C'est une enquête du cabinet Deloitte, publiée en août 2021 et relayée par la presse nationale, qui a mis le feu aux poudres : la raison principale pour laquelle les consommatrices et consommateurs renoncent à acheter des produits bios est leur prix surfait. En effet, ils sont en moyenne 50 pour cent plus chers que les produits conventionnels, alors que les surcoûts liés à cette méthode de production ne seraient que de 10 à 13 pour cent. La différence s'expliquerait par la marge plus élevée que les commerces de détail encaissent sur ces produits labellisés. Réagissant à cette étude, Coop a d'un côté justifié cette différence par les coûts annexes supplémentaires générés à chaque étape pour les produits biologiques. Puis, Migros a d'un autre côté fait référence aux produits biologiques Alnatura dont les prix sont semblables aux produits conventionnels. Pour sa part, Aldi a déclaré ne pas appliquer de politique différenciée entre les denrées labellisées et non labellisées. Que les consommatrices et consommateurs achètent des produits labellisés en cas de baisse de leur prix avait déjà été démontré par Agroscope dans une étude publiée en 2020. Le centre de recherche, mandaté par la protection suisse des animaux (PSA), s'était penché sur le cas de la viande, et a pu constater que ce levier de consommation s'applique particulièrement à la viande de porc.
C'est également durant l'été 2021 qu'on apprenait qu'un accord sectoriel initié par la PSA avec les détaillants pour réduire l'écart de prix entre viande conventionnelle et viande labellisée avait été rejetée par la Comco à cause de la loi sur les cartels (LCart). La Comco redoutait ainsi que la concurrence soit faussée entre les détaillants. Réagissant à cette décision, la PSA a demandé aux autorités d'agir, voire, d'instaurer un Ombudsman chargé de régler ces grandes différences de prix lorsqu'elles ne sont pas justifiées. Les chiffres récoltés chaque mois par l'OFS sur le prix des denrées alimentaires montrent des écarts allant du double au triple, s'agissant des produits carnés labellisés et bios.
En 2022, une tribune signée dans la NZZ par les professeurs Paul Richli et Mathias Biswanger revenait sur la décision de la Comco. Les deux professeurs critiquaient alors la situation de monopole dans laquelle se trouvent les détaillants Migros et Coop en Suisse face aux agricultrices et agriculteurs, qui n'ont souvent d'autre choix que de vendre leur production aux deux géants orange. Suite à une modification de la LCart en début d'année, cette situation pourrait être dénoncée pour défaillance de marché. La même année, tant l'USP que la Fédération romande des consommateurs (FRC) réclamaient plus de transparence sur la formation des prix, dénonçant un système qui rétribue de moins en moins les productrices et producteurs. La FRC dévoilait ainsi une enquête détaillée sur la formation des prix des produits agricoles et la marge conséquente des distributeurs sur les produits bios. Ainsi, une carotte bio ne coûte à la production que 40 pour cent plus cher qu'une carotte conventionnelle, mais est revendue jusqu'à 116 pour cent plus cher, selon les mois. Soulever le voile qui obscurcit cette boîte noire de la chaîne agroalimentaire permettrait, selon la secrétaire générale de la FRC et conseillère nationale verte Sophie Michaud Gigon (VD), aux consommatrices et consommateurs de savoir dans quelles poches va leur argent : dans celles des producteurs ou dans celles des distributeurs ? Faire la transparence sur l'entier de la chaîne est pourtant difficile à cause de ce qui ressemble à une omerta, selon la FRC, des milieux maraîchers qui ont peur des conséquences en cas de témoignage.
Des difficultés, Monsieur Prix de la Confédération en a aussi rencontré lorsqu'il s'est penché sur ce dossier. Après avoir dû retarder la publication d'un rapport sur la question à cause de l'opposition de la Migros, Stephan Meierhans a pu, en janvier 2023, dévoiler une partie des résultats de son enquête sur les marges abusives des grands distributeurs sur les produits bios. Monsieur Prix explique ces marges élevées par le peu de concurrence sur le marché de la distribution en Suisse. Afin de réduire les prix des produits bios, Stefan Meierhans a proposé aux grands distributeurs un engagement volontaire impliquant une marge maximale. Mais ces discussions ont échoué, les distributeurs refusant de voir leurs prix baisser. Pour la Fondation pour la protection des consommateurs (SKS), c'est maintenant à la Comco – seul organe habilité à infliger des amendes – de se pencher sur ces marges.
Au-delà des produits bios, c'est l'ensemble du secteur qui semble être touché par un manque de transparence dénoncé de manière récurrente dans les médias. Au point où une nouvelle association s'est formée pour combattre cet état de fait. Uniterre a, pour sa part, lancé en août une campagne d'informations intitulée «Les paysans et les paysannes se font rouler dans la farine» pour, d'un côté, sensibiliser les consommatrices et consommateurs à cette thématique et, d'une autre côté, réclamer une plus grande transparence de la part des grands distributeurs. Le syndicat paysan exige, de plus, que la Confédération réglemente mieux les marchés agricoles pour garantir des prix équitables aux productrices et producteurs. La politique n'est pas en reste, de nombreuses interventions ayant été déposées ces dernières années au Parlement sur cette problématique. La chambre haute doit se prononcer sur deux interventions (Mo. 21.3730; Iv. pa.22.477) acceptées par le Conseil national à ce sujet. La chambre du peuple a, toutefois, refusé d'instaurer un Ombudsman qui aurait été chargé de régler les conflits s'agissant des prix.

Conséquence de la crise du coronavirus et des changements dans les habitudes de consommation des Suisse.sse.s, le Conseil fédéral s'est vu contraint d'augmenter les contingents d'importations de beurre par deux fois afin d'en garantir l'approvisionnement. Deux raisons expliquent cette pénurie que n'avait plus connu la Suisse depuis des années. D'une part, les consommateurs.trices ont mangé plus de beurre indigène cette année (semi-confinement, impossibilité de faire du tourisme d'achat, etc.) et d'autre part, les transformateurs laitiers ont privilégié la production de fromage à la production de beurre, une filière qui rapporte plus et qui a connu une progression de la demande. Ces deux facteurs, couplé à une production laitière stable, ont poussé les autorités à prendre les devants. Conformément aux demandes formulées par l'interprofession du lait (IP-Lait), le contingent d'importation de beurre a augmenté de 1000 tonnes le 1er juin et de 1800 tonnes le 1er septembre. En parallèle, les grands distributeurs ont été contraints d'augmenter le prix du beurre suisse, afin d'en réguler la demande.
La décision d'augmenter les importations n'a pas plu à tout le monde, une partie des productrices et producteurs de lait dénonçant une mauvaise répartition du lait à l'image de la présidente de la coopérative Lait-équitable Anne Chenevard. Celle-ci explique qu'une partie du lait suisse est destinée à des produits d'exportations, alors qu'il pourrait être affecté à la production de beurre. Le syndicat Uniterre a ainsi décrié une situation dans laquelle la Confédération ne veut pas prendre ses responsabilités en fixant un cadre pour résoudre ce problème dont IP-Lait ne s'empare pas.

Un nouveau mouvement alliant paysan.ne.s et activistes du climat a vu le jour. Sous le nom «Agriculture du futur», ce collectif, constitué notamment du WFF, de Pro Natura, de Greenpeace, d'Uniterre, de l'Association des petits paysans et des activistes du climat, a organisé une manifestation dans la capitale fédérale à laquelle pas moins de 4'500 personnes ont participé. Le slogan scandé par les manifestant.e.s, «L'alimentation est politique», était directement dirigé contre la nouvelle mouture de la Politique agricole 22+ qui ne va pas assez loin à leur goût. En effet, le collectif appelle à une politique agricole plus solidaire, moins polluante, qui protège les écosystèmes et qui lutte plus activement contre le gaspillage des ressources. Selon «Agriculture du futur», le système agricole actuel aurait comme objectif premier de générer du profit pour les géants de l'agroalimentaire et non de nourrir la population avec des denrées alimentaires saines et accessibles à toutes et tous. Le mouvement a profité de cette manifestation pour publier sa «Vision 2030» qui propose une transformation radicale du système agricole et alimentaire actuel. Mais les revendications portées par «Agriculture du futur» trouvent des échos, au mieux, mitigés au sein des autres organisations paysannes. Ainsi en est-il de l'Association des femmes paysannes vaudoises qui, bien que louant les objectifs affichés, estime que la population et le monde agricole ne sont pas prêts pour de tels changements abrupts. Des pertes de rendement sont redoutées. Du côté de l'USP, on considère que les fermes sont déjà à taille humaine et qu'une agriculture 100 pour cent biologique ne répondrait pas aux demandes du marché, comme le rappelle Jacques Bourgeois (plr, FR), président de l'Union Suisse des Paysans.