Afin de remédier à cette situation difficile sur le plan financier, les CFF ont pris diverses mesures et, en premier lieu, ont décidé d'une nouvelle augmentation de leurs tarifs qui interviendra le ler mai 1991. Celle-ci devrait apporter un gain de 119,1 millions de francs à la régie et s'attache surtout à compenser le renchérissement. Dans un premier temps, cette hausse avait été envisagée à 10,6% en moyenne. Mais l'intention du gouvernement de réduire ses subventions, notamment en ce qui concerne l'abonnement demi-tarif, a poussé les CFF à fixer cette augmentation à 12,2%. Les motions Bührer (ps, SH) (90.596) et Eggenberg (ps, BE) (90.643), transmises comme postulats, ont demandé au Conseil fédéral de proposer au parlement un crédit permettant de maintenir le principe de la réduction accordée aux abonnements précités. Par ailleurs, la grande chambre a accepté le postulat Bürgi (pdc, SZ) (90.434) envisageant la prise en charge par la Confédération du supplément dont doivent s'acquitter les groupes de handicapés voyageant dans des voitures spécialement équipées.

Après avoir déjà augmenté massivement leurs prix en 1991, les CFF ont annoncé une nouvelle hausse, de l'ordre de 9.8 pour cent (7 pour cent pour la deuxième classe) en moyenne des tarifs dès le 1er mai 1992, destinée principalement à compenser l'inflation. Pour sa part, l'abonnement demi-prix passera de CHF 110 à 125 (+13.6%). Lors de la discussion sur le budget 1992 de la Confédération, les Chambres, sur proposition du gouvernement, ont en effet décidé de supprimer cette aide pour 1992. Cela a soulevé les protestations de toutes les entreprises de transport public, des syndicats de cheminots ainsi que de l'AST. Selon elles, cet abonnement, vendu à deux millions d'exemplaires depuis sa naissance en 1986, est devenu un élément central de la politique des transports en Suisse. Quant aux abonnements généraux, ils augmenteront de 6.5 pour cent pour la deuxième classe et de 14.5 pour cent pour la première classe. Ces hausses ont engendré les protestations de la Fondation pour la protection des consommateurs, cependant que «Monsieur prix», après examen, a autorisé leur entrée en vigueur.

Les CFF ont annoncé une nouvelle augmentation de leurs tarifs pour le 1er mai 1993. Plutôt qu'une hausse généralisée, ils ont préféré accroître le prix du billet sur certaines lignes seulement, les plus rentables.
En outre, les CFF ont innové en décidant d'introduire un abonnement pour les chiens.

En début d’année, les CFF ont communiqué que le prix des billets ne couvrait qu’environ 40% du coût réel du transport des passagers, les 60% restants étant financés par la Confédération. Peu après, l’ancienne régie fédérale a fait savoir qu’elle souhaitait une hausse moyenne des tarifs de 3,1% qui devrait entrer en vigueur en même temps que le nouvel horaire, soit en décembre 2007. L’Union des transports publics (UTP) a donné son aval et déposé un projet en ce sens. S’il a accepté la hausse générale des tarifs, le surveillant des prix, Rudolf Strahm, a par contre violemment critiqué une proposition des CFF de renchérir particulièrement les lignes les plus fréquentées. Après négociations, les deux parties sont parvenues à un accord sur le gel de ces renchérissements sectoriels pendant un an, le temps d’étudier d’autres modifications possibles du système tarifaire.

Les CFF ont suscité une vague d’indignation lorsqu’ils ont annoncé, fin septembre, qu’ils envisageaient d’imposer une surtaxe sur les trajets pendulaires dès fin 2009. En principe, il s’agit de fixer le prix du billet non plus seulement sur la base de la distance du trajet, mais aussi en fonction de l’heure (creuse ou de pointe) à laquelle le trajet est effectué. La Fédération romande des consommateurs (FRC) et l’ATE ont dénoncé un abus vis-à-vis de la clientèle captive, c’est-à-dire les usagers qui dépendent des CFF pour se rendre à leur travail. Face à la virulence des critiques, les CFF ont dû faire marche arrière et reformuler leur projet. Ils ont alors communiqué leur intention de proposer des offres meilleur marché aux heures creuses, de sorte à inciter les personnes qui le peuvent à voyager en dehors des heures de pointe, sans surtaxe pour les pendulaires.

Les CFF ont mis en œuvre l’offre de billets à prix réduits en fonction du taux d’occupation des trains, à l’étude depuis un certain temps déjà. Valable durant une période d’essai de trois mois et accessible uniquement via Internet, cette offre vise à améliorer la gestion des flux de voyageurs en déchargeant les heures de pointe vers les heures creuses. Il s’est toutefois révélé que ce dispositif profitait principalement aux personnes jouissant d’une grande liberté dans leur gestion du temps, au détriment donc des pendulaires, soumis à un horaire strict de travail. Au terme de deux périodes d’essai, les CFF ont parlé de succès, alors que la presse a jugé le bilan décevant, les rames demeurant surchargées aux heures de pointe. En effet, seuls 500 billets à tarif préférentiel ont été écoulés en moyenne quotidiennement, soit 0,7 pour mille de la totalité des usagers quotidiens des prestations des CFF. Les CFF ont par ailleurs renoncé à augmenter les tarifs au cours de l’année sous revue en raison de la crise économique. Présentée comme nécessaire au financement des projets d’extension du réseau ferroviaire (ZEB et Rail 2030), cette hausse est reportée d’une année, soit à l’entrée en vigueur de l’horaire 2011 en décembre 2010. Le DETEC et les CFF ont évalué à CHF 300 millions par an la contribution des voyageurs nécessaire à la réalisation du ZEB et de Rail 2030, soit une hausse globale de 10% du prix des billets.