Durant le courant de l’été, le BLS a demandé au DETEC de prendre en charge le percement du deuxième tube de 7,2 kilomètres entre Frutigen et Mitholz (BE). Il s’agissait uniquement de le percer, pas de l’aménager. Le BLS entendait profiter de l’offre de CHF 90 millions qui lui avait été faite. Ce prix avantageux – 2 à 3x moins cher selon la BLS – était dû au fait que les machines se trouvaient déjà sur place. Mais cette offre exigeait du DETEC une réponse "rapide" ; les entreprises en charge du chantier prévoyaient de terminer le tunnel pour avril 2003. Outre l’argument économique et temporel, l’explosion du trafic par le Lötschberg en était un autre avancé par la BLS. Dans sa réponse, l’OFT a refusé la demande de percement du deuxième tunnel. L’Office s’est basé sur l’arrêté de 1998 (NLFA) qui ne permettait pas la réalisation de nouvel ouvrage. De plus, il mettait en doute la preuve d’utilité dans le futur de ce tunnel ; rien n’indiquait un besoin effectif.

Le Conseil fédéral a augmenté de CHF 300 millions le crédit d’ouvrage destiné à l’axe du Lötschberg dans le cadre de la NLFA. Cette augmentation permet de compenser le renchérissement, la taxe sur la valeur ajoutée et les intérêts intercalaires. Le renchérissement inscrit à la fin de 2002 se montait à CHF 217 millions. Jusqu’à la fin de 2002, il y avait lieu d’engager CHF 37 millions pour la taxe sur la valeur ajoutée et CHF 46 millions pour les intérêts intercalaires accumulés.

Le Conseil fédéral a établi une convention avec le BLS et a libéré un crédit global de CHF 40,97 millions (partie du crédit global de la NLFA). Il servira à rénover les installations de signalisation sur la voie d’accès au tunnel de base entre Thoune et Frutigen. Cet aménagement permettra d’accroître la capacité des tronçons en augmentant la fréquence des trains et en introduisant la banalisation des voies. De plus, trois passages à niveaux seront supprimés dans les communes de Thoune et de Spiez. Ces dernières participeront aux coûts subséquents. Dans un deuxième arrêté fédéral, le Conseil fédéral a approuvé la convention entre la Confédération et BLS SA sur la préparation à l’exploitation de l’axe du Lötschberg. La convention donne la mission au BLS de faire en sorte que le tunnel de base soit entièrement opérationnel lors de la mise en exploitation en mai 2007. Pour ce faire, l’entreprise va recevoir des fonds pour un montant de CHF 109 millions sur les réserves du crédit global NLFA. Ceux-ci iront à l’achat d’une section d’extinction et de sauvetage, ainsi qu’à d’autres véhicules et appareils. Ils serviront également à financer la formation du personnel et les travaux de planification et de construction.

Treize ans après l’approbation en votation populaire des NLFA et onze ans après le premier coup de pioche, les mineurs ont achevé le percement des 34,6 kilomètres du tunnel du Lötschberg. Sa mise en service est prévue pour 2007.

Le Conseil fédéral a libéré CHF 123 millions pour financer l’avancement du Lötschberg, dont CHF 7 millions pour la préparation de l’exploitation du tunnel de base. Ce déblocage de fonds sert principalement à couvrir les surcoûts liés à la zone carbonifère difficile du tunnel de base, à la mauvaise qualité de la roche de Frutigen (BE) et aux exigences supplémentaires des entreprises. Il s’agit aussi d’assurer la pose du système d’arrêt automatique des trains ETCS Level 2, l’entretien du tunnel, ainsi que le sauvetage et la réparation des pannes. CHF 72,4 millions seront mis à disposition pour l’équipement des 115 locomotives qui devront être munies du nouveau système de sécurité ETCS. La répartition de cette somme est d’un quart pour les CFF et de trois quarts pour le BLS. Ce déblocage des réserves est le quatrième opéré par le Conseil fédéral pour le Lötschberg. Le total des réserves s’élève à CHF 1,474 milliard. Au sujet de la troisième libération de fonds en 2004, voir ici.

2005 hatte das Parlament die zweite Etappe der Bahnreform an die Regierung zurückgewiesen, weshalb die vorgesehene Neuordnung der Finanzierung der Eisenbahn-Infrastruktur nicht wie geplant auf den 1. Januar 2007 in Kraft treten kann. Da der 8. Rahmenkredit für die Privatbahnen Ende 2006 erschöpft ist, beantragte der Bundesrat dem Parlament als Übergangslösung einen 9. Rahmenkredit für Investitionsbeiträge an die konzessionierten Eisenbahnunternehmen (KTU) für die Jahre 2007–2010 von CHF 600 Mio. und die Umwandlung des der BLS Lötschbergbahn gewährten Baukredits in bedingt rückzahlbare Darlehen.

Gegen den Willen des Bundesrates erhöhte der Ständerat diesen Kredit auf CHF 800 Mio. – die KTU hatten aufgrund des Bedarfs CHF 1,05 Mrd. verlangt. Gemäss Kommissionssprecher Pfisterer (fdp, AG) reiche die von der Regierung beantragte Summe weder für die Erhaltung der Substanz noch für die nötigen Erweiterungsinvestitionen aus. Die Privatbahnen müssten haushälterisch mit den Finanzmitteln umgehen sowie Umfang und Optimierungsmöglichkeiten ihres Angebots prüfen, allenfalls auch die Umstellung vom Bahn- auf den Busbetrieb. Der Bundesrat erwäge mittelfristig Streckenschliessungen aus Sicherheitsgründen, aber auch aufgrund unverhältnismässiger Sanierungskosten. Bundesrat Leuenberger hielt an den von der Regierung beantragten CHF 600 Mio. fest, da der Bund sparen müsse, die Parteien für Bildung und Forschung aber mehr Geld ausgeben wollten. In der Gesamtabstimmung nahm der Ständerat sowohl den 9. Rahmenkredit für die KTU als auch die Umwandlung des der BLS Lötschbergbahn gewährten Baukredits in ein bedingt rückzahlbares Darlehen einstimmig an. Er überwies zudem ein Postulat (06.3179), das einen Bericht zum Zustand der Infrastruktur der Privatbahnen verlangt.

Im Nationalrat stand eine weitere Erhöhung des KTU-Kredits auf CHF 920 Mio. zur Diskussion, welche die Mehrheit der Verkehrskommission vorschlug und die von der SP und den Grünen getragen wurde. CVP und FDP wollten sich dem Ständerat anschliessen (CHF 800 Mio.), die SVP unterstützte den Vorschlag des Bundesrats (CHF 600 Mio.). Die grosse Kammer folgte mit 109:80 Stimmen dem Ständerat und setzte den Rahmenkredit für die KTU auf CHF 800 Mio. fest. Ein Antrag der SVP, für Strecken, die längerfristig stillzulegen sind, keine wertvermehrenden Investitionen zu tätigen, wurde mit 116:73 Stimmen verworfen. In der Gesamtamtstimmung hiess der Nationalrat den Rahmenkredit für die KTU mit 161:8 Stimmen bei 20 Enthaltungen gut. Die Umwandlung des der BLS Lötschbergbahn gewährten Baukredits in bedingt rückzahlbare Darlehen hatte die Verkehrskommission des Nationalrats erst andiskutiert, aber noch nicht beschlossen.

À la suite du Conseil des Etats, l’année précédente, le Conseil national a approuvé par 145 voix contre 16 l’arrêté fédéral sur la conversion du crédit de construction du BLS Chemin de fer du Lötschberg SA en prêt sans intérêt conditionnellement remboursable. Cet arrêté constitue la base juridique nécessaire à la prise de participation majoritaire de la Confédération dans la société BLS Réseau SA par laquelle elle restera propriétaire du tunnel du Lötschberg.

La Chambre basse a approuvé sans discussion un postulat Donzé (pev, BE) chargeant le Conseil fédéral de présenter un rapport sur les avantages que présenterait l’achèvement de l’équipement technique ferroviaire du tunnel de base du Lötschberg entre Mitholz et Ferden. Le renoncement à l’équipement de la deuxième galerie de ce tronçon ayant occasionné une réduction de la capacité totale du tunnel de base, il s’agit d’évaluer le coût qu’impliquerait son achèvement à la lumière du gain potentiel au niveau de l’exploitation. Le cas échéant, le Conseil fédéral doit fournir une évaluation des délais de réalisation de l’ouvrage. Concernant le renoncement à certains projets pour des motifs financiers, voir ici (2004) et ici (2005).

Le 15 juin de l’année sous revue, le tunnel du Lötschberg a été officiellement inauguré. Son ouverture s’est effectuée en deux temps. Limitée au trafic marchandises du 15 juin au 8 décembre, elle a été étendue au trafic voyageurs avec l’entrée en vigueur du nouvel horaire CFF. À partir du 9 décembre 2007, quarante-deux trains de passagers empruntent quotidiennement le tunnel. Grâce à celui-ci et à la nouvelle ligne Rail 2000 Olten-Berne, les temps de parcours à destination du Valais et de l’Italie connaissent une réduction remarquable. Le trajet Zurich-Viège ne durera plus que deux heures au lieu de trois précédemment, et celui entre Bâle et Milan quatre au lieu de cinq.

Ouvert en 2007, le tunnel du Lötschberg a déjà atteint sa capacité limite, a annoncé la compagnie BLS au printemps. Son succès est tel que l’offre de sillons, en particulier en matière de trafic marchandises transalpin, ne parvient plus à satisfaire la demande et que des goulets d’étranglement sont apparus, notamment entre Berne et Thoune, dans la vallée de l’Aar, et entre Bâle et Olten (tunnel du Wisenberg). Afin de répondre à la demande croissante, la société a jugé nécessaire l’achèvement du tunnel, par l’équipement du second tube sur le tronçon Ferden-Mitholz, et la construction d’une troisième voie sur le tronçon Gümligen-Münsingen (BE). Selon les résultats d’une étude réalisée sur mandat de BLS, l’achèvement est techniquement réalisable dans un délai de 12 ans pour un montant total de CHF 1,33 milliard. Une variante réduite, se limitant à l’équipement du second tube, coûterait quant à elle CHF 790 millions. L’achèvement du tunnel permettrait d’offrir une cadence semi-horaire pour le trafic voyageurs et de doubler la capacité pour le trafic marchandises. Les gouvernements bernois et valaisan ont accueilli avec enthousiasme les résultats de cette étude et se sont engagés à intervenir auprès de la Confédération afin que celle-ci intègre le Lötschberg à la variante 1 du projet Rail 2030. Ils ont par ailleurs proposé de financer les travaux au moyen des amortissements que verse BLS à la Confédération à raison de CHF 75 millions par an. Afin de mener la lutte sur le terrain fédéral, les deux cantons ont créés un « comité pour le Lötschberg ».

Im März des Berichtsjahrs erfolgte die bereits 2010 angekündigte Gründung des Lötschberg-Komitees, das vom ehemaligen BLS-Direktor und bernischen BDP-Grossrat Mathias Tromp geführt wird. Die Interessenorganisation, der sich u.a. die Kantone Bern, Wallis, Aargau, Solothurn, Neuenburg und beide Basel angeschlossen haben, fordert zur Beseitigung der Kapazitätsengpässe auf dem Schweizer Schienennetz den durchgehend zweigleisigen Ausbau des Lötschberg-Basistunnels und damit eine Stärkung der Achse Basel–Bern–Domodossola im Alptransit. (Zur Umwandlung des der BLS gewährten Baukredits in ein bedingt rückzahlbares Darlehen siehe hier.)

Ein Postulat Bregy (cvp, VS) vom September 2019 regte eine neuerliche Prüfung des Vollausbaus des Lötschberg-Basistunnels an: Mit dem in Planung befindlichen Ausbau der Bahntechnik müsse der Tunnel sowieso mehrere Monate für den Verkehr gesperrt werden. Es dränge sich die Frage auf, inwiefern diese Zeit für den Vollausbau des Bahntunnels genutzt werden könnte, begründete Nationalrat Bregy sein Anliegen.
Zur Inbetriebnahme des Lötschberg-Basistunnels 2007 war erst die östliche Röhre voll ausgebaut worden, die westliche Röhre war auf Teilstücken an beiden Portalen fertig ausgebaut – die Teilstücke führten nach einigen Kilometern jedoch in die Ost-Röhre – und auf weiteren Teilstücken im Rohbau belassen worden. Ein Teilstück der West-Röhre ist noch nicht ausgebrochen. Seit der Erreichung der Kapazitätsgrenze 2010 war der weitere Ausbau oder der Vollausbau der West-Röhre ein wiederkehrendes Anliegen insbesondere der Kantone Bern und Wallis und der BLS.
Der Bundesrat verwies auf die laufenden Abklärungen in der Planung des weiteren Ausbaus des Lötschberg-Basistunnels und zeigte sich in seiner Stellungnahme zum Postulat bereit, Informationen zu Kosten, Aufwand und Sperrzeiten eines Vollausbaus in diese Abklärungen aufzunehmen. Die Ergebnisse dieser Abklärungen würden dem Parlament im Rahmen des Zwischenberichts zum Ausbauschritt 2035 voraussichtlich 2022 unterbreitet.
Im Dezember 2019 nahm der Nationalrat das Postulat diskussionslos an.

Der Bundesrat beantragte im August 2023 im Rahmen der Botschaft zu Stand und Änderungen der Bahn-Ausbauschritte die Abschreibung eines Postulats von Matthias Bregy (mitte, VS). Der Bundesrat hatte den Vollausbau des Lötschberg-Basistunnels einer neuerlichen Prüfung unterzogen, womit das Anliegen des Postulats erfüllt sei.
Der Vollausbau wurde vom Bundesrat infolge der Prüfung auch tatsächlich beschlossen und in den Ausbauschritt 2035 aufgenommen, was auch eine Erhöhung des Verpflichtungskredits für den Ausbauschritt 2035 um CHF 640 Mio. nötig machte. Der Bundesrat begründete den Beschluss damit, dass der Voll- anstelle des Teilausbaus Vorteile für den Personen- sowie Güterverkehr habe und eine achtmonatige Totalsperrung des Tunnels verhindere, welche beim Teilausbau nötig gewesen wäre. Auch komme es nicht zu einer möglicherweise problematischen Überschneidung mit der Räumung des Munitionslagers Mitholz.
Der Nationalrat genehmigte die Abschreibung des Postulats in der Frühjahrssession 2024.