Die von-Wattenwyl-Gespräche dienen den Parteispitzen als wichtige Möglichkeit des Austausches. In der Regel trifft sich eine Delegation des Bundesrates mit den Partei- und Fraktionspräsidenten der Regierungsparteien, um zentrale Geschäfte und Anliegen im Vorfeld der Sessionen zu diskutieren und zu koordinieren. Im Gegensatz zu 2015 war die BDP nach dem Ausscheiden von Eveline Widmer-Schlumpf nicht mehr an die Gespräche eingeladen.
Die Themen blieben bei den ersten Gesprächen Anfang Februar allerdings dieselben wie schon 2015: Die Legislatur- und Finanzplanung sowie die Umsetzungsarbeiten zum Verfassungsartikel 121a (Steuerung der Zuwanderung) und die Flüchtlingssituation in Europa und der Schweiz.
Zu den zweiten Gesprächen im Mai 2016 traten die Parteien mit drei neuen Präsidien an. Bei der FDP hatte Petra Gössi das Zepter übernommen, die CVP wurde neu von Gerhard Pfister präsidiert und bei der SVP war Albert Rösti neu an die Parteispitze gewählt worden. Gegenstand der Diskussionen war der Sprachenstreit, der durch die Diskussionen um den Frühsprachenunterricht in den Kantonen angeheizt worden war. Im Bereich der internationalen Finanzpolitik wurde die Vermeidung eines möglichen Reputationsschadens für die Schweiz durch die Übernahme internationaler Regulierungen diskutiert. Schliesslich informierte der Bundesrat über die Weiterentwicklung der Armee.
Im August wurde auf Anregung von Bundeskanzler Thurnherr entschieden, die von-Wattenwyl-Gespräche des dritten Quartals künftig in Form einer Klausur durchzuführen. An der nach wie vor freien und informellen Diskussion über wichtige politische Anliegen soll neu der Gesamtbundesrat teilnehmen. Damit soll den Gesprächen ein höherer Stellenwert zugemessen werden. Der früher substanzielle Austausch, der als Zeichen der funktionierenden Konkordanz bewertet wurde – die NZZ sprach von einem eigentlichen Schmiermittel der Konkordanz –, laufe immer mehr Gefahr, ein Leerlauf zu werden oder zu reinen Alibi-Gesprächen zu verkommen. Die einzige Möglichkeit für ein Treffen zwischen Regierung und Bundesratsparteien sei aber wichtig, um Möglichkeiten und Strategien auszuloten. Fix auf der Agenda soll eine Diskussion über die Jahresziele des Folgejahres stehen.
Erstmals trat die Exekutive also am 2. September 2016 in corpore zu den Gesprächen an. Neben den Jahreszielen 2017 des Bundesrates, die Schwerpunkte in der Finanzpolitik, im Infrastrukturbereich, der Bildung und der Europapolitik vorsehen, wurden die Lage im Asylwesen und die durch den Brexit schwieriger gewordenen Verhandlungen mit der EU diskutiert.
Bei den letzten Gesprächen des Jahres Mitte November nahm dann wieder nur eine Delegation des Bundesrates teil. Ueli Maurer informierte über die finanzpolitische Lage und plädierte für eine Annahme des Stabilisierungsprogramms 2017-2019. Im Rahmen der Europapolitik wurde auch über die im Dezember anstehende Entscheidung zur Umsetzung der Masseneinwanderungsinitiative, die Rasa-Initiative und den Brexit diskutiert.

Die FDP-Liberale Fraktion hatte im September 2015 eine Motion eingereicht, mit der die Mittel für den Nachrichtendienst des Bundes (NDB) aufgestockt oder zumindest nicht gekürzt werden sollten. Sicherheit sei eine Kernaufgabe des Staates und deswegen dürften die Ressourcen für den NDB nicht angetastet werden. Die FDP wollte mit ihrem Vorstoss sicherstellen, dass der NDB die nötigen Abklärungen zum terroristischen Risikopotential von Asylsuchenden und Kontingentsflüchtlingen glaubwürdig durchführen kann. Die Partei setzte damit an zwei frühere Vorstösse an, in denen sie bereits Bedenken zur sicherheitspolitischen Lage in der Schweiz aufgrund der Migrationsströme geäussert hatte (Ip. 15.3546 und 15.3547). Seit der Beantwortung dieser beiden ähnlich lautenden Interpellationen habe sich die Lage noch verschärft, befürchtete die FDP, und weil unter dem Deckmantel Asylsuchender möglicherweise auch Terroristen in die Schweiz einreisen würden, sollte die Regierung aktiv werden. Da im Bundeshaushalt Sparbemühungen nötig sein werden, wollte die FDP mit dieser Motion erneut mit Nachdruck eine Budgetkürzung beim NDB verhindern.
Der Bundesrat zeigte in der Stellungnahme Verständnis für das Anliegen und räumte ein, dass nicht ausgeschlossen werden könne, dass auch Personen in die Schweiz einreisten, die ein Sicherheitsrisiko bedeuteten. Er sah jedoch zum damaligen Zeitpunkt keine Möglichkeit für eine Aufstockung der Mittel für den NDB, unter anderem, weil bereits Anfang Januar 2015 sechs zusätzliche Stellen beim NDB zur Stärkung der Terrorabwehr geschaffen worden seien. Zudem würden die kantonalen Polizeikorps finanziell unterstützt. Die Motion wurde entsprechend zur Ablehnung beantragt.
Dies wurde vom Nationalrat jedoch nicht goutiert, er überwies die Motion mit 128 zu 63 Stimmen und einer Enthaltung deutlich. Sprecherin Eichenberger (fdp, AG) nannte in der kurzen Darstellung des Antrags eine Reihe von Vorfällen mit terroristischem Hintergrund, beispielsweise jene in Würzburg/D oder Ansbach/D, oder auch ein verhindertes Attentat in Paris/F. Die personelle Aufstockung beim NDB und den finanziellen Support zugunsten der Kantone würdigte sie als positiv, aber dies genüge nicht, weil der NDB immer noch personell unterbesetzt sei. Verteidigungsminister Parmelin verwies vergeblich auf die von der Regierung aufgenommenen Tätigkeiten zur Terrorismusprävention, die sich unter anderem in der Schaffung von insgesamt 86 Stellen manifestiere, und vertrat damit die Ansicht der Regierung, dass die Motion nicht nötig sei. Mit dem nationalrätlichen Votum ging das Geschäft in den Ständerat.