Alors que la prolongation du moratoire concernant les OGM dits classiques n'a pas été source de débats parmi les sénatrices et sénateurs, l'ajout d'un alinéa dans la loi sur le génie génétique (LGG), autorisant la mise en circulation d'organismes ne possédant pas de matériel génétique transgénique, a divisé la chambre haute. Comme expliqué par le rapporteur de la commission, Hannes Germann (udc, SH), cette exception s'accompagnerait d'une obligation de prouver les différences avec les techniques classiques ainsi que de démontrer l'utilité de leur mise en circulation. Ces demandes d'exception seraient analysées par la Commission fédérale d'experts pour la sécurité biologique (CFSB) et la Commission fédérale d'éthique pour la biotechnologie dans le domaine non humain (CENH). Selon le sénateur Germann, cette ouverture pour le moins modeste est nécessaire pour suivre l'évolution à l'internationale dans ce domaine de recherche et pour ne pas rendre la Suisse encore plus dépendante de l'étranger à l'avenir. Pour avoir une vue plus exacte sur ces nouvelles techniques de génie génétique, il a également appelé à accepter le postulat 21.4345 de la CER-CE «Procédés de sélection par édition génomique». S'opposant à une telle ouverture, la sénatrice jurassienne Elisabeth Baume-Schneider (ps, JU) a appelé ses collègues à faire preuve d'humilité face à ces nouvelles technologies et à prendre le temps d'analyser leur bien-fondé. Elle a donc plaidé pour une acceptation tant du postulat que du projet tel que soumis par le Conseil fédéral, rappelant que la recherche n'était pas touchée par ce moratoire.
Pour le Conseil fédéral, Simonetta Sommaruga a défendu la prolongation du moratoire, sans modification, faisant remarquer que les nouvelles techniques d'édition génomique étaient très diverses, allant de modifications très légères à des procédés très complexes de modifications du génome. Selon elle, il n'est pas logique d'introduire des exceptions sur ces nouvelles techniques, alors même qu'on a bien moins de recul que sur les méthodes classiques. De plus, la ministre socialiste a rappelé qu'il n'existe, pour l'heure, pas encore de méthodes fiables pour déterminer si un produit a été modifié grâce aux nouvelles techniques génomiques, ce qui représente un problème en ce qui concerne la transparence envers les consommatrices et consommateurs. Les autorités, qui ont mandaté l'Université de Neuchâtel de se pencher sur ce problème, souhaitent donc attendre qu'une telle traçabilité soit possible avant d'autoriser une mise en circulation de ces organismes. De plus, la proposition de la commission est formulée de telle sorte que d'autres organismes modifiés, autres que végétaux, mais dont aucun matériel étranger n'a été ajouté, pourraient être autorisés. Simonetta Sommaruga a regretté que cette discussion-là ait été lacunaire lors des débats en commission, alors que des insectes, des bactéries ou encore des virus employés dans la lutte contre les nuisibles pourraient être autorisés si le Parlement acceptait la proposition de commission.
Ainsi, les sénatrices et sénateurs n'ont pu être départagés sur la proposition de la CER-CE que par la voix prépondérante du président de la chambre haute, Thomas Hefti (plr, GL), qui s'est rangé du côté d'une ouverture du moratoire (21 voix contre 21 et 2 abstentions). Les partisan.ne.s de cette ouverture ont pu compter sur la voix de la bâloise Eva Herzog (ps, BS) qui, seule socialiste à adopter cette position, aura également contribué à faire la différence. Au vote sur l'ensemble, la modification de la loi a été acceptée par 42 voix contre 1 et 1 abstention.
Deux autres objets ont été débattus dans ce cadre: la motion 19.4225 Aebi (udc, BE) «Moratoire sur les OGM. Prolongation» ainsi que l'initiative 21.308 du canton du Vaud «Pour une Suisse sans OGM!».

La question de l'ouverture du moratoire aux nouvelles techniques génétiques a motivé la création d'une association regroupant des grands groupes agroalimentaires (Migros, Coop, Denner) et des organisations agricoles (Légumes suisses, Fruit-Union Suisse, IP-Suisse, Fenaco, etc), association nommée «Les variétés de demain». Elle voit dans ces nouvelles technologies une possibilité de développer une agriculture plus durable. La Fédération romande des consommateurs continue, elle, à s'opposer à ces techniques qui devraient tout d'abord être soumises à plus de recherches avant de pouvoir être disséminées dans la nature, comme l'a défendu Sophie Michaud Gigon (verts, VD), conseillère nationale et secrétaire générale de l'organisation de protection de consommatrices et consommateurs. Elle dit espérer pouvoir compter sur le soutien de paysan.ne.s au Conseil national, alors que le président de l'USP Markus Ritter (centre, SG) considère qu'une telle ouverture serait prématurée. Cet avis n'est pas partagé par la responsable d'Agroscope, Eva Reinhard, qui souhaiterait que le Parlement ose faire ce pas. Dans une longue interview accordée à l'Aargauer Zeitung, elle a rappelé que les OGM représentent une chance pour une agriculture plus durable, ces techniques étant prometteuses à bien des égards. Citant quelques exemples d'application des anciennes et nouvelles méthodes de génie génétique, elle est revenue sur celui de la betterave sucrière qui souffre en Suisse de la prolifération d'un insecte dont il est difficile de venir à bout sans l'utilisation de certains néonicotinoïdes interdits par le Conseil fédéral. Il serait relativement simple, selon la chercheuse, de développer une nouvelle sorte de betterave, grâce aux techniques de génie génétique, qui puisse résister à ce nuisible sans utilisation de pesticide. Eva Reinhard est persuadée que la population est prête pour une ouverture du moratoire, citant une récente enquête menée par l'EPFZ en 2021 qui montrent que les lignes sont peut-être en train de bouger. En effet, à la question de savoir quelles techniques ils et elles privilégieraient pour lutter contre le mildiou de la pomme de terre (pourriture), une majorité de répondant.e.s se sont prononcé.e.s pour les techniques classiques de génie génétique (ajout d'un gène étranger de patate sauvage), les autres options étant l'utilisation de fongicides synthétiques, de cuivre ou l'édition génomique.
A voir si le Conseil national change de position pour se rallier au Conseil des Etats. Cela dépendra principalement de la position des député.e.s du Centre et de l'UDC, alors que les Verts'libéraux ont d'ores et déjà affirmé être ouverts à une telle modification.

Johanna Gapany (plr, FR) a retiré sa motion par soucis d'efficacité, la majorité de la CER-CE soutenant une proposition identique d'ores et déjà acceptée par le Conseil national et qui sera, quelques minutes plus tard, acceptée à l'unanimité par les membres de la chambre haute.

C'est à l'unanimité et avec le soutien du Conseil fédéral que le Conseil des Etats a accepté la motion de Montmollin (plr, GE) visant à améliorer la couverture sociale du ou de la partenaire qui travaille sur les exploitations agricoles. Comme précisé par la rapporteuse de la CER-CE, Adèle Thorens Goumaz (verts, VD), cette question touche principalement des paysannes, trop peu assurées, alors que plus de 43'000 femmes travaillent sur des exploitations familiales. Le but serait de mieux les protéger en cas d'accident, de maladie et d'invalidité, ce qu'il serait possible d'atteindre avec une modification de l'article 70a de la LAgr, selon la motionnaire.
Le Conseil fédéral s'est dit prêt à mettre rapidement en œuvre cette mesure, qui devrait être relativement contraignante, le versement des paiements directs devant être à l'avenir couplé à une protection sociale suffisante du ou de la conjointe qui travaille sur le domaine. Lors d'un même débat, la motion Gapany (plr, FR), au contenu identique, a été retirée pour des raisons d'efficacité, tandis que la motion 19.3445 sur l'amélioration de la situation des conjoint.e.s en cas de divorce a été acceptée et la motion 19.3446 du PBD sur l'allocation maternité a été rejetée.

Le groupe du PBD souhaite une meilleure indemnisation du ou de la partenaire d'exploitation en cas de divorce, la situation actuelle n'étant pas satisfaisante et menant à des situations parfois critiques. En effet, aucune obligation de régulation de la participation du ou de la conjointe travaillant sur le domaine n'existe pour l'heure, rendant le décompte des heures réalisées complexe. Le Conseil fédéral s'est montré en faveur de changements dans ce domaine mais a formulé des propositions distinctes dans le cadre la Politique Agricole 22+ (PA 22+); des propositions reprises par Simone de Montmollin (plr, GE) (Mo. 21.3374), Johanna Gapany (plr, FR) (Mo. 20.4574) et Jacques Nicolet (udc, VD) (Mo. 20.4592) suite à la suspension du traitement de la PA 22+.
Seuls les groupes du PLR et de l'UDC se sont massivement opposés à cette proposition du PBD, qui a toutefois été acceptée par 114 voix contre 74 et 6 abstentions.

En réaction à la suspension de la Politique agricole 22+ (PA 22+) et du gel des avancées sociales prévues pour les conjoint.e.s travaillant sur l'exploitation agricole, Johanna Gapany (plr, FR) a déposé une motion afin que ce sujet soit traité par les chambres indépendamment de la PA 22+. Elle demande l'instauration d'une couverture sociale pour le ou la conjointe du ou de la paysanne responsable de l'exploitation. Aujourd'hui, de nombreuses femmes de paysans ne sont pas suffisamment couvertes en cas d'accident, de maladie ou d'invalidité. La sénatrice fribourgeoise appelle donc les autorités à poursuivre ce qui avait été entrepris dans le cadre de la PA 22+ et d'améliorer tant la couverture sociale que la prévoyance vieillesse. Afin de discuter plus en profondeur de ce problème, Olivier Français (plr, VD) a proposé de poursuivre l'examen de la motion au sein de la commission compétente, ce qui a été tacitement accepté par la chambre haute. Deux autres textes à la teneur similaire ont été déposés au Conseil national par la députée Simone de Montmollin (plr, GE) (Mo. 21.3374) et le députée Jacques Nicolet (udc, VD) (Mo. 20.4592).

Le Conseil des Etats a discuté de l'initiative parlementaire visant une réduction des risques liés aux pesticides. Sans vouloir parler de contre-projet aux deux initiatives populaires s'attaquant aux pesticides (initiative pour une interdiction des pesticides de synthèse et initiative pour une eau potable propre, le président de la CER-CE, Christian Levrat (ps, FR), a présenté le projet élaboré par sa commission comme une réponse politique à ces textes. L'initiative parlementaire est constituée de trois volets: premièrement, le projet est doté d'une trajectoire de réduction des risques liés aux pesticides avec un objectif d'une diminution de ces risques de 50% d'ici à 2027. Cet objectif ne concerne pas que l'agriculture mais tous les domaines, qu'il s'agisse des pouvoirs publics ou du secteur privé. Pour que cette trajectoire soit tenue, un monitoring, des indicateurs de risque, ainsi qu'un système d'information sur l'utilisation de ces substances devront être mis en place. Divers outils seront également mis à la disposition du Conseil fédéral afin de faire respecter cette trajectoire (possibilité de retirer des produits, d'introduire des taxes incitatives, etc.). Le deuxième volet touche à la loi sur les eaux (LEaux) et vise une meilleure protection de l'eau potable, notamment par l'interdiction de l'utilisation de certains produits phytosanitaires dans l'air d'alimentation des captages d'eau potable. Finalement, le troisième volet s'attaque aux excédents d'éléments fertilisants agricoles (azote et phosphore en tête). Il s'appuie sur les mesures prévues par la Politique agricole 22+ (PA 22+) et les objectifs prévus de réduction des pertes d'azote et de phosphore de 10% d'ici à 2025 et de 20% d'ici à 2030 (en comparaison à la valeur moyenne des années 2014 à 2016). Le Conseil fédéral se verrait munir de la possibilité de prendre des mesures correctives si la trajectoire venait à ne pas être bonne. Christian Levrat a précisé que ce troisième volet avait été ajouté au projet initial afin de pouvoir proposer une alternative crédible aux deux initiatives sur les pesticides qui passeront vraisemblablement devant le corps électoral en 2021. Il a, en effet, expliqué que le traitement de la PA 22+ n'interviendrait vraisemblablement pas avant 2023, la CER-CE souhaitant suspendre les débats en attendant la réponse à l'un de ses postulats. La reprise dans l'initiative parlementaire des objectifs de réduction des intrants fertilisants prévus par la PA 22+ est donc une manière de prendre en considération les craintes exprimées dans l'initiative pour une eau potable propre, une majorité des membres de la commission craignant que les initiatives populaires soient acceptées par la population.
Le Conseil fédéral, par la voix de son ministre de l'économie et de l'agriculture, Guy Parmelin, a rappelé son soutien à l'initiative parlementaire qui permet d'envoyer un signal clair à la population, quant à la prise en compte des problèmes liés aux pesticides et aux intrants fertilisants. Le ministre agrarien a également tenu à préciser que les autorités ne partaient pas de zéro en ce qui concerne la réduction de ces substances problématiques, faisant référence au plan d'action produits phytosanitaires. Mais Guy Parmelin a dit regretter le souhait de la CER-CE de repousser les débats autour de la PA 22+. Il estime que cela pourrait déséquilibrer le paquet proposé dans la PA 22+ et a donc appelé les sénatrices et sénateurs à décider en décembre de ne pas renvoyer les discussions autour de la politique agricole en préparation.
Lors de la discussion par article, le premier volet a subi quelques modifications, selon les propositions Germann (udc, SH) et Rieder (pdc, VS). Le premier ne souhaite pas que le Conseil fédéral puisse mettre en place, à partir de 2025, des taxes incitatives sur certains produits phytosanitaires pour atteindre la trajectoire fixée pour 2027 (disposition biffée du projet de loi par 25 voix contre 14). Le second a proposé de supprimer une série de points concernant les prestations écologiques requises, contre l'avis de la majorité de la commission (proposition acceptée par 21 voix contre 18 et une abstention). Tandis que le deuxième volet n'a pas été touché, le troisième volet a été source de nombreuses discussions. Alors qu'une proposition individuelle de Beat Rieder visant à écarter complètement ce volet a été rejetée grâce à la voix prépondérante du président Hans Stöckli (ps, BE), une proposition Würth (pdc, SG) a gagné les faveurs d'une majorité de sénatrices et sénateurs (27 contre 14 et une abstention). Celle-ci est une solution de compromis, ne fixant pas d'objectifs chiffrés de la baisse des intrants fertilisants. Le sénateur saint-gallois souhaite, par cela, donner toute liberté au Conseil fédéral de déterminer des objectifs de réduction, en consultation avec les milieux concernés. Le ministre de l'agriculture a pourtant expliqué aux parlementaires que les objectifs chiffrés présents dans l'initiative parlementaire étaient directement repris de la PA 22+ et issu d'un calcul et d'une analyse approfondie de la situation. A la suite de la l'acceptation de la proposition Würth, les parlementaires étaient également appelés à supprimer une série de points y relatifs, selon une proposition Rieder. Par 24 voix contre 16 et une abstention les sénatrices et sénateurs se sont prononcés en faveur de la minorité emmenée par le parlementaire valaisan.
Au vote final, les sénatrices et sénateurs ont été 36 à accepter ce projet de loi, tandis que trois membres de l'UDC l'ont refusé et trois membres du PDC se sont abstenus.