Neun der 13 Abstimmungsvorlagen, über welche die Stimmberechtigten an vier Wochenenden im Jahr 2016 zu entscheiden hatten, waren Volksinitiativen. Dies schienen erste Folgen der vor allem im Vorjahr unter dem Stichwort «Initiativenflut» diskutierten, scheinbar wachsenden Zahl lancierter Volksbegehren zu sein. Allerdings fanden die Begehren von grüner und linker (Atomausstiegsinitiative, Grüne Wirtschaft, AHVplus, Pro Service public, bedingungsloses Grundeinkommen, Nahrungsmittelspekulation) wie auch von rechter und bürgerlicher Seite (Milchkuh-Initiative, Heiratsstrafe, Durchsetzungsinitiative) bei der Bevölkerung keine Gnade. Achtungserfolge konnten immerhin die Atomausstiegsinitiative (45.8% Ja-Stimmenanteil), die AHVplus- (40.6%) und die Durchsetzungsinitiative (41.2%) verzeichnen. Nur knapp abgelehnt wurde die CVP-Initiative gegen die Heiratsstrafe: 49.2 Prozent Ja-Stimmen reichten aber auch hier nicht. So bleibt die Pädophileninitiative 2014 das letzte an der Urne erfolgreiche Volksbegehren und die Annahme-Quote der Initiativen verschlechterte sich auf 10.4 Prozent (22 von 211).
Auch die vier fakultativen Referenden fielen 2016 entsprechend den Empfehlungen von Regierung und Parlament aus. Das Nachrichtendienstgesetz (66.5%), gegen das linke Kreise das Referendum ergriffen hatten, das Asylgesetz (66.8%), gegen das die SVP angetreten war, und das Fortpflanzungsmedizingesetz (62.4%), das von einem überparteilichen Komitee aus EVP- und CVP-Kreisen bekämpft worden war, erreichten alle eine Zustimmung von gut zwei Dritteln der Stimmbevölkerung. Etwas umstrittener war höchstens der Entscheid für eine zweite Röhre am Gotthard, welcher von Umweltschutzorganisationen erzwungen worden war: Die Sanierung des Tunnels wurde von 57 Prozent der Stimmenden gutgeheissen. Damit verringerte sich auch die Erfolgsquote der fakultativen Referenden auf 52.7 Prozent: 96 von 182 Referenden waren bisher erfolgreich.
Die höchste Stimmbeteiligung 2016 wurde am Abstimmungswochenende im Februar verzeichnet: Insbesondere die Durchsetzungsinitiative mobilisierte hohe 63.7 Prozent der Stimmberechtigten an die Urne. Die 46.8 Prozent Stimmbeteiligung im Juni, die 43.1 Prozent im September und die 45.4 Prozent im November, als einzig über den Atomausstieg abgestimmt wurde, lagen etwa im Beteiligungsschnitt des bisherigen 21. Jahrhunderts (46%).

Zwar hatten vier unterschiedliche, von Privatpersonen geführte Komitees gegen die Umsetzung der Masseneinwanderungsinitiative das Referendum angekündigt, sie schafften es jedoch innerhalb der 100 Tage nicht, die nötigen Unterschriften zu sammeln. Zu hoch war die Unterschriftenhürde 2016 auch für zwei weitere Komitees. Die Gruppe Giardino konnte lediglich 44'603 Unterschriften gegen die Weiterentwicklung der Armee (WEA) einreichen und auch über das Bundesgesetz betreffend die Überwachung des Post- und Fernmeldeverkehrs (BÜPF) wurde nicht an der Urne entschieden, weil die Allianz aus allen Jungparteien, den Piraten, der AL und zahlreichen zivilgesellschaftlichen Organisationen ebenfalls nur knapp über 40'000 Unterschriften dagegen sammeln konnte.
Erfolgreicher waren die SP, die gegen die Unternehmenssteuerreform (USR III) opponierte, und die SVP, die gegen das Energiegesetz das Referendum ergriff. Damit wurde gegen 3.2 Prozent der 2016 vom Parlament gefällten 63 Erlasse ein Referendum eingereicht. Dies entsprach dem Wert von 2015, als gegen 3 der 59 Erlasse ein Referendum angestrebt worden war, wobei damals nur zwei Komitees (3.4%) die nötige Zahl an Unterschriften innerhalb der vorgesehenen Frist einreichen konnten.

Neben den beiden bereits 2015 eingereichten Referenden – gegen das Asylgesetz und das Nachrichtendienstgesetz –, standen 2016 auch zwei weitere, vom Parlament noch 2014 erlassene und bekämpfte Bundesbeschlüsse zur Abstimmung: die Sanierung des Gotthard-Strassentunnels und das Fortpflanzungsmedizingesetz. Alle vier Referenden blieben dabei erfolglos. Im Februar hiess die Stimmbevölkerung die Sanierung des Gotthard-Tunnels gut, Anfang Juni stiessen sowohl das von der SVP bekämpfte Asylgesetz als auch das Fortpflanzungsmedizingesetz, gegen das insbesondere die EVP ein Veto angestrengt hatte, bei der Bevölkerung auf viel Akzeptanz. Und im September erhielt auch das Nachrichtendienstgesetz, das von der Linken bekämpft wurde, fast zwei Drittel aller Stimmen.

Bereits 2013 waren die Unterschriftensammlungen gegen den Fonds zur Beschaffung des Kampfflugzeugs Gripen und gegen das FATCA-Abkommen zwischen der Schweiz und den USA lanciert worden. Während das Referendum gegen die Gripen-Beschaffung Ende Januar mit 65‘384 gültigen, vom Bündnis gegen neue Kampfflugzeuge und vom Liberalen Komitee „Nein zum Gripen“ gesammelten Unterschriften zustande kam, scheiterte die Unterschriftensammlung gegen FATCA. Nach der 100-tägigen Frist konnten lediglich 35‘264 Unterschriften eingereicht werden. Auch das vom Kanton Wallis angestrengte Kantonsreferendum gegen FATCA wurde nur vom genannten Kanton unterstützt – nötig gewesen wären aber insgesamt acht Kantone. Im Berichtsjahr selber kündigten das Komitee „Nein zur Billag-Mediensteuer“ und der Verein „Aktion stopBillag.ch“ an, ein Referendum gegen das neue Bundesgesetz über Radio und Fernsehen (RTVG) zu ergreifen. Bereits Mitte Dezember hatte das Komitee laut eigener Aussage die nötigen Unterschriften gesammelt, bis Ende 2014 aber noch nicht eingereicht. Auch gegen den Bau einer zweiten Gotthard-Strassenröhre zur Sanierung des Tunnels wurde ein Referendum lanciert. Federführend war hier der Verein "Nein zur zweiten Gotthardröhre, hinter dem der VCS und die Alpeninitiative stehen. Auch dieses Komitee war rasch erfolgreich und hatte Ende Jahr nach eigenen Angaben bereits über 100'000 Unterschriften gesammelt. Die EVP kündigte vorsorglich an, gegen das noch nicht zu Ende debattierte Fortpflanzungsmedizingesetz das Referendum ergreifen zu wollen. Allerdings ist vorgängig ein obligatorisches Referendum nötig, um die heute verbotene Präimplantationsdiagnostik (PID) zu ermöglichen. Auch der atomfreundliche Verein "Kettenreaktion" kündigte an, gegen jegliche Verbote von AKW das Referendum zu ergreifen.

Die wenig dezidierte Haltung der bürgerlichen Parteien zeigte sich dann ebenfalls bei der Parolenausgabe zuhanden der Volksabstimmung vom 28. November. Die CVP überliess den Entscheid ihren Kantonalsektionen, wovon sich eine Minderheit für die Initiative aussprach (CVP-Sektionen für die Initiative: BE, SO, SH, TI, VD). Noch grössere Heterogenität herrschte beim Freisinn, setzten sich doch siebzehn Kantonalparteien für ein Nein zu Initiative und Gegenvorschlag ein, während die Gesamtpartei den Gegenvorschlag unterstützte (FdP-Sektionen mit doppeltem Nein: alle ausser BE, ZG, BS, GR, TI, VS, NE, JU). Bei der SVP votierten einige wichtige Sektionen ebenfalls für ein doppeltes Nein und stellten sich damit in Gegensatz zur Landesorganisation, welche den Gegenvorschlag befürwortete (SVP-Sektionen mit doppeltem Nein: ZH, BE, SZ, TI. Die Bündner SVP empfahl Zustimmung zur Initiative). Gegen jegliche Form der Preisüberwachung kämpften im weitern die Liberalen, die Republikaner, der Vorort und der Gewerbeverband. Für das Volksbegehren setzten sich neben den Konsumentenorganisationen die Linksparteien, der Landesring, die EVP, die NA und die Gewerkschaften ein.