Am 3. Mai fanden im Kanton Appenzell Ausserrhoden die Regierungsratswahlen statt, die nach der Abschaffung der Landsgemeinde erstmals an der Urne durchgeführt wurden. Die FDP entschied sich nach eingehender Diskussion für eine klare Vorwärtsstrategie, nachdem sie beim Abschaffungsentscheid der Landsgemeinde von 1997 auf der Verliererseite gestanden hatte, und beanspruchte nach dem Rücktritt dreier Regierungsräte aus ihren Reihen auch weiterhin fünf der sieben Sitze für sich. Sie stieg nach einigen Wirren um Nominationen und Rückzüge von Kandidaten im Vorfeld der Wahlen sowie nach dem Debakel um die Ausserrhoder Kantonalbank geschwächt ins Rennen. Die SP und die SVP andererseits, die sich mit ihrer übereinstimmenden Abschaffungsparole vor einem Jahr vom Volk bestätigt fühlten, wollten an ihren Erfolg anknüpfen und schickten einen zweiten (sp) bzw. ihren ersten Vertreter (svp) in den Wahlkampf. Ihr Kalkül, dass sie als Oppositionsparteien an der Urne über bessere Wahlchancen verfügten als an der Landsgemeinde, traf nicht ein. Alle vier Bisherigen schafften die Wiederwahl im ersten Wahlgang: Werner Niederer (sp) lag vor den freisinnigen Frauen Alice Scherrer und Marianne Kleiner, gefolgt vom Parteilosen Gebi Bischof. Der einzige neue Kandidat, der das absolute Mehr erreichte, war Hans Altherr (fdp). Die beiden Herausforderer Hans Diem (svp) und Paul Vuilleumier (sp) lagen noch hinter den beiden weiteren freisinnigen Kandidaten auf Platz acht und neun. Im zweiten Wahlgang schaffte die SVP, die sich in Appenzell klar als Oppositionspartei positioniert hatte, zum ersten Mal den Sprung in die Regierung. Landwirt und Bauernverbandspräsident Diem wurde als siebter hinter Jakob Brunnschweiler (fdp) gewählt. Die neue Ausserrhodner Regierung setzt sich somit aus 4 FDP, 1 SP, 1 SVP sowie einem dem Freisinn nahestehenden Parteilosen zusammen; die Anzahl Frauen beträgt weiterhin zwei. Die Beteiligung lag im ersten Wahlgang bei 44%, im zweiten bei 40%.

In Appenzell Ausserrhoden trat Hans Höhener (fdp) zurück, um für den freiwerdenden Ständeratssitz zu kandidieren. Die FDP, die nach den Wirren um die verschuldete Kantonalbank die Möglichkeit diskutiert hatte, auf eine Kandidatur zu verzichten und damit vermehrt andere Parteien in die Regierungsverantwortung einzubeziehen, nominierte als Nachfolger von Höhener schliesslich den Parteilosen Gebi Bischof. SP und SVP erhoben aber ebenfalls Anspruch auf den Regierungssitz. Während die SP Paul Vuilleumier portierte, der auch vom Bunten Ausserrhoden, dem Landesring sowie dem Gewerkschaftsbund unterstützt wurde, schickte die SVP Heinz Brunner ins Rennen. Gewählt wurde an der Landsgemeinde der Parteilose Bischof. Damit hält die FDP erstmals seit 1913 nicht mehr sechs der sieben Regierungsmandate.