Im Mai 2020 wurden tausende tote Forellen im Naturpark Blausee (Kanton Bern) entdeckt. Im Juni desselben Jahres wurden sie in einem Labor untersucht. Laut Befund hatten die Fische krebserregende Stoffe und hohe Konzentrationen von Schwermetallen im Blut. Die Frage stellte sich, wie diese Stoffe in den Blausee und schliesslich in die Forellen gelangt waren. Seit Sommer 2018 wurde rund sechs Kilometer Luftlinie talaufwärts vom Blausee der BLS-Scheiteltunnel im Lötschberg saniert. Gemäss Recherchen von Tamedia und der TV-Sendung Rundschau sanierte die Berner Baufirma Marti dabei im Auftrag der BLS das Gleisbett und die Firma Vigier verarbeite das dabei anfallende Aushubmaterial. Dabei falle auch teilweise giftiges Aushubmaterial an; vor allem das Kleinstmaterial zwischen und unter dem Schotter sei gemäss dieser gross angelegten Recherche belastet. Das anfallende Material dürfe generell nur in einer Deponie verarbeitet werden und das mit Gift belastete Kleinstmaterial müsse als Giftmüll entsorgt werden. Weiter wurde berichtet, dass durch Videomaterialien, interne Aktennotizen und anderen Quellen aufgedeckt worden sei, dass dieses Material nicht korrekt entsorgt, sondern in die «normale» Kiesgrube Mitholz der Firma Vigier gebracht worden sei. Auch seien die alten Eisenbahnschwellen, die mit Teeröl belastet seien, in dieser Kiesgrube deponiert und weiter verarbeitet worden, was ebenfalls verboten sei. Die Kiesgrube sei nämlich keine Deponie und liege in einem Grundwassergebiet, durch welches unter anderem der Blausee gespeist werde.
Im Sommer 2020 habe das zuständige Berner Amt für Wasser und Abfall (AWA) die Situation vor Ort inspiziert, auch das BAV sei informiert worden, berichteten die Zeitungen weiter. Mitte Juni 2020 habe das AWA die Baufirma Marti und die BLS dazu aufgefordert, den gebrauchten Schotter in Zukunft in einer spezialisierten Anlage in Wimmis zu lagern. Zudem sei der Kiesgrubenbetreiber Vigier angewiesen worden, das Kleinstmaterial aus der Grube zu baggern. Tamedia warf den Behörden von Kanton und Bund vor, ein mangelhaftes Entsorgungskonzept bewilligt zu haben. Zudem habe die BLS als Bauherrin ihre Verantwortung zu wenig wahrgenommen. Vor allem aber hätten die Firmen Marti und Vigier versprochen, die Kiesgrube nur als Umladeplatz zu benutzen, stattdessen sei das Material dort aber längerfristig gelagert und sogar verarbeitet worden. Seit Ende Juni 2020 ermittele die Staatsanwaltschaft des Kantons Bern, ob die inkorrekte Ablagerung der Materialien mit dem Sterben der Fische im Blausee in einem kausalen Zusammenhang steht.
Der zuständige Regierungsrat Christoph Neuhaus stimmte in einem Interview der Aussage zu, dass auf solchen Grossbaustellen mehr Kontrollen gemacht werden müssten. Er wollte sich aber nicht weiter zum laufenden Verfahren äussern. Jürg Grossen (glp, BE) forderte derweil Aufklärung und zeigte sich besorgt um die Qualität des Trinkwassers in dieser Region. Ende September 2020 wurde durch die GPK des Bernischen Grossen Rates eine Untersuchung eingeleitet. Die Grünen und die SP des Kantons Bern forderten derweil gar eine PUK; diese Forderung wurde durch die GPK jedoch abgelehnt. Im November 2020 kam es sodann zu einem runden Tisch mit allen beteiligten Akteuren. Dabei sei vereinbart worden, dass ein unabhängiges und umfassendes hydrogeologisches Gutachten der Kiesgrube Mitholz erstellt wird.
Während der Blick der Blausee AG um Stefan Linder (CEO des Swiss Economic Forum), Philipp Hildebrand (ehemaliger SNB-Präsident) und André Lüthy (CEO der Globetrotter Group) und ihren Argumenten in seiner Berichterstattung viel Platz einräumten, kritisierte die Weltwoche die Blausee AG und die Journalistinnen und Journalisten von Tamedia und Rundschau. Letztere hätten sich wie Privatdetektive aufgeführt, um eine reisserische Geschichte publizieren zu können. Die Firma Vigier habe nicht illegal gehandelt; die Blausee AG aber spiele sich auf und betreibe «Angstmacherei» bei der lokalen Bevölkerung. In Wirklichkeit gehe es der Blausee AG nur darum, an Geld zu gelangen, um die in die Jahre geratene Fischzuchtanlage zu sanieren.

La controverse concernant la construction d'un ou de deux tunnels ainsi que leur financement s'est poursuivie en 1995. En début d'année, deux événements ont notamment contribué à échauffer les esprits. D'une part, la prise de position du conseiller national zurichois Blocher (udc) en faveur, pour des raisons financières, de la construction du seul tunnel du Gothard n'a pas manqué de susciter de vives réactions tant de la part du conseiller fédéral Ogi que des cantons bernois et romands. Les cantons romands et bernois ont dénoncé - notamment lors d'une manifestation de soutien au Lötschberg qui s'est tenue à Berne et qui a réuni les milieux économiques et politiques des cantons concernés - le fait que cette proposition ne prenne en compte que les intérêts du pôle économique zurichois, négligeant totalement ceux de la Suisse occidentale. Ils ont en outre souligné que, si seules des considérations d'équilibre budgétaire devaient être prises en compte, la construction du Lötschberg s'imposait, son coût étant moins élevé et sa réalisation plus rapide.

D'autre part, la publication d'un rapport commandé à un bureau londonien par le DFTCE a confirmé les craintes de ceux qui, à l'instar du chef des finances Otto Stich, doutaient fortement de la rentabilité des NLFA. L'étude des experts anglais a en effet souligné que la rentabilité des transversales alpines reposait sur certaines conditions, dont la réalisation ne pouvait de loin pas être tenue pour garantie. Plus précisément, l'expertise a mis en évidence le fait que, pour avoir une chance de rembourser les prêts en 2070, il serait indispensable d'augmenter de 15 pour cent les tarifs du transport ferroviaire et d'accroître, dans la même mesure, les coûts du transport routier afin que le rail conserve sa compétitivité. De plus et surtout, ces hausses devraient être valables à l'échelle européenne - ce qui présuppose une politique de coordination en la matière - afin d'éviter que les transporteurs routiers ne préfèrent contourner la Suisse. En conclusion de leur étude, les experts londoniens ont souligné que si ces conditions devaient ne pas être remplies, les intérêts mêmes des emprunts pourraient être difficiles à rembourser, ce qui signifierait un accroissement incontrôlable de la dette. Outre le coût global des NLFA, l'étude londonienne a également analysé la rentabilité des différentes variantes en discussion. Ainsi, elle a estimé que la construction de la seule galerie de base du Gothard, à laquelle s'ajouteraient uniquement dans un second temps les voies d'accès, était la solution la plus économique. Les autres alternatives retenues par l'étude londonienne se classent ainsi (par ordre de coût croissant): la construction simultanée du Gothard et des voies d'accès, la construction du Lötschberg suivie de celle du Gothard, la construction échelonnée inverse des deux axes, la construction simultanée des deux axes.

Le débat sur le choix de ne construire qu'un seul tunnel afin d'épargner les finances fédérales s'est poursuivi en 1994. Certains politiciens alémaniques ont exprimé leur conviction que la construction du seul tunnel du Gothard était suffisante, ce qui a provoqué l'ire d'un certain nombre de Romands et de Bernois. Pour sa part, s'appuyant sur de nouvelles analyses financières concluant que la Suisse ne pourra faire face à des investissements aussi gigantesques, Otto Stich a, à nouveau, affirmé qu'il était nécessaire de ne construire que le Gothard. Ces déclarations ont provoqué de fortes protestations, notamment de la part du Valais et de Berne ainsi que des autres cantons romands, de diverses organisations et de Michel Béguelin (ps, VD), président de la commission des transports du Conseil national. Ceux-ci ont répliqué que, s'il s'agissait de faire des économies, c'est bien plutôt au Gothard qu'il fallait renoncer car son coût est plus élevé que celui du Lötschberg. Ils ont par ailleurs rappelé qu'il fallait respecter la volonté populaire et ne pas frustrer une fois de plus la Suisse occidentale. Les trois partis gouvernementaux bourgeois se sont également ralliés à ces protestations. Le chef du DFTCE a répondu aux propos d' Otto Stich en certifiant que les deux tunnels pouvaient être financés, qu'ils étaient nécessaires pour absorber le trafic européen et indispensables pour la Suisse romande. Le Conseil fédéral a pour sa part assuré que le percement du Lötschberg ne serait pas retardé et que les deux tunnels seraient traités sur un pied d'égalité.
Afin de sortir de ce débat, Max Friedli, directeur de l'OFT, a proposé de séparer la question de la construction des tunnels de celle des voies d'accès qui est la plus conflictuelle. Il s'agirait ainsi de réaliser dans un premier temps les tunnels de manière simultanée et de remettre à plus tard l'étude des voies d'accès et de leurs variantes. Les tunnels pourraient ainsi être achevés en 2005, en tout cas pour le Lötschberg. Les cantons du Valais, de Berne, du Tessin et d'Uri ont répondu favorablement à cette proposition.
Le comité urannais «Neat in den Berg», qui oeuvre en faveur d'une variante passant dans la montagne, a toutefois refusé cette idée et demandé une décision d'ensemble prenant en compte tous les facteurs. Selon lui, une construction par étapes risquerait d'aboutir à un manque de moyens pour la réalisation de voies d'accès compatibles avec l'environnement. De même, les représentants du Kandertal (BE) et des associations actives de la région ont refusé une construction par étapes et ont exigé une réalisation complète avec le tunnel du Niesen.

Le choix de variantes pour le tracé de chacune des NLFA a été source de plusieurs conflits. Pour la ligne du Gothard, les problèmes furent particulièrement débattus dans les cantons d'Uri et de Schwyz. Le gouvernement uranais s'est notamment déclaré opposé aux quatre variantes proposées en consultation. Des groupes écologistes schwytzois ont également manifesté leur mécontentement face aux choix proposés. Au Tessin, le gouvernement cantonal a également rejeté la variante officielle. Selon le DFTCE, les exigences de ces trois cantons (TI, SZ, UR) renchériraient le coût de la NLFA de CHF 1.6 milliards. Concernant le Lötschberg, les cantons du Valais et de Berne sont parvenu à un accord sur une variante. Celle-ci s'étant révélée trop chère, chacun dut faire quelques concessions en rationalisant le tracé afin de respecter l'enveloppe budgétaire.

Face au déficit des finances fédérales, les investissements nécessaires à la construction des deux tunnels projetés pose le problème suivant: faut-il choisir l'un des deux ouvrages et abandonner l'autre, ou étaler la construction dans le temps. De fait, une sorte de concurrence est née entre les tunnels qui a vu s'affronter les défenseurs de chacun. Otto Stich a suggéré que le Lötschberg soit délaissé au profit du Gothard, ce qui a provoqué les protestations des gouvernements bernois et valaisan. Les promoteurs du Lötschberg (Berne, Valais et BLS) ont exigé une stricte égalité entre leur axe et celui du Gothard. Adolf Ogi a tout d'abord déclaré que le premier projet prêt serait mis en oeuvre en priorité. Par la suite, il s'est cependant engagé en faveur d'une construction simultanée des deux tunnels. Il a notamment défendu cette position en réponse à une interpellation urgente Bloetzer (pdc, VS) (Ip. 93.3262). Le conflit fut croissant entre le DFF et le DFTCE et leurs chefs respectifs.

Les représentants de six cantons (BS, BL, SO, AG, BE, ZH) se sont élevés contre la volonté des CFF et de la Confédération de transférer sur les cantons et le trafic régional leurs problèmes financiers. Ils ont particulièrement souligné que leurs budgets ne permettaient pas de prendre en charge les lignes régionales pour lesquelles, de surcroît, la Confédération s'est engagée (Rail 2000). Une telle politique irait à l'encontre du développement des transports publics et donc des objectifs fixés en matière de protection de l'environnement.
Le DFTCE a entamé une consultation en vue de modifier la loi sur les chemins de fer au sujet du financement du trafic régional.

A Paris, en début d'année, a été créée, par l'Association Trans-Europe TGV Rhin-Rhône-Méditerranée, une société d'économie mixte franco-suisse dont le but est de recueillir les fonds nécessaires aux études préalables et à la déclaration d'utilité publique de la première étape du TGV Rhin-Rhône-Mulhouse-Dijon-Dôle. Les cantons de Vaud, Jura, Neuchâtel, Berne, Soleure, Bâle-Ville, Bâle-Campagne, Argovie et Zurich y participent, intéressés qu'ils sont à une liaison du nord-ouest de la Suisse et du Jura à cette ligne. Les représentants de l'économie privée sont la Banque Nationale de Paris et la Société de Banque Suisse.