Devant la pléthore de combinaison de votes possibles pour les trois objets (8), chacune des parties a dû faire un effort dans son argumentaire afin de donner un mot d'ordre clair. Le PS, les Verts, le Parti chrétien-social ont prôné le triple oui. A ces derniers se sont associés l'Union syndicale suisse, l'UPS, la Fondation suisse de l'énergie (FSE), la Fondation suisse pour l'énergie solaire et Electricité sans atome. Dans le camp des oui se trouvaient aussi les adversaires habituels des écologistes, à savoir les cantons de montagne et les paysans. Les buts de cette alliance inhabituelle n'était pas les mêmes pour les écologistes ou les cantons de montagne. Ces derniers étaient surtout intéressés au contre-projet, car il leur permettait d’obtenir un soutien pour leur usines hydroélectriques, toutefois, pour des raisons tactiques, ils soutenaient aussi l’initiative solaire. La position officielle du Conseil fédéral et des Chambres face aux trois objets était de rejeter l'initiative solaire et d'accepter en corrélation son contre-projet, ainsi que le deuxième contre-projet. L'objectif était, d'une part de provoquer un changement de comportement dans la consommation d'énergie et donc de respecter les promesses de la Conférence de Kyoto pour la réduction des gaz polluants et, d'autre part, d'intégrer une composante écologique dans le système fiscal dont la réforme serait menée dans les années à venir. Le seul parti gouvernemental à suivre les recommandations du Conseil fédéral et du parlement a été le PDC. Le camp du triple non était composé du PRD, de l'UDC et du PL. A ces derniers s'ajoutaient les associations faîtières de l'économie (Economiessuisse et USAM), les organisations proches de l'automobile (ACS et TCS), l'industrie des machines, l'association des entreprises électriques de Suisse, le Forum suisse de l'énergie et la branche de l'énergie atomique. Les arguments des opposants aux taxes énergétiques étaient que celles-ci seraient un frein au développement économique et que la législation sur le CO2 était suffisante pour assurer le développement des énergies renouvelables et la protection de l'environnement.

Pour des raisons de compétitivité internationale, le Vorort, l'UDC et le PDC ont déploré la volonté du gouvernement d'introduire en solitaire la taxe sur le CO2. Les démocrates-chrétiens ont, en outre, souhaité que seuls 15% du produit de la taxe soient attribués à des mesures de politique énergétique. Si le PRD s'est déclaré favorable à ce que la Suisse devance l'UE en la matière, il a en revanche contesté la répartition du produit de la taxe prévue par le Conseil fédéral qui, selon lui, introduirait des désavantages concurrentiels pour les entreprises suisses. Cette répartition a aussi soulevé des critiques au sein de l'UDC qui a exigé que le principe de neutralité budgétaire de la taxe soit respecté, à l'instar du Vorort qui s'est prononcé pour un remaniement en profondeur du projet. Jugeant pour sa part que les effets de l'introduction en solitaire de la taxe sur le CO2 ne porteraient qu'un préjudice limité à l'économie suisse, le PS a soutenu le projet du gouvernement, tout en se prononçant en faveur de l'instauration d'une taxe sur l'ensemble des agents énergétiques. Quant au parti écologiste, aux associations de protection de l'environnement et à la majorité des syndicats, ils se sont réjouis de l'étape franchie par le Conseil fédéral, étape qui, à leurs yeux, ne constitue cependant qu'un minimum. Seize cantons se sont enfin déclarés en faveur de l'introduction du projet des autorités fédérales. Fort de ce soutien, le Conseil fédéral a réitéré sa volonté d'introduire la taxe incitative.

Les relations entre le chef du DFTCE et les organisations écologistes se sont détériorées à la suite de l'autorisation par le Conseil fédéral d'augmenter de 10% la puissance du réacteur de la centrale de Mühleberg. Les organisations de protection de l'environnement avaient décidé de se retirer du groupe de conciliation «déchets nucléaires» du programme Energie 2000; selon elles, l'augmentation de la puissance de la centrale bernoise constituerait une violation du moratoire nucléaire adopté par le peuple en 1990. Au mois de mars, Adolf Ogi a décidé d'ajourner une réunion avec les organisations écologistes sur la politique énergétique, ces dernières ayant eu l'intention d'organiser une conférence de presse peu avant la tenue de cet entretien pour exposer leurs critiques à l'égard des mesures prises dans le cadre du programme Energie 2000. Les écologistes avaient résolu de procéder de la sorte suite à l'annonce de la présentation à la presse par l'UDC, le même jour, de son concept de politique énergétique, lequel ne se démarque guère du programme Energie 2000. Selon les écologistes, la conférence de l'UDC avait été fixée à ce jour dans le but de reléguer à l'arrière-plan médiatique leur réunion avec le chef du DFTCE et plus particulièrement leurs propositions pour compléter le programme Energie 2000. Lors de leur conférence de presse, les organisations écologistes ont déclaré qu'elles étaient favorables à l'introduction d'une taxe sur l'énergie ainsi qu'à de nouvelles mesures d'économie d'énergie; elles ont également annoncé qu'elles demandaient la fermeture des trois plus anciens réacteurs nucléaires en fonction en Suisse (Beznau I et II et Mühleberg), qu'elles s'opposaient à la révision de la législation sur l'énergie nucléaire allant dans le sens d'une accélération des procédures d'autorisation pour la construction d'installations atomiques, et qu'elles envisageaient de lancer plusieurs initiatives populaires pour renforcer la politique énergétique de la Confédération. L'entrevue entre les deux parties, initialement prévue début avril, a finalement eu lieu un mois plus tard, mais n'a guère permis un rapprochement des positions. Au terme d'une réunion tendue, les protagonistes ont renoncé à faire une déclaration commune devant la presse. Accusé de contourner le moratoire nucléaire adopté par le peuple en 1990, le chef du DFTCE s'est défendu en expliquant que l'autorisation pour l'augmentation de la puissance de la centrale de Mühleberg allait dans le sens du rejet par le peuple de l'initiative sur l'abandon du nucléaire en 1990. Ces tensions entre le département fédéral et les organisations écologistes ont révélé la fragilité de l'«armistice énergétique» conclu au lendemain des votations fédérales de septembre 1990. Quelques semaines après leur réunion avec le chef du DFTCE, les organisations écologistes ont cependant annoncé qu'elles désiraient poursuivre leur participation aux différents groupes de travail du programme Energie 2000, à l'exception du groupe de conciliation sur les déchets radioactifs.