Die APK-NR begann im Juni 2021 mit der Vorberatung der Änderung des Embargogesetzes. Der Bundesrat beantragte mit der Gesetzesänderung, das Verbot der Einfuhr von Feuerwaffen, Waffenbestandteilen und Munition sowie weiterer Güter für militärische Zwecke aus Russland und der Ukraine aufrechtzuerhalten. Darüber hinaus schlug er eine gesetzliche Grundlage vor, um in vergleichbaren Fällen nicht auf Basis der Bundesverfassung Entscheide fällen zu müssen. Die Kommission beschloss, sich mittels Anhörungen vertieft mit der Sanktionspolitik der Schweiz auseinanderzusetzen und die Beratung des Entwurfs auf einen späteren Zeitpunkt zu verschieben. In einer weiteren Sitzung im August 2021 entschied sie sich, die neusten Erwägungen der bundesrätlichen Koordinationsgruppe Sanktionspolitik abzuwarten, um den bundesrätlichen Entwurf dann gemeinsam mit der themenverwandten parlamentarischen Initiative Molina (sp, ZH; Pa.Iv. 19.501) zu behandeln. Erst im Mai 2022 stimmte die APK-NR der Revision des Embargogesetzes mit 19 zu 6 Stimmen zu. Eine Mehrheit sah darin die Möglichkeit einer kohärenten und ganzheitlichen Schweizer Sanktionspolitik, während eine Minderheit eine Verletzung des Neutralitätsgebots und eine Bedrohung für die Glaubwürdigkeit der Schweiz befürchtete.

In der Sommersession 2022 befasste sich der Nationalrat mit dem Geschäft, das für allerlei Diskussionen sorgte. APK-NR-Sprecher Gerhard Pfister (mitte, ZG) verwies auf die lange Vorberatung in der Kommission, die dem sich wandelnden Kontext geschuldet gewesen sei. Der Kriegsausbruch im Februar 2022 habe die Beratungsweise des Geschäfts verändert und neue Fragen hinsichtlich der Kompatibilität mit der Neutralität und einer eigenständigen Sicherheitspolitik aufgeworfen. In Abweichung zur Vorlage des Bundesrats und der Erweiterung, die der Ständerat geschaffen hatte, schlug die Kommission ihrem Rat daher einen weiteren Absatz vor. Durch diesen sollte der Bundesrat ermächtigt werden, eigenständig Sanktionen gegen Personen oder Entitäten erlassen zu können, die schwere Verletzungen des humanitären Völkerrechts, der Menschenrechte oder ähnliche Verbrechen angeordnet oder begangen haben. Der Bundesrat hatte ursprünglich nur vorgeschlagen, Sanktionen auch auf Staaten ausweiten zu können, die bisher nicht von den Zwangsmassnahmen betroffen gewesen sind, sofern die Interessen der Schweiz dies erforderten. Der Ständerat hatte diesen Geltungsradius in der Folge auf «Personen oder Entitäten» ausgeweitet, wovon die APK-NR mit ihrem neuen Absatz zum autonomen Sanktionserlass deutlich abwich und stattdessen das Anliegen der oben erwähnten parlamentarischen Initiative Molina (Pa.Iv. 19.501) aufnahm.
Zahlreiche Ratsmitglieder nutzten die Eintretensdebatte, um allgemeine Überlegungen zur Schweizer Neutralität anzustellen. Elisabeth Schneider-Schneiter (mitte, BL) meinte, dass die Möglichkeit zu eigenständigen Sanktionen die Handlungsfähigkeit des Landes erhöhe, und sah darin keinen Widerspruch zur Neutralität. Die Schweiz könne als vernetztes Land nicht zuschauen, denn auch ein neutraler Staat müsse Partei ergreifen, wenn die Demokratie und ihre Grundwerte bedroht würden. Diesen Standpunkt vertrat auch Sibel Arslan (basta, BS) im Namen der Grünen. Die grüne Fraktion sähe «keine Missachtung des Neutralitätsgebotes», wenn es dem Bundesrat frei stehe, Sanktionen Dritter auf Akteure seiner Wahl auszuweiten. Stattdessen erlaube die Vorlage eine kohärente und ganzheitliche Sanktionspolitik unter «Wahrung einer Neutralität, die Unrechtmässigkeit nicht duldet». Und auch FDP-Fraktionssprecherin Petra Gössi (fdp, LU) plädierte für Eintreten, da das Neutralitätskonzept des Bundes von 1993 eine Sanktionsteilnahme erlaube. Sie forderte, dass die Schweiz als neutrales Land eine Interessenabwägung machen müsse, statt eine Maximepolitik zu betreiben. Kritisch gegenüber dem Bundesrat zeigte sich Nationalrat Molina, der den ursprünglichen Entwurf der Revision als «Minireförmli» bezeichnete, die der gegenwärtigen Lage nicht gerecht werde. Tiana Angelina Moser (glp, ZH) vertrat die Meinung, dass die Revision eigentlich der Einhaltung und Sicherstellung der Neutralität diene, denn die eigenständige Anpassung eines Sanktionsregimes sei unter Umständen im Landesinteresse, insbesondere in Fällen, in denen die Neutralität ansonsten verletzt würde. Die SVP-Fraktion, allen voran Roger Köppel (svp, ZH), forderte hingegen eine Rückbesinnung auf die bewaffnete und umfassende Neutralität der Schweiz. Wirtschaftssanktionen seien mit dieser Neutralität nicht vereinbar, stattdessen schade man im Endeffekt allen Parteien, da Russland die Schweiz auch nicht mehr als Vermittlerin akzeptiere.
Eine Minderheit Nidegger (svp, GE) verlangte, überhaupt nicht auf die Änderung des Embargogesetzes einzutreten. Laut Nidegger sind Sanktionen nur dann zu rechtfertigen, wenn sie zur Einhaltung des Völkerrechts beitragen, so wie in Artikel 1 des Embargogesetzes festgehalten. Er argumentierte, dass die vorgeschlagenen Änderungen der Kommission zur Folge hätten, dass Sanktionen auf Staaten ausgeweitet werden könnten, die das Völkerrecht gar nicht verletzt hätten. Denn da die Schweiz sowieso die Sanktionen der UNO und ihrer wichtigsten Handelspartner (also der EU) übernehme, sei es aus seiner Sicht unmöglich, dass zusätzliche von der Schweiz sanktionierte Staaten überhaupt gegen das Völkerrecht verstossen würden. Dadurch würde man also unschuldige Staaten bestrafen, weshalb die Vorschläge der APK-NR gegen Artikel 1 des Embargogesetzes verstiessen. Die grosse Kammer beschloss jedoch mit 131 zu 51 Stimmen, gegen den Widerstand der SVP, auf das Geschäft einzutreten.

In der Detailberatung musste sich der Nationalrat mit mehreren Minderheitsanträgen auseinandersetzen. Zwei davon stammten von Yves Nidegger, der die Bewahrung der Neutralität als gewichtigsten Faktor beim Erlass von Sanktionen festlegen lassen wollte. Darüber hinaus beantragte er auch die Streichung des von der APK-NR vorgeschlagenen Absatzes, mit dem der Bundesrat die Kompetenz zum eigenständigen Sanktionserlass erhalten hätte, sowie in einem Einzelantrag die Streichung des vom Bundesrat eingebrachten Artikels zur Ausweitung von Sanktionen. Zwei weitere Minderheiten Portmann (fdp, ZH) richteten sich ebenfalls gegen den neu vorgeschlagenen Artikel der APK-NR. Portmann wollte den Erlasstext insofern präzisieren, dass eine Ausweitung von Sanktionen nur möglich sein sollte, wenn die Schweiz unmittelbar bedroht ist oder mutmassliche Völkerrechtsvergehen vorliegen. Des Weiteren verlangte er, dass der Bundesrat den zuständigen Parlamentskommissionen im Falle einer Sanktionsausweitung einen Analysebericht zur Kompatibilität seiner Entscheidungen mit der schweizerischen Neutralität vorlegen müsse. Nationalrat Portmann warnte davor, das Embargogesetz drastisch zu ändern, bevor nicht eine ausführliche Debatte über die Neutralitätsfrage geführt worden ist. Schliesslich sei die Neutralität für die Schweizer Bevölkerung ein parteiübergreifender Grundwert, den man nicht ohne darüber zu sprechen «in den Kübel werfen» sollte. Eine letzte Minderheit Fischer (glp, LU) forderte schliesslich die Streichung eines vom Ständerat eingefügten Artikels, wonach Schweizer Unternehmen bei der Umsetzung von Sanktionen im internationalen Vergleich nicht benachteiligt werden dürfen. Diese Minderheit Fischer deckte sich mit der Forderung von Bundesrat Parmelin, der bereits im Ständerat vergeblich gegen diesen Artikel angekämpft hatte. Der WBF-Vorsteher sprach sich zudem gegen den Vorschlag der Kommission aus, dem Bundesrat die Kompetenz eigenständiger Sanktionserlasse zu verleihen, da dies eine radikale Änderung der Schweizer Sanktionspolitik bedeuten würde. Er lehnte sämtliche Minderheiten ab und empfahl die Annahme des bundesrätlichen Originalentwurfs.
In der Folge lehnte der Nationalrat sämtliche Minderheitsanträge ab. Den Minderheitsanträgen von Yves Nidegger stimmte jeweils nur die SVP-Fraktion zu, einzig beim Antrag zur Streichung der eigenständigen Sanktionserlasse erhielt die SVP Unterstützung durch die FDP, blieb mit 107 zu 82 Stimmen aber dennoch erfolglos. Auch der Minderheitsantrag Fischer wurde abgelehnt – jedoch mit umgekehrter Rollenverteilung – entgegen dem Willen der SP, der Grünliberalen und der Grünen. Die zwei Minderheiten Portmann wurden zwar von der SVP unterstützt, dies reichte jedoch gegen die geschlossene Ablehnung der Ratslinken und der Mitte nicht aus.
In der Gesamtabstimmung nahm der Nationalrat den Vorschlag seiner aussenpolitischen Kommission mit 136 zu 53 Stimmen an und schuf damit eine Differenz zum Ständerat, der sich somit ein zweites Mal mit dem Entwurf befassen musste.

Im September 2020 wollte Roland Fischer (glp, LU) den Bundesrat mittels einer Motion dazu bringen, die Botschaft zum Rahmenabkommen bis Ende 2020 zuhanden des Parlaments zu verabschieden. Der Bundesrat habe im Dezember 2018 Kenntnis vom Verhandlungsergebnis genommen und danach eine Konsultation durchgeführt, jedoch nur Klarstellungen und keine Nachverhandlungen beschlossen. Das Parlament habe sich in den vergangenen zwei Jahren nicht ordentlich mit dem Rahmenabkommen befassen können, was demokratiepolitisch problematisch sei, begründete der Motionär sein Anliegen. Der Bundesrat beantragte die Ablehnung der Motion und argumentierte in seiner Stellungnahme, dass er nach der Konsultation der Sozialpartner und Kantone im November 2020 seine Positionen festgelegt und die Wiederaufnahme der Gespräche angekündigt habe. Er werde das InstA nur dann unterzeichnen, wenn für die offenen Punkte zufriedenstellende Lösungen gefunden würden. Erst danach würde er die geforderte Botschaft verabschieden und sie dem Parlament unterbreiten.
In der Frühjahrssession 2022 und damit knapp eineinhalb Jahre später gelangte der Vorstoss in den Nationalrat. Motionär Fischer räumte ein, dass die Frist der Motion aufgrund der unterdessen abgebrochenen Verhandlungen über das Rahmenabkommen «etwas entrückt» sei. Trotzdem seien die institutionellen Fragen, die das Rahmenabkommen hätte klären sollen, weiterhin aktuell. Fischer kritisierte den Bundesrat dafür, eine horizontale Lösung der institutionellen Fragen (also ein Rahmenabkommen 2.0) «vorschnell» ausgeschlossen zu haben. Er bezweifelte, dass die EU den vertikalen Ansatz des Bundesrats – die Lösung der institutionellen Fragen separat in den einzelnen Abkommen statt allgemeingültig wie im Rahmenabkommen – goutieren würde. Daher schlug er vor, seine Motion so zu interpretieren, dass sie vom Bundesrat auch die Erarbeitung einer horizontalen Lösung für die anstehenden Verhandlungen verlange. Er forderte den Bundesrat ausserdem dazu auf, das Verhandlungsergebnis anschliessend dem Parlament vorzulegen und «es nicht wieder eigenmächtig zu versenken». Bundesrat Cassis erachtete die Motion nach dem Ende der Verhandlungen über das Rahmenabkommen für gegenstandslos, weshalb er Ablehnung des Vorstosses beantragte. Diesem Vorschlag folgte der Nationalrat mit 104 zu 49 Stimmen (bei 34 Enthaltungen). Die Fraktionen der SVP, der FDP.Liberalen und der Mitte stimmten beinahe geschlossen dagegen, die Grünliberalen und die Grünen dafür, während sich eine Mehrheit der SP-Fraktionsmitglieder der Stimme enthielt.

Nachdem Roland Fischers (glp, LU) Postulat zur Integration der Schweiz in den Europäischen Binnenmarkt durch einen Beitritt zum EWR in der Herbstsession 2021 noch von Roger Köppel (svp, ZH) bekämpft worden war, wurde es in der Frühjahrssession 2022 im Nationalrat beraten. Postulant Fischer bedauerte in seinem Votum nicht nur die Ablehnung des EWR-Beitritts 1992, sondern auch den Verhandlungsabbruch über das InstA, das den etablierten bilateralen Weg «dynamisiert und zukunftsfähig gemacht hätte». Fischer sah die Zeit gekommen, den EWR als Alternative für die Integration der Schweiz in den europäischen Binnenmarkt zu analysieren. So hätte auch jene Generation, die 1992 noch nicht abstimmen konnte, die Möglichkeit, die Debatte über die Vor- und Nachteile des EWR zu führen. Der EWR funktioniere und habe sich bewährt, wie die Beispiele Norwegen, Island und Liechtenstein zeigen würden. Zudem seien im EWR-Vertrag die institutionellen Fragen, die Mitwirkung und die Streitbeilegung geregelt, und EWR-Mitglieder profitierten von den Kooperationsabkommen wie Horizon und Erasmus plus. Roger Köppel lehnte die Forderung des Postulats weiterhin ab und sprach sich gegen einen Bericht zu einer möglichen EWR-Mitgliedschaft aus, die er als «Nirwana der zwischenstaatlichen Beziehungen zwischen der EU und der Schweiz» und als «Ende der Schweiz als unabhängige[n] Staat» bezeichnete. Demnach sei der Binnenmarkt ein Teil der staatlichen Ordnung, wodurch man mit einer Teilnahme an fremde Institutionen andocken und damit die Steuerfähigkeit verlieren würde. Er wies seinen Ratskollegen Fischer auch darauf hin, dass die APK-NR 2013 explizit eine Unterscheidung zwischen dem Marktzugang und der Partizipation am europäischen Binnenmarkt vorgenommen hatte. Der Nationalrat habe diese Differenzierung mit der Annahme einer darauf basierenden SVP-Motion daraufhin bestätigt. Bundesrat Parmelin beantragte die Annahme des Postulats und verwies auf einen in Entstehung befindlichen Bericht über die Beziehungen zur EU. Darin würden verschiedene Alternativen zum bilateralen Weg geprüft, unter anderem auch ein EWR-Beitritt. Der Nationalrat folgte diesem Aufruf und nahm das Postulat mit 112 zu 69 Stimmen (bei 6 Enthaltungen) an. Die SVP-Fraktion sowie einige Fraktionsmitglieder der FDP.Liberalen und der Mitte sprachen sich gegen eine Annahme aus.

Nachdem der Bundesrat offiziell den Abbruch der Verhandlungen über das institutionelle Rahmenabkommen verkündet hatte, wurde im Juni 2022 in Reaktion darauf im Parlament eine Vielzahl an Vorstössen eingereicht, die sich mit den bilateralen Beziehungen Schweiz-EU auseinandersetzten.

Die SP-Fraktion forderte vom Bundesrat in einem Postulat (Po. 21.3618) einen Bericht, in dem vier verschiedene europapolitische Optionen verglichen werden sollten: der Abbruch des bilateralen Wegs und Übergang zum Drittstaat-Status; die Beibehaltung bestehender Abkommen ohne Aktualisierung und Erneuerung der Zusammenarbeit; der formelle Beitritt zum EWR und ein EU-Beitritt. Diese Analyse sollte unter Berücksichtigung der demokratischen Souveränität der Schweiz, ihrer Interessenwahrung, der Wahrung des wirtschaftlichen und gesellschaftlichen Wohlstands sowie der geostrategischen Interessen und schliesslich der gesellschaftlichen Entwicklung vorgenommen werden. Der Bundesrat beantragte die Annahme des Postulats, mit dem Verweis darauf, dass er in Erfüllung der Postulate Aeschi (svp, ZG; Po. 13.3151), Naef (sp, ZH; Po. 17.4147) und der Grünen Fraktion (Po. 14.4080) ohnehin schon einen derartigen Bericht ausarbeite. Der Nationalrat nahm das Postulat in der Herbstsession 2021 stillschweigend an.

Die Fraktion der Grünen reichte ein ähnliches Postulat (Po. 21.3667) ein wie die SP, forderte aber die Überprüfung einer noch grösseren Bandbreite an Alternativen – hinzu kam die Möglichkeit der Wiederaufnahme der Verhandlungen zum InstA. Die Analyse der Vorschläge sollte nicht nur wirtschaftliche Gesichtspunkte und den Lohnschutz miteinbeziehen, sondern auch Aspekte der Bildung, Forschung, Innovation und des Klimaschutzes berücksichtigen. Der Bundesrat beantragte auch in diesem Fall die Annahme des Postulats und begründete dies wiederum mit dem bereits erwähntem Bericht. Der Nationalrat nahm den Vorstoss in der Herbstsession 2021 ebenfalls stillschweigend an.

Roland Fischers Postulat (glp, LU; Po. 21.3678) war inhaltlich enger gefasst und wollte den Bundesart lediglich damit beauftragen, eine EWR-Mitgliedschaft der Schweiz zu prüfen und Bericht darüber zu erstatten. Fischer befürchtete eine Erosion des bilateralen Wegs und sah im EWR-Beitritt einen naheliegenden Integrationsschritt. Der Bundesrat beantragte auch in diesem Fall die Annahme des Postulats, dieses wurde jedoch von Roger Köppel (svp, ZH) in der Herbstsession 2021 bekämpft, weshalb es bis auf Weiteres nicht im Nationalrat beraten wurde.

Sehr konkret war die Motion Molina (sp, ZH; Mo. 21.3811), mit welcher der Motionär den Bundesrat zur Aufnahme von EU-Beitrittsverhandlungen bewegen wollte. Innerhalb eines Jahres sollte ein Verhandlungsmandat erarbeitet werden, das dem Erhalt des Service public, der staatlichen Beihilfen, der Durchsetzung der Arbeits- und Lohnbedingungen sowie des Schweizer Frankens Rechnung tragen sollte. Die demokratischen Instrumente von Volk und Parlament sowie die Mitwirkungsrechte der Kantone sollten angepasst werden, um einem Beitritt nicht im Weg zu stehen. Der Bundesrat beantragte die Ablehnung des Vorstosses, da er bereits beim Abbruch der Verhandlungen beschlossen habe, den bewährten bilateralen Weg fortzuführen und dazu eine Reihe von Massnahmen wie die Deblockierung der zweiten Kohäsionsmilliarde beschlossen habe. Dazu gehöre die Bewahrung eines grösstmöglichen politischen Handlungsspielraums. Der Bundesrat war der Auffassung, dass auch die EU ein Interesse an der Fortsetzung der bilateralen Zusammenarbeit habe. Der Nationalrat äusserte sich 2021 noch nicht zum Vorstoss.

Mit etwas Verspätung reichte im September schliesslich auch Thomas Minder (parteilos, SH; Mo. 21.4184) eine Motion ein, mit der er eine mittel- und längerfristige Strategie für eine nachhaltige Zusammenarbeit mit der EU verlangte. Die Äusserungen zu den bilateralen Beziehungen in der Aussenpolitischen Strategie 2020-2023 seien nach dem Verhandlungsabbruch teilweise überholt. Der Bundesrat beantragte die Annahme der Motion, weil er das Motionsanliegen ebenfalls im bereits erwähnten Bericht beantworten wollte. Der Ständerat nahm Minders Vorstoss in der Wintersession 2021 mit 42 zu 1 Stimme (bei 1 Enthaltung) an.

Etwa anderthalb Stunden diskutierte der Nationalrat in der Herbstsession 2021 über die Freigabe des zweiten Kohäsionsbeitrags an die EU. Die APK-NR empfehle, den Vorschlag des Bundesrats anzunehmen und mit dem Entscheid einem «konstruktiven Ansatz in der Europapolitik Raum zu geben», teilte Kommissionssprecher Nussbaumer (sp, BL) zu Beginn der Debatte mit. Die Kommission wolle den Bundesbeschluss zur Freigabe der Kohäsionsmilliarde jedoch dahingehend ergänzen, dass Verpflichtungen auf Grundlage des Kohäsionskredits erst eingegangen würden, nachdem der Bundesrat die Finanzierungsbotschaft zur Schweizer Teilnahme an Erasmus plus vorgelegt hat. Um diesen Prozess zu beschleunigen, hatte die APK-NR Anfang September 2021 eine entsprechende Kommissionsmotion eingereicht.
Obwohl sich alle Fraktionen mit Ausnahme der SVP für die Annahme des Bundesbeschlusses aussprachen, benötigten die Mitglieder des Nationalrats in der Folge viel Sitzfleisch, bis sie eine Entscheidung treffen konnten. So wehrte sich die SVP-Fraktion vehement gegen das Anliegen der Kommissionsmehrheit, wobei ihre Mitglieder zahlreiche Fragen an die Rednerinnern und Redner stellten und dem Rat mehrere Minderheitsanträge vorlegten. Thomas Aeschi (svp, ZG) etwa wollte von Kommissionssprecher Nussbaumer wissen, weshalb die APK-NR trotz weiterer Diskriminierungen die Freigabe unterstütze. Er beklagte die fehlende Assoziierung an Horizon Europe und an Erasmus plus sowie die Probleme im gesamten Strombereich und beim Mutual Recognition Agreement (MRA). Nussbaumer erklärte die Entscheidung der Kommission damit, dass man mit dem Entscheid ein neues Kapitel in den bilateralen Beziehungen aufschlagen könne. Zwei Minderheitsanträge von Roger Köppel (svp, ZH) verlangten, nicht auf das Geschäft einzutreten respektive keine Verpflichtungen auf Grundlage des Rahmenkredits einzugehen, bis die Schweiz an Horizon Europe assoziiert sei oder die Börsenäquivalenz wiederhergestellt worden sei. Eine Minderheit Nidegger (svp, GE) wollte die Vorlage an den Bundesrat rücküberweisen und ihn beauftragen, die Kohäsionsmilliarde für die Sanierung der AHV zu verwenden. Franz Grüter (svp, LU) schlug mit seinem Einzelantrag vor, den Beschluss dem fakultativen Referendum zu unterstellen.
Überdies legten die Sprecherinnen und Sprecher aller Fraktionen deren Position ausführlich dar. So warf etwa Sibel Arslan (basta, NR) für die Grüne Fraktion sowohl der Schweiz wie auch der EU vor, Fehler gemacht zu haben, sah den finalen Fehltritt aber auf Schweizer Seite, und zwar im Abbruch der Verhandlungen über das Rahmenabkommen. Die Freigabe der Kohäsionsmilliarde erachtete sie als einen Schritt zur Normalisierung und als Erfüllung eines längst gemachten Versprechens. Da die Motion der APK-NR zur Finanzierungsbotschaft von Erasmus plus bereits angenommen worden war, forderte sie in einem Minderheitsantrag die Streichung der entsprechenden Bedingung. Ähnlich tönte es auch von SP-Sprecher Molina (sp, ZH), der das Ende der Verhandlungen ebenfalls als «verantwortungslos» kritisierte. Auch aus Sicht der GLP sei der Verhandlungsabbruch ein «grosser Fehler» gewesen, meinte Roland Fischer (glp, LU). Die Schweiz profitiere enorm vom europäischen Binnenmarkt und zahle im Verhältnis zu Norwegen sehr wenig für den Zugang. Die FDP setze sich für die Freigabe des Kohäsionsbeitrags ein, um die Negativspirale im Verhältnis zur EU zu durchbrechen, erklärte Christa Markwalder (fdp, BE). Auch sie sprach das überaus günstige Kosten-Nutzen-Verhältnis an, dass die Schweiz im Hinblick auf die Verflechtung mit dem Binnenmarkt aufweise. Eine Verringerung der wirtschaftlichen und sozialen Ungleichheiten wirke sich über die europaweiten Bildungs-, Forschungs- und Kulturkooperationen auch positiv auf die Schweiz aus. Mitte-Nationalrätin Elisabeth Schneider-Schneiter (mitte, BL) hob die Bedeutung der Kohäsionszahlung für das Vorankommen im Horizon-Dossier hervor. Die Nichtassoziierung der Schweiz sei zwar diskriminierend und die Verknüpfung mit der Kohäsionsmilliarde «unschön», doch rechtlich gesehen stehe die EU nicht in der Pflicht, Abkommen mit der Schweiz zu aktualisieren. Auch die Mitte-Fraktion unterstütze die Freigabe des Beitrags sowie den Minderheitsantrag Arslan, gab sie bekannt. Nationalrat Grüter vertrat schliesslich die Ansicht, dass die Schweiz der EU nichts schulde, da die EU massiv von der Schweiz als Handels- und Wirtschaftspartnerin profitiere. Er bemängelte zudem, dass der Bundesbeschluss der Schweizer Bevölkerung nicht zur Abstimmung vorgelegt worden war.
Der im Rat anwesende Aussenminister Cassis drängte die grosse Kammer zur Freigabe der Zahlung, weil man nur so eine positive Verhandlungsdynamik schaffen und Fortschritt in anderen Dossiers erzielen könne. Für die plötzliche Kehrtwende trotz andauernder Diskriminierung der EU im Rahmen der aberkannten Börsenäquivalenz habe der Bundesrat zwei Gründe, erklärte Cassis: Einerseits hätten die Schutzmassnahmen für die Schweizer Börseninfrastruktur die Situation entspannt, andererseits sei die Rechtsgrundlage für den zweiten Kohäsionsbeitrag auf Ende 2024 befristet. Den Einzelantrag von Franz Grüter empfahl er zur Ablehnung, da Finanzgeschäfte gemäss Parlamentsgesetz in Form von einfachen Bundesbeschlüssen erlassen würden – so etwa auch 2019, als das Parlament die Rahmenkredite der zweiten Kohäsionszahlung genehmigt hatte.
Die grosse Kammer lehnte in der Folge sämtliche Minderheitsanträge der SVP ab, strich aber gemäss der Forderung von Sibel Arslan die Verknüpfung mit der Finanzierungsbotschaft für Erasmus plus. Spätabends wurde der Entwurf in der Gesamtabstimmung mit 131 zu 55 Stimmen (bei 1 Enthaltung) gegen den Willen der SVP-Fraktion und einiger Fraktionsmitglieder der Mitte angenommen.

In der Herbstsession 2021 beriet der Nationalrat die Motion der APK-NR zur Förderung der Menschenrechte in China. Kommissionssprecher Fischer (glp, LU) betonte die Wichtigkeit eines «Whole-of-Government-Ansatzes» hinsichtlich der Menschenrechte. Schweizer Firmen, die in China produzieren, würden im korrekten Umgang mit menschenrechtlichen Problemen vor grosse Herausforderungen gestellt, weshalb eine bessere Beratung notwendig sei. Zudem habe der Menschenrechtsdialog mit China in den vergangenen dreissig Jahren laut Wissenschaft und Menschenrechtsorganisationen wenig Wirkung gezeigt. Fischer griff auch der Kritik der Kommissionsminderheit Portmann (fdp, ZH) vor, welche die Ablehnung der Motion forderte, und machte deutlich, dass die Motion nicht nur als Handlungsaufforderung an den Bundesrat zu verstehen sei, sondern auch als Rückendeckung für das bisherige Engagement. Nationalrat Walder (gp, GE) kritisierte insbesondere, dass die Schweiz die bilateralen politischen und wirtschaftlichen Beziehungen nie an die Achtung der Menschenrechte habe knüpfen wollen. Er warf der Kommissionsminderheit vor, wirtschaftliche Möglichkeiten über menschenrechtliche Interessen zu stellen. Minderheitssprecher Portmann verteidigte sich gegen diesen Vorwurf und argumentierte, dass die Forderungen der Motion durch die kritische China-Strategie der Schweiz bereits erfüllt worden seien. Darin sei nicht nur die Stärkung der China-spezifischen Kompetenzen auf allen Gebieten vorgesehen, sondern auch die personelle Aufstockung der Aussenstellen. China müsse mit keinem anderen Land einen solch kritischen Dialog führen wie mit der Schweiz, behauptete Portmann. Dennoch müsse man auch einsehen, dass China ein wichtiger globaler Akteur sei und dem Land die Zukunft gehöre. Er schlug daher vor, dem Bundesrat Zeit zu geben, damit dieser die Erfolge der neuen China-Strategie aufzeigen könne, bevor neue Verschärfungen und Stolpersteine eingeführt werden. Bundesrat Cassis war ebenfalls der Ansicht, dass die China-Strategie das Motionsanliegen bereits erfülle. So würden die Menschenrechte seit März 2021 in allen bilateralen und multilateralen Beziehungen mit China thematisiert; die chinesische Zivilgesellschaft werde bereits unterstützt und am 14. September 2021, also dem Tag der Ratsdebatte, fände auch das erste Schweizer Forum für Wirtschaft und Menschenrechte statt. Er gab auch zu Bedenken, dass eine personelle Aufstockung in den Schweizer Vertretungen in China nicht automatisch zu einer besseren Arbeitsleistung führe und nicht zielführend sei, stattdessen müsse man Qualität über Quantität stellen. Die personelle Aufstockung sei die einzige nicht erfüllte Forderung der Motion, alle anderen Punkte seien bereits angegangen worden. In der Folge beantragte Cassis die Ablehnung des Vorstosses. Die grosse Kammer nahm die Motion mit 106 zu 81 Stimmen (bei 1 Enthaltung) jedoch an. Nur die Fraktionen der SVP und der FDP.Liberale stimmten gegen den Vorstoss ihrer aussenpolitischen Kommission.

Der Nationalrat nahm sich in der Sommersession 2021 als Zweitrat der Motion der APK-SR an. Diese forderte den Bundesrat dazu auf, Schweizer Anbietende bei der Umsetzung der Strategie der internationalen Zusammenarbeit prioritär zu berücksichtigen. Im Vorfeld der Session hatte sich die APK-NR ihrer Schwesterkommission angeschlossen und die Annahme der Motion beantragt. Eine Kommissionsminderheit Fischer (glp, LU) hatte sich jedoch für die Ablehnung der Motion eingesetzt, da sie durch die Umsetzung der Motion eine Einschränkung des Wettbewerbs und damit einhergehend einen Qualitätsverlust befürchtete.
Obwohl der Bundesrat gewarnt hatte, dass zur Umsetzung der Motion eine Änderung des BöB nötig wäre, gab sich die APK-NR-Mehrheit in der Ratsdebatte unbeirrt. Dies sei kein Hinderungsgrund, machte Kommissionssprecher Fabian Molina (sp, ZH) die Mehrheitsposition deutlich. Dass die Schweiz solche Aufträge nach WTO-Recht ausschreibe, führe zu einem Wettbewerbsnachteil für Schweizer NGOs, den es zu beseitigen gelte. Roland Fischer äusserte sich im Namen der Minderheit und führte aus, dass Wettbewerb nicht nur Innovation fördere, sondern auch zu einem optimalen Kosten-Nutzen-Verhältnis führe. Er warnte, dass der Wettbewerb im IZA-Bereich bei einer Annahme der Motion verfälscht werden könnte. Schweizer Anbietende hätten spezifisches Know-how und Erfahrung und bräuchten daher keinen Protektionismus, so Fischer. Bundesrat Cassis erklärte, dass in der Periode 2017-2020 bereits 70 Prozent der Gelder aus Wettbewerbsverfahren an Schweizer NGOs geflossen seien. Für den Bundesrat sei die Qualität des Angebots wichtiger als die Herkunft der Anbietenden. Cassis führte überdies aus, dass man dem Anliegen der Motion ohne Annahme derselben nachkommen könne: Einerseits habe der Bundesrat seit Anfang 2021 mehr Handlungsspielraum, da im revidierten BöB Qualitäts-, Innovations- und Nachhaltigkeitsaspekte relativ zum Preis stärker gewichtet werden könnten. Ausserdem sei es nun möglich, Fachwissen, auf das Schweizer Anbietende spezialisiert sind, für die Vergabe vorauszusetzen. Eine starre Vergabe von 100 Prozent der Beiträge an Schweizer Anbieterinnen und Anbieter sei jedoch weder im Interesse der Schweiz noch in jenem der zu unterstützenden Länder. Der Nationalrat lehnte die Motion in der Folge mit 100 zu 87 Stimmen (bei 2 Enthaltungen) entgegen des Vorschlags der vorberatenden Kommission ab. Die Nein-Stimmen stammten mehrheitlich von den Fraktionen der SVP, der FDP und der GLP.

Der Nationalrat besprach in der Frühjahrssession 2021 das Postulat der APK-NR, das vom Bundesrat einen Bericht über die Situation der Tibeterinnen und Tibeter in der Schweiz forderte. Es handelte sich dabei um einen von zwei Vorstössen, mit denen die Kommission die Petition der Gesellschaft für bedrohte Völker (Pet. 18.2020) umgesetzt hatte. Den zweiten Vorstoss (Po. 20.4334) hatte der Nationalrat bereits eine Woche zuvor angenommen. Kommissionssprecher Roland Fischer (glp, LU) klärte den Nationalrat darüber auf, dass die tibetische Exilgemeinschaft in der Schweiz mit 4'000 Mitgliedern die grösste Europas sei. Die Menschenrechte in Tibet würden weiterhin verletzt werden, wobei sich «der lange Arm der chinesischen Diktatur» immer mehr auch nach Europa erstrecke, so Fischer. Er zitierte dabei aus einem Lagebericht «Sicherheit Schweiz» des NDB von 2016, der ein selbstbewusstes und forderndes Verhalten Chinas konstatierte. Fischer sah die Befürchtungen der tibetischen Diaspora – ihre Meinungsfreiheit und Privatsphäre werde zunehmend eingeschränkt – daher als berechtigt an. Eine Minderheit Estermann (svp, LU) stellte sich gegen einen derartigen Bericht. In den Augen der Minderheit waren mehr oder weniger sämtliche Anliegen der ursprünglichen Petition bereits erfüllt oder nicht umsetzbar, weshalb das Postulat zur Ablehnung empfohlen wurde. Bundesrätin Karin Keller-Sutter zeigte sich im Namen des Bundesrats bereit dazu, die wesentlichen Fragestellungen der Petition in einem Bericht zu beantworten und empfahl die Annahme des Postulats. Der Bundesrat habe ein Interesse daran, die Situation der Tibeterinnen und Tibeter aufzuarbeiten, da es dazu immer wieder Gerüchte und Fehlinformationen gegeben habe. Der Nationalrat nahm das Postulat mit 134 zu 48 Stimmen (bei 5 Enthaltungen) an. Die Kommissionsminderheit fand über die Grenzen der SVP-Fraktion hinaus keine Unterstützung.

In der Frühjahrssession 2021 beantragte Kommissionssprecher Roland Fischer (glp, LU) im Namen der APK-NR die Annahme des Postulats «Bericht zur Umsetzung des bilateralen Menschenrechtsidalogs zwischen der Schweiz und China». In den Augen der Kommission sei der geforderte Bericht wichtig für die Beurteilung der lange erwarteten China-Strategie des Bundesrats. Eine Kommissionsminderheit Estermann (svp, LU) wandte ein, dass der Bundesrat in der Vergangenheit bereits in den Kommissionen und im Bericht zur Menschenrechtsaussenpolitik über den Menschenrechtsdialog berichtet habe. Nationalrätin Yvette Estermann schlug daher vor, das Anliegen des Postulats stattdessen in einem Themenantrag zu behandeln, weil man dadurch Experten zur direkten Befragung einladen könnte. Nationalrat Fischer argumentierte für die Kommissionsmehrheit, dass der ausführliche Bericht nicht nur die Wirkung des Dialogs beleuchten, sondern darüber hinaus auch das konkrete Vorgehen des Bundesrats darlegen soll. Auch der Bundesrat empfehle die Annahme des Postulats, teilte Bundesrat Cassis mit. Er habe Verständnis für den Wunsch nach einer Standortbestimmung, welche man im Rahmen der China-Strategie 2021-2024 vornehmen könne, denn eine Behandlung nach Publikation der Strategie käme zu spät. Darüber hinaus werde der Bundesrat auch im Bericht über die Menschenrechtsaussenpolitik der Schweiz, im Rahmen des Aussenpolitischen Berichts und in anderen Formaten zur Schweizer Menschenrechtspolitik Stellung nehmen, auch zur Schweizer Position gegenüber China. Der Nationalrat folgte der Empfehlung seiner Kommission und nahm das Postulat mit 94 zu 65 Stimmen (bei 1 Enthaltung) an.

In der Frühjahrssession 2021 beriet der Nationalrat über den Bericht zur Aussenwirtschaftspolitik 2020 und den Bericht über zolltarifliche Massnahmen 2020. Die APK-NR hatte empfohlen, von den beiden Berichte Kenntnis zu nehmen und die drei Bundesbeschlüsse anzunehmen, mit denen die Genehmigung der Änderung der Liste LIX-Schweiz-Liechtenstein, die Änderungsbeschlüsse der Pan-Europa-Mittelmeer-Präferenzursprungsregeln und die Genehmigung zolltarifarischer Massnahmen geplant waren. Kommissionssprecher Roland Fischer (glp, LU) hob vor allem die im Bericht beschriebenen verhältnismässig geringen negativen Effekte der Covid-Pandemie auf die Schweizer Wirtschaft hervor. Dies sei vor allem den umfangreichen Unterstützungsprogrammen von Bund und Kantonen zuzuschreiben. Er betonte aber auch, wie wichtig der diskriminierungsfreie, entwicklungsfähige Zugang zu ausländischen Märkten für die Schweiz sei. Die Kommission monierte freilich, dass dem Rahmenabkommen mit der EU im Bericht angesichts der grossen Bedeutung einer Unterzeichnung beziehungsweise Nichtunterzeichnung zu wenig Aufmerksamkeit gewidmet worden sei. Dennoch beantragte die Kommission einstimmig, von den beiden Berichten Kenntnis zu nehmen.
Fabian Molina (sp, ZH) bemängelte im Namen der SP, dass die Schweiz Themen wie Nachhaltigkeit im Handel aber auch Umweltstandards und den Schutz von Menschenrechten vernachlässige. Nationalrätin Elisabeth Schneider-Schneiter (mitte, BL) drängte vor allem auf die Erhaltung der bilateralen Beziehungen mit der EU und vermisste eine umfassende Strategie gegenüber China in Bezug auf den Balanceakt zwischen Wirtschaftsbeziehungen und Menschenrechten. Auch die Fraktionen der FDP und der GLP schlossen sich dem Ruf nach einer stabilen bilateralen Vertragsbasis mit der EU an. Trotz dieser Kritik nahm der Nationalrat Kenntnis von den beiden Berichten und nahm die drei Bundesbeschlüsse einstimmig an.

Wenige Tage nach der zweiten Sitzung des Ständerats zur Vorlage befasste sich der Nationalrat mit dessen Kompromiss zu den Kapitalerhöhungen der Weltbankgruppe und der Afrikanischen Entwicklungsbank. Die vier Verpflichtungskredite waren in beiden Räten unumstritten, jedoch hatte der Nationalrat fünf Artikel mit Handlungsrichtlinien ergänzt, die vom Ständerat zwar abgelehnt, im Sinne einer Kompromisslösung aber grösstenteils in einem neu geschaffenen Artikel 3a aufgenommen worden waren. Während dieser Artikel 3a auf Antrag der APK-NR angenommen wurde, setzte sich eine Minderheit Schneider-Schneiter (cvp, BL) dafür ein, dem Ständerat auch hinsichtlich der Streichung der Offenlegungspflicht zu folgen und Artikel 3c zu streichen. Die Minderheit aus Vertreterinnen und Vertretern der Mitte-, der FDP- und der GLP-Fraktion argumentierte, dass die Publikation im Internet nicht umsetzbar und die Unterrichtungspflicht des Parlaments bereits anderweitig geregelt sei. Roland Fischer (glp, LU) zeigte Verständnis für den Wunsch nach mehr Transparenz und stellte in Aussicht, dass die Aussenpolitischen Kommissionen in der Differenzbereinigung einen Kompromiss ausarbeiten könnten. Die Mehrheit des Nationalrates wollte jedoch an der Offenlegungspflicht festhalten. Franz Grüter (svp, LU), dessen Fraktion sich von Anfang an gegen die Verfügungskredite eingesetzt hatte, bezeichnete die Institutionen als «Dunkelkammern» und verlangte eine «Aufsicht über die Aufsicht». Auch die SP setze sich für die Einhaltung von Transparenz und Rechenschaft und daher für Artikel 3c ein, wie Claudia Friedl (sp, SG) verlauten liess. Bundesrat Parmelin freute sich zwar über den konstruktiven Kompromiss zu Artikel 3a, der keine grösseren Umsetzungsprobleme mit sich brachte. Er verwies jedoch in Bezug auf den umstrittenen Artikel 3c ebenfalls darauf, dass die Publikation der Schweizer Positionen im Internet «äusserst problematisch und sehr oft kontraproduktiv» sein könne. Um auf internationaler Ebene Kompromisse finden zu können, sei es manchmal unumgänglich, Positionen vertraulich zu behandeln. Auf Nachfrage von Fabian Molina (sp, ZH) stimmte er aber im Namen des Bundesrats zu, den zuständigen Kommissionen gegenüber Rechenschaft abzulegen. Der Nationalrat nahm den Antrag der Mehrheit in Bezug auf Artikel 3c trotz der bundesrätlichen Bedenken mit 118 zu 68 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) an, womit er erneut eine Differenz zum Ständerat schuf.

Im Rahmen der Covid-19-Pandemie verlangte die APK-NR Mitte April 2020 vom Bundesrat mittels Motion die Verabschiedung eines Nachtragskredits für die humanitäre Hilfe in Höhe von CHF 100 Mio. Damit wollte sie den Appellen der UNO, des IKRK und des IFRC nachkommen. Auch Materiallieferungen und die bilaterale Hilfe zur Bekämpfung des Virus sollen damit finanziert werden. Kredite könnten zudem an notleidende europäische Länder vergeben werden, beispielsweise zur Bekämpfung der prekären Lage in den Flüchtlingslagern. In seiner Stellungnahme verwies der Bundesrat auf bereits getroffene Massnahmen des DEZA im Rahmen des bestehenden Budgets und auf einen zusätzlichen Kredit von CHF 1.1 Mio. des EJPD. Darüber hinaus beschloss er am 29. April, dass die Schweiz sich mit bis zu CHF 400 Mio. an den verschiedenen internationalen Appellen beteiligen werde, sofern das Parlament zustimme. Diese Summe setze sich aus einem zinslosen Darlehen von maximal CHF 200 Mio. an das IKRK, weiteren Beiträgen an die genannten Institutionen und die WHO bis zu CHF 175 Mio. und einem Nachtragskredit von CHF 25 Mio. für den "Catastrophe Containment and Relief Trust" des IWF zusammen. Da der Bundesrat die Forderungen der Motion mit diesen Massnahmen bereits erfüllte, beantragte er die Annahme derselbigen.

In der Sondersession im Mai 2020 beriet der Nationalrat über die Motion. Roland Fischer (glp, LU) setzte sich als Kommissionssprecher für deren Annahme ein, da die Massnahmen zur Eindämmung des Coronavirus Entwicklungsländer vor grosse gesellschaftliche und wirtschaftliche Herausforderungen stellen würden. Eine Kommissionsminderheit Grüter (svp, LU) sprach sich gegen den Nachtragskredit aus; einerseits weil das reguläre Budget für die humanitäre Hilfe ausreiche, andererseits weil zumindest die FDP-Fraktion erreichen wolle, dass der Bundesrat selber diese Nachtragskredite beantrage. Hans-Peter Portmann (fdp, ZH) forderte zudem, dass man sich nicht noch stärker für die Finanzierung der internationalen Hilfe verschulde, sondern Restposten in den Budgets dafür verwenden solle. Bundesrat Cassis befürwortete die Finanzierung mittels Kreditresten und verwies auf einen Bundesratsentscheid, wonach sowieso die Hälfte der erwähnten CHF 175 Mio. kompensiert werden müssten, beantragte aber dennoch die Annahme der Motion. Dieser Forderung kam der Nationalrat nach, indem er die Vorlage mit 114 zu 72 Stimmen (bei 4 Enthaltungen) durchwinkte.