Nachdem 1985 eine Stagnation des Waldsterbens festgestellt worden war, verschlechterte sich der Gesundheitszustand des Waldes im Berichtsjahr alarmierend. Aus der Sanasilva-Waldschadeninventur 1986 geht hervor, dass die Zahl der geschädigten Waldbäume innert Jahresfrist um 14 Prozent auf 50 Prozent zugenommen hat. Dabei sind die Laubbäume (+16%) stärker betroffen als die Nadelbäume (+13%). Den grössten Schadenanteil trägt die Alpenregion mit 60 Prozent kranken Bäumen (+ 17%); auf der Alpensüdseite sind es sogar 65 Prozent. Angesichts der bedrohlich steigenden Schäden wurde eine Fortsetzung des 1987 auslaufenden Sanasilva-Programms beschlossen. Da seine Volksinitiative «Kampf dem Waldsterben» nicht zustande kam, lancierte der Umweltschützer F. Weber eine neue Initiative «Rettet unsere Wälder», die ebenfalls verlangt, dass die Luft-, Wasser- und Bodenverschmutzung auf den Stand von 1955 reduziert wird. Vom Parlament war der Bundesrat anlässlich der Sondersession zum Thema Waldsterben im Vorjahr aufgefordert worden, in einem Konzept festzulegen, auf welchen Stand und mit welchen zusätzlichen Massnahmen die Luftqualität verbessert werden solle. Nach diesem nun vorgelegten Luftreinhalte-Konzept will die Landesregierung die Luftbelastung so weit reduzieren, dass sie wieder den Stand der 50er Jahre erreicht. Sie kam allerdings zum Schluss, dass das gesteckte Ziel bei den Stickoxid- und Kohlenwasserstoff-Emissionen mit den ins Auge gefassten Massnahmen nicht erreicht werden könne. Aufgrund der alarmierenden Ergebnisse des Sanasilva-Waldschadenberichts forderte Nationalrat Künzi (fdp, ZH) in einer dringlichen Interpellation (86.997) deshalb weitergehende Massnahmen. Der Bundesrat anerkannte deren Notwendigkeit und gab zugleich zu bedenken, dass ihre Realisierung in erster Linie vom politischen Willen des Parlaments abhänge.

Auch im Bereiche des Natur- und Landschaftsschutzes fand die Sorge um gefährdete Werte weiterhin Ausdruck in politischen Aktionen. Im nahezu dreijährigen Ringen um die Erhaltung der Rebberglandschaft des Lavaux erreichte das vom kämpferischen Heimatschützer Franz Weber präsidierte Komitee «Sauver Lavaux», dass eine mit der Angelegenheit betraute Kommission der waadtländischen Regierung beantragte, das umstrittene Gebiet in die Schutzzone aufzunehmen. Eine Volksinitiative zur Förderung der schweizerischen Fuss- und Wanderwege wurde mit der ungewöhnlich hohen Zahl von 123'749 gültigen Unterschriften eingereicht (davon stammte fast ein Viertel aus dem Kanton ZH). Die Stimmbürger des Kantons Zürich nahmen eine Vorlage über Erholungsgebiete an. Widerstand machte sich lediglich in ländlichen Regionen bemerkbar; die Bauern befürchteten, vermehrt unter der Rücksichtslosigkeit von Ausflüglern leiden zu müssen. Um dem Nationalpark eine neue finanzielle und rechtliche Grundlage zu verschaffen, liess der Bundesrat einen Vorentwurf für ein entsprechendes Gesetz ausarbeiten.

Auch im Natur- und Heimatschutz waren weiterhin Bestrebungen für ein stärkeres Engagement des Bundes wirksam. Die dafür zuständige Abteilung des Eidg. Oberforstinspektorats befasste sich aufgrund der vom Parlament überwiesenen Motionen mit einer Revision des Natur- und Heimatschutzgesetzes, wobei sie den Entwicklungen im Raumplanungs- und Umweltschutzrecht Rechnung trug. Der Bundesrat entschied sich für eine Teilnahme an der Durchführung des «Jahres für Denkmalpflege und Heimatschutz», das der Europarat für 1975 proklamiert hatte; zur Einleitung einer Aufklärungskampagne beherbergte Zürich im Sommer eine Konferenz, die staatliche und private Delegierte aus fast allen Ländern Europas vereinigte. Dabei wurde besonderes Gewicht auf eine Einordnung des Heimatschutzes in die moderne Raum- und Siedlungsplanung gelegt. Als eines von rund 50 europäischen Musterbeispielen soll in Mullen mit Bundesmitteln eine lebensfähige Altstadt restauriert werden. Anderseits unterzeichnete die Schweiz ein Übereinkommen über den internationalen Handel mit gefährdeten Arten freilebender Tiere und Pflanzen, das von der Umweltschutzkonferenz der UNO im Jahre 1972 angeregt worden war und das die Einführung einer entsprechenden Bewilligungspflicht vorsieht.
Eine neue Forderung an den Bund betraf den Schweizerischen Nationalpark. Da die Kosten für dessen Unterhalt den Schweizerischen Bund für Naturschutz immer stärker belasten, beschloss dieser, für den Park die Rechtsform einer öffentlichen Stiftung anzustreben, an der die Eidgenossenschaft beteiligt wäre. Ausserdem unterstützten dem Naturschutz nahestehende Kreise die Beauftragung des Bundes mit der Förderung der Wanderwege. Nachdem ein parlamentarischer Vorstoss vom Bundesrat eher zurückhaltend aufgenommen worden war, wurde im Spätsommer eine Verfassungsinitiative lanciert, die allerdings nicht unbestritten blieb.
Mit wechselndem Erfolg wurde um einzelne von wirtschaftlicher Nutzung bedrohte Landschaften gekämpft. Der Bundesrat hiess eine Beschwerde gegen den Bau einer Luftseilbahn auf den Feekopf (VS) gut, wies aber eine weitere, die sich gegen ein entsprechendes Vorhaben am Kleinen Matterhorn wandte, mit der Begründung ab, dass die betreffende Gegend bereits verschiedene technische Anlagen aufweise und dass die Gemeinde Zermatt andere Teile ihres Gebiets unter Schutz gestellt habe. Auf kantonaler Ebene wurden Naturschutzziele mit Hilfe von Volksbegehren verfolgt: so reichte der Journalist Franz Weber in der Waadt 26'000 Unterschriften für die Erhaltung der Rebberglandschaft des Lavaux ein. Im Thurgau wurde die Bewahrung der natürlichen Ufer des Bodensees und des Rheins durch eine neue Verfassungsbestimmung, die auf eine Volksinitiative zurückging, zur Staatsaufgabe erklärt.