Au Conseil des Etats, l’entrée en matière a été acquise sans opposition. Une minorité emmenée par Gisèle Ory (ps, NE), a proposé que le Conseil fédéral informe de manière régulière le parlement sur l'état de la sécurité aux frontières extérieures de l'UE et sur la participation de la Suisse aux activités de contrôle. Les députés ont cependant rejeté cette proposition par 26 voix contre 9. Au vote sur l’ensemble, le projet a été adopté à l’unanimité. Au Conseil national, une minorité emmenée par Geri Müller (pe, AG), mais également soutenue par des députés UDC, a proposé de ne pas entrer en matière sur cet objet : les uns estimant que Frontex ne permet pas de toucher aux causes des migrations, notamment venant d'Afrique et les autres pensant que les frontières continueront d'être des passoires et que les coûts sont trop élevés. Cette proposition de non-entrée en matière a été rejetée par 96 voix contre 52. Lors de la discussion par article, deux propositions de minorité ont été présentées. La première, emmenée par Brigit Wyss (pe, SO) demandait que le Conseil fédéral adresse chaque année un rapport aux chambres sur l'engagement du matériel et du personnel de l'administration des douanes auprès de l'Agence européenne pour la gestion de la coopération opérationnelle aux frontières extérieures des Etats membres de l'UE. Plus modérée, la seconde proposition, emmenée par Evi Allemann (ps, BE), demandait simplement que le Conseil fédéral informe le parlement sur les détails des mesures internationales qui seront prises dans le cadre de Schengen. Opposées l’une à l’autre, les députés ont préféré la seconde, par 36 voix contre 25. Celle-ci n’a cependant pas fait le poids face à la proposition de la majorité de la commission, cette dernière étant acceptée par 104 voix contre 55. Au vote sur l’ensemble, le plénum a adopté le projet par 82 voix contre 52. En vote final, le Conseil national a confirmé sa décision par 97 voix contre 70 (UDC et Verts principalement) et le Conseil des Etats à l’unanimité moins une abstention.