Les débats sur l'initiative parlementaire pour une réduction des risques liés aux pesticides se sont étalés sur deux journées au Conseil national, signe que les passes d'armes entre parlementaires ont été pour le moins sportives. Pourtant, un certain consensus semblait régner quant à la nécessité de ficeler un projet crédible afin de pouvoir se rendre plus sereinement aux urnes face à l'initiative pour une eau potable propre et l'initiative pour une interdiction des pesticides de synthèse, comme l'a fait remarquer le libéral-radical genevois Christian Lüscher. Pour le rapporteur francophone de la CER-CN, Fabio Regazzi (pdc, TI), cette initiative parlementaire couvre un spectre plus large – touchant tant la loi sur l'agriculture (LAgr) que la loi sur les produits chimiques (LChim) et la loi sur la protection des eaux (LEaux) – et est plus ciblée que les deux initiatives populaires. Elle permet également d'éviter les nombreux désavantages qui découleraient d'une acceptation de ces deux textes.
La question centrale des débats était de déterminer l'ampleur et le niveau d'ambition de ce projet. Ainsi, les parlementaires des différents bords politiques se sont écharpés sur le rôle que devront jouer les pesticides dans l'agriculture suisse dans le futur, sur les efforts qu'a fourni et que devra encore fournir le monde agricole, sur la pollution des nappes phréatiques, sur l'auto-approvisionnement alimentaire, etc. Guy Parmelin, ministre en charge des questions agricoles, s'est montré favorable à ce projet législatif, soulignant qu'il allait dans le même sens que ce qu'a entrepris le Conseil fédéral notamment au travers de son Plan d'action produits phytosanitaires.

Le débat a été séparé en deux blocs. Les aspects relevant de la LAgr ainsi que de la LChim ont d'abord été discutés. Ainsi, une majorité de député.e.s ont refusé (par 104 voix contre 85) d'inscrire des objectifs chiffrés de réduction des pertes d'éléments fertilisants. Elle a toutefois décidé d'inclure la proposition de la CER-CN de prendre en compte un remplacement des engrais chimiques importés par l'utilisation d'engrais de ferme organiques. Toutes les propositions de minorité ont été rejetées.
Dans le deuxième bloc, les modifications touchant la LEaux ont été débattues. Les parlementaires se sont écharpés sur les valeurs limites de la présence de certains éléments dans les eaux. Parmi les éléments pris en compte dans la législation, les parlementaires ont notamment décidé par 103 voix contre 88 et 2 abstentions, de prendre en considération, en ce qui concerne les métabolites (issus de la dégradation de certains produits), tant les éléments dits «pertinents» (qui représentent un danger pour la santé) que les métabolites dits «non-pertinents» provenant de la dégradation des pesticides et biocides. Cette décision va à l'encontre de la proposition de la majorité de la commission qui aurait souhaité que seuls les éléments «pertinents» soient pris en considération, mais rejoint la position du Conseil fédéral en la matière. Cette proposition de la minorité Baumann (vert, BE) d'inclure l'ensemble des métabolites pourrait permettre d'éviter un nouveau cas «chlorothalonil» selon Guy Parmelin (les métabolites issus du chlorothalonil n'étaient, jusqu'à récemment, pas considérés comme «pertinents» par les autorités). Finalement, les parlementaires ont également accepté par 105 voix contre 89 et une abstention une proposition Jauslin (plr, AG) sur les aires d'alimentation des captages d'eau, reprenant une proposition de minorité Badran (ps, ZH) retirée ainsi qu'une préoccupation exprimée dans la motion Zanetti (ps, SO) 20.3625 acceptée par le Conseil des Etats. Pour ces deux propositions de minorité, la gauche a fait bloc et a pu compter sur les voix de l'ensemble du groupe vert-libéral ainsi que d'une majorité des membres du groupe libéral-radical.
Au vote sur l'ensemble, l'initiative parlementaire modifiée a passé la rampe par 122 voix contre 57 et 16 abstentions. Aucun.e membre de l'UDC ne l'a acceptée, alors que le groupe du Centre s'est montré polarisé (9 abstentions, 18 votes en faveurs et 4 votes contre). La gauche ainsi que les verts-libéraux ont accepté le projet à l'unanimité. Le groupe libéral-radical s'est également exprimé en faveur du texte, comptant toutefois 7 abstentionnistes dans ses rangs. Ce soutien a été remarqué dans les médias, la NZZ allant jusqu'à titrer «Und die FDP stimmt Grün». Le projet retourne ainsi au Conseil des Etats pour résoudre les divergences restantes.

Le Conseil national s'empare, à son tour, de la modification de la loi sur la chasse. Lors de ce débat fleuve divisé en trois blocs en plus des discussions sur l'entrée en matière, le Conseil national adopte le projet du Conseil des Etats agrémenté de quelques modifications qui feront l'objet d'un règlement des divergences.
La CEATE-CN proposait à sa chambre d'accepter l'entrée en matière de la modification d'une loi datant de 1986 – à une époque où les enjeux étaient différents, comme argumenté par le rapporteur francophone de la commission, Pierre-André Page (udc, FR) durant les débats introductifs. Selon ce dernier, trois raisons expliquent la nécessité de modifier cette loi: premièrement, la présence de plus en plus importante du loup; deuxièmement, la réponse du Conseil fédéral au postulat Landolt (pbd, GL) 14.3818 qui souhaite une reconnaissance nationale des permis de chasse; et troisièmement, la volonté de changer la dénomination «districts francs» en «zones de protection de la faune sauvage». Une minorité s'est toutefois formée au sein de la commission, celle-ci souhaitant que le projet soit renvoyé au Conseil fédéral pour qu'il en élabore une meilleure mouture. Représentant la voix de la minorité, Silva Semadeni (ps, GR) est particulièrement critique envers l'allègement des possibilités d'abattage du loup prévu dans ces modifications. Reprenant les propos de gardes-forestiers, elle postule que le loup a fait sa place, les forêts sont plus saines. Le loup n'est donc pas à considérer uniquement comme un problème. La minorité combat également le principe de précaution permettant aux autorités d'abattre des animaux qui pourraient potentiellement être problématiques pour les activités humaines. Le parti socialiste, les Verts ainsi que le parti vert libéral soutiennent le renvoi au Conseil fédéral, le président des verts-libéraux, Martin Bäumle (pvl, ZH), précisant que sans amélioration du projet de loi, son parti soutiendrait le lancement d'un référendum. Les autres partis souhaitent, eux, débattre du présent projet. C'est à une large majorité que les députées et députés rejettent la proposition de la socialiste Silva Semadeni (126 voix contre 58).
Dans le premier bloc mis en discussion (principes, autorisation de chasser, protection des espèces), l'ensemble des propositions émanant des majorités de la commission sont acceptées par la chambre basse, à une exception près. Tant les propositions minoritaires provenant de parlementaires de droite que de gauche ne réussissent à convaincre une majorité des élu.e.s. Ainsi est accepté le changement de dénomination de «districts francs» par «sites de protection de la faune sauvage», les modifications de l'article 4 sur l'examen cantonal de chasse telles que proposées par le Conseil fédéral (ne suivant ainsi pas sa chambre sœur qui ne souhaitait pas de ces modifications), la suppression de l'assentiment jusqu'ici obligatoire de l'OFEV si un canton souhaite écourter temporairement les périodes de protection des espèces (l'office sera simplement écouté). Seule la proposition de la minorité Hess (pbd, BE) de biffer un alinéa émanant du Conseil des Etats concernant la non-possibilité de faire recours contre les décisions des autorités cantonales portant sur les espèces pouvant être chassées a été acceptée grâce à un soutien faisant fi des appartenances partisanes.
Dans le deuxième bloc (régulation des populations), la discussion tournait principalement autour du cas du loup, du lynx, du castor ainsi que des périodes durant lesquelles la chasse est autorisée selon les espèces. Ainsi a-t-il été décidé de refuser la proposition de la minorité Semadeni que les cantons obtiennent tout d'abord le feu vert de l'OFEV avant d'instaurer des périodes de chasse pour le bouquetin, le loup ainsi que le castor – pour ce dernier le vote était serré, 95 parlementaires le souhaitant sur la liste, contre 91 et 4 abstentions, suivant ainsi la proposition de la minorité. Les cantons devront ainsi simplement demander l'avis de l'office fédéral de l'environnement avant d'effectuer ces modifications. Le Conseil national refuse toutefois d'inclure dans cette liste le lynx, le héron cendré ainsi que le harle bièvre. Dans ce même bloc, il accepte de rajouter une lettre c à l'alinéa 2 de l'article 7a, selon la proposition du député tessinois Fabio Regazzi (pdc, TI) qui souhaitait autoriser les cantons à réguler les espèces protégées si celles-ci constituent un danger pour la faune sauvage locale. Toutes les autres propositions émanant de minorités sont rejetées. Une majorité du parlement refuse donc que le danger pour l'abattage d'espèces protégées soit «concret» pour l'homme ou que les dégâts soient «importants», comme formulé dans le projet du Conseil fédéral. Il suffira qu'un tel animal présente un comportement attirant l'attention, ce qui est, selon l'élue verte Adèle Thorens (verts, VD), représentatif du changement de paradigme intervenant dans cette révision. Les autorités pourront à l'avenir agir de manière préventive, alors qu'auparavant, des dégâts avérés du spécimen en question devaient avoir été commis.
Dans le troisième bloc (protection de la faune sauvage, prévention), seule la minorité Vogler (pcs, OW) passe la rampe, celle-ci proposant que la Confédération soutienne par des subventions la conservation des espèces et des milieux naturels dans les réserves d'oiseaux et les districts francs.
Lors du vote sur l'ensemble, la chambre basse accepte le texte par 115 voix contre 67 et 3 absentions. Malgré le rejet de ce projet par 6 parlementaires PLR ainsi qu'un élu UDC – rejoignant la gauche sur ce vote –, une opposition gauche-droite est clairement visible. Le texte retourne aux mains de la chambre haute afin de régler les divergences.