Bereits im März des Berichtsjahrs wurde über den Rücktritt von Bundesrat Hans-Rudolf Merz spekuliert, den dieser dann am 6. August ankündigte. Die FDP betonte ihren Anspruch auf den frei werdenden Bunderatssitz und warnte die anderen Parteien vor einem Spiel mit dem Feuer. Im Gegensatz zur Nachfolgeregelung bei Pascal Couchepin 2009 wirkte die FDP gut vorbereitet. Die Parteispitzen kündigten sofort an, nicht zu kandidieren. Als Kronfavoriten kristallisierten sich die St. Galler Regierungsrätin Karin Keller-Sutter und der Berner Nationalrat Johann Schneider-Ammann heraus, die Anfang September von der Bundeshausfraktion auch offiziell nominiert wurden. Ruedi Noser (ZH), Peter Malama (BS) und Ignazio Cassis (TI) scheiterten in der parteiinternen Ausmarchung. Bei den Wahlen vom 22. September setzte sich Johann Schneider-Amann gegen Keller-Sutter und vor allem gegen den SVP-Sprengkandidaten Jean-François Rime durch. An der Delegiertenversammlung Mitte Oktober in Herisau wurde Hans-Rudolf Merz mit stehenden Ovationen verabschiedet. Parteipräsident Pelli würdigte ihn als „erfolgreichsten Finanzminister Europas“, weil der Bund unter seiner Amtsführung die Schulden beträchtlich reduziert hat.

Beide FDP-Bundesrätewurden im Dezember problemlos bestätigt und Couchepin zudem zum Bundespräsidenten gewählt.
Die FDP-Frauen führten einen eigenen nationalen Wahlkampf unter dem Motto „Où sont les femmes?“, dies mit dem Ziel, ihre Vertretung im Nationalrat zu verdoppeln. Dazu sollte auf allen Wahllisten der FDP ein Frauenanteil von 30% erreicht werden. Das Ziel der zehn Mandate wurde jedoch weit verfehlt, die FDP-Frauen holten nur sechs Sitze. Nach den Wahlen waren die FDP-Frauen bei der Annäherung an die Liberale Partei aktiv. Sie beschlossen das Zusammengehen mit den Frauen der LP in der Gruppe „FDP Frauen Schweiz – Wir Liberalen“ per 1. März 2008.

Die SP griff im Wahlkampf einen der zwei FDP-Bundesratssitze an. SP-Präsident Fehr äusserte sich im Juli, die Abwahl von Bundesrat Couchepin oder Bundesrat Merz sei für ihn kein Tabu. Die SP könnte eventuell einen CVP-Kandidaten unterstützen.

Im Juli geriet die FDP bezüglich ihrer Vertretung im Bundesrat unter Druck. Umfragen zeigten, dass die CVP die FDP fast an Stimmenanteilen einholen könnte und die CVP stellte dementsprechend die Forderung nach einer Zweiervertretung in der Regierung. Die FDP äusserte sich deshalb früher als geplant, sie werde bei den Bundesratswahlen mit ihren beiden bisherigen Bundesräten Couchepin und Merz wieder antreten. Gleichzeitig kündigte sie an, sie werde die personellen Entscheide der anderen Parteien respektieren. Dies wurde in der Presse als Zusage einer Wiederwahl von Christoph Blocher durch die Freisinnigen gewertet.

Anfang April präsentierte der Bundesrat seine Botschaft zur Privatisierung der Swisscom. Er beantragte, die Mehrheitsbeteiligung des Bundes von derzeit 62,45% (mit einem Marktwert von rund CHF 16 Mrd.) zu verkaufen. Die Entlassung der Swisscom aus der Abhängigkeit des Bundes dränge sich auf, weil die Telekommunikation als schnelllebiges Geschäft eine ständige Anpassung der Geschäftsmodelle und hohe Risikobereitschaft erfordere. Sinkende Preise und Umsätze im Inland zwängen das Unternehmen, im Ausland zu wachsen. Private Investoren könnten solche Risiken eher eingehen als der Bund. Für diesen sei es sinnvoll, sich auf die Gewährleistung guter Rahmenbedingungen zu beschränken. Mit dem Rückzug könne er auch die Interessenkonflikte, die sich aus seiner Mehrfachrolle als Gesetzgeber, Regulator, Eigentümer und Kunde der Swisscom ergeben, reduzieren. Die Grundversorgung sei durch die bestehende Fernmeldegesetzgebung breit abgesichert und könne auch in Zukunft den sich wandelnden Bedürfnissen und technischen Möglichkeiten angepasst werden.

Im Gegensatz zum Vernehmlassungsentwurf verzichtete der Bundesrat auf flankierende Massnahmen wie eine Sperrminorität. Auch die Volksaktie, mit der er den Verkauf der Bundesbeteiligung der Bevölkerung hatte schmackhaft machen wollen, hatte sich als nicht mehrheitsfähig erwiesen. Die Mehrheit der Kantone (insbesondere die Gebirgskantone) hatte sich gegen die Veräusserung der Bundesbeteiligung ausgesprochen, ebenso wie die CVP, die SP und die Gewerkschaften. Auf Zustimmung gestossen war das Ansinnen bei der SVP, der FDP und den Wirtschaftsverbänden.

Der Nationalrat würdigte das rasche Handeln des Bundesrates und die Bedeutung des Geschäfts: Erstmals müsse das Parlament über die Privatisierung einer der grundlegenden Infrastrukturen befinden. Die Mehrheit der Kommission für Verkehr und Fernmeldewesen (KVF-NR) plädierte für Nichteintreten auf die Vorlage. So sei unklar, wer die Swisscom übernehmen solle: Die Regierung präsentiere das Unternehmen ausländischen Investoren auf dem Silbertablett und gefährde damit die flächendeckende Grundversorgung in der Schweiz. Da die Swisscom für den technologischen Fortschritt der Schweiz von strategischer Bedeutung sei, vergebe sich der Bund mit einer Veräusserung der Firma die Möglichkeit, diesen mitzugestalten. Als weitere Einwände führten die Kommissionssprecher sicherheitspolitische und finanzpolitische Überlegungen an: So sei die Swisscom zuständig für die Wartung von geheimen Anlagen, und durch den Verkauf der Unternehmung entgingen der Bundeskasse erhebliche Einnahmen. Eine Kommissionsminderheit aus Mitgliedern der FDP- und der SVP-Fraktion setzte sich für Eintreten auf die Vorlage ein. Nur so liesse sich der Interessenkonflikt des Bundes (als Eigner, Regulator, Gesetzgeber und Grosskunde) mit der Swisscom lösen. Die Bundesbeteiligung stelle zudem ein Klumpenrisiko dar. Ausserdem sei mit dem Fernmeldegesetz die Grundversorgung gesichert. Bundesrat Merz erklärte, die Privatisierung der Swisscom sei für das Unternehmen, für die Branche und für die Volkswirtschaft als Ganzes die beste Lösung. Die Strategie des Bundesrates werde von Verwaltungsrat und Konzernspitze mitgetragen. Die Grundversorgung sei basierend auf den geltenden Gesetzen gewährleistet, die Entflechtung von Swisscom und Armee bereits im Gang. In einer namentlichen Abstimmung folgte der Nationalrat der Mehrheit der CVP-Fraktion, den Sozialdemokraten und den Grünen und beschloss mit 99:90 Stimmen und vier Enthaltungen, nicht auf die Vorlage einzutreten. Der Rat lehnte eine parlamentarische Initiative Vanek (Alliance de Gauche, GE) (05.462) im Vorprüfungsverfahren ab, welche die Teilprivatisierung der Swisscom von 1998 rückgängig machen wollte.

Mit Stichentscheid ihres Präsidenten beantragte die Mehrheit der KVF dem Ständerat, auf das Geschäft einzutreten und es dann an den Bundesrat zurückzuweisen. Das Parlament müsse seine Aufgaben wahrnehmen, nötig sei eine neue Vorlage und eine neue Vernehmlassung. Über eine Privatisierung könnten die Räte erst entscheiden, wenn folgende Punkte geklärt seien: Sinn und Umfang einer Privatisierung, Gewährleistung der Grundversorgung, Marktöffnung, Sicherheitspolitik, Staatsunabhängigkeit von Radio und Fernsehen, Verbreitungsinfrastruktur sowie Rollenkonflikte beim Bund. Eine aus Mitgliedern der CVP-Fraktion und den Sozialdemokraten zusammengesetzte Minderheit beantragte Nichteintreten, um dem Bundesrat Zeit zu geben, in aller Ruhe eine neue, bei Parlament und Volk mehrheitsfähige Lösung zu erarbeiten. Die für die Grundversorgung wichtige Telekom-Infrastruktur solle nicht in ausländische Hände fallen; bis jetzt habe die Regierung nicht gezeigt, wie sie dieses Kernproblem lösen wolle. Bundesrat Merz unterstützte den Rückweisungsantrag der Kommissionsmehrheit, um das Geschäft neu aufzugleisen, eine Privatisierungsstrategie zu entwickeln und die Grundversorgung auch der Randgebiete vertieft abzuklären. Eine Vollprivatisierung – das hätten die Debatten in beiden Räten gezeigt – sei nicht sofort machbar. Mit 23:21 Stimmen beschloss der Ständerat, nicht auf die Vorlage einzutreten. Mit diesem Entscheid war das Geschäft erledigt. Die Leitung der Swisscom gab bekannt, dass sie trotz dieses negativen Parlamentsentscheids weiterhin die vollständige oder zumindest teilweise Abgabe der Bundesbeteiligung am Unternehmen wünsche.

A la fin du mois de novembre, le chef du DFF, Hans-Rudolf Merz, a annoncé l’intention du Conseil fédéral de privatiser Swisscom et de rapidement mettre ce projet en consultation. D’après lui, la Confédération ne pouvait plus assumer la double casquette d’actionnaire et de régulateur et elle devait cesser d’assumer les risques financiers auxquels l’entreprise était exposée. Il a précisé que la décision du gouvernement avait été prise sans avoir consulté Swisscom. Le projet de privatisation a divisé les partis gouvernementaux en deux camps; d’un côté, le PS et le PDC se sont prononcés contre la vente, et de l’autre, l’UDC et le PRD en sa faveur. Suite à une confidence révélée aux médias par Christoph Blocher, le porte-parole du DFF a dû confirmer le lendemain de l’annonce de la privatisation que le Conseil fédéral s’opposait à tout engagement important de Swisscom à l’étranger tant que la Confédération resterait majoritaire dans son capital. Initialement, le gouvernement avait prévu de finaliser avec Swisscom sa nouvelle marge de manœuvre réduite avant de la communiquer aux médias. Justifiant le choix du gouvernement, Hans-Rudolf Merz a indiqué que la Confédération ne voulait pas que l’opérateur helvétique prenne à l’étranger d’importantes responsabilités pour des infrastructures ou du personnel. Le PS, le PDC et le PRD ont réagi avec incompréhension à cette annonce. Seule l’UDC a appuyé la stratégie du gouvernement. Réagissant dans un communiqué, Swisscom a pris acte de la position de son propriétaire. La stupéfaction était néanmoins de mise, car l’opérateur était à la veille de signer avec l’opérateur irlandais Eircom, son premier gros contrat d’expansion à l’étranger par acquisition. Afin d’apporter des précisions à l’interdiction de tout engagement de Swisscom à l’étranger, le ministre de tutelle de l’opérateur national, Moritz Leuenberger, a relevé que celle-ci n’était pas absolue. Elle s’appliquait avant tout aux rachats importants, mais pas à des échanges technologiques avec des partenaires sous la forme de joint-ventures. Exigeant des précisions supplémentaires, le PS, le PDC, le PRD et l’UDC ont demandé un débat urgent sur la privatisation de Swisscom. Les quatre partis gouvernementaux et les Verts ont chacun déposé une interpellation à ce sujet (05.3721 / 05.3722 / 05.3729 / 05.3724 / 05.3730).

Obschon Bundesrat Merz das Parlament um einen klaren Richtungsentscheid in der Frage der Familienbesteuerung und eines allfälligen Wechsels hin zur Individualbesteuerung gebeten hatte, überwiesen die Räte bis im Herbst mehrere sich teilweise widersprechende Motionen: Während die FDP-Fraktion die Einführung der Individualbesteuerung verlangte, forderten die Christlichdemokraten eine Gleichstellung der Ehepaare unabhängig vom System (Mo. 04.3380). Donzé (evp, BE) (Mo. 04.3263) schlug zur Aufhebung der Diskriminierung von Ehepaaren gegenüber Konkubinatspaaren die Prüfung eines Vollsplittings und die Einführung eines Kinderabzuges vom Steuerbetrag vor. Ein Begehren der SP (Mo. 03.3616), welches pro Kind ebenfalls einen Abzug nicht vom steuerbaren Einkommen, sondern vom Steuerbetrag sowie die Einführung der Individualbesteuerung ohne Zwischenstufe des Splittings vorsah, wurde vom Nationalrat hingegen abgelehnt, ebenso wie die in der CVP-Motion enthaltene Forderung nach einer Entlastung der Familien. Auf Zustimmung stiess jedoch eine Motion Meier-Schatz (cvp, SG) (Mo. 04.3632), welche den Kantonen die Wiedereinführung des vor wenigen Jahren gestrichenen Ausbildungsabzugs ermöglicht. Der Ständerat überwies einen Vorstoss seiner WAK (Mo. 05.3464), welcher Sofortmassnahmen zur Reduktion der Diskriminierung bei der Ehegattenbesteuerung verlangt. Gemäss Kommissionssprecher Wicki (cvp, LU) verschliesse sich die Finanzdirektorenkonferenz der Diskussion um den Systemwechsel nicht, doch hege sie aufgrund der befürchteten Steuerausfälle Vorbehalte gegenüber der Individualbesteuerung. Zudem brauche der Systemwechsel Zeit; die Kantone rechneten für die nötige Gesetzesänderung und die Umsetzung der Verwaltungspraxis mit einer Frist von bis zu zehn Jahren.

An der Delegiertenversammlung in Zürich sprach sich Bundesrat Merz in seinem finanz- und fiskalpolitischen Tour d’Horizon für ein radikal vereinfachtes Mehrwertsteuersystem und erstmals für die Einführung des Finanzreferendums auf Bundesebene aus. Noch bevor die vom Bundesrat im Juni verabschiedete Unternehmenssteuerreform II in die parlamentarischen Kommissionen gelangte, billigten die Freisinnigen die Vorlage mit 190:3 Stimmen, unterstützten aber mit grossem Mehr einem Vorschlag von Nationalrat Favre (VD), die Dividenden von Aktionären künftig nur noch zum Satz von 50% zu besteuern und nicht wie vom Bundesrat vorgesehen zu 80%. Dafür wollten die Freisinnigen den Kreis der Begünstigten einschränken und Steuerentlastungen nur Aktionären gewähren, die mindestens 10% Anteil an einem Unternehmen halten – der Bundesrat hatte auf eine Fixierung der Mindestbeteiligung verzichtet. Mit 198:3 Stimmen bei zwei Enthaltungen verwarfen die Delegierten anschliessend fast diskussionslos die Volksinitiative für ein fünfjähriges Gentech-Moratorium in der Landwirtschaft.

Bei den eidgenössischen Wahlen musste die FDP die grössten Verluste aller Parteien hinnehmen: Sie verlor insgesamt 11 Parlamentsmandate, davon 4 Ständeratssitze. In der Folge kam es – auch im Hinblick auf die Bundesratswahlen (die Nachfolge für Kaspar Villiger und die ultimative Forderung der SVP, ihr einen zweiten Sitz zuzugestehen, der mit Christoph Blocher zu besetzen sei) zu Diskussionen über die Ausrichtung der Partei: Als neugewählte FDP-Parlamentarier sich aktiv für das Referendum der SVP gegen die Mutterschaftsversicherung engagierten und sich damit von einer Vorlage, die unter der Ägide der FDP zustande gekommen war, distanzierten, verwarnten Fraktionsmehrheit und Parteispitze die Abtrünnigen, da extreme Abweichungen eine klare Positionierung der Partei beeinträchtigten. Im November stellten Rechtsbürgerliche den politischen Kurs der Parteileitung in Frage und verlangten eine Standortbestimmung, während Mitglieder der Parteileitung Überlegungen dahingehend anstellten, ob die FDP vorübergehend auf einen ihrer beiden Sitze in der Regierung verzichten oder gar den Gang in die Opposition erwägen solle. Schliesslich beschlossen die Freisinnigen, am Anspruch auf zwei Regierungssitze festzuhalten und nominierten Christine Beerli (BE) und Hans-Rudolf Merz (AR) als Kandidaten für die Nachfolge von Bundesrat Kaspar Villiger. Am 10. Dezember wählte die Vereinigte Bundesversammlung Hans-Rudolf Merz in die Regierung.