Soutenus par leur population et les communes concernées, les cantons consultés ont tous demandé plus de tunnels (au total 30 km supplémentaires pour le Gothard et 12 pour le Lötschberg) et ont rejeté les variantes proposées. Pour le Lötschberg, Berne et le Valais se sont opposés à l'abandon provisoire prévu par la variante de base du tunnel de Niesen dans le Kandertal (BE) ainsi que celui allant vers Mundbach (VS). Ils ont également réclamé que le Gothard et le Lötschberg soient traités sur un pied d'égalité. Concernant le Gothard, les exigences des cantons conduiraient à ce que pratiquement toute la ligne soit enterrée. Uri a considéré que les variantes des CFF ne respectaient ni l'homme, ni l'environnement et a refusé qu'elles passent dans la vallée de la Reuss. Il a lui-même débloqué des fonds pour étudier un tracé dans la montagne. Schwytz a rejeté particulièrement le viaduc entre Brunnen et Schwytz et a également souhaité une ligne souterraine. Il a en outre exigé un raccordement entier pour Arth-Goldau. Le Tessin s'est prononcé pour l'enterrement de la ligne peu après Biasca et le prolongement du tunnel jusqu'à Lugano et non jusqu'à Taverne. La traversée de la plaine de Magadino a également été contestée. De plus, selon les voeux du canton, Bellinzone devrait être contourné par l'ouest plutôt que par l'est et la ligne devrait être prolongée jusqu'à Chiasso.
Dossier: Histoire des nouvelles lignes ferroviaires à travers les Alpes (NLFA)