Am 6. Februar 2018 teilte Peter Füglistaler, Direktor des Bundesamtes für Verkehr, mit, die Postauto AG habe zwischen 2007 und 2015 rund CHF 78 Mio. an Subventionen ertrogen. Dabei habe die Postauto AG Gewinne, die auf einigen Linien erwirtschaftet werden konnten, in andere Sparten verschoben und mit fingierten Kosten eine tiefere Wirtschaftlichkeit vorgetäuscht, um mehr Subventionen zu erhalten. Am selben Tag nahm Post-Chefin Susanne Ruoff zum sogenannten Postauto-Skandal Stellung. Sie bedaure die Vorgänge und hielt fest, dass sie erst im November 2017 von den Vorwürfen erfahren und danach vollkommene Transparenz geschaffen habe. Die Post habe eine interne Untersuchung eröffnet und werde mit allen Behörden kooperieren, um die Angelegenheit zu klären. Die CHF 78 Mio. werde die Post zurückzahlen. Der Leiter und der Finanzchef der Postauto AG mussten das Unternehmen per sofort verlassen. Auch die Politik reagierte auf den aufgedeckten Skandal: Die Präsidentin der KVF-NR, Nationalrätin Edith Graf-Litscher (sp, TG) zeigte sich enttäuscht, appellierte an die Verantwortung der Post als Bundesbetrieb und kündigte an, die Kommission werde sich im März mit der Angelegenheit befassen.
Schon am 8. Februar kamen weitere Ungereimtheiten ans Licht. So wurde bekannt, dass einige Kantone bereits 2011/2012 vom Bundesamt für Verkehr (BAV) deutlich gefordert hatten, die Verwaltung der Postauto AG gründlich zu überprüfen. Die Kantone Bern, Jura, Waadt und Neuenburg schrieben in ihrem gemeinsamen Brief, die Postauto AG weise Mängel in der Transparenz auf, die eine Einschätzung der wahren finanziellen Situation verunmöglichten. Das BAV hatte darauf nach einer Untersuchung rund CHF 13.7 Mio. von der Postauto AG zurückgefordert, ohne jedoch das Ausmass der Umbuchungstricks erkannt zu haben. Dieses sei dem BAV erst im Rahmen einer Reorganisation der Postauto AG aufgefallen. In Erklärungsnotstand geriet auch die Revisionsgesellschaft KPMG, welcher in den jährlichen Revisionen keine Ungereimtheiten aufgefallen waren. Den grössten Wirbel erzeugte aber der „Blick“, der schrieb, Post-Chefin Ruoff habe durch eine Aktennotiz schon seit 2013 von Kostenumbuchungen zu Lasten des öffentlich finanzierten Verkehrs gewusst. Ruoff beharrte jedoch auf ihrer Aussage, sie habe erst 2017 davon erfahren.
Am 14. Februar beschloss der Verwaltungsrat der Post, Susanne Ruoff als Post-Chefin im Amt zu belassen, mindestens bis zum Abschluss der Untersuchungen. Der Verwaltungsrat teilte weiter mit, dass die Boni von Ruoff und der Geschäftsleitung der Postauto AG für das vergangene Jahr vorerst nicht ausbezahlt würden. Zudem entschied der Verwaltungsrat, künftig auf ein Gewinnziel für die Postauto-Sparte zu verzichten. Zuvor liessen Medienberichte den Verdacht aufkommen, die Führung der Postauto AG habe sich unlauterer Methoden bedient, um den von der Post-Führung geforderten Gewinn erzielen zu können.
Ebenfalls am 14. Februar reichte das BAV eine Strafanzeige ein. Bundesanwalt Michael Lauber und der Generalstaatsanwalt des Kantons Bern, Michel-André Fels, lehnten es am 21. Februar jedoch ab, die Strafanzeige anzunehmen, da bei Subventionsbetrug das zuständige Amt zu verfolgen und beurteilen habe. Das BAV teilte mit, es habe keine Kapazitäten zur Verfolgung des Falls. Der Bundesrat betraute deshalb Ende Februar das Bundesamt für Polizei (Fedpol) mit der Untersuchung. Die Post rief im Februar eine Expertengruppe ins Leben, um die interne Untersuchung durchzuführen. Weil diese dem Verwaltungsratspräsidenten Urs Schwaller unterstellt war, wurde die Unabhängigkeit der Expertengruppe von Medien und Politik in Frage gestellt.

In einer grossen Aussprache zu den dringlichen Interpellationen betreffend den Postauto-Skandal äusserten sich in der Frühjahrssession 2018 zahlreiche Parlamentsmitglieder. Bundesrätin Leuthard wies darauf hin, dass die Strukturen im öffentlichen Verkehr dem Willen des Parlaments entsprächen, und es sahen sich denn auch viele Nationalratsmitglieder in der Verantwortung. Kritisiert wurde die Eidgenössische Finanzkontrolle, deren Mitglieder von Nationalrat Giezendanner (svp, AG) als «Schlafmützen» bezeichnet wurden. Bürgerliche Parteien tönten an, dass die (Teil-)Privatisierung der Postauto AG ein Thema werden könnte. Stimmen aus der SP und von den Grünen zielten hingegen auf die Gewinnbestrebungen der Post und auf die Boni der Geschäftsführung. Es wurden verschiedene Motionen und parlamentarische Initiativen zum Postauto-Skandal angekündigt, etwa die von Regula Rytz (gp, BE) eingereichten Motionen 18.3364 und 18.3370 sowie ihre parlamentarische Initiative 18.418 oder die Motion 18.3051 von der BDP-Fraktion.

Am Sonntag, 10. Juni 2018 trat die Postchefin Susanne Ruoff zurück – am Tag bevor der interne Bericht zum Postauto-Skandal veröffentlicht wurde. Obschon der Bericht keine Beweise enthalte, dass sie von den Umbuchungen in der PostAuto-Buchhaltung gewusst habe, übernehme sie die Verantwortung, erklärte Susanne Ruoff.
Der Rücktritt der Postchefin steigerte das ohnehin grosse öffentliche Interesse, mit welchem die Veröffentlichung des internen Untersuchungsberichts von Post-Verwaltungsratspräsident Urs Schwaller am 11. Juni 2018 erwartet wurde. Alt-Ständerat Schwaller, der seit 2016 im Verwaltungsrat der Post sitzt, gab bei der Präsentation des Untersuchungsberichts bekannt, dass die gesamte Geschäftsleitung der PostAuto zurücktrete. Interimistisch würden Ulrich Hurni die Konzernleitung der Post und Thomas Baur die Geschäftsführung der PostAuto übernehmen. Der Bericht zeigte auf, wie die PostAuto ihre Buchungsstruktur anpasste, mit dem alleinigen Ziel, Gewinne aus der Bilanz zu buchen, um weitere Subventionsansprüche zu legitimieren. Der Bericht warf die Frage auf, inwiefern frühere Führungspersonen der Post, so etwa Peter Hasler, Verwaltungsratspräsident der Post von 2010 bis 2016, Ulrich Gygi (Post-Konzernleiter von 2000 bis 2009) und Jürg Bucher (Post-Konzernleiter von 2009 bis 2012) Mitwissende waren. Zwar durften wegen der laufenden Untersuchung des Fedpol für den internen Bericht keine Befragungen durchgeführt werden, allerdings hielt der Bericht fest, die Geschäftsführung habe die vorgeschlagenen Umbuchungen jeweils genehmigt. Im gleichzeitig mit dem internen Bericht veröffentlichten Expertengutachten wurden Fragen betreffend die Rolle des Bundesamtes für Verkehr aufgeworfen: Preisüberwacher Stefan Meierhans hatte schon 2012 bei der Postgeschäftsleitung nachgefragt, wo Gewinne der PostAuto «verschwunden» seien, habe jedoch keine zufriedenstellende Antwort erhalten. Er sei deshalb auch beim BAV vorstellig geworden. Nach einem Hearing mit Post, BAV und Meierhans, sei der Ball beim BAV gelegen – dieses habe jedoch nichts weiter unternommen, wurde im Expertengutachten vermerkt. Es gebe jedoch keine Hinweise auf eine «absichtliche Untätigkeit» des BAV. Bundesrätin Leuthard kündigte in den Medien an, beim BAV ein Audit durchzuführen, um zu sehen, weshalb die Aufsicht versagt hatte.
Postpräsident Schwaller kündigte bei der Präsentation des internen Berichts zudem an, dass sich die PostAuto aus ihren Aktivitäten in Frankreich zurückziehen werde. Dies sei ein strategischer Entscheid, erklärte Schwaller.

Als Nachfolger der im Zuge des Postauto-Skandals zurückgetretenen Post-Chefin Susanne Ruoff und dem interimistisch führenden Ulrich Hurni gab die Post im November 2018 Roberto Cirillo bekannt. Der schweizerisch-italienische Doppelbürger, der schon in verschiedenen Ländern Führungspositionen bekleidet hatte, in der Schweiz aber noch weitgehend unbekannt war, werde per April 2019 die Führung der Post AG übernehmen.
Bereits Ende Juni 2018 hatte die Post bekanntgegeben, dass Christian Plüss per 1.1.2019 die Leitung der von Thomas Baur interimistisch geführten PostAuto übernehmen wird.

Im September 2018 gaben das BAV, die Post und die Konferenz der kantonalen Direktoren des öffentlichen Verkehrs bekannt, eine Rahmenvereinbarung zur Zurückzahlung der von PostAuto unrechtmässig erhaltenen Subventionsgelder («Postauto-Skandal») ausgearbeitet zu haben. Die Summe belief sich auf CHF 188.1 Mio.: CHF 90.5 Mio. musste die Post für die Zeit von 2007 bis 2015 CHF für die Sparte Regionalverkehr zurückzahlen, CHF 16.6 Mio. für die gleiche Periode für Rückleistungen für ungerechtfertigte Umbuchungen im Orts- und Auftragsverkehr und CHF 26.8 Mio. für Strafzinsen. Für die ab 2016 mit einer eigens eingeführten Holdingstruktur und durch überhöhte Transferpreise erlangten unrechtmässigen Subventionsbezüge muss die Post weitere CHF 54.3 Mio. an Bund und Kantone zurückzahlen.
Zudem bezahlt die Post freiwillig zusätzliche CHF 17.2 Mio., um unrechtmässige Bezüge vor 2007 abzugelten. Diese wären rechtlich verjährt, doch die Post wolle guten Willen zeigen und «Vertrauen schaffen für einen Neuanfang», so Verwaltungsratspräsident Schwaller. Der Gesamtbetrag der Rückzahlungen beläuft sich damit auf CHF 205.1 Mio.
Die Post gab am 18. Dezember 2018 bekannt, dass alle Kantone und der Bund die Vereinbarung unterschrieben hätten und die Post die Beträge innerhalb von 30 Tagen zurückzahlen werde.

Im Februar 2019 wurde bekannt, dass die Bundespolizei Fedpol ein Verfahren gegen den früheren PostAuto-Direktor Daniel Landolf und gegen den ehemaligen Finanzchef von PostAuto, Pascal Koradi, eröffnet hat. Landolf hatte sich rund ein Jahr vor dem Auffliegen des sogenannten «Postauto-Skandals» pensionieren lassen. Noch offen ist, ob das Verfahren auf weitere Mitglieder der ehemaligen Führung von Post und PostAuto ausgedehnt wird.

2018 stiegen die Boni für die ehemalige Post-Führung trotz des «Postauto-Skandals» an. Die im Juni 2018 in der Folge des Skandals um unrechtmässige Umbuchungen und erschlichene Subventionen zurückgetretene Post-Chefin Susanne Ruoff soll für 2018 über CHF 1 Mio. Lohn erhalten. Parlamentsmitglieder aller politischen Lager äusserten medial ihr Unverständnis über diese Vergütungen. Die Vergütungen werden allerdings zurückbehalten, bis die Untersuchungen der Fedpol abgeschlossen sind.

Schon Ende 2018 hatte das Fedpol im Rahmen der Untersuchungen zum Postauto-Skandal Verfahren gegen den ehemaligen CEO und gegen den ehemaligen Finanzchef der PostAuto AG eröffnet. Im März 2019 eröffnete sie zudem ein Verfahren gegen den ehemaligen Finanzchef der Post und im August 2019 weitere Verfahren gegen drei ehemalige Geschäftsleitungsmitglieder der PostAuto AG. Mitte Mai 2020 erschienen Medienberichte, wonach auch Mitarbeitende des BAV in den Fokus der Ermittlungen gerückt seien. «Blick» schrieb von Einladungen an das Filmfestival von Locarno, die BAV-Mitarbeitenden von der PostAuto AG offeriert worden seien. Die Bundesanwaltschaft bestätigte, dass das Fedpol bereits im März 2019 diesbezüglich bei der Bundesanwaltschaft Strafanzeige gegen unbekannt eingereicht habe und dass die Untersuchungen noch laufen. Das Fedpol gab in einer Mitteilung vom 18. Mai 2020 bekannt, dass sich die Verfahren gegen die sechs ehemaligen Mitglieder der Führungsriege von Post und PostAuto in der «finalen Phase» befänden.

Im Zuge des Postauto-Skandals verlangte Nationalrat Imark (svp, SO) mittels Motion die Rückforderung der Honorare, welche die Wirtschaftsprüfungsfirma KPMG von der Post für die Buchprüfung erhalten hatte. Der Motionär hielt in der Begründung der Motion fest, die KPMG trage mit ihrer unkritischen Buchprüfung eine Mitverantwortung am Postauto-Skandal.
Im August 2018 antwortete der Bundesrat, er habe keine rechtliche Grundlage, um von der KPMG Honorare zurückzufordern. Diese Möglichkeit habe nur der Post-Verwaltungsrat. Weil die Motion damit quasi gegenstandslos war, wurde sie in der Herbstsession 2018 vom Nationalrat diskussionslos abgelehnt.