In der Wintersession 2019 befasste sich der Nationalrat mit der parlamentarischen Initiative Jans (sp, BS), welche verlangt, mittels Änderung des Gewässerschutzgesetzes den Einsatz von Pestiziden zu verbieten, falls diese die Wasserqualität stark beeinträchtigen.
In der nationalrätlichen Debatte argumentierte der Urheber der Initiative, dass zwar Messungen in Fliessgewässern gemacht würden und festgestellt werde, dass Pestizidwirkstoffe die Gewässerorganismen nachhaltig schädigen. Leider hätten diese Messungen aber zu wenig Folgen, so Jans. Die Pestizide würden nicht aus dem Verkehr gezogen, sondern die Trinkwasserquellen geschlossen. Die Mehrheit der UREK-NR wolle warten, bis die Agrarpolitik 22+ des Bundesrates wirksam würde; für Jans dauerte das aber zu lange, zudem sei auch noch nicht klar, ob überhaupt und welche Massnahmen im Rahmen der Agrarpolitik 22+ vorgeschlagen würden.
Bastian Girod (gp, ZH) erklärte in der Ratsdebatte die Trinkwasserqualität für akut gefährdet. Er verwies auf ein Faktenblatt der EAWAG, welches festhalte, dass die darin gesetzten Ziele (zum Beispiel im Aktionsplan Pflanzenschutzmittel) die gesetzlichen Anforderungen noch nicht erfüllen würden. Für Girod war der richtige Zeitpunkt zu handeln nun eingetroffen, zumal der Bundesrat den beiden Trinkwasser- resp. Pestizidinitiativen keinen Gegenvorschlag entgegenstellen wolle.
Für die SVP-Fraktion sprach Pierre-André Page (svp, FR) ein Loblied auf die Schweizer Landwirtschaft. Diese mache heute schon viel gegen den Missbrauch mit Pflanzenschutzmitteln. Zudem könne sie aufgrund der vielen Restriktionen bald nicht mehr genug produzieren und dann müssten Nahrungsmittel importiert werden, wobei der Konsument nicht wisse, unter welchen Bedingungen diese produziert würden.
Anders als zuvor in der UREK-NR fand die Initiative im neu zusammengesetzten Nationalrat mit 155 zu 88 Stimmen bei 3 Enthaltungen eine Mehrheit. Sämtliche Mitglieder der SVP, sowie einige Mitglieder der FDP und CVP stimmten gegen die Initiative.
In den Medien nahm Markus Ritter (cvp, SG), Nationalrat und Präsident des Schweizerischen Bauernverbandes, Stellung und argumentierte, dass das kürzlich erlassene Anwendungsverbot des Fungizids Chlorothalonil zeige, dass das Zulassungssystem für Pestizide funktioniere. Paul Sicher, Sprecher des Schweizerischen Vereins des Gas- und Wasserfachs, widersprach dieser Aussage, indem er eine sofortige generelle Verschärfung der Zulassungen für Pestizide, ein Verbot für besonders giftige Mittel und Einschränkungen bei deren Einsatz, zum Beispiel für Private, forderte.

Der Ton zwischen Pro Natura und den Bauern verschärfte sich im Sommer 2016, als die Naturschutzorganisation Ende Mai eine Plakatkampagne startete, in der sie die Landwirtschaft für die Pestizidbelastung in den Gewässern verantwortlich machte. Der Schweizer Bauernverband (SBV) fühlte sich von dieser Kampagne zu Unrecht angegriffen. Die Branche habe in den letzten Jahren grosse Anstrengungen unternommen, um die Verwendung von Pflanzenschutzmitteln zu optimieren, verteidigte sich der Verband in einer Medienmitteilung. Der konfrontative Kurs von Pro Natura sei unverständlich; das Gespräch zu suchen wäre zielführender. Pro Natura wiederum liess verlauten, dass ein zielführender Dialog mit den Bauern über den Einsatz von Pestiziden nicht möglich sei, da die Landwirte aus dem Einsatz von Pestiziden resultierende Probleme negieren würden. In die Hand spielte der Naturschutzorganisation ein kurz darauf vom BAFU veröffentlichter Bericht, der die Landwirtschaft als primäre Quelle von Mikroverunreinigungen durch diffuse Einträge identifizierte und Verunreinigungen durch den Einsatz von Pflanzenschutzmitteln für die Wasserlebewesen als am problematischsten erachtete. Den Zeitpunkt zur Lancierung ihrer Kampagne hatte Pro Natura nicht zufällig gewählt, sondern bewusst um den Termin gelegt, an dem der Aktionsplan zur Risikoreduktion und nachhaltigen Anwendung von Pflanzenschutzmitteln in die Vernehmlassung gelangte. Es gelte, den Druck aus der Öffentlichkeit aufrecht zu erhalten, bestätigte der Sprecher der Organisation. Ansonsten bestehe die Gefahr, dass Interessenvertreter aus Landwirtschaft und Chemieindustrie den Aktionsplan entschärfen würden.

Bereits Ende 2015 hatte Pro Natura die Bauern in einer Medienmitteilung angeklagt, sich nicht um die Umwelt zu scheren. Ferner habe sich der Bauernverband im Aufruf zur Demonstration gegen die vorgesehenen Budgetkürzungen vom November 2015 explizit gegen den Gewässerschutz ausgesprochen, lautete ein weiterer, zu jener Zeit von Pro Natura erhobener Vorwurf. Auch diese Anschuldigungen wies der Bauernverband damals zurück.

Im September präsentierte das BAFU den Vernehmlassungsbericht zur Strategie Biodiversität Schweiz. Die zehn in der Strategie definierten Ziele werden insgesamt von der grossen Mehrheit der 147 Stellungnehmenden positiv beurteilt. Von den grossen Parteien unterstützen SP und CVP das Vorhaben. Sowohl Grüne wie auch FDP kritisierten die mangelhafte Konkretisierung der Zielvorgaben, stimmten dem Anliegen einer Biodiversitätsstrategie jedoch grundsätzlich zu. Letzteres im Gegensatz zur SVP, welche die Strategie als Ausgangspunkt für weiterreichende Regulierungen und finanzielle Folgekosten interpretierte. Die überwiegende Mehrheit der Kantone äusserte ihre grundsätzliche Unterstützung zur Strategie, oftmals jedoch mit dem Vorbehalt, dass sich deren Umsetzung auf bereits bestehende Rechtsgrundlagen stützen und die Kantone bei der Erarbeitung der Aktionspläne stärker einbezogen werden müssen. Das Ziel der Schaffung einer ökologischen Infrastruktur und eines entsprechenden Sachplans führte unter den Vernehmlassungsteilnehmern zu den grössten Diskussionen. Obwohl die Erstellung eines Sachplans grundsätzlich begrüsst wurde, liess die vage Zielformulierung noch viele Fragen offen. Insbesondere Bauernverbände und Waldwirtschaftler äusserten Bedenken, dass neue Schutzgebiete auf Kosten bestehender Landwirtschafts- und Waldflächen geschaffen werden könnten. Im April wurde die Strategie zu Erhalt und Förderung der Biodiversität vom Bundesrat verabschiedet.

Im Zusammenhang mit der Pflege und Erhaltung von Moorlandschaften und den daraus resultierenden Ertragsausfällen für die Landwirtschaft zeigte eine Studie des BUWAL und des Bauernverbands auf der Basis von 1991 jährliche Kosten zwischen CHF 27 und 29 Mio. auf. Im Rahmen der laufenden Revision des NHG soll eine gesetzliche Basis für die Entschädigung der Landwirtschaft in der Höhe von 90% der Ausfälle vorgesehen werden.