Nachdem die WAK-NR ihren Entwurf zur Überführung der Anstossfinanzierung der ausserfamiliären Kinderbetreuung in eine zeitgemässe Lösung beschlossen hatte, nahm der Bundesrat dazu Stellung. Dieser stellte sich gänzlich ablehnend zu einem Bundesbeitrag zur Senkung der Betreuungskosten der Eltern. Ebenfalls stellte er sich gegen die im Entwurf vorgesehenen Programmvereinbarungen, gemäss welchen der Bund die Hälfte der Kosten zur Weiterentwicklung des familienergänzenden Betreuungsangebots und der frühkindlichen Förderung zu tragen hätte. Als Gründe für seine Haltung gab der Bundesrat an, dass die ausserfamiliäre Kinderbetreuung «in der Kompetenz der Kantone und auch in der Verantwortlichkeit der Arbeitgeber» liege und die angespannte Lage der Bundesfinanzen ein solches Engagement nicht zuliesse, ohne dass an einer anderen bedeutenden Stelle gespart werden müsse. Für den Fall, dass das Parlament doch Eintreten auf die Vorlage beschliessen sollte, gab der Bundesrat bekannt, welche Änderungsanträge er unterstützen würde. So sprach er sich für eine maximale Höhe der Bundesbeteiligung von 10 Prozent der Kinderbetreuungskosten aus – unter gleichzeitiger Beteiligung der Kantone an deren Finanzierung. Eine 10-Prozent-Beteiligung würde Ausgaben für den Bund von CHF 360 Mio. mit sich bringen, welche teilweise über eine Senkung des Kantonsanteils an der direkten Bundessteuer um 0.7 Prozentpunkte kompensiert werden könnten. Mit den so generierten Mehreinnahmen bei der direkten Bundessteuer von CHF 200 Mio. würde sich die finanzielle Zusatzbelastung des Bundes auf CHF 160 Mio. reduzieren. Darüber hinaus machte sich die Exekutive für weitere Anpassungen am Entwurf stark: So soll der Bundesbeitrag lediglich bis zum Ende der Primarstufe entrichtet werden und zwar nur in denjenigen Fällen, in denen die familienexterne Betreuung aufgrund Erwerbstätigkeit oder laufender Ausbildung der Eltern in Anspruch genommen wird.

Auch innerhalb der Kommission fanden sich etliche Stimmen, die mit dem in der Kommission ausgearbeiteten Entwurf nicht einverstanden waren. So hatte sich der Nationalrat in der Frühjahrssession 2023 zuerst mit einem Ordnungsantrag von Beat Walti (fdp, ZH) auseinanderzusetzen. Walti beantragte, die Behandlung des Geschäfts bis nach der Abstimmung über die OECD-Mindeststeuer vom 18. Juni 2023 zu vertagen. Walti vertrat die Ansicht, dass die finanziell angespannte Lage des Bundeshaushalts keine Ausgaben in dieser Höhe zuliessen. Zudem warnte der Freisinnige davor, «das Fell [zu verteilen], bevor der Bär erlegt ist». So seien die zusätzlichen Einnahmen durch die OECD-Mindeststeuer, die die Kommissionsmehrheit wohl zur Finanzierung der Kinderbetreuungskosten verwenden wolle, aufgrund der anstehenden Volksabstimmungen noch nicht gesichert. Der Ordnungsantrag Walti fand indes nur Unterstützung in den geschlossen stimmenden Fraktionen der FDP und SVP, während ihn die restlichen Fraktionen ebenso geschlossen ablehnten. So scheiterte der Ordnungsantrag mit 79 zu 111 Stimmen (4 Enthaltungen).

In der darauf folgenden Eintretensdebatte hatte sich der Nationalrat gleich mit drei Minderheitsanträgen auseinanderzusetzen. Eine durch Nadja Umbricht Pieren (svp, BE) vertretene Kommissionsminderheit bestehend aus SVP-Vertretenden forderte, nicht auf das Bundesgesetz einzutreten. Eine weitere, durch FDP-Vertretende ergänzte und durch Christian Wasserfallen (fdp, BE) vertretene Minderheit richtete sich explizit gegen die durch den Bund einzugehenden Programmvereinbarungen und stellte den Antrag, nur auf den entsprechenden Bundesbeschluss 2 nicht einzutreten. Sie nahm damit auch den Antrag der FK-NR auf, die zum Entwurf Stellung genommen hatte. Nicht zuletzt verlangte eine aus SVP-Vertretenden zusammengesetzte und von Diana Gutjahr (svp, TG) angeführte Kommissionsminderheit die Rückweisung des Geschäfts an die Kommission, damit eine neue Vorlage erarbeitet werden könne, die für alle Eltern, die für die Kinderbetreuung bezahlen, eine finanzielle Entlastung vorsieht. Stein des Anstosses für die Minderheit war, dass die Vorlage lediglich Vergünstigungen für Betreuungskosten für Kindertagesstätten, Tagesschulen oder staatlich anerkannte Tagesfamilien, also lediglich für die «rein externe[] und staatlich anerkannte[] Kinderbetreuung» (Gutjahr), nicht aber für andere Betreuungstypen, etwa für die Kinderbetreuung durch Nannys und Au-pairs oder durch Verwandte, Bekannte und Nachbarn vorsah. Mit 124 zu 59 Stimmen (bei 13 Enthaltungen) beschloss der Nationalrat schliesslich, entgegen dem Willen der Minderheit Umbricht Pieren auf die Vorlage einzutreten. Zu der geschlossen gegen Eintreten votierenden SVP-Fraktion gesellte sich eine aus sechs männlichen Nationalräten bestehende Minderheit der Mitte-Fraktion, die den Nichteintretensantrag unterstützte. Zudem enthielten sich 11 Mitglieder der FDP.Liberalen-Fraktion der Stimme. Auch der Rückweisungsantrag Gutjahr konnte kaum über die Parteigrenze hinaus mobilisieren und wurde mit 129 zu 61 Stimmen (6 Enthaltungen) abgelehnt. Auch der Minderheitsantrag Wasserfallen, gemäss dem nicht auf die Programmvereinbarungen eingetreten werden sollte, scheiterte; die 87 unterstützenden Stimmen aus den Fraktionen der FDP, SVP sowie von einer Minderheit der Mitte-Fraktion reichten gegen die 103 Stimmen ablehnenden Stimmen nicht aus.

Auch in der Detailberatung lagen zahlreiche Minderheitsanträge vor – häufig mehrere zu demselben Paragrafen und in den meisten Fällen angeführt durch FDP- oder SVP-Kommissionsmitglieder. In den zwei zentralen Punkten setzte sich indes die Kommissionsmehrheit durch, so namentlich bei der Höhe der Bundesbeiträge. Hier obsiegte die Kommissionsmehrheit, welche den Bund zu maximal 20 Prozent an den Betreuungskosten der Eltern beteiligen wollte, gegen eine Minderheit I Gutjahr (maximal 10%), eine Minderheit II Wasserfallen (genau 15%) und eine Minderheit III Umbricht Pieren (genau 10%). Erfolglos blieb auch eine weitere, durch Diana Gutjahr angeführte Minderheit, die den Verpflichtungskredit für die Programmvereinbarungen mit den Kantonen zur Weiterentwicklung ihres Betreuungsangebots oder der Politik der frühen Kindheit halbieren wollte (von CHF 224 Mio. auf CHF 112 Mio.).
Durchsetzen konnte sich die Kommissionsminderheit in Form einer Minderheit de Montmollin (fdp, GE), die – ebenso wie der Bundesrat – forderte, dass die Regierung einen gewissen kumulierten Mindestbeschäftigungsgrad der Eltern festlegen kann, ab welchem der Anspruch auf Kostenbeteiligung durch den Bund besteht. Hier gesellte sich eine beinahe geschlossen stimmende GLP-Fraktion zu den Fraktionen der SVP, FDP und einer Minderheit der Mitte-Fraktion. Zudem setzte sich im Rat die Ansicht des Bundesrates durch, dass die Kostenbeteiligung lediglich bis zum Ende der Primarstufe erfolgen soll. Diese Ansicht teilte unterdessen auch die Kommissionsmehrheit, die sich im Nationalrat nicht zuletzt auch gegen eine Minderheit Prezioso (egsols, GE) durchsetzte, die – dem ursprünglichen Entwurf der Kommissionsmehrheit folgend – eine Kostenbeteiligung bis zum Ende der obligatorischen Schulzeit forderte. Zudem sprach sich der Nationalrat einer Minderheit Nantermod (fdp, VS) folgend gegen einen Antrag der Kommissionsmehrheit aus, gemäss welchem die Einnahmen aus der OECD-Mindeststeuer in erster Linie zur Finanzierung des Bundesbeitrags für die familienexterne Kinderbetreuung eingesetzt werden sollen. Gleichzeitig lehnte der Nationalrat hingegen einen Minderheitsantrag ab, der gemäss Stellungnahme des Bundesrates den Kantonsanteil an den Bundessteuern zur Gegenfinanzierung um 0.7 Prozentpunkte hatte senken wollen. Somit blieb die Frage der (Gegen-)Finanzierung nach der nationalrätlichen Debatte gänzlich offen.

Nach etlichen Stunden Debatte verabschiedete der Nationalrat in der Gesamtabstimmung den Entwurf zum Bundesgesetz über die Unterstützung der familienergänzenden Kinderbetreuung und der Kantone in ihrer Politik der frühen Förderung von Kindern (UKibeG) mit 107 zu 79 Stimmen (5 Enthaltungen) sowie den Bundesbeschluss 2 zu den Programmvereinbarungen mit 104 zu 84 Stimmen (5 Enthaltungen) zuhanden des Ständerates.

Rund zehn Tage vor der Abstimmung über die Justizinitiative beantragte die RK-NR mit 14 zu 5 Stimmen (4 Enthaltungen), der parlamentarischen Initiative von Beat Walti (fdp, ZH) keine Folge zu geben. Der Vorstoss hatte eine auch im Abstimmungskampf diskutierte Regelung gefordert, mit der Mandatssteuern und Parteispenden für Mitglieder der Gerichte des Bundes verboten werden sollten. In der Tat bestehe aufgrund solcher Parteiabgaben der Verdacht, dass Richterinnen und Richter nicht unabhängig sein könnten, hatte Walti seine Initiative begründet. Zwar könne ein solcher Anschein entstehen, es sei aber noch nie aus politischen Gründen zu einer Nichtwiederwahl von Richterinnen und Richtern gekommen, argumentierte hingegen die Kommissionsmehrheit ihre abschlägige Empfehlung. Ein Verbot sei zudem zu radikal. Der Transparenz im «gut funktionierenden» Schweizer Justizsystem sei mit der Veröffentlichung der Parteizugehörigkeit von Bundesrichterinnen und -richtern Genüge getan. Zudem würden Mandatsabgaben ja auf freiwilliger Basis entrichtet.
Die Kommissionsminderheit argumentierte in der Ratsdebatte in der Frühjahrssession 2022 mit dem «Irritationspotenzial», welches Parteienproporz und Mandatssteuern in der Öffentlichkeit auslösten und welche das Vertrauen in die dritte Gewalt untergraben könnte, so Beat Walti. Er sei erstaunt, dass man nach dem Nein zur Justizinitiative einfach wieder zur Tagesordnung übergehe, obwohl es doch aufgrund der Diskussionen in der Abstimmungskampagne durchaus auch gute Argumente zumindest für Teilrevisionen im Justizbereich gebe, so Christian Lüscher (fdp, GE). Diese Minderheitenargumente fanden jedoch lediglich bei der geschlossen stimmenden FDP-Fraktion sowie bei einzelnen Mitgliedern der SVP- und der Mitte-EVP-Fraktion Anklang. Diese 34 Stimmen standen gegen die 157 Stimmen, die der Initiative keine Folge gaben, allerdings auf verlorenem Posten.

Die Einführung eines konstruktiven Referendums sei bereits zuvor zweimal Thema gewesen, versuchte Cédric Wermuth (sp, AG) in der Sommersession 2021 im Nationalrat Werbung für seine parlamentarische Initiative zu machen. 1992 hatte die SP die Idee im Rahmen der EWR-Diskussionen ins Spiel gebracht und 1995 hatten die Sozialdemokraten im Rahmen der Debatte um die 10. AHV-Revision gar eine Initiative für ein «Referendum mit Gegenvorschlag» lanciert, die 2000 an der Urne abgelehnt worden war. Auch aktuell hätte dieses Instrument das Potenzial, Blockaden zu lösen, führte der Aargauer Sozialdemokrat aus. So sei etwa bei der Abstimmung über die E-ID allen klar gewesen, dass es eine elektronische Identität brauche. Hätte neben dem mit einem Referendum bekämpften Vorschlag ein konstruktives Referendum vorgelegen, mit dem etwa eine vom Staat organisierte E-ID gefordert worden wäre, so hätte ein Zeitverlust bei der notwendigen Einführung vermieden werden können. Das konstruktive Referendum sei darüber hinaus «der logische kleine Bruder des Gegenvorschlags des parlamentarischen Rechts und damit die Vollendung der direkten Demokratie» – so Wermuth. Beat Walti (fdp, ZH) wendete ein, dass dieses Instrument im Kanton Zürich zu grosser Verwirrung geführt habe – bei einer Abstimmung über die Spitalfinanzierung seien vier konstruktive Referenden zur Abstimmung gestanden, die «dreissig oder mehr Antwortvarianten» zugelassen hätten. Es sei deshalb wieder abgeschafft worden. Wermuth wiederum konterte mit einem Zitat aus dem Kanton Bern, der das Instrument in Form eines Volksvorschlags kennt: Der Vizepräsident der damaligen Berner Verfassungskommission habe bei der Einführung des Volksvorschlags gesagt, «wer den Schweizerinnen und Schweizern nicht zumute, die Komplexität des konstruktiven Referendums zu verstehen, unterschätze, dass diese Menschen jeden Tag beim Jassen schwierigere strategische Entscheidungen als beim konstruktiven Referendum fällen würden». Michaël Buffat (svp, VD) und Samira Marti (sp, BL) setzten sich in der Folge im Namen der SPK-NR, die sich mit einer 14 zu 10-Stimmen-Mehrheit für Folgegeben ausgesprochen hatte, ebenfalls für das Anliegen ein. Meinungen könnten von den Stimmenden differenzierter eingebracht werden und die Interpretation eines Abstimmungsresultates sei dank Varianten einfacher, argumentierten sie. Zudem könnten Referendumskomitees mit diesem «Gewinn für das direkt-demokratische Instrumentarium» stärker in die Entscheidunsgsfindung einbezogen werden, fasste Samira Marti die Kommissionsmeinung zusammen. Trotz aller befürwortender Voten setzte sich allerdings die starke bürgerliche Kommissionsminderheit durch, die sich nicht zu Wort gemeldet hatte: Mit 109 zu 82 Stimmen entschied sich die Mehrheit der grossen Kammer, der Initiative keine Folge zu geben. Die geschlossen stimmenden Fraktionen von SVP, FDP und Mitte standen den ebenfalls geschlossenen Fraktionen von SP, GLP und GP gegenüber.

Anfang Februar 2021 entschied die RK-NR mit 13 zu 11 Stimmen (1 Enthaltung), dem Nationalrat die Ablehnung der Justizinitiative zu beantragen und auf einen eigenen indirekten Gegenvorschlag zu verzichten. Zwei Minderheiten beantragten allerdings die Ausarbeitung eines indirekten Gegenvorschlags oder gar eines direkten Gegenentwurfs. Die Anträge fussten auf einem Arbeitspapier des BJ, das Vorschläge für die Umsetzung der parlamentarischen Initiative der Kommission für einen Gegenvorschlag zur Justizinitiative beinhaltet und das die Kommission trotz ihres ablehnenden Entscheids einige Tage später publizierte. Das Arbeitspapier erörtert konkret die zentralen Vorschläge der Kommissionsinitiative: Die Schaffung eines Fachbeirats, verschiedene Varianten für die Wiederwahl von Richterinnen und Richtern, Fragen zur Amtszeit, das Verfahren für eine Amtsenthebung und ein Verbot der Mandatsabgabe, also der finanziellen Beiträge, die Richterinnen und Richter an Parteien bezahlen.
Die Schaffung eines Fachbeirats, der die fachliche (inkl. sprachliche) Eignung von Kandidierenden zuhanden der GK beurteilen solle, wurde im Arbeitspapier als einfach umsetzbar erachtet. Dessen Umsetzung in Form eines indirekten Gegenvorschlags sei mit einer Änderung des Parlamentsgesetzes leicht möglich. Als «wenig sinnvoll» wurde im Papier hingegen die Idee einer stillen, also automatischen Wiederwahl beurteilt. Weil das Parlament, ein Teil des Parlaments oder gar ein einzelnes Parlamentsmitglied die verfassungsrechtlich garantierte Kompetenz behalten müsse, eine Wiederwahl zu fordern und so Druckversuche durch Parteien weiterhin möglich wären, wäre die Einführung einer stillen Wahl keine Verbesserung im Sinne von mehr Unabhängigkeit der Judikative. Wenn alleine die GK die Kompetenz erhalten solle, die Wiederwahl zu beschliessen (auch unter Beizug der Fachkommission), wäre eine Verfassungsänderung und entsprechend ein direkter Gegenentwurf (statt eines indirekten Gegenvorschlags) nötig. Auch für eine Neuregelung des Amtsenthebungsverfahrens und für die Verlängerung der Amtszeit (also die einmalige Wahl einer Richterin oder eines Richters bis zu einem bestimmten Altersjahr oder aber die Verlängerung der Amtsperiode von 6 auf 12 oder 16 Jahre) bräuchte es laut Arbeitspapier eine Verfassungsänderung. Ein indirekter Gegenvorschlag wäre hingegen möglich für eine Regelung hinsichtlich Mandatsabgabe, die nicht gesetzlich verankert ist. Das Arbeitspapier schlägt ein Verbot vor, das im Bundesgerichtsgesetz verankert werden könnte: Richterinnen und Richter dürften demnach keine finanziellen Beiträge an politische Parteien leisten. Ein Verbot auf Verfassungsstufe sei freilich vorzuziehen, weil so eine schweizweit einheitliche Regelung (auch auf Kantonsebene) garantiert und den Empfehlungen der GRECO für eine bessere Unabhängigkeit der Gerichte in der Schweiz entsprochen werden könnte. Dazu wäre jedoch wiederum ein direkter Gegenentwurf erforderlich. Im Arbeitspapier wurde für diesen Punkt auf die parlamentarische Initiative von Beat Walti (fdp, ZH; Pa.Iv. 20.468) verwiesen, die ein solches Verbot von Mandatsabgaben fordert.

Anfang November 2020 reichte die RK-NR eine parlamentarische Initiative ein, mit der eine Grundlage für einen indirekten Gegenvorschlag zur Justizinitiative geschaffen werden soll. Der Vorschlag sah vor, dass die Richterinnen und Richter für alle Gerichte der Schweizerischen Eidgenossenschaft (Bundesgericht, Bundesstrafgericht, Bundesverwaltungsgericht, Bundespatentgericht) nach wie vor von der Vereinigten Bundesversammlung gewählt werden sollen. Allerdings soll die Wahl nicht mehr nur auf einem Antrag der Gerichtskommission (GK) beruhen, sondern zusätzlich auf einer Vorselektion, die durch eine zu bestimmende Fachkommission getroffen wird, welche die fachliche und persönliche Eignung der Kandidierenden evaluiert. Die Amtsdauer aller nationalen Richterinnen und -richter soll auf sechs Jahre festgelegt werden, wobei die Wiederwahl automatisch geschehen soll – allenfalls durch die GK auf Empfehlung der genannten Fachkommission. Dies stellte eine Konzession an die Initianten dar, da im aktuellen Verfahren das Parlament die Wiederwahl vornimmt. Auch zukünftig soll Abberufung jedoch bei schwerer Pflichtverletzung möglich sein, wobei die Fachkommission den Sachverhalt zu klären hätte. Die Parteien selber müssten gemäss Vorschlag der RK-NR die Unabhängigkeit ihrer Richterinnen und Richter gewährleisten, wobei explizit Alternativen zu Mandatsabgaben gefordert werden. Letzteres wurde auch von einer noch nicht behandelten parlamentarischen Initiative Walti (fdp, ZH; Pa.Iv. 20.468) vorgeschlagen.
Anfang Dezember stimmte die RK-SR dem Begehren ihrer Schwesterkommission knapp mit 6 zu 6 Stimmen bei einer Enthaltung und Stichentscheid des Präsidenten Beat Rieder zu. Die Kommission sei der Ansicht, dass sich das aktuelle Wahlsystem für Bundesrichterinnen und -richter bewährt habe, dass es aber prüfenswerte Fragen gebe. Die RK-NR solle aber nur «die für absolut notwendig erachteten Verbesserungen» ausarbeiten.

Ein Verbot von Mandatssteuern und Parteispenden für Mitglieder der Gerichte des Bundes forderte Beat Walti (fdp, ZH) in einer parlamentarischen Initiative, die er Ende September 2020 einreichte. Die FDP wolle die «Richtersteuer abschaffen», titelte in der Folge die Aargauer Zeitung. Zwar habe die Staatengruppe gegen Korruption des Europarats (GRECO) die Schweiz bereits vor Jahren gemahnt, dass die Unabhängigkeit der Judikative gefährdet sei, weil Richterinnen und Richter einer Partei angehören müssten, aber auch weil sie ihrer Partei Abgaben zu entrichten hätten, um die eigene Wiederwahl nicht zu gefährden. Von CHF 20'000 (GP) bis CHF 30'000 (FDP) pro Jahr und Bundesrichter wusste die Aargauer Zeitung zu berichten. Bei den Grünen hätten die Einnahmen 2015 zu 10 Prozent aus Mandatsabgaben ihrer Richterinnen und Richter bestanden. Ein Verbot könne dem Eindruck entgegenwirken, dass zwischen politischen Parteien und Mitgliedern von Gerichten eine Abhängigkeit bestehe, gab Beat Walti der Zeitung zu Protokoll.
Die RK-NR gab Mitte Januar 2021 bekannt, dass sie mit der Beratung der parlamentarischen Initiative Walti noch zuwarten wolle, bis die auf die Frühjahrssession 2021 terminierten Diskussionen im Nationalrat über die Justizinitiative und über einen allfälligen indirekten Gegenvorschlag geführt worden seien.