Der Generalsekretär der FDP Schweiz, Guido Schommer, trat auf den 1. März zurück. Sein Nachfolger Stefan Brupbacher, Jurist und Ökonom und zuletzt bei Economiesuisse tätig, nannte folgende Ziele für seine Tätigkeit: die Beschleunigung der internen Prozesse, die Verbesserung des Informationsflusses und die Intensivierung des Austausches mit den Kantonalparteien. Brupbacher möchte zudem eine zentrale Mitgliederdatenbank aufbauen.

FDP-Generalsekretär Guido Schommer kündigte im September seinen Rücktritt per Ende Februar 2008 an. Er war seit 2001 im Amt gewesen. Die Partei betonte, er trete nicht aufgrund eines schlecht laufenden Wahlkampfes von seinem Posten zurück. Der Jurist und Ökonom Stefan Brupbacher, tätig bei der Economiesuisse und Wunschkandidat des wirtschaftsliberalen Flügels der FDP, wurde zum neuen Generalsekretär gewählt. Zu einer personellen Veränderung kam es auch in der FDP-Bundeshausfraktion. Die Urner Nationalrätin Gabi Huber wurde als Nachfolgerin von Felix Gutzwiller (ZH) zur Fraktionspräsidentin gewählt. Sie trat als Vizepräsidentin der FDP Schweiz zurück. Auch Léonard Bender, ebenfalls Vizepräsident der FDP, kündigte seinen Rücktritt aus der Parteileitung an.

Um die Diskussion an der Basis über die Zukunft der Partei anzuregen, setzte die FDP Anfang Dezember drei Arbeitsgruppen ein: Die erste Arbeitsgruppe „avenir radical“ unter der Leitung des neu gewählten Zürcher Nationalrats und FDP-Vizepräsidenten Ruedi Noser sollte das Programm der FDP durchleuchten; die zweite Arbeitsgruppe „Wahlvorbereitung April04“ unter der Leitung der Appenzell Ausserrhoder Nationalrätin und FDP-Vizepräsidentin Marianne Kleiner befasste sich mit Personalfragen, welche im Rahmen der turnusgemässen Wahlen für Präsidium und Geschäftsleitung an der FDP-Delegiertenversammlung vom April 2004 geregelt werden sollen; die dritte Arbeitsgruppe unter der Leitung von Generalsekretär Guido Schommer hatte schliesslich den Auftrag, die Parteistrukturen zu überprüfen. Das Ziel sei eine flexiblere und effizientere Arbeitsweise. Das gesamte Projekt wird den Delegierten im Januar 2004 vorgestellt.

Innerhalb von nur einem Jahr besetzten alle vier Bundesratsparteien und die Grünen die meisten Spitzenämter neu. Es fand eine Verlagerung vom Berg ins Tal, vom Land in die Stadt und teilweise von der Zentral- in die Ostschweiz statt: Nachdem im Oktober 2000 die SP Christiane Brunner zur Präsidentin gewählt hatte, folgte im April 2001 die FDP, als Franz Steinegger nach über zwölf Jahren Gerold Bührer das Amt übergab. Einen Monat später wählte die CVP Philipp Stähelin zum Nachfolger von Adalbert Durrer. Im Oktober schliesslich bestimmten die Grünen ein Kopräsidium mit Ruth Genner und Patrice Mugny, das Ruedi Baumann ablöste. In den Generalsekretariaten übernahmen überwiegend Junge die Leitung oder das Amt des Pressesprechers: Im Vorjahr hatten bei der FDP Guido Schommer Johannes Matyassy und bei der SP Reto Gamma Jean-François Steiert als Generalsekretär ersetzt. Im Berichtsjahr folgte bei der SVP Gregor Rutz auf Jean-Blaise Defago und bei der CVP Reto Nause auf Hilmar Gernet. Auch die Parteisprecher wechselten: Bei der FDP ist neu die 32-jährige Barbara Perriard, bei der SVP der 29-jährige Yves Bichsel, bei der CVP die 25-jährige Béatrice Wertli und bei der SP Jean-Philippe Jeannerat (47) zuständig für die Öffentlichkeitsarbeit.

Da nach wie vor unklar ist, wie viel Politikerinnen und Politiker für ihren Wahlkampf ausgeben und wer die Abstimmungskampagnen finanziert, schlug der Staatsrechtler und Politikwissenschafter Tiziano Balmelli vor, die Wahlkampfbudgets nach oben zu beschränken, um die Chancengleichheit zu vergrössern und die Gefahr von Bestechung zu verringern. Konkret sollte für jeden Wahlkreis ein Höchstbetrag sowohl für die Kandidierenden als auch für die Parteien im Verhältnis zur Zahl der Stimmberechtigten festgelegt werden. Strenge Sanktionen, z.B. hohe Bussen, der Verlust des politischen Mandats oder der zeitweilige Entzug passiver politischer Rechte sollten Missbräuche verhindern. Weiter forderte Balmelli von den Parteien, ihre Abrechnungen offen zu legen – einzig die Kantone Genf und Tessin kennen gesetzliche Vorschriften, die mehr Transparenz ermöglichen sollen. Öffentliche Mittel als Ersatz für private Spenden seien keine Lösung, sondern würden als Ergänzung gebraucht, wie ein Blick ins Ausland zeige. Die Parteien lehnten diese Vorschläge ab: Ob jemand gewählt werde, hänge nicht in erster Linie vom Budget ab, betonte CVP-Sprecher Paul Felber. SVP-Generalsekretär Jean-Blaise Defago wollte lieber den Markt spielen lassen, während Guido Schommer von der FDP grosse Umsetzungsprobleme sah. SP-Generalsekretär Reto Gamma genügte es, offen zu legen, woher das Geld stamme; damit könnte die Wählerschaft selber entscheiden, ob sie diese Person wählen wolle.

Ende August ernannte der Bundesrat FDP-Generalsekretär Matyassy zum Direktor der neu geschaffenen „Präsenz Schweiz“. Die im Aussenministerium angesiedelte PR-Organisation soll das Image der Schweiz im Ausland pflegen. Im Oktober wählte die Geschäftsleitung der FDP sowie die Konferenz der FDP-Kantonalpräsidenten den bisherigen Pressechef Guido Schommer zum Nachfolger von Matyassy als Generalsekretär. Der 28jährige Ausserrhoder Betriebswirt hatte bereits 1995 als Wahlassistent beim damaligen Generalsekretär Kauter gearbeitet. Er war 1992 zur FDP gestossen und zu Beginn seiner politischen Karriere Vorstandsmitglied der Bewegung „Geboren am 7. Dezember“, die sich nach dem EWR-Nein für eine rasche Integration der Schweiz in die EU eingesetzt hatte. Ende Jahr wurde in der Juristin Barbara Perriard auch die Nachfolgerin für Schommer im Amt des Pressechefs gefunden.