Die ETH Lausanne kann ein internationales Zentrum für Neuroprothesen mit fünf Lehrstühlen aufbauen. Es soll zur weltweit wichtigsten Einrichtung in diesem Fachbereich werden und einen Schnittpunkt zwischen Grundlagenforschung, klinischer Anwendung sowie industrieller Nutzung bilden. Das Zentrum verfügt für einen Zeitraum von 10 Jahren über ein Budget von 40 Mio Fr., davon stammen 20 Mio Fr. aus den Familienstiftungen Bertarelli und Borel.

Die Wahl des neuen ETH-Präsidenten sorgte für Unmut und Turbulenzen. Der Hirnforscher Martin Schwab, welcher als Kronfavorit für das Präsidium der ETH Zürich galt, zog seine Kandidatur im Frühjahr zurück. Ein Verteilungskampf zwischen Zürich und Lausanne überschattete die Wahl des neuen ETH-Präsidenten. Der Vorwurf der Willkür bei der Geldvergabe und beschönigte Budgetzahlen standen im Raum. Der Physiker Ralph Eichler, Direktor des Paul-Scherrer-Instituts, soll nun als neuer Präsident wieder Ruhe an der ETH Zürich herstellen. Zur Freude zahlreicher Kritiker verliess auch der ETH-Ratspräsident Alexander Zehnder den ETH-Rat per Ende 2007 aus "persönlichen Gründen" [47]. Zu seinem Nachfolger wählte der Bundesrat den ehemaligen Glarner FDP-Ständerat Fritz Schiesser. Die Zukunft des Gremiums „ETH-Rat“ an sich bleibt weiterhin offen. Der neue ETH-Ratspräsident Schiesser steht vor vielfältigen Herausforderungen und muss primär den Ausgleich zwischen der ETH Zürich und derjenigen in Lausanne finden. Mit Heidi Wunderli-Allenspach wurde in der 152-jährigen Geschichte der ETH Zürich erstmals eine Frau zur Rektorin gewählt.

Die Teilrevision des ETH-Gesetzes, welche insbesondere technische und organisatorische Aspekte, die Anpassung der Führungsstrukturen und die Verstärkung der Autonomie beider ETH in Lausanne und Zürich anstrebt, wurde vom Nationalrat als Zweitrat ohne Gegenstimme gutgeheissen. Darauf räumte die kleine Kammer oppositionslos die letzten Differenzen zum Nationalrat aus, und der Bundesrat konnte das revidierte ETH-Gesetz mit den wichtigsten Ausführungsbestimmungen auf den 1. Januar 2004 in Kraft setzen. Mit dem Abschluss der Teilrevision des ETH-Gesetzes war nun einerseits die Autonomie des ETH-Bereiches gefestigt, andererseits aber auch der Umfang des ETH-Leistungskatalogs vergrössert worden. Der Bundesrat verabschiedete im Juni – bereits zum zweiten Mal – einen entsprechenden Leistungsauftrag für den ETH-Bereich für die Jahre 2004-2007. Der Auftrag war klar in sieben Ziele und jeweils mehrere Unterziele mit zugehörigen Indikatoren gegliedert. Im Vordergrund standen dabei die Pflege einer attraktiven Lehre, die Konsolidierung der internationalen Spitzenstellung in der Forschung und eine Stärkung der Rolle in Wirtschaft und Gesellschaft – wobei der Leistungsauftrag Messgrössen, nicht aber quantitative Vorgaben enthält. Der Leistungsauftrag passierte beide parlamentarischen Kammern problemlos.

Am 10. Juni sagte die Waadtländer Stimmbevölkerung Ja zu einem Transfer der „Ecole romande de Pharmacie“ nach Genf zugunsten des „projet triangulaire“ – der Hochschulkoordination im „Arc lémanique“. Die Stimmergebnisse für den jährlichen Beitrag von 4,6 Mio Fr. an die in Genf konzentrierte Westschweizer Pharmazie-Schule sowie für eine Gesetzesänderung, mit welcher der Verzicht auf eine Apothekerschule in Lausanne beschlossen wurde, fielen relativ knapp aus. Dem Transfer war unter anderem seitens der Waadtländer Apothekerinnen und Apotheker sowie von Seiten der Studentenschaft etliche Skepsis entgegengebracht worden. Im Oktober kam es mit der Angliederung der Sektion Chemie der Universität Lausanne an die ETH Lausanne (ETHL) zum Vollzug der ersten von vier Etappen des Kooperationsprojektes der beiden Hochschulen. In der Frage nach der zukünftigen Struktur der so ausgedünnten Universität beging das Rektorat einen Tabubruch, indem es in einem Bericht an den Waadtländer Staatsrat die Fusion mit der benachbarten ETHL vorschlug und gezielt die bisherige Abhängigkeit der Universität vom Kanton bzw. ganz allgemein die Aufgabenteilung zwischen Bund und Kantonen kritisierte. Die gemeinsame Verwaltung der beiden Hochschulen dank einer gemeinsamen Trägerschaft von Bund und Kanton würde eine bessere Zusammenarbeit erlauben und so das Standhalten gegenüber dem internationalen Wettbewerb ermöglichen. Im November stimmte der ETH-Rat einer im Rahmen des „projet triangulaire“ geplanten Strukturänderung der ETHL zu, wonach diese auf Januar 2002 in eine eigentliche Technische Universität umgewandelt werden soll. Die zwölf bestehenden Departemente der ETHL werden in fünf Fakultäten mit einer klaren Schwerpunktsetzung auf den Lebenswissenschaften zusammengefasst.

Gegen Herbst entfachte der im Rahmen des „Projet triangulaire“ gefasste Plan, die Pharmazieausbildung auf den Standort Genf zu konzentrieren und in der leer werdenden Lausanner Ecole de pharmacie die Genomik einzurichten, heftige Turbulenzen und erbitterten Widerstand. Die Studenten- und Professorenschaft der Pharmazieschule wehrten sich gegen einen Auszug aus dem erst zehnjährigen, für über 20 Mio Fr. eigens für ihre Bedürfnisse gebauten Gebäude. Solidarität erfuhren sie von Seiten der waadtländischen Apothekerinnen und Apotheker, welche den Verlust ihres Fachzentrums befürchteten. Grundsätzliche Bedenken am „Projet triangulaire“ meldete schliesslich der Studentenverband Fédération des associations d’étudiants (FAE) an und warnte vor einer Förderung der Forschung auf Kosten der Lehre, vor einer Vernachlässigung der Geisteswissenschaften sowie vor einer ungenügenden demokratischen Kontrolle der neuen Strukturen. Im Dezember stimmte der Waadtländer Grosse Rat der Vorlage für das „Projet triangulaire“ zu und unterstellte angesichts des vehement geäusserten Widerstands die Fusion der Ecole de pharmacie dem obligatorischen Referendum.