden sei. Eine Minderheit Nidegger (svp, GE) wollte die Vorlage an den Bundesrat rücküberweisen und ihn beauftragen, die Kohäsionsmilliarde für die Sanierung der AHV zu verwenden. Franz Grüter (svp, LU) schlug mit seinem Einzelantrag vor, den Beschluss dem fakultativen Referendum zu unterstellen.
Überdies legten die Sprecherinnen und Sprecher aller Fraktionen deren Position ausführlich dar. So warf etwa Sibel Arslan (basta, NR) für die Grüne Fraktion sowohl der Schweiz wie auch der EU vor, Fehler gemacht zu haben, sah den finalen Fehltritt aber auf Schweizer Seite, und zwar im Abbruch der Verhandlungen über das Rahmenabkommen. Die Freigabe der Kohäsionsmilliarde erachtete sie als einen Schritt zur Normalisierung und als Erfüllung eines längst gemachten Versprechens. Da die Motion der APK-NR zur Finanzierungsbotschaft von Erasmus plus bereits angenommen worden war, forderte sie in einem Minderheitsantrag die Streichung der entsprechenden Bedingung. Ähnlich tönte es auch von SP-Sprecher Molina (sp, ZH), der das Ende der Verhandlungen ebenfalls als «verantwortungslos» kritisierte. Auch aus Sicht der GLP sei der Verhandlungsabbruch ein «grosser Fehler» gewesen, meinte Roland Fischer (glp, LU). Die Schweiz profitiere enorm vom europäischen Binnenmarkt und zahle im Verhältnis zu Norwegen sehr wenig für den Zugang. Die FDP setze sich für die Freigabe des Kohäsionsbeitrags ein, um die Negativspirale im Verhältnis zur EU zu durchbrechen, erklärte Christa Markwalder (fdp, BE). Auch sie sprach das überaus günstige Kosten-Nutzen-Verhältnis an, dass die Schweiz im Hinblick auf die Verflechtung mit dem Binnenmarkt aufweise. Eine Verringerung der wirtschaftlichen und sozialen Ungleichheiten wirke sich über die europaweiten Bildungs-, Forschungs- und Kulturkooperationen auch positiv auf die Schweiz aus. Mitte-Nationalrätin Elisabeth Schneider-Schneiter (mitte, BL) hob die Bedeutung der Kohäsionszahlung für das Vorankommen im Horizon-Dossier hervor. Die Nichtassoziierung der Schweiz sei zwar diskriminierend und die Verknüpfung mit der Kohäsionsmilliarde «unschön», doch rechtlich gesehen stehe die EU nicht in der Pflicht, Abkommen mit der Schweiz zu aktualisieren. Auch die Mitte-Fraktion unterstütze die Freigabe des Beitrags sowie den Minderheitsantrag Arslan, gab sie bekannt. Nationalrat Grüter vertrat schliesslich die Ansicht, dass die Schweiz der EU nichts schulde, da die EU massiv von der Schweiz als Handels- und Wirtschaftspartnerin profitiere. Er bemängelte zudem, dass der Bundesbeschluss der Schweizer Bevölkerung nicht zur Abstimmung vorgelegt worden war.
Der im Rat anwesende Aussenminister Cassis drängte die grosse Kammer zur Freigabe der Zahlung, weil man nur so eine positive Verhandlungsdynamik schaffen und Fortschritt in anderen Dossiers erzielen könne. Für die plötzliche Kehrtwende trotz andauernder Diskriminierung der EU im Rahmen der aberkannten Börsenäquivalenz habe der Bundesrat zwei Gründe, erklärte Cassis: Einerseits hätten die Schutzmassnahmen für die Schweizer Börseninfrastruktur die Situation entspannt, andererseits sei die Rechtsgrundlage für den zweiten Kohäsionsbeitrag auf Ende 2024 befristet. Den Einzelantrag von Franz Grüter empfahl er zur Ablehnung, da Finanzgeschäfte gemäss Parlamentsgesetz in Form von einfachen Bundesbeschlüssen erlassen würden – so etwa auch 2019, als das Parlament die Rahmenkredite der zweiten Kohäsionszahlung genehmigt hatte.
Die grosse Kammer lehnte in der Folge sämtliche Minderheitsanträge der SVP ab, strich aber gemäss der Forderung von Sibel Arslan die Verknüpfung mit der Finanzierungsbotschaft für Erasmus plus. Spätabends wurde der Entwurf in der Gesamtabstimmung mit 131 zu 55 Stimmen (bei 1 Enthaltung) gegen den Willen der SVP-Fraktion und einiger Fraktionsmitglieder der Mitte angenommen.

Wie im Ständerat einige Wochen zuvor, wurde in der Herbstsession 2021 auch im Nationalrat ein Ordnungsantrag zur Anpassung der Bundesbeschlüsse über den zweiten Schweizer Beitrag an ausgewählte EU-Mitgliedstaaten eingereicht. Der Antragsteller Christian Wasserfallen (fdp, BE) verlangte, die Behandlung des Geschäfts vorzuziehen und dieses – wie der Ständerat – bereits in der Herbstsession zu behandeln. Er argumentierte, dass die APK-NR das Geschäft bereits vorberaten und eindringlich studiert habe, weshalb es reif für die Beratung während der Herbstsession sei. Das Parlament müsse endlich aktiv werden, um Chancen für den Schweizer Bildungs- und Wirtschaftsstandort zu öffnen. Kommissionsmitglied Schneider-Schneiter (mitte, BL) war hingegen der Ansicht, die bevorstehende Annahme des Beschlusses durch den Ständerat sei bereits «ein deutliches Zeichen in Richtung Brüssel». Für sie würde die vorgezogene Behandlung keinen Mehrwert schaffen, «sondern lediglich Frustration und kontraproduktive Effekte» nach sich ziehen. Sie kritisierte zudem den Bundesrat für die lange Wartezeit zwischen dem Abbruch der Verhandlungen über das InstA und der Publikation der Botschaft zur Freigabe der Kohäsionsmilliarde. Nationalratspräsident Aebi (svp, BE) kündigte vor der Abstimmung an, im Falle einer Annahme würde der Nationalrat die Vorlage am Abend des vorletzten Sessionstags nach dem Ständerat beraten. Eine knappe Mehrheit des Nationalrats nahm den Ordnungsantrag mit 93 zu 88 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) an. Gegen den Antrag stimmte die SVP-Fraktion sowie Mitglieder der Mitte- und der FDP.Liberalen-Fraktionen.

In der Frühjahrssession 2021 beriet der Nationalrat über den Bericht zur Aussenwirtschaftspolitik 2020 und den Bericht über zolltarifliche Massnahmen 2020. Die APK-NR hatte empfohlen, von den beiden Berichte Kenntnis zu nehmen und die drei Bundesbeschlüsse anzunehmen, mit denen die Genehmigung der Änderung der Liste LIX-Schweiz-Liechtenstein, die Änderungsbeschlüsse der Pan-Europa-Mittelmeer-Präferenzursprungsregeln und die Genehmigung zolltarifarischer Massnahmen geplant waren. Kommissionssprecher Roland Fischer (glp, LU) hob vor allem die im Bericht beschriebenen verhältnismässig geringen negativen Effekte der Covid-Pandemie auf die Schweizer Wirtschaft hervor. Dies sei vor allem den umfangreichen Unterstützungsprogrammen von Bund und Kantonen zuzuschreiben. Er betonte aber auch, wie wichtig der diskriminierungsfreie, entwicklungsfähige Zugang zu ausländischen Märkten für die Schweiz sei. Die Kommission monierte freilich, dass dem Rahmenabkommen mit der EU im Bericht angesichts der grossen Bedeutung einer Unterzeichnung beziehungsweise Nichtunterzeichnung zu wenig Aufmerksamkeit gewidmet worden sei. Dennoch beantragte die Kommission einstimmig, von den beiden Berichten Kenntnis zu nehmen.
Fabian Molina (sp, ZH) bemängelte im Namen der SP, dass die Schweiz Themen wie Nachhaltigkeit im Handel aber auch Umweltstandards und den Schutz von Menschenrechten vernachlässige. Nationalrätin Elisabeth Schneider-Schneiter (mitte, BL) drängte vor allem auf die Erhaltung der bilateralen Beziehungen mit der EU und vermisste eine umfassende Strategie gegenüber China in Bezug auf den Balanceakt zwischen Wirtschaftsbeziehungen und Menschenrechten. Auch die Fraktionen der FDP und der GLP schlossen sich dem Ruf nach einer stabilen bilateralen Vertragsbasis mit der EU an. Trotz dieser Kritik nahm der Nationalrat Kenntnis von den beiden Berichten und nahm die drei Bundesbeschlüsse einstimmig an.

Anfang Februar 2021 legte der Bundesrat den Räten seine Botschaft zum UNO-Migrationspakt vor und beantragte zugleich die Abschreibung dreier inhaltlich identischer Motionen (Mo. 18.4093; Mo. 18.4103; Mo. 18.4106), welche den Bundesrat damit beauftragt hatten, dem Parlament den Antrag auf Zustimmung zum Migrationspakt in Form eines Bundesbeschlusses zu unterbreiten. Der Bundesrat hatte beschlossen, dies in Form eines einfachen Bundesbeschlusses zu tun, da es sich beim Migrationspakt nicht um einen völkerrechtlichen Vertrag handelt und dieser somit nicht dem fakultativen Referendum untersteht. Der Migrationspakt, ein Soft-Law-Instrument, war im Dezember 2018 von der UNO-Generalversammlung verabschiedet worden und will durch gemeinsam getragene Prinzipien und Zielsetzungen die weltweite Migration künftig sicherer machen und geordneter steuern. Laut Botschaft entsprechen die Grundsätze des Pakts – Partnerschaft und internationale Zusammenarbeit bei gleichzeitig souveräner nationalstaatlicher Migrationssteuerung – der Ausrichtung der Schweizer Migrationspolitik und stünden auch in Einklang mit der Aussenpolitischen Strategie 2020-2023 sowie der Strategie Nachhaltige Entwicklung 2016-2019. Der Bundesrat legte in der Botschaft dar, dass die 23 Ziele des Migrationspakts grundsätzlich mit der Schweizer Rechtsordnung und Praxis kompatibel seien und nur punktuell Abweichungen bestünden. Da diese aber ausschliesslich freiwillige Umsetzungsinstrumente beträfen, entständen mit der Zustimmung zum Migrationspakt weder ein innenpolitischer Handlungszwang noch finanzielle Verpflichtungen. Aus Sicht des Bundesrats entsprächen Ziele wie die Bekämpfung von Menschenhandel, Rückkehr und Reintegration oder auch sichere Grenzen den Interessen der Schweiz und seien zudem für die Erreichung der UNO-Nachhaltigkeitsziele von Bedeutung. Die Schweiz sei angesichts der volatilen Migrationslage auf internationale Zusammenarbeit angewiesen. Die Botschaft legte dar, dass sich viele migrationspolitische Herausforderungen der Schweiz auf inadäquate Systeme und fehlende Kapazitäten auf Seiten der Herkunftsländer zurückführen liessen. Daher sei auch die Stärkung der Migrationspolitik anderer Länder für die Schweiz von grossem Interesse. Ein Verzicht auf Zustimmung hätte für die Schweiz langfristig negative Folgen, befürchtete der Bundesrat. Insbesondere die bilateralen Beziehungen mit Ländern wie Nigeria, Tunesien oder Marokko, welche den Migrationspakt als Referenzpunkt für ihre eigene Migrationspolitik verwenden werden, könnten sich dadurch verschlechtern. Auch auf multilateraler Ebene würde ein Verzicht die Schweiz benachteiligen, da sie ihre Interessen in multilateralen Gremien schlechter vertreten könnte und die Rolle des internationalen Genfs geschwächt würde. Der Bundesrat gab zu bedenken, dass die Schweiz in diesem Fall auch keine Möglichkeit hätte, einzelne Themen weiterzuentwickeln, die im UNO-Migrationspakt nur ungenügend ausgeführt wurden.
Bereits vor Beginn der parlamentarischen Beratungen kündigte sich allen voran bei den bürgerlichen Parteien Widerstand gegen das internationale Übereinkommen an. In der NZZ äusserte sich Nationalrat Kurt Fluri (fdp, SO) besorgt über die politische Verbindlichkeit des Pakts und befürchtete, dass dieser die Migration insgesamt fördere. Auch die SVP kritisierte das Abkommen und bezeichnete dieses als «realitätsfremde internationale Vereinbarung», die schädlich sei für die Schweiz. Die Partei zweifelte auch an der Unverbindlichkeit des Soft-Law-Instruments. Die Erfahrung zeige, dass aus derartigen Vereinbarungen Rechtsansprüche abgeleitet würden, gab die SVP zu bedenken. Laut Elisabeth Schneider-Schneiter (mitte, BL) zeige die Diskussion über den Migrationspakt vor allem, dass Handlungsbedarf in Bezug auf den Umgang mit Soft Law bestehe. Gemäss geltendem Recht besässen die Räte nämlich gar keine Kompetenz, um über den Beitritt zum Migrationspakt zu entscheiden, so die Mitte-Nationalrätin. Nationalrat Sommaruga (sp, GE) – ein Befürworter des Migrationspakts – zeigte sich damit unzufrieden, dass der Bundesrat die Unterzeichnung des Vertrags von der Zustimmung des Parlaments abhängig macht. Er warf Bundesrat Cassis daher vor, dass dieser es verpasst habe, dem Bundesrat die Unterzeichnung aufzuzwingen. Die Schweiz riskiere bei einer Ablehnung durch das Parlament den Unmut der anderen Staaten.