Se penchant sur l'initiative Avanti, la CTT-CN a proposé au terme d'un vote serré (14 à 11) un contre-projet qui englobait toutes les revendications d'Avanti (doublement du Gothard et extension à six pistes de l'A1) et allait même plus loin que le texte des milieux routiers. Les membres de la commission y ont en effet intégré le financement du trafic dans les villes et dans les agglomérations que le gouvernement proposait en charge. Et en prime, ils ont ajouté la création d'un fonds routier juridiquement autonome. Celui-ci serait financé par le transfert des recettes des taxes sur les carburants – CHF 3,7 milliards étaient à disposition. Le fonds, limité dans le temps, et ne serait pas soumis au principe du frein à l'endettement. L'idée d'un tel fonds était d'assurer un financement aux travaux prévus. Concernant l'initiative des Alpes, la commission maintenait le texte, mais une exception était faite à l'interdiction d'augmenter la capacité des routes alpines de transit: elle touchait la construction de voies de circulation supplémentaires entre Erstfeld et Airolo (Gothard). Réagissant, la gauche et les associations environnementales ont fait part de leur opposition. Kaspar Villiger en a fait de même quant à un éventuel transfert des taxes de carburant au fonds routier. En votation, le Conseil national a accepté par 94 voix contre 83 et 7 abstentions le contre-projet de la CTT-CN et repoussé l'initiative Avanti. L'UDC, le PRD et le PL ont été les artisans de la victoire du contre-projet, au grand dam du PS et des Verts. Le PDC a tenté de proposer une solution médiane au doublement du Gothard: il demandait de ne pas inscrire le deuxième tunnel directement dans le contre-projet, mais de préciser qu'il fallait quand même en prévoir la planification. Cette proposition a été rejetée par 87 voix contre 37 et 59 abstentions (socialistes et écologistes). Sur le fonds routier, le National a décidé que le solde devra toujours rester positif et qu'aucun versement d'intérêts ne sera prévu en cas d'utilisation d'une partie des montants disponibles à d'autres fins.

L’accord sur les transports terrestres a été accueilli dans l’ensemble positivement par les milieux consultés. Seuls la Fédération suisse des cheminots (SEV) et Pro Bahn Schweiz se sont montrés réellement sceptiques. Nombreux ont critiqué l’octroi de contingents de 40 t durant la période transitoire et jugés les taux de la RPLP trop bas pour permettre le transfert du trafic transalpin sur le rail. Pratiquement tous les milieux ont qualifié de nécessaires les mesures d’accompagnement, mais de grandes divergences sont apparues quant à leur forme et mise en œuvre. Seul le Centre Patronal les rejeta catégoriquement; l’Union suisse des arts et métiers aurait préféré les séparer de l’accord. Concernant le transfert, les partis gouvernementaux ont exigé un objectif annuel de 650 000 camions au maximum dès 2007. Les associations écologistes, le comité de l’initiative des Alpes et la SEV ont souhaité un objectif maximal de 500 000 trajets pour la même date, ainsi que des objectifs intermédiaires. Pratiquement tous les milieux consultés ont demandé que la Confédération augmente ses dépenses pour promouvoir le transport ferroviaire. Les partis gouvernementaux ont souhaité un plafond de dépenses annuel de CHF 300 millions, les CFF de CHF 350 millions et les associations écologistes de CHF 500 millions. Le Vorort, par contre, s’est opposé à une telle augmentation. Les avis ont été partagés sur la répartition des contingents de 40 t entre les transporteurs suisses: les associations écologistes et la SEV ont souhaité que les transporteurs suisses obtiennent la moitié du contingent de ceux de l’UE; les partis gouvernementaux, la CGC, les associations de transport routier et le Vorort ont réclamé un contingent identique. Ces derniers ont également contesté que l’octroi de ces contingents soit subordonné à l’obligation d’utiliser également le rail. Le renforcement des contrôles du trafic lourd à été généralement approuvé. Les cantons se sont déclarés prêts à participer au contrôle des poids lourds, à condition que les contributions pour la surveillance policière de la circulation soient à nouveau versées par les taxes sur les carburants. Plusieurs milieux concernés, dont les associations écologistes et la Conférence des gouvernements cantonaux, ont réclamé l’inscription dans la loi sur la circulation routière de l’interdiction de circuler la nuit et le dimanche. Finalement, l’UDC a estimé incontournable une modification de l’article constitutionnel sur la protection des Alpes en raison de l’accord sur les transports terrestres.