Im Kanton Thurgau wurden beide Ständeratssitze frei. Hermann Bürgi (svp) und Philipp Stähelin (cvp) traten auf Ende Legislatur zurück. Sowohl der SVP mit Roland Eberle als auch der CVP mit Nationalrätin Brigitte Häberli wurden gute Chancen auf eine Verteidigung der Sitze eingeräumt. Herausforderinnen waren die FDP und die SP. Die Freisinnigen schickten den Weinfelder Gemeindeamman Max Vögeli ins Rennen und wollten ihren 1987 verlorenen Sitz zurückerobern. Die Sozialdemokraten traten mit Nationalrätin Edith Graf-Litscher an. Der grünen Kantonsrätin Silvia Schwyter-Mäder und dem Vertreter der EDU, Daniel Wittwer, wurden lediglich Aussenseiterchancen attestiert.

Die SVP konnte ihren Thurgauer Ständeratssitz verteidigen. Eberle, der als moderater SVP-Politiker auch als Bundesratskandidat ins Gespräch gebracht wurde, übertraf mit 40'688 Stimmen das absolute Mehr (33'358 Stimmen) im ersten Wahlgang. Die Zweitplatzierte Häberli (26'761 Stimmen) und der Drittplatzierte Vögeli (21'941 Stimmen) traten zum zweiten Wahlgang an. Links-Grün mit Graf-Litscher (18'437 Stimmen) und Schwyter-Mäder (13'917 Stimmen) entschieden sich hingegen, nicht mehr anzutreten. Mit 8'617 Stimmen auf verlorenem Posten trat hingegen Wittwer (edu) noch einmal an. Nach dem Verzicht von SP und Grünen versuchten sowohl die FDP als auch die CVP sich die Unterstützung der SVP zu sichern. Diese überlegte sich kurz, selber noch einmal anzutreten, gab dieses Ansinnen dann aber auf und unterstützte in der Folge die FDP. Die BDP und die GLP sprachen sich für Häberli (cvp) aus und die SP beschloss Stimmfreigabe. Die Christdemokratin wurde zudem von der Thurgauer Frauenzentrale unterstützt. Bei einer Wahlbeteiligung von lediglich noch 30,6% wies Häberli mit 26'777 Stimmen Vögeli (17'348 Stimmen) im zweiten Wahlgang in die Schranken. Damit wird der Kanton Thurgau zum ersten Mal von einer Frau vertreten. Die FDP ging hingegen leer aus und schickt nach dem Verlust des Nationalratssitzes erstmals keine Thurgauer Vertreter mehr ins Bundeshaus.

Im Zusammenhang mit dem finanziellen Debakel der Mittelthurgaubahn trat Regierungsrat Hermann Lei (fdp) im Sommer mit sofortiger Wirkung zurück. Für seine Nachfolge nominierten die FDP-Delegierten den Anwalt und Fraktionschef der gemeinsamen FDP-SVP-Fraktion im Frauenfelder Gemeinderat, Kaspar Schläpfer. Im parteiinternen Auswahlverfahren unterlagen die ehemalige Ständeratskandidatin und Kantonsrätin Ursula Brasey und Staatsschreiber Rainer Gonzenbach. Darauf gab Brasey den Verzicht auf eine wilde Kandidatur und gleichzeitig ihren Rückzug aus der Politik bekannt. Die Grünen, die Brasey unterstützt hätten, traten mit Kantonalpräsidentin Silvia Schwyter an. Kurz vor Ablauf der Meldefrist bewarb sich auch der Schweizer Demokrat Willy Schmidhauser für das Amt. Bei den Wahlen am 22. September erreichte Kaspar Schläpfer (fdp) zwar mit 38,5% am meisten Stimmen, verfehlte jedoch das absolute Mehr deutlich; Silvia Schwyter (gp) erreichte 35,0%, Willy Schmidhauser (sd) 26,4%. Aus dem zweiten Wahlgang vom 24. November ging der FDP-Kandidat siegreich hervor (45,3% der Stimmen); die Grüne erreichte mit 35,3% der Stimmen einen Achtungserfolg im bürgerlich dominierten Kanton. Fast ein Fünftel der Stimmen wurde leer eingelegt oder trug die Namen nicht kandidierender Dritter. Mit der Wahl Kaspar Schläpfers bleibt die Thurgauer Zauberformel 2 SVP, 1 CVP, 1 FDP, 1 SP bestehen; die Regierung ist weiterhin ein reines Männergremium.