Die Reaktionen, welche wenige Tage nach der Veröffentlichung der Gesamtschau zur mittelfristigen Weiterentwicklung der Agrarpolitik erschienen, könnten weiter kaum auseinander liegen. Während die FDP die neuen Ansätze sehr begrüsste und die economiesuisse die Marktliberalisierung als «vorsichtigen und längst überfälligen Schritt» bezeichnete und weitere Öffnungsschritte forderte, standen die SVP, der Bauernverband, die Kleinbauernvereinigung und die Grünen dem Bericht sehr kritisch gegenüber.
Dass die Bauern bei einer Lockerung des Grenzschutzes nicht mehr in der Lage sein würden, kostendeckend zu produzieren, befürchteten der Bauernverband und die SVP. Sie warfen dem Bundesrat vor, mit der Öffnung der Grenzen die Bauernfamilien in eine totale Staatsabhängigkeit zu zwingen. Die SVP fand dafür in einer Medienmitteilung deutliche Worte: «Die einzige sogenannte Vision, welche der Bundesrat offensichtlich und mit schon fast religiösem Eifer in der Agrarpolitik verfolgt, ist das Niederreissen der Grenzen und die direkte Konfrontation unserer Bauernfamilien mit einer globalen Massenproduktion, mit der sie nie werden mithalten können.» Weiter erklärte die SVP, dass sie sich bei den Beratungen zur Vorlage im Jahr 2019 dafür einsetzen werde, die Bauern im Inland zu entlasten, die Kosten zu senken und die Bürokratie abzubauen.
Die Kleinbauernvereinigung kritisierte, dass die Wachstumsidee das Bauernsterben zusätzlich fördere und so die Vielfalt der Landwirtschaft stark eingeschränkt werde.
Die Grünen beanstandeten, dass die nachhaltige Landwirtschaft dem Freihandel geopfert werde und die Gesamtschau keine zukunftsweisenden Lösungen für Umweltprobleme bereithalte. Auch dass der Bericht nicht darauf eingehe, dass Handelsbeziehungen, welche zu einer nachhaltigen Land- und Ernährungswirtschaft beitragen, gefördert werden sollen, gefiel den Grünen nicht. Schliesslich stehe dies so im neuen Verfassungsartikel 104a, welcher durch die Initiative für Ernährungssicherheit mit grosser Mehrheit von der Schweizer Stimmbevölkerung angenommen worden war, so die Argumentation in ihrer Medienmitteilung.
Die SP, CVP, GLP und die BDP nahmen in den ersten Tagen nach der Veröffentlichung des Berichts keine Stellung zur Gesamtschau.

Le projet d’ordonnance sur la coexistence de cultures sans organismes génétiquement modifiés (OGM) et avec OGM, a été majoritairement critiqué lors de la procédure de consultation qui s’est terminée en début d’année. Concrètement, cette ordonnance vise à assurer la protection de la production sans OGM en présence de cultures d’OGM. Les détenteurs d’une licence pour ces dernières devraient ainsi respecter une distance minimale entre les deux types de cultures, afin qu’il n’y ait pas de « contagion » supérieure à 0,5% possible dans un champ sans OGM. Si le PRD s’est prononcé de manière favorable à l’ordonnance, le PS, les Verts, le WWF, Greenpeace et les associations de protection des consommateurs ont jugé celle-ci trop vague et pas assez contraignante. Voir ici, pour l'initiative populaire sur les OGM de l'année 2005.

Le Conseil fédéral a agendé la date de la votation populaire sur cet objet au 27 novembre. Trente-deux organisations paysannes, de consommateurs et de protection de l’environnement ont lancé la campagne en faveur du moratoire sur les OGM dans l’agriculture et dans les élevages d’animaux destinés à l’alimentation à la fin du mois de septembre. Le Conseil fédéral, représenté par le ministre de l’économie Joseph Deiss, responsable de ce dossier, s’est engagé quelques jours plus tard contre le texte. Au niveau des partis politiques, les Verts, le PS, le PEP, le PdT, l’UDF, de même que les Démocrates suisses se sont prononcés en faveur de l’initiative. Pour les défenseurs du moratoire, l’utilisation du génie génétique dans le domaine alimentaire aurait pour conséquence de renchérir considérablement les prix des produits (y compris ceux sans OGM). De plus, les conséquences de la culture et de la consommation des OGM ne sont pas connues, selon les partisans du texte. Ils ont encore insisté sur le fait que l’initiative n’interdisait pas la recherche en Suisse, mais permettait de se donner du temps, afin d’effectuer des études, d’évaluer les dangers de ces nouvelles plantes et de se pencher, notamment, sur la coexistence dans l’agriculture des productions avec et sans OGM.

Le Conseil fédéral, le PRD, le PDC, l’UDC et le Parti libéral se sont opposés au texte, de même que l’USAM et Economiesuisse. Quelques sections cantonales du PDC (AG, GR, NE, NW, OW, SG, SZ, TI et UR) et de l’UDC (GL, GR, LU et TG) ont toutefois rejoint le camp des partisans de l’initiative en donnant des mots d’ordre contraires à la position du parti suisse. Les opposants au moratoire sur les OGM étaient d’avis que la Suisse, en cas de « oui », perdrait son attractivité pour les nouvelles technologies. Le projet priverait les paysans de leur liberté d’entreprendre et les consommateurs de leur libre choix. Ils estimaient, en outre, que cela aurait des conséquences négatives sur la recherche universitaire, de même que sur l’économie et l’emploi. Selon eux, la loi sur le génie génétique, entrée en vigueur en 2004, offrait des garde-fous suffisants.

Votation du 27 novembre 2005

Participation: 41,7%
Oui: 1 125 357 (55,7%) / cantons: 20 6/2
Non: 896 372 (44,3%) / cantons: 0

Mots d’ordre:
-Oui: PS, Verts, PEP, PdT, UDF, DS; USS, Travail suisse, USP.
-Non: PRD, PDC (9*), UDC (4*); USAM, Economiesuisse.<br>
* Recommandations différentes des partis cantonaux

En votation, l’initiative populaire « pour des aliments produits sans manipulations génétiques » a été approuvée par 55,7% des citoyennes et citoyens et par tous les cantons, sans exception. Le taux de participation s’est élevé à 41,7%. L’approbation a été particulièrement massive en Suisse romande et au Tessin. Il est intéressant de souligner qu’il s’agit seulement de la quinzième initiative populaire fédérale acceptée en votation.