Für die eidgenössischen Abstimmungen beschloss der Parteivorstand der SP Stimmfreigabe zum Rebbaubeschluss, ein Ja zu den Volksinitiativen für die Beschränkung des Strassenbaus (freie Aarelandschaft zwischen Biel und Solothurn/Zuchwil, autobahnfreies Knonauer Amt, autobahnfreie Landschaft zwischen Murten und Yverdon, «Stopp dem Beton») und ein Nein zur Änderung des Bundesgesetzes über die Organisation der Bundesrechtspflege. Beim zweiten Abstimmungspaket empfahl die SP die Ja-Parole zum Energieartikel und zu den beiden Atominitiativen (Ausstieg aus der Atomenergie, Moratorium) und die Nein-Parole zur Änderung des Strassenverkehrsgesetzes. Bei den Strassenbauvorlagen machten allerdings die meisten französischsprachigen Kantonalparteien den ökologischen Kurs der Parteileitung nicht mit.

Hinsichtlich der eidgenössischen Abstimmungen beschloss die SP die Ja-Parolen für die Initiative zur Förderung des öffentlichen Verkehrs, für das Stimm- und Wahlrechtsalter 18 und für die Finanzvorlage, hingegen lehnte sie die Barras-Reform, welche sie als Rückschritt in der Behandlung von Dienstverweigerern betrachtete, ab.

In der Frage des Beitritts der Schweiz zu den Bretton Woods Institutionen blieb die SP gespalten. Nachdem der Parteitag 1990 der Vorlage unter bestimmten Bedingungen zugestimmt, sie 1991 jedoch nach den parlamentarischen Beratungen knapp abgelehnt hatte, beschloss der Vorstand – nach einer erneuten Verwerfung – auf Ersuchen von Parteipräsident Bodenmann die Stimmfreigabe. Widerstand wurde auch gegen die Unterstützung des Verfassungsartikels zur Fortpflanzungs und Gentechnologie laut. Als einzige Kantonalsektion lehnte BL die Bretton Woods-Vorlagen ab. Zur Gentechnologie fassten die Kantonalsektionen BL und GR die Nein-Parole.

Die SP entschied sich auch für die Ja-Parole zur NEAT; einzig die Kantonalsektion Uri votierte für eine Ablehnung. Bodenmann unterstrich dazu, die NEAT mache allerdings nur Sinn, wenn sie mit einem Ja zur sogenannten Alpeninitiative, über welche das Volk 1993 oder 1994 abstimmen wird, verbunden werde.

Von den Bundesratsparteien legte die SP bezüglich ihrer Haltung zum EWR schon weit im Vorfeld der Abstimmung die grösste Geschlossenheit an den Tag, ohne jedoch interne Kritik – vor allem seitens der Verteidiger direktdemokratischer Instrumente – zu ersticken. Die Partei akzeptierte den EWR als Übergangslösung und forderte innenpolitische Reformen als flankierende Massnahmen in den Bereichen Sozial- und Umweltpolitik. Als mittelfristiges Ziel sprach sich die SP allerdings für einen EG-Beitritt aus, da nur ein solcher gleichberechtigte Mitsprache und -verantwortung gewähre. Mit 47 zu 4 Stimmen beantragte der Vorstand, am Parteitag von Genf die Ja-Parole zu fassen. Die Delegierten folgten diesem Antrag mit 521 zu 62 Stimmen – entgegen den Voten von Nationalrat Gross (ZH) sowie der Nationalrätin von Felten (BS), welche das Vertragswerk als undemokratisch und zu wirtschaftsfreundlich resp. sexistisch ablehnten –, obwohl in der Sondersession zum Eurolex die Forderung nach flankierenden Massnahmen nicht durchgesetzt werden konnte. Drei Wochen vor der Abstimmung über den Beitritt zum EWR äusserte Parteipräsident Bodenmann im parteiinternen Pressedienst, nur ein Wunder könne noch ein Ja zum EWR bringen, worauf vor allem die Neuenburger Sektion bemängelte, der Präsident habe zu früh resigniert. Die Vorwürfe seitens der Romands wurden nach der Verwerfung des EWR-Abkommens erneut erhoben.

Bei den eidgenössischen Abstimmungen unterstützte die SP mit Ausnahme der Tierschutzinitiative alle Volksinitiativen. Die Zustimmung zum Mehrwertsteuerpaket machte sie abhängig von der Zustimmung der bürgerlichen Parteien zum höheren Steuersatz sowie zur Verabschiedung eines Konjunkturförderungsprogramms. Die Revision der Arbeitslosenversicherung bekämpfte sie vergeblich mit dem Referendum. Die übrigen Beschlüsse des Parlaments empfahl sie, mit Ausnahme der Aufhebung des Spielbankenverbots, wo sie auf eine Empfehlung verzichtete, zur Annahme.

Bei den eidgenössischen Abstimmungen scherte die SP bei der Alpeninitiative und dem Luftfahrtgesetz von der bundesrätlichen Linie aus. Als einzige Regierungspartei war sie auch für das von ihr mitunterstützte Referendum gegen die Zwangsmassnahmen im Ausländerrecht und die von ihr gemeinsam mit dem Gewerkschaftsbund eingereichte Krankenversicherungsinitiative. Das Volk gab der SP nur gerade in sieben von 13 Vorlagen recht, darunter die Alpeninitiative.

Als einzige der Bundesratsparteien hatte die SP im Frühjahr gegen die drei Landwirtschaftsvorlagen (Revision MIlichwirtschaftseschluss, Revision Landwirtschaftsgesetz, Verfassungsartikel über die Landwirtschaft) und «für ein Bioland Schweiz» votiert. Das dreifache Nein des Volkes gereichte der Partei deshalb zum Triumph. Hingegen hatte die 1991 eingereichte und zuletzt auch parteiintern umstrittene AHV/IV-Ausbauinitiative von SP und Gewerkschaften an der Urne keine Chance.