Die von-Wattenwyl-Gespräche dienen den Parteispitzen als wichtige Möglichkeit des Austausches. In der Regel trifft sich eine Delegation des Bundesrates mit den Partei- und Fraktionspräsidenten der Regierungsparteien, um zentrale Geschäfte und Anliegen im Vorfeld der Sessionen zu diskutieren und zu koordinieren. Im Gegensatz zu 2015 war die BDP nach dem Ausscheiden von Eveline Widmer-Schlumpf nicht mehr an die Gespräche eingeladen.
Die Themen blieben bei den ersten Gesprächen Anfang Februar allerdings dieselben wie schon 2015: Die Legislatur- und Finanzplanung sowie die Umsetzungsarbeiten zum Verfassungsartikel 121a (Steuerung der Zuwanderung) und die Flüchtlingssituation in Europa und der Schweiz.
Zu den zweiten Gesprächen im Mai 2016 traten die Parteien mit drei neuen Präsidien an. Bei der FDP hatte Petra Gössi das Zepter übernommen, die CVP wurde neu von Gerhard Pfister präsidiert und bei der SVP war Albert Rösti neu an die Parteispitze gewählt worden. Gegenstand der Diskussionen war der Sprachenstreit, der durch die Diskussionen um den Frühsprachenunterricht in den Kantonen angeheizt worden war. Im Bereich der internationalen Finanzpolitik wurde die Vermeidung eines möglichen Reputationsschadens für die Schweiz durch die Übernahme internationaler Regulierungen diskutiert. Schliesslich informierte der Bundesrat über die Weiterentwicklung der Armee.
Im August wurde auf Anregung von Bundeskanzler Thurnherr entschieden, die von-Wattenwyl-Gespräche des dritten Quartals künftig in Form einer Klausur durchzuführen. An der nach wie vor freien und informellen Diskussion über wichtige politische Anliegen soll neu der Gesamtbundesrat teilnehmen. Damit soll den Gesprächen ein höherer Stellenwert zugemessen werden. Der früher substanzielle Austausch, der als Zeichen der funktionierenden Konkordanz bewertet wurde – die NZZ sprach von einem eigentlichen Schmiermittel der Konkordanz –, laufe immer mehr Gefahr, ein Leerlauf zu werden oder zu reinen Alibi-Gesprächen zu verkommen. Die einzige Möglichkeit für ein Treffen zwischen Regierung und Bundesratsparteien sei aber wichtig, um Möglichkeiten und Strategien auszuloten. Fix auf der Agenda soll eine Diskussion über die Jahresziele des Folgejahres stehen.
Erstmals trat die Exekutive also am 2. September 2016 in corpore zu den Gesprächen an. Neben den Jahreszielen 2017 des Bundesrates, die Schwerpunkte in der Finanzpolitik, im Infrastrukturbereich, der Bildung und der Europapolitik vorsehen, wurden die Lage im Asylwesen und die durch den Brexit schwieriger gewordenen Verhandlungen mit der EU diskutiert.
Bei den letzten Gesprächen des Jahres Mitte November nahm dann wieder nur eine Delegation des Bundesrates teil. Ueli Maurer informierte über die finanzpolitische Lage und plädierte für eine Annahme des Stabilisierungsprogramms 2017-2019. Im Rahmen der Europapolitik wurde auch über die im Dezember anstehende Entscheidung zur Umsetzung der Masseneinwanderungsinitiative, die Rasa-Initiative und den Brexit diskutiert.

Obwohl die grossangelegte Regierungsreform nach rund zehnjähriger Behandlungszeit 2013 endgültig gescheitert war und dabei auch Vorschläge zur Erhöhung der Anzahl Bundesräte abgelehnt wurden, hielt die Staatspolitische Kommission des Nationalrates (SPK-NR) an dieser Idee fest und lancierte eine auch von ihrer Schwesterkommission (SPK-SR) unterstützte parlamentarische Initiative. Begründet wird die Idee insbesondere mit der ungenügenden Vertretung der Sprachregionen im Regierungsgremium – eine der 2012 abgelehnten Forderungen war eine Standesinitiative des Kantons Tessin gewesen. Zudem sei die seit 1848 stark gewachsene Regierungstätigkeit auf zusätzliche Schultern zu verteilen, was nicht nur zu höherer Legitimation, sondern auch zu einer sinnvolleren Departementsbildung führen könne. Wie gering die Unterstützung für diese Idee allerdings nach wie vor ist, zeigte die von März bis Juli 2015 durchgeführte Vernehmlassung des Entwurfs der SPK-NR: 19 Kantonsregierungen lehnen die Reform ab, fünf begrüssen sie und zwei äussern sich skeptisch. Von den Parteien sprechen sich CVP, FDP, GLP und SVP gegen die Reformidee aus, während sie von SP, GP und BDP begrüsst wird. Während auf Gegnerseite darauf hingewiesen wird, dass sprachliche Repräsentation eine Frage des politischen Willens sei und eine Aufstockung hohe Kosten verursachen würde, wiesen die Befürworter darauf hin, dass der hohe Arbeitsaufwand zu einer Delegation von Verantwortung an die Verwaltung führe, was aus parlamentarischer Sicht keine gute Entwicklung darstelle. Die Behandlung des Geschäftes wie auch eine Anfang Februar 2014 eingereichte Petition (14.2005), die ebenfalls eine Erhöhung der Anzahl Bundesräte fordert, wird wohl 2016 in Angriff genommen.

Ende November präsentierte der Bundesrat seine Botschaft zur Förderung der Kultur für die nächste Kreditperiode (Kulturbotschaft 2016-2020). Im Vergleich zur ersten Kulturbotschaft 2012-2015 wurde die Kreditperiode, wie bereits in der Vernehmlassung angekündigt, aufgrund besserer Abstimmung mit anderen mehrjährigen Finanzierungsbeschlüssen um ein Jahr verlängert. Aufgrund verschiedener Entwicklungen der Moderne, namentlich der Globalisierung, Digitalisierung und Urbanisierung, sieht sich der Bundesrat veranlasst, im Sinne einer "Nationalen Kulturpolitik" die Zusammenarbeit zwischen allen Staatsebenen zu verstärken, um diesen Herausforderungen geschlossen entgegenzutreten. Da der Begriff der "Nationalen Kulturpolitik" bei vielen Vernehmlassern, insbesondere bei den Kantonen, auf föderal motivierte Bedenken stiess, konkretisierte der Bundesrat in der definitiven Botschaft die "Nationale Kulturpolitik" als von allen Staatsebenen in Zusammenarbeit getragene Aufgabe, wobei die Kulturhoheit der Kantone jedoch gewahrt werden soll. Der Bundesrat plant, seine Fördermassnahmen auf den drei Handlungsachsen "Kulturelle Teilhabe", "Gesellschaftlicher Zusammenhalt" und "Kreation und Innovation" auszurichten.
Bei der ersten Handlungsachse will der Bundesrat die Teilhabe von Personen verschiedenster Kulturen am kulturellen Leben fördern sowie die musikalische Bildung verstärken, was aufgrund der Annahme des direkten Gegenentwurfs zur zurückgezogenen Volksinitiative "jugend+musik" einem Bedürfnis der Bevölkerung entspricht. In diesem Zusammenhang soll das neue Programm "Jugend und Musik" ins Leben gerufen werden, welches analog dem Programm "Jugend und Sport" ausgestaltet sein soll. Weiter gedenkt der Bund, seine Leseförderung auszubauen, was neu auch die Unterstützung von Einzelvorhaben, wie etwa die Organisation von Lesetagen, ermöglichen soll. Zu guter Letzt soll die Bundeskunstsammlung online und digital zugänglich gemacht werden, obwohl die Idee einer "Virtuellen Nationalgalerie" in der Vernehmlassung bei vielen Kantonen auf Kritik gestossen war.
Betreffend "Gesellschaftlichem Zusammenhalt" liegt ein Schwerpunkt auf Massnahmen zur Unterstützung der sprachlichen Vielfalt, was unter anderem durch Förderung der dritten Landessprache ausserhalb der italienischsprachigen Schweiz sowie generell durch verstärkten schulischen Austausch zwischen den Sprachregionen erreicht werden soll. Ausserdem sollen die Lebensbedingungen von Schweizer Fahrenden und Angehörigen der jenischen Bevölkerung als kulturelle Minderheit weiterhin verbessert werden. Bereits durch die Kulturbotschaft 2012-2015 bemächtigt, unterstützte der Bundesrat die "Radgenossenschaft der Landstrasse" und die Stiftung "Zukunft für Schweizer Fahrende", was jedoch nicht sonderlich zur Verbesserung der Lage beigetragen hatte. Obwohl die Zahl der Standplätze in der betreffenden Periode von 11 auf 15 angestiegen war, nahm die Zahl der Durchgangsplätze von 51 auf 45 ab. Darüber hinaus verknappt sich die Raumsituation aufgrund kürzlich erfolgter Zunahme ausländischer Durchreisender, namentlich Angehörigen der Sinti und Roma. Auch die Europäische Kommission gegen Rassismus (ECRI) zeigte sich besorgt über die ausbleibenden Verbesserungen und empfahl in ihrem Bericht vom September 2014, die Raumsituation möglichst rasch zu verbessern und etwas gegen die in der Bevölkerung herrschende Intoleranz und Ablehnung gegenüber Fahrenden und Jenischen zu unternehmen. Im Rahmen der neuen Kulturbotschaft will der Bundesrat in diesen Bereichen aktiv werden.
Um kulturelle "Kreation und Innovation" zu fördern, sieht der Bundesrat verschiedene Massnahmen vor. Eine der Massnahmen umfasst die Schaffung von finanziellen Anreizen, damit Schweizer Filme und Koproduktionen mit dem Ausland vermehrt in der Schweiz realisiert werden können. Hierzu soll das Programm "Filmstandort Schweiz" (FiSS) geschaffen werden.
Die beantragten finanziellen Mittel für die gesamte Kreditperiode belaufen sich auf CHF 1,12 Mrd., womit der Betrag die vorgesehenen Mittel in der Finanzplanung des Bundes um 6,2% oder CHF 65,1 Mio. übersteigt. Der jährliche Betrag ist somit auch um durchschnittlich 3,4% höher als der während der Kulturbotschaft 2012-2015 gesprochene. Hier unternahm der Bundesrat trotz gewichtiger Kritik von Seiten der Economiesuisse, des SGV sowie der beiden bürgerlichen Parteien FDP und SVP keine Änderungen im Vergleich zur Vernehmlassungsvorlage.