Les instances de sécurité nucléaire ont traversé une année 2012 difficile. En effet, deux membres de la Commission fédérale de sécurité nucléaire (CSN) ont donné leur démission au cours de l’année. Le géologue Marcos Buser a dénoncé des connivences entre l’Office fédéral de l’énergie (OFEN), l’Inspection fédérale pour la sécurité nucléaire (IFSN) et la Nagra, la société coopérative nationale pour le stockage des déchets radioactifs. Quant à Tanja Manser, spécialiste de la gestion des risques, elle a quitté la CSN afin de protester contre le manque de moyens que le Conseil fédéral accorde à la sécurité nucléaire. En outre,Walter Wildi, expert indépendant et ancien directeur de l’instance qui a précédé le CSN, a annoncé qu’il quittait le comité consultatif « Gestion des déchets » au sein de la Nagra. Le géologue a critiqué le manque d’indépendance de la part de l’IFSN, suite à quoi les préoccupations principales de la sécurité nucléaire n’auraient pas été suffisamment prises en compte. Il a notamment dénoncé le risque de contamination des réserves d’eau potable lors de manipulations des déchets. Face à ces critiques, le Conseil fédéral a commandé un rapport externe, qui a fait état de la relation entre l’IFSN et la Nagra. L’expertise a constaté que l’IFSN transmettait systématiquement les procès-verbaux de ses séances à la Nagra pour correction avant de les remettre aux autres participants. Il ne s’agirait pas d’une falsification des contenus et des décisions prises. Néanmoins, le rapport a recommandé l’arrêt de cette pratique.

En octobre, le groupe d’experts pour les modèles de gestion des déchets radioactifs (EKRA), présidé par le professeur Wildi, a publié son deuxième rapport au sujet du modèle de stockage géologique durable contrôlé. Le document réaffirme qu'un dépôt en profondeur est plus adapté qu'un dépôt en surface. La sécurité y sera meilleure, notamment face aux catastrophes, à la guerre, au terrorisme, aux chutes d’avion. Le "modèle Wildi" est composé de trois types de dépôts : le dépôt test, le dépôt pilote et le dépôt principal. Il offre la possibilité de maintenir ouvertes certaines parties – le dépôt pilote en particulier – pendant une phase de contrôle et d’observation prolongée. Il s’agit aussi de laisser la porte ouverte à la récupération des déchets en cas de défaillance de la sécurité. Conséquence : le groupe Wildi propose de mettre en place un système d’assurance spécial et d’en tenir compte dans la révision de la loi sur la responsabilité nucléaire. L’EKRA considère que la multiplication des droits d’opposition contre la construction d’un dépôt est problématique. Il suggère de retirer aux cantons et aux communes leur droit de veto et de transférer l’ensemble des compétences en matière d’énergie nucléaire à la Confédération. Le groupe "Wildi" reconnaît néanmoins l’importance de la participation des acteurs régionaux. Elle suggère la création d’un conseil de gestion pour l’élimination des déchets, une instance consultative dans laquelle la Confédération, les cantons, les producteurs de déchets, les organisations préposées à leur gestion, des organisations non gouvernementales (ONG) et associations régionales seraient représentées. Selon le deuxième rapport Wildi, le rôle de la Confédération doit être accru. Elle devrait fixer un calendrier contraignant de mise en service des dépôts souterrains, car tant pour le Wellenberg que pour le dépôt de Benken la procédure était, à ses yeux, trop lente. La commission recommande également de séparer les autorités qui délivrent les autorisations de celles qui assurent la surveillance. Elle demande aussi la création d’un organe de contrôle indépendant chargé de superviser la gestion financière et le programme de travail de la Coopérative pour l’entreposage des déchets radioactifs (NAGRA). Le groupe plaide enfin pour l’encouragement des programmes pluridisciplinaires de recherche sur la gestion des déchets et pour la formation de spécialistes.