Im Herbst fanden an den Universitäten Basel, Bern, Genf, Lausanne und Zürich Studentenproteste statt. Die Aktivisten an den drei Deutschschweizer Unis besetzten die Aulas und forderten bessere Lernbedingungen. Der Missmut der Studierenden richtete sich insbesondere gegen die Bologna-Reform. Sie kritisierten, dass das Studium immer mehr verschult und auf die Wirtschaft ausgerichtet werde und so Eliteuniversitäten entstünden. Allerdings wurde das Themenspektrum bald so stark ausgeweitet, dass die Proteste in einer Universalkritik gipfelten, die mit der Bologna-Reform nur noch wenig zu tun hatte. Ausserdem fehlte es den Besetzern an Rückhalt, da die Protestaktionen nur von einem kleinen Teil der Studierenden mitgetragen wurden und sich auch die studentischen Körperschaften davon distanzierten.

Der Entscheid des Leitenden Ausschusses, der den Haupttermin für das erste Propädeutikum einheitlich auf den Herbst festlegen wollte(Verunmöglichung einer Repetition im gleichen Jahr), rief starke studentische Opposition hervor. In Freiburg und Bern wurden Protestaktionen gegen die Abschaffung des Sommertermins durchgeführt und der Verband Schweizerischer Medizinstudenten hat beim EDI Beschwerde eingereicht. Auch die Hochschulkonferenz beantragte darauf, die Terminfrage nochmals zu überprüfen.