An ihrer Versammlung vom 23. Januar in Bern diskutierten die Delegierten über die Gesundheitspolitik. Eine Arbeitsgruppe präsentierte ein Arbeitspapier, in welchem unter anderem die Einsetzung einer unabhängigen Rating-Agentur vorgeschlagen wird, welche die Qualität des Gesundheitssystems beurteilen und die Resultate ihrer Arbeit veröffentlichen soll. Es fand sich zudem ein breiter Konsens für das sogenannte ManagedCareKonzept. Mit tieferen Prämien sollen entsprechende Modelle attraktiv gemacht werden. Als wichtig wurde zudem die Vertragsfreiheit zwischen Versicherern und Leistungserbringern hervorgehoben. Die Delegierten sprachen sich auch für eine Aufhebung des geltenden Ärztestopps aus.

Zu innerparteilichen Differenzen kam es trotz der Bemühungen um eine klare Linie schon bald wieder: Die FDP-Delegierten hatten die SVP-Einbürgerungsinitiative deutlich abgelehnt. Trotzdem warben Exponenten wie Hans Hess (OW), Otto Ineichen (LU), Filippo Leutenegger (ZH), Walter Müller (SG) und Georges Theiler (LU) für ein Ja und nahmen gar Einsitz im überparteilichen Ja-Komitee. Philipp Müller (AG), der „Leuchtturm“ für das Thema schlanker Staat (der sich mit Pelli darauf geeinigt hatte, nicht im Ja-Komitee mitzumachen), vertrat am Parteitag der FDP Aargau die Ja-Position zur Einbürgerungsinitiative, die der offiziellen FDP-Parole entsprechende Nein-Position wurde durch eine SP-Politikerin vertreten. Gespalten blieb die Partei auch beim Gesundheitsartikel, nach dem Ja auf nationaler Ebene beschloss eine grosse Zahl von Kantonalsektionen die Nein-Parole.

Mitte Januar beschlossen die FDP-Delegierten in Olten nach intensiver Diskussion mit 133:98 Stimmen die Nein-Parole zur Initiative „Ja zu Europa“. Die Genfer und die Waadtländer FDP hatten zuvor mit grosser Mehrheit die Initiative zur Annahme empfohlen. Als Kontrapunkt zu der von der SP unterstützten Gesundheitsinitiative, welche die Abschaffung der Kopfprämien fordert, plädierte die FDP in einem Positionspapier für eine Gesundheitsversorgung, die auf den drei Säulen Selbstverantwortung, obligatorische Grundversorgung für das medizinisch Notwendige und fakultative Zusatzversicherung für sogenannte Komfortleistungen beruhen soll. Versichert werden sollten nicht mehr Leistungen, sondern Risiken.