Finanzdirektor Ueli Vischer (lp) trat nicht mehr zur Wiederwahl an. Die Bürgerlichen präsentierten ein Viererticket mit ihren Regierungsräten Christoph Eymann (lp), Carlo Conti (cvp), Jörg Schild (fdp) und dem Generalsekretär der Finanz- und Kirchendirektion Basel-Land, Mike Bammatter (fdp). Auf der rot-grünen Viererliste kandidierten die Regierungsräte der SP, Ralph Lewin und Barbara Schneider, sowie die SP-Fraktionschefin im Basler Grossen Rat, Eva Herzog, und der ehemalige Grossrat Guy Morin (gp). Justizdirektor Hans Martin Tschudi von der Demokratisch-Sozialen Partei (dsp) trat im Alleingang an. Des weiteren kandidierten neben der SVP-Kantonalpräsidentin Angelika Zanolari ein Vertreter der SD und vier Personen auf einer Liste „gegen Armut und Ausgrenzung“.

Im ersten Wahlgang von Ende Oktober wurden fünf Regierungsmitglieder bestätigt: Erziehungsdirektor Christoph Eymann (lp) erzielte das beste Resultat, gefolgt von Polizei- und Militärdirektor Jörg Schild (fdp), Wirtschaftsdirektor Ralph Lewin (sp), Sanitätsdirektor Carlo Conti (cvp) und Baudirektorin Barbara Schneider (sp). Die übrigen Kandidaten verfehlten das absolute Mehr: Eva Herzog (sp) und Guy Morin (gp) schnitten am besten ab; Regierungsrat Hans Martin Tschudi (dsp) landete auf dem achten, Mike Bammatter (fdp) auf dem neunten und Angelika Zanolari (svp) auf dem zehnten Platz; sie erzielte weniger als die Hälfte der Stimmen von Bammatter. Für seine Partei überraschend liess Tschudi (dsp) den Termin für die Anmeldung zum zweiten Wahlgang ungenutzt verstreichen. Damit endete die Beteiligung der Demokratisch-Sozialen Partei an der Basler Regierung nach 22 Jahren; die Partei war entstanden, als sich der damalige SP-Polizeidirektor Karl Schnyder mit seiner Partei überwarf. Für den zweiten Wahlgang traten nur noch Eva Herzog (sp), Guy Morin (gp) und Mike Bammatter (fdp) an – bereits vor dem Entscheid von Angelika Zanolari (svp), nicht für den zweiten Wahlgang zu kandidieren, hatten die anderen bürgerlichen Parteien ein Zusammengehen mit der SVP ausgeschlossen. Ende November wählten Baslerinnen und Basler die beiden Kandidaten der Linken in den Regierungsrat. Damit erhielt Basel nach 1935 und 1950 wieder eine rot-grüne Mehrheit.

Bei den Gesamterneuerungswahlen in sieben Kantonen (AG, BS, SG, SH, SZ, TG, UR) kam es parteipolitisch in allen Kantonen ausser im Aargau und im Thurgau zu Sitzverschiebungen: Basel-Stadt erhielt eine mehrheitlich links-grüne Regierung, in der Eva Herzog (sp) den zurücktretenden Liberalen Ueli Vischer ersetzte und der Grüne Guy Morin den siebten Sitz eroberte, nachdem Hans-Martin Tschudi von der Demokratisch-Sozialen Partei nicht mehr zum zweiten Wahlgang angetreten war. In St. Gallen verdrängte Heidi Hanselmann (sp) Anton Grüninger (cvp), und in Uri schafften es die Sozialdemokraten mit Markus Züst erneut in die Regierung. In Schwyz gelang der SVP mit Walter Stählin der Einzug in die Exekutive, nachdem die CVP freiwillig auf den Sitz des zurücktretenden Werner Inderbitzin verzichtet hatte. In Schaffhausen eroberte Rosmarie Widmer Gysel einen zweiten Regierungssitz für die SVP.

Bei den Ersatzwahlen in Appenzell Innerrhoden, Freiburg, Glarus und Obwalden konnte die CVP alle ihre Mandate verteidigen, in Graubünden gelang es ihr jedoch nicht, sich gegen Hansjörg Trachsel (svp) durchzusetzen, der den zurücktretenden SVP-Regierungsrat Klaus Huber ersetzte. In der Waadt verteidigte die SP den Sitz des zurückgetretenen Pierre Chiffelle mit Gewerkschafter Pierre-Yves Maillard.

In den sieben Gesamterneuerungswahlen konnten die Frauen vier zusätzliche Regierungsmandate hinzugewinnen: In Basel-Stadt trat Eva Herzog (sp) die Nachfolge von Ueli Vischer (lp) an, in Schaffhausen schafften es Ursula Hafner (sp) und Rosmarie Widmer Gysel (svp) in die Exekutive, in St. Gallen verdrängte Heidi Hanselmann (sp) Anton Grüninger (cvp). Für die zurücktretende Gabi Huber (fdp) kam in Uri Heidi Z’graggen (cvp) in die Regierung. Gesamtschweizerisch belegten die Frauen Ende 2004 37 von 158 Regierungssitzen (23,4%; 2003: 21,5%). Gemessen am Gesamttotal ihrer Regierungssitze (6) stellen die Liberalen mit drei Exekutivmitgliedern den höchsten Frauenanteil (50%), gefolgt von der SP mit 42,4% (14 von 33 Regierungsmitgliedern) und der FDP mit 25,6% (11 von 43 Mandaten). Bei den Bundesratsparteien ist der Frauenanteil bei der CVP mit 9,1% (4 von 44 Sitzen) am kleinsten; bei der SVP beträgt er 21,1% (4 von 19 Sitzen). Von einem reinen Männergremium regiert werden fünf Kantone (AG, AI, SZ, TG, VS).

Bei den Gesamterneuerungswahlen für den Regierungsrat im Kanton Basel-Stadt versuchte ein bürgerliches Quartett die 1996 verlorene absolute Mehrheit zurückzuerobern. Ein halbes Jahr nach der Ersatzwahl für den zurückgetretenen Stefan Cornaz (fdp) kam es daher erneut zu einer Kampfwahl: Das Wahlbündnis aus FDP, LP und CVP trat mit einem Vierer-Ticket an. Zu den drei Bisherigen Schild (fdp), Vischer (ldp) und Conti (cvp) portierte es Nationalrat Christoph Eymann (lp). FDP-Frau Andrea Frost-Hirschi zog sich krankheitshalber von ihrer anfänglichen Kandidatur zurück. Die SVP, die bei den Nationalratswahlen vom vergangenen Herbst wählerstärkste bürgerliche Partei in Basel, nominierte VBS-Mitarbeiter Thomas Bucheli. Die SP wollte ihren Besitzstand wahren und portierte ihre drei Bisherigen, Schaller, Schneider und Lewin. Die DSP verteidigte ihren Sitz mit dem Bisherigen Tschudi. Im Wahlkarussell hatten noch vier weitere Kandidierende Platz genommen: Martina Bernasconi (Frauenliste), Urs Müller (Basta) und Jürg Stöcklin (gp) stellten sich auf einer gemeinsamen Liste der Wahl. Dazu kam noch der vor vier Jahren mit dem schlechtesten Resultat bedachte SD-Kantonalpräsident Markus Borner.

Der erste Wahlgang ergab einen grossen Erfolg für die vereinte bürgerliche Liste. Die drei Bisherigen und Christoph Eymann erreichten das absolute Mehr. Von der SP hat lediglich Wirtschafts- und Sozialminister Ralph Lewin die Hürde im ersten Anlauf genommen. Baudirektorin Schneider und die Erziehungsverantwortliche Schaller musste wie Tschudi in den zweiten Wahlgang. Durch die Wahl von Eymann stand aber fest, dass mindestens eines der im zweiten Wahlgang antretenden bisherigen Regierungsmitglieder abgewählt werden würde. Das Rennen machte bei einer Wahlbeteiligung von 52% schliesslich Tschudi.

Bei der Regierungsratsersatzwahl in Basel-Stadt konnte sich der Kandidat der Demokratisch-Sozialen Partei (DSP), Hans Martin Tschudi, klar durchsetzen. Er wurde im Wahlkampf auch vom bürgerlichen Lager getragen und erreichte 57% der Stimmen. Tschudi tritt die Nachfolge von Karl Schnyder an, welcher die DSP als Abspaltung von der SP 1982 gegründet hatte. Nur gerade 41% der Stimmen wurden für die sozialdemokratische Kandidatin Beatrice Breitenmoser abgegeben, womit die SP einmal mehr ihren Anspruch auf einen dritten Regierungssitz nicht durchsetzen konnte.