Ayant surmonté une proposition de renvoi du député Bodenmann (ps, VS), arguant de la nouvelle situation en Europe pour réduire les dépenses de l'armée, le programme des constructions 1990 donna par ailleurs lieu à une délibération à huis clos du Conseil national. Cette dernière, ayant trait au poste des ouvrages pour l'infrastructure de commandement, portait sur un crédit de CHF 56.5 millions relatif à l'abri du Conseil fédéral en cas de crise. Le groupe socialiste, bien que ne s'opposant pas véritablement au projet, souhaita, sans succès, qu'une délégation parlementaire puisse visiter cette installation dont la localisation et les coûts totaux sont strictement secrets.

Le programme des constructions 1990 se caractérise par une nouvelle orientation puisqu'il concerne en priorité des réalisations servant directement à la troupe. Ainsi, des CHF 370 millions attribués par les deux Conseils, 33% sont destinés aux ouvrages de combat, 20% à cinq projets de logistique et 41% aux constructions en faveur de l'instruction (Dans ce crédit sont également compris CHF 8 millions au titre de la protection de l'environnement et 9.73 millions de crédits additionnels).

Approùvé à l'unanimité par le Conseil des Etats en juin, le programme des constructions 1991 s'élève à CHF 255.25 millions, soit une réduction de près de 115 millions par rapport à celui de 1990. Ce montant est le plus faible depuis 1984. Il maintient l'orientation initiée en 1990 en faveur de réalisations destinées à l'instruction. De cette somme, 40% (CHF 102 millions) sont affectés aux infrastructures de combat et de commandement, 34% (CHF 87 millions) sont destinés à l'instruction, 21% (CHF 54 millions) sont attribués à la logistique – principalement en faveur de la rénovation et des constructions de l'arsenal de Bière (VD) – le solde étant réparti entre dix crédits additionnels dus au renchérissement. Au Conseil national, la tranche annuelle de crédit de CHF 25 millions destinée à la construction du «bunker secret» du Conseil fédéral à Kandersteg (BE) fut particulièrement contestée. La gauche et les écologistes désiraient que le parlement se prononce d'abord sur un crédit d'engagement pour l'ensemble de l'ouvrage (environ 250 millions). Cette proposition fut rejetée. Par ailleurs, cette même Chambre a proposé de faire passer le crédit consacré à la rénovation des cantonnements de 10 à 15 millions, ce que le Conseil des Etats accepta ensuite facilement.

Le programme des constructions 1992 a présenté le montant le plus faible depuis de nombreuses années, puisque celui-ci s'est monté à CHF 159.8 millions, soit plus de 90 millions de moins que le programme 1991. Si l'un de ses buts était de répondre à la situation délicate des finances fédérales, l'autre restait toujours de privilégier les besoins de l'instruction. CHF 114.8 millions y ont en effet été consacrés. Le crédit d'engagement le plus élevé concernait l'agrandissement et la rénovation de la caserne d'aviation de la place d'armes de Payerne (VD). Le solde s'est réparti entre des ouvrages de combat et de conduite de l'armée (34 millions) et des crédits additionnels pour des projets déjà approuvés (11 millions). A l'occasion de son message, le gouvernement a signalé quelles seraient les conséquences du plan directeur Armée 95 sur les ouvrages militaires. En particulier, la réduction des effectifs devrait permettre de libérer certaines constructions. En les adaptant, dans la mesure du possible, aux nouvelles exigences de l'armée, une économie de construction pourra certainement être opérée. Si, toutefois, des constructions s'avéraient nécessaires, les principes à respecter seraient la simplicité de l'utilisation et de l'entretien, la polyvalence des installations, la prise en compte de l'environnement et la souplesse d'attribution.

Si le Conseil des Etats a adopté ce projet à l'unanimité, le débat au Conseil national fut plus problématique; trois textes ont été présentés qui visaient à réaliser certaines économies supplémentaires; le premier, du groupe socialiste, désirait le renvoi au gouvernement avec mandat de limiter les dépenses aux seuls travaux de rénovation des locaux destinés à la troupe. Les deux autres, de Max Dünki (pep, ZH) et Cyrill Brügger (ps, FR), entendaient procéder à des coupes de CHF 12 et, respectivement, 34 millions. Toutes ces propositions ont cependant été repoussées et le projet du gouvernement assez facilement accepté.

Mit CHF 65.5 Mio. beantragte der Bundesrat dem Parlament die tiefste Investitionssumme für militärische Bauten seit Jahrzehnten. In ihrer Botschaft unterstrich die Landesregierung, das Bauprogramm 1993 entspreche nicht den ausgewiesenen Bedürfnissen, sondern ausschliesslich den im Zuge der Sparmassnahmen mehrfach gekürzten Zahlungskrediten. Der Hauptanteil des neuen Bauprogramms war mit CHF 42.5 Mio. erneut für Ausbildungsbauten reserviert, um den Rückstand bei den sanierungsbedürftigen Kasernenanlagen, Truppenunterkünften und Schiessplätzen weiter zu verringern. Beide Kammern stimmten dem Bauprogramm praktisch diskussionslos zu, wobei aber die Sprecher der jeweiligen Sicherheitskommission vor weiteren Sparübungen im Bereich der militärischen Bauten warnten.

Nach Ansicht des Bundesrates bedingt das mit der Armee 95 vorgesehene Konzept der dynamischen Raumverteidigung eine Überprüfung des während 100 Jahren entstandenen Festungssystems. Deshalb werden in den nächsten zehn bis zwanzig Jahren 14'000 von 20'000 Bauten aufgegeben, darunter auch die 40 grossen Festungsartillerie-Anlagen. Weil die Liquidierung finanziell aufwendig ist, soll sie etappenweise vorgenommen werden. Weiterhin zu verteidigen sind gemäss Bundesrat die wichtigsten Alpenübergänge. Mit dem Rüstungsprogramm 93 beantragte er deshalb 16 neue Artilleriegeschütze vom Typ Bison für die Festungsbrigaden in St. Maurice, am Gotthard und in Sargans. Für die SP und die Grünen zeugt diese Ausrichtung von überholtem Réduitdenken. Ein entsprechender Streichungsantrag Haering Binder (sp, ZH) wurde im Nationalrat jedoch deutlich abgelehnt, obgleich auch Artillerie-Experten des EMD ihre Skepsis gegenüber dem «Bison» nicht verhehlten.

Bien qu'en augmentation par rapport à 1993, le montant du programme de constructions 1994 proposé par le Conseil fédéral reste relativement modeste, puisqu'il se monte à un peu plus de CHF 195 millions. Le cadre de référence de ce programme est essentiellement le plan directeur Armée 95. Même si ce dernier implique une réduction des effectifs et que certains ouvrages actuels peuvent être adaptés, les besoins de l'armée en constructions demeurent, notamment en raison de la complexité des nouveaux systèmes d'armes. Comme ces dernières années, les dépenses relatives à l'instruction représentent la part la plus importante du programme (46.6%). Le second poste concerne les bâtiments destinés à la logistique, poste en grande partie consacré à l'adaptation des infrastructures de l'aérodrome de Payerne (VD) aux besoins du nouvel avion de combat FA/18. Le reste des dépenses concerne le maintien des infrastructures de conduite et des ouvrages de combat, l'entretien des fermes à loyer sur les places de tir et la couverture des coûts supplémentaires dus au renchérissement. Les Chambres ont facilement adopté le projet du gouvernement.

Le Conseil fédéral a présenté son message relatif au programme des constructions 1995. En recul par rapport à 1994, celui-ci se monte à un total de CHF 159 millions. De cette somme globale, CHF 89.4 millions seront consacrés à des bâtiments destinés à l'instruction, 66.3 millions à des constructions pour les troupes d'aviation et 3.2 millions à des crédits additionnels (modifications de projets et renchérissement). Les crédits relatifs à l'instruction doivent notamment servir à des constructions, rénovations ou agrandissements des places d'armes de Frauenfeld (TG), Brugg (AG), Sankt Luzisteig (GR) ainsi que du Centre d'instruction pour cadres supérieurs de Lucerne/Kriens. Comme en 1994, les sommes dévolues aux troupes d'aviation seront essentiellement affectées à des constructions nécessaires à l'avion de combat F/A-18. Rejetant la proposition du député argovien Moser (pdl) de réduire les crédits additionnels à CHF 200'000, le Conseil national a adopté facilement ce programme malgré l'abstention de nombreux socialistes et écologistes, peu enclins à voter en faveur de dépenses militaires suite à l'invalidation décidée peu auparavant de leur initiative populaire. Le Conseil des Etats a également adopté le programme à l'unanimité.

Le Conseil fédéral a présenté son message relatif au programme des constructions 1996. En augmentation par rapport à 1995, le montant de celui-ci s'élève à CHF 196.9 millions. De cette somme globale, CHF 118.9 millions seront consacrés à la dernière étape de la construction des cavernes nécessaires au stationnement des F/A 18, 70.8 millions à des bâtiments pour les Forces terrestres et 7.2 millions à des crédits additionnels (renchérissement). Une grande partie (CHF 49,2 millions) des crédits affectés aux Forces terrestres servira à la construction du centre d'instruction des cadres supérieurs de Lucerne. Le parlement a adopté très facilement ce programme. L'unique modification a concerné les constructions destinées à abriter le F/A 18. Le Conseil national et, à sa suite, le Conseil des Etats ont tenu en effet à ce que le prolongement de la galerie d'entrée des cavernes – qui ne figurait que comme option dans le projet du gouvernement – soit construit dans le cadre du crédit de CHF 118.9 millions.

Le Conseil fédéral a présenté son message relatif au programme des constructions 1997. En nette diminution par rapport à 1996, celui-ci se monte à CHF 56.52 millions. Hormis un crédit additionnel (CHF 1.15 million) consacré à l'achèvement d'un projet en cours de réalisation, l'ensemble du programme porte sur l'adaptation et l'amélioration d'installations destinées à l'instruction. Du montant total prévu, CHF 17.55 millions seront consacrés à la construction d'un centre d'instruction des troupes de transmission sur la place d'armes de Kloten (ZH), 11.87 millions à la rénovation des casernes d'infanterie de Bière (VD) et 11.9 millions à la transformation des installations destinées à l'entreposage de drones d'exploration. Enfin, 14.05 millions devraient servir à la construction d'un centre d'instruction des pilotes sur l'aérodrome de Locarno (TI). Le parlement a très facilement adopté les propositions du gouvernement.

Le Conseil fédéral a présenté son message relatif au programme des constructions 1998. Suivant la tendance à une diminution des coûts, celui se monte à CHF 50.7 millions. En fait, il aurait même pu être encore moins élevé si le Conseil fédéral n’avait pas jugé bon de soumettre aux chambres l’assainissement et la modernisation de la place de tir de Vugelles-La-Mothe (VD), dont le coût est légèrement inférieur (9.5 millions) à la limite des dix millions pour laquelle l’exécutif est compétent. Le second projet de ce programme est l’assainissement et la rénovation de la caserne de Berne ainsi que la transformation du manège et des écuries (41.2 millions). La participation de la Confédération devrait s’élever à 55% du montant total. Le parlement a facilement adopté cet objet.

Constitué d’un seul projet, le programme des constructions 1999 ne s’est élevé qu’à CHF 17.9 millions, soit une somme significativement plus faible que les années précédentes (par ex : 50.7 millions en 1998). Devant le Conseil des Etats, le rapporteur Eric Rochat (lib, VD) a précisé que le montant effectif des constructions était de CHF 260 millions, une fois ajoutées les multiples réalisations d’un coût inférieur à dix millions qui ne sont pas présentées dans le cadre de ce programme. En l’occurrence, le projet unique de l’année sous revue consiste en la création d’un village d’exercice destiné à l’instruction au combat en zone urbaine des troupes mécanisées. Le Conseil des Etats a adopté ce programme à l’unanimité et le Conseil national, après le refus par 114 voix contre 30 d’une proposition de non-entrée en matière Hollenstein (pes, SG), a fait de même par 118 voix contre 29 et 11 abstentions.
Le programme des constructions résumé ci-dessus était le dernier à être présenté sous cette forme. Désormais, le DDPS propose annuellement un message intitulé « Message sur l’immobilier militaire ». Cette modification a pour effet principal d’avancer le traitement du message par les Chambres fédérales et d’augmenter la compétence des Commissions de politique de sécurité aux projets inférieurs à CHF 10 millions.