L'armée pourra comme au printemps être mobilisée en service d'appui des hôpitaux dans le domaine des soins de base ou le transport de patients. Jusqu'à 2'500 militaires pourront être engagés, à condition que les cantons en fassent la demande et qu'ils prouvent que les ressources – en matériel et en personnel – civiles sont épuisées. Les cantons pourront recourir à cet appui jusqu'au 31 mars 2021. L'arrêté est soumis pour approbation au Parlement. Des formations professionnelles, des militaires en service long, des formations en service et des volontaires assureront l'appui. Des formations supplémentaires seront mobilisables dans les 96 heures suivant le déclenchement de l'engagement. Les militaires engagés se verront imputer jusqu'à 38 jours de service pour cet appui.
Depuis le 27 octobre 2020, plusieurs cantons ont adressé une demande pour bénéficier du soutien de l'armée. Celles des cantons de Vaud, de Fribourg, de Berne, de Bâle-Ville et du Valais ont été approuvées. Environ 200 membres de la compagnie sanitaire 1 ont été convoqués par SMS pour un engagement en faveur du canton de Genève. En Valais, 39 soldats sanitaires de la «compagnie de volontaires du Valais» soutiennent les hôpitaux de Sion, de Martigny et de Viège.

La facture pour la livraison de matériel par l'armée durant la crise du Covid-19 fait grincer des dents plusieurs cantons. Pour faire face à la crise, l'armée a commandé des quantités importantes de masques, gants, blouses et appareils respiratoires. Début juin, la pharmacie de l'armée a présenté aux cantons, une seconde fois, une liste de prix pour ce matériel. Le DDPS avait précisé que les coûts d'acquisition avaient été préfinancés par la Confédération et que les cantons devaient alors rembourser les frais d'achat à la Confédération. Pour les cantons comme Fribourg, le Valais et Neuchâtel, la facture est jugée trop élevée et incohérente. D'autres cantons estiment que le procédé de financement est peu transparent et que l'armée a commandé trop de matériel. Ils avancent que l'armée ne facture pas son intervention lorsqu'elle intervient à titre subsidiaire lors de catastrophe naturelle. Si pour le conseiller national François Pointet (pvl, VD) – membre de la CPS-CN – la responsabilité d'équiper les hôpitaux incombe aux cantons selon le plan pandémie; pour son homologue, Pierre-Alain Fridez (ps, JU), c'est à la Confédération d'assumer l'essentiel des coûts car c'est elle qui a déclaré l'état de nécessité.