Die Vereinigte Bundesversammlung bestimmte die Nachfolge der beiden Magistraten am 22. September. Zuerst wurde die Ersatzwahl von Moritz Leuenberger vorgenommen. Die Zweiernomination der SP wurde von der CVP, der FDP, der EVP, der GLP und den Grünen unterstützt. Die BDP unterstützte die Nomination Sommaruga und die SVP trat mit dem Sprengkandidaten Jean-François Rime an. Im ersten Wahlgang lag Sommaruga mit 86 Stimmen vor Rime mit 80 und Fehr mit 61 Stimmen. Zehn Stimmen entfielen auf Hildegard Fässler, die allerdings bereits in der internen SP-Ausmarchung gescheitert war. Im zweiten Wahlgang fielen diese zehn Stimmen Sommaruga zu. Auch im dritten Wahlgang veränderte sich nichts an der Reihenfolge der Kandidaten (Sommaruga mit 98 Stimmen vor Rime mit 77 Stimmen), so dass Fehr mit 70 Stimmen ausschied. Im vierten Wahlgang wurde schliesslich Simonetta Sommaruga mit 159 von 240 gültigen Stimmen zur neuen Bundesrätin erkoren.

Die Nominationen der FDP wurden von der CVP, der EVP und der GLP unterstützt. Die SVP trat noch einmal mit ihrem Sprengkandidaten Jean-François Rime an und auch die Grünen traten mit ihrer Sprengkandidatin an. Die SP gab bekannt, zu Beginn des Wahlvorganges die grüne Kandidatin zu unterstützen. Da sie aber kaum realistische Chancen für einen grünen Bundesratssitz sehe, werde sie anschliessend einen der beiden FDP-Kandidaten wählen. Im ersten Wahlgang lag Rime mit 72 Stimmen an der Spitze, gefolgt von Wyss mit 57 Stimmen. Auf die FDP-Kandidaten Schneider-Ammann und Keller-Sutter entfielen 52 bzw. 44 Stimmen. Zwölf Stimmen erhielt Ignazio Cassis, der sich mit dem Hinweis von der Wahl zurückzog, dass die italienischsprachige Schweiz seit 1999 nicht mehr in der Regierung vertreten sei. Im zweiten Wahlgang machte Schneider-Ammann Boden gut und erhielt 75 Stimmen, gefolgt von Rime mit 72, Keller-Sutter mit 55 und Wyss mit 40 Stimmen. An dieser Reihenfolge änderte sich auch im dritten Wahlgang nichts, so dass Wyss aus dem Rennen fiel. Ihre Stimmen verteilten sich anschliessend auf Schneider-Ammann (84 Stimmen) und Keller-Sutter (74 Stimmen), die aber knapp weniger Stimmen erhielt als Rime (76). Im fünften Wahlgang obsiegte schliesslich Johann Schneider-Ammann mit 144 von 237 gültigen Stimmen. Die Neuwahlen bescherten der Schweiz zum ersten Mal eine Frauenmehrheit in der Landesregierung. Darüber hinaus wurden zum ersten Mal gleichzeitig zwei Regierungsmitglieder aus dem gleichen Kanton (Bern) gewählt. Das Parlament machte damit deutlich, dass die regionale Herkunft derzeit kein Wahlkriterium ist.

Die Grünen griffen bei den Bundesratsersatzwahlen im Herbst des Berichtjahrs den Sitz der FDP an. Die Partei rechnete sich mit Unterstützung der SP und der CVP Erfolgschancen aus. Der Anspruch der Grünen mit 10% Wähleranteil auf einen Bundesratssitz sei ebenso berechtigt wie jener der CVP, verlauteten die Parteisprecher. Die Suche nach Spitzenkandidaten verlief allerdings harzig. Mit Marlies Bänziger (ZH), Geri Müller (AG) und Brigit Wyss (SO) stellten sich schliesslich drei Kandidaten zur Verfügung. Die Fraktion bestimmte Brigit Wyss zur Sprengkandidatin. Sie schied allerdings bereits im dritten Wahlgang mit 40 Stimmen aus.