Im Juni 2021 legte der Bundesrat in Erfüllung eines Postulats Noser (fdp, ZH) den Bericht zur Gesamtschau der Interessen der Schweiz im Strassen-, Schienen- und Luftverkehr in den Beziehungen mit Deutschland vor. Darin erörterte er – wie vom Postulaten gefordert –, wie die Gesamtinteressen der Schweiz bei grenzüberschreitenden Beziehungen mit Deutschland in Zukunft besser gewahrt werden können. In Abweichung von Nosers ursprünglichem Antrag beschränkte sich der Bericht jedoch auf den Verkehrsbereich, welcher bereits viele bilaterale Dossiers umfasse. Der Bundesrat kam dabei zum Schluss, dass die Gesamtinteressen des Landes gut gewahrt seien und durch die bestehenden zwischenstaatlichen Beziehungen auch zukünftig wirksam vertreten werden können. Insbesondere die Kooperation zwischen Schweizer Kantonen und deutschen Landkreisen in Grenznähe wurde hervorgehoben. Grundsätzlich verfolgten die beiden Staaten bei den meisten grenzüberschreitenden Verkehrsdossiers gemeinsame Ziele, eine Ausnahme stelle die «verfahrene» Situation um den Flughafen Zürich dar. Zwar habe man versucht, die Fluglärm-Streitfrage 2012 mittels eines Staatsvertrags zu lösen, dieser sei jedoch von deutscher Seite seither nicht ratifiziert worden, weshalb es der Schweiz nach wie vor an Rechtssicherheit mangle.

In einer ausserordentlichen Session lehnte der Nationalrat die Motion Aeschi (svp, ZG), welche die Nichtunterzeichnung und Abschreibung des institutionellen Abkommen mit der EU forderte, mit 142 zu 52 Stimmen (bei 0 Enthaltungen) deutlich ab. Es gelang der SVP nicht, über ihre Parteigrenze hinaus Unterstützerinnen und Unterstützer zu finden.
Per Ordnungsantrag von Ruedi Noser (fdp, ZH) wurde die Motion Salzmann (svp, BE; Mo. 20.3993) in der Wintersession 2020 an die zuständige Kommission überwiesen. Dem Antrag stimmte der Ständerat mit 23 zu 14 Stimmen (bei 6 Enthaltungen) zu.

Während der Wintersession 2020 führten National- und Ständerat auf Antrag der SVP eine ausserordentliche Session zum Rahmenabkommen mit der EU durch, in deren Rahmen der Nationalrat die Motion der SVP-Fraktion (Mo. 20.3985) «Kein InstA-Hüftschuss ohne Klärung der offenen Punkte» ablehnte. Mit 111 zu 64 Stimmen (bei 19 Enthaltungen) entschied sich der Rat gegen die Motion, obwohl sich einige Mitglieder der Mitte-Fraktion der SVP angeschlossen hatten. Im Ständerat verlangte Ruedi Noser (fdp, ZH) per Ordnungsantrag die Zuweisung der gleichlautenden Motion Germann (svp, SH; Mo. 20.3991) an die zuständige Kommission. Dem Antrag wurde mit 23 zu 14 Stimmen (bei 6 Enthaltungen) stattgegeben.

Au mois d'avril 2019, la CER-CN (19.3420) et la CER-CE (19.3416) ont déposé deux motions de teneur identique chargeant le Conseil fédéral de mener des négociations complémentaires ou de prendre d'autres mesures appropriées pour améliorer l'accord institutionnel avec l'UE. Les commissions compétentes demandent notamment davantage de garanties en ce qui concerne la protection des salaires, la Directive relative au droit des citoyens de l'Union, les aides d’État, la législation d'exécution et la reprise du droit européen par la Suisse ainsi que les procédures de règlement des différends. L'exécutif fédéral est également sommé de faire en sorte que le traitement de l'initiative populaire fédérale «Pour une immigration modérée (initiative de limitation)» soit avancé dans le temps.
Favorable au rejet des motions précitées, le Conseil fédéral estime que le «résultat des négociations correspond dans une large mesure aux intérêts de la Suisse et au mandat de négociation». Si l'accord cadre n'a jusqu'alors toujours pas été ratifié et a été soumis à une phase de consultation au printemps 2019, l'exécutif fédéral juge néanmoins prématuré de statuer sur des négociations additionnelles avec l'UE.
Au Parlement, le Conseil des États a accepté (22 voix pour, 14 contre et 6 abstentions) la motion de la CER-CE en date du 12 juin 2019, aux dépens de la minorité Noser (plr, ZH) qui s'opposait alors à un texte qualifié d'obsolète, superflu et inutile. A peine quelques jours plus tard, le Conseil national a confirmé la décision de la chambre haute en adoptant à son tour la motion de sa commission (122 voix pour, 38 contre et 24 abstentions).

Im April 2019 reichte die WAK-SR eine Kommissionsmotion mit dem Titel «Zusatzverhandlungen zum institutionellen Abkommen mit der EU» ein. Diese soll den Bundesrat damit beauftragen, das institutionelle Abkommen mit der EU zu verbessern, indem entweder Zusatzverhandlungen geführt oder andere geeignete Massnahmen, die jedoch in der Motion nicht weiter ausgeführt werden, ergriffen werden. Insbesondere im Bereich des Lohnschutzes, der Unionsbürgerrichtlinie, bei staatlichen Beihilfen, der dynamischen Rechtsübernahme und der Streitbeilegung sah die Kommission noch zu behebende Mängel. So forderte sie unter anderem eine nationale Gesetzgebung, die der Bevölkerung auch bei einer dynamischen Rechtsübernahme das letzte Wort zugesteht, sofern dies nicht schon im Rahmenabkommen geregelt würde. Zudem verlangte die Motion die zeitlich vorgezogene Behandlung der Volksinitiative «für eine massvolle Zuwanderung», da deren Abstimmungsausgang über die weiteren Verhandlungen sämtlicher bilateraler Verträge mit der EU entscheiden dürfte. Parallel dazu wurde ausserdem eine eigenständige Motion Lombardi (cvp, TI; Mo. 19.3170) besprochen, welche den Umgang mit der dynamischen Rechtsübernahme noch differenzierter behandelte.
In seiner Stellungnahme vom Mai 2019 bezeichnete der Bundesrat das bisherige Verhandlungsergebnis zum institutionellen Abkommen als «in weiten Teilen im Interesse der Schweiz». Bezüglich der flankierenden Massnahmen zum Lohnschutz und der Unionsbürgerrichtlinie sei eine Konsultation durchgeführt worden, wobei die Auswertung der Ergebnisse zu diesem Zeitpunkt noch ausstehe. Der Bundesrat wollte aber erst nach der Auswertung über potenzielle Zusatzverhandlungen entscheiden. Daher beantragte er die Ablehnung der Motion.
In der Sommersession beriet der Ständerat die Motion, wobei sich eine Minderheit um Ruedi Noser (fdp, ZH) gegen deren Annahme einsetzte. Ständerat Noser bezeichnete die Motion als gegenstandslos und empfahl, dass man das Verhandlungsresultat zwischen der Schweiz und der EU abwarten solle. Damit nahm er Bezug auf ein Schreiben des Bundesrats an die EU vom 7. Juni, das dieser also nach seiner Stellungnahme zur Motion verfasst hatte. In diesem forderte der Bundesrat Klarstellungen und Präzisierungen in drei Problembereichen (Lohnschutz, Unionsbürgerrichtlinie, staatliche Beihilfen), welche auch die Kommissionsmotion aufgriff. Mit dieser Argumentation vermochte sich die Minderheit jedoch nicht durchzusetzen. Der Ständerat nahm die Motion entgegen dem Wunsch des Bundesrats mit 22 zu 14 Stimmen an (bei 6 Enthaltungen). Ebenfalls angenommen wurde die fast gleichlautende Motion der WAK-NR (Mo. 19.3420), welche nur Forderungen zum Lohnschutz, der Unionsbürgerrichtlinie und den staatlichen Beihilfen enthielt.

En novembre 2017, à l'occasion de la venue du président de la Commission européenne Jean-Claude Juncker à Berne, Doris Leuthard, alors présidente de la Confédération, confirmait devant la presse que la Suisse verserait bien un «nouveau milliard de cohésion» à l'Union européenne. Il n'en fallait alors pas moins pour que les commentateurs et commentatrices s'empressent d'annoncer un «réchauffement des relations entre la Suisse et l'UE», du moins pour un temps.
Dans un tel contexte, le Conseil fédéral a publié, au mois de septembre 2018, son message sur la deuxième contribution de la Suisse en faveur de certains Etats membres de l'UE. Deux arrêtés fédéraux – un pour chacun des deux volets différenciés composant cette deuxième contribution – sont ainsi soumis parallèlement à l'approbation du Parlement. Le premier, intitulé «crédit-cadre pour la cohésion», prévoit l'allocation de 1'046.9 millions de francs pour la réduction des disparités économiques et sociales au sein de l'UE-13 – soit les treize pays ayant intégré l'Union européenne depuis 2004. Le deuxième arrêté fédéral, sous l'appellation de «crédit-cadre pour la migration», envisage l'octroi de 190 millions aux Etats membres de l'UE pour le financement de mesures à adopter dans le domaine de la migration. Dans son message, l'exécutif national précise également que si cette deuxième contribution s'inscrit bel et bien dans le cadre de la politique européenne de la Suisse, elle est néanmoins décidée de «manière autonome». Elle ne présente en ce sens «aucun lien direct» avec l'accord-institutionnel ou la reconnaissance de l'équivalence boursière.
En novembre 2018, le Conseil des Etats a approuvé les deux arrêtés fédéraux relatifs à la deuxième contribution en faveur de certains Etats membres de l'UE, mais uniquement à condition que l'Union européenne n'adopte aucune mesure discriminatoire à son encontre. La chambre haute a alors accepté (par 38 voix pour, 1 contre et 2 abstentions) la proposition du sénateur Ruedi Noser (plr, ZH), modifiant le projet initialement proposé par le Conseil fédéral. Tel que mentionné par Christian Levrat (ps, FR), la proposition Noser «est une solution de compromis raisonnable [...] Elle se limite à exiger un traitement non discriminatoire de la part de l'Union européenne, elle ne pose pas d'exigence de réciprocité». Selon le conseiller fédéral Ignazio Cassis, la contribution de la Suisse constitue un signal politique important pour le développement des relations bilatérales. La première contribution avait en ce sens permis d'améliorer la réputation de la Suisse auprès de ses partenaires européens. Le principe général du versement d'une nouvelle contribution n'a d'ailleurs pas été contesté par la chambre des cantons. Lors des votes sur l'ensemble, les crédits-cadres pour la cohésion et pour la migration n'ont chacun récolté qu'une seule et unique voix d'opposition, celle de Peter Föhn (udc, SZ).

Le 27 septembre 2018, le Conseil des Etats a adopté le postulat déposé par Ruedi Noser (plr, ZH) en vue d'une meilleure défense des intérêts de la Suisse dans les relations transfrontalières avec l'Allemagne. L'intervention du député zurichois s'inscrit notamment dans le contexte des discussions se rapportant à l'aéroport de Zurich, dossier épineux sur lequel Suisse et Allemagne peinent à s'accorder et ce depuis de nombreuses années – au mois de mai 2018 l'Allemagne refusait toujours de donner son aval à la modification du règlement d'exploitation 2014 de l'aéroport de Zurich, bloquant partiellement certaines mesures destinées à une amélioration de la sécurité du trafic aérien.
Le sujet n'a suscité que peu de commentaires dans les rangs de la chambre haute. Tout en se déclarant favorable au postulat, Anita Fetz (ps, BS), a néanmoins appelé à une interprétation neutre de la situation, rappelant que le canton de Zurich détenait également sa part de responsabilité dans les tensions entourant la question de l'aéroport. La sénatrice est revenue en outre sur les excellentes relations économiques, sociales et culturelles établies entre la région de Bâle et le sud de l'Allemagne, tout en souhaitant que cette entente cordiale se perpétue à l'avenir.
Le Conseil fédéral s'était auparavant également prononcé en faveur de l'acceptation du postulat.