In den folgenden Tagen machte sich das Parlament an die Bereinigung der acht verbliebenen Differenzen zum Voranschlag 2022. Bereits in der ersten Runde bereinigte der Ständerat drei offene Fragen, obwohl die FK-SR in fast allen Punkten Festhalten empfohlen hatte. So folgte die kleine Kammer bezüglich der Krediterhöhung für die sieben verschiedenen Familienorganisationen in der Höhe von CHF 1 Mio. (auch in den Finanzplanjahren) einer Minderheit Gapany (fdp, FR) statt der Kommissionsmehrheit, welche auf die Erhöhung verzichten wollte. Mehrheitssprecher Hegglin (mitte, ZG) hatte zuvor vergeblich argumentiert, dass «Mittel in dieser Grössenordnung» – Finanzminister Maurer sprach gar von «Bagatellbeträgen» – vermehrt durch nachgelagerte öffentliche Institutionen statt durch den Bund gesprochen werden sollten. Seit 2016 sei der Kredit der Familienorganisationen gleichgeblieben, obwohl ihre Aufgaben zugenommen hätten, betonte die Minderheitensprecherin. Ein Verzicht auf die Aufstockung würde folglich eine Einschränkung der Leistung nach sich ziehen. Mit 20 zu 19 Stimmen bereinigte der Ständerat diese Differenz knapp. Keine Diskussionen gab es bezüglich der Schaffung von neuen Sollwerten beim VBS zur Senkung der Bruttomietkosten und beim SECO zur Erhöhung der Anzahl Freihandelsabkommen – beide Änderungen akzeptierte der Ständerat stillschweigend.

Der Nationalrat bereinigte im Gegenzug die Differenzen bezüglich des Bundesamtes für Energie, wobei er auf die zusätzliche Aufstockung zugunsten des Programms EnergieSchweiz verzichtete. Dabei folgte sie der FK-NR, die beantragt hatte, dem Ständerat entgegenzukommen und dessen mildere Aufstockung von CHF 5.6 Mio. gegenüber der bundesrätlichen Position zu übernehmen. Dieser Kredit stehe nicht direkt mit dem CO2-Gesetz in Verbindung, weshalb eine Aufstockung durchaus gerechtfertigt sei, argumentierte Kommissionssprecher Brélaz (gp, VD). Eine Minderheit Schwander (svp, SZ) wollte zumindest in den Finanzplanjahren gänzlich auf eine Aufstockung verzichten, unterlag jedoch mit 134 zu 56 Stimmen. Die zusätzliche Erhöhung der Darlehen und Beteiligungen für die Entwicklungsländer, insbesondere des SIFEM, strich der Nationalrat überdies aus dem Budget, wie es der Ständerat zuvor vorgesehen hatte.

In der zweiten Runde des Differenzbereinigungsverfahrens blieben damit nur noch die Fragen der Krediterhöhung zugunsten des Kinderschutzes, der Kürzung der Personalausgaben sowie der Verbuchung der Covid-19-Arzneimittel und -Impfleistungen, die von der Höhe der zusätzlichen Ausgaben und somit von den anderen beiden Entscheiden abhängig war. Der Ständerat pflichtete der grossen Kammer in der Folge bezüglich des Kinderschutzes bei, wohlwissentlich, dass «diese Mittel nicht verwendet werden können, solange nicht rechtliche Grundlagen dafür bestehen», wie Kommissionssprecher Hegglin betonte. Dabei verzichtete er aber auf eine Zuschreibung dieser Gelder in den Planungsgrössen an die «Ombudsstelle Kinderrechte Schweiz». Stillschweigend und mit Zustimmung des Finanzministers sprach sich der Ständerat für diese Lösung aus.

In der Folge verzichtete der Nationalrat auf die Umbuchung des Arzneimittelkredits, was Kommissionssprecher Brélaz mit dem Verfahren der Budgetbereinigung begründete: Liegt am Ende der Budgetdebatte eine Differenz zwischen den Räten vor, wird jeweils der tiefere Betrag im Budget verwendet. In diesem Fall würde das aber bedeuten, dass die entsprechenden Kosten weder ordentlich noch ausserordentlich verbucht werden könnten – der Nationalrat hatte bei der ordentlichen Verbuchung den Wert 0 vorgesehen, der Ständerat bei der ausserordentlichen Verbuchung. Mit der stillschweigenden Entscheidung des Nationalrates, hier einzulenken, rechnete der Bund jedoch nur noch mit einem Überschuss von CHF 1.8 Mio. – es bliebe also nicht mehr viel Geld für ordentliche Nachträge, wie die beiden Kommissionssprechenden Brélaz und Wyss (sp, BS) erläuterten. Jedoch könne die Administration im ersten Nachtrag 2022 die Kreditreste für das Jahr 2022 abschätzen – anschliessend seien Nachträge in dieser Höhe gemäss FHG weiterhin möglich. Man habe diesen Mehraufwand für die Verwaltung insbesondere in Anbetracht des Antrags auf Querschnittskürzungen bei den Personalausgaben verhindern wollen. Diesen letzten Punkt zu den Personalausgaben konnte der Nationalrat trotz eines Minderheitsantrags Schilliger (fdp, LU) auf Einlenken nicht bereinigen – die Frage musste folglich in der Einigungskonferenz geklärt werden.

In der Einigungskonferenz war der Ständerat aufgrund der Regeln der Budgetdebatte in einer ungemein stärkeren Position – bei Ablehnung des Antrags der Einigungskonferenz würde sein (tieferer) Betrag ins Budget aufgenommen. Die FK-NR habe eine Verständigungslösung präsentiert, die jedoch kaum diskutiert worden sei, kritisierte Ursula Schneider Schüttel (sp, FR) die Debatte in der Einigungskonferenz während der anschliessenden Ratsdebatte. Der Ständerat habe sich in der Einigungskonferenz folglich durchgesetzt. Mit 119 zu 69 Stimmen respektive 37 zu 0 Stimmen sprachen sich National- und Ständerat für deren Antrag zum Voranschlag 2022 aus. Trotz eines Minderheitsantrags Schneider Schüttel auf Ablehnung des Antrags der Einigungskonferenz für die Finanzplanjahre setzte sich der Vorschlag der Einigungskonferenz im Nationalrat (mit 103 zu 87 Stimmen) und im Ständerat (mit 27 zu 11 Stimmen bei 2 Enthaltungen) ebenfalls durch. Somit wurden die Personalausgaben gegenüber der bundesrätlichen Version für das Jahr 2022 sowie für die Finanzplanjahre um CHF 21 Mio. (von CHF 6.1 Mrd.) gekürzt, um den Bundesrat aufzufordern, «nach Synergien über die ganze Verwaltung zu suchen», wie FK-SR-Sprecher Hegglin die Kürzung begründete.

In der Wintersession 2021 behandelte der Ständerat die Motion Chiesa (svp, TI; Mo. 19.4557) für eine Korrektur der Formulierung im StHG bezüglich der Kontrollrechnung bei Besteuerung nach dem Aufwand erneut. Die WAK-SR hatte sie in der Zwischenzeit zur Ablehnung empfohlen, zumal das EFD in einer Umfrage festgestellt hatte, dass nur «drei Kantone ausserkantonale Grundstücke in die Kontrollrechnung» aufnehmen, während 16 Kantone diese lediglich satzbestimmend berücksichtigten. Ab der Steuerperiode 2022 würden nun aber alle Kantone mit Aufwandbesteuerung auf eine satzbestimmende Berücksichtigung setzen, wodurch das Anliegen der Motion in der Praxis bereits erfüllt sei. Obwohl der Motionär dennoch eine korrekte gesetzliche Formulierung forderte, sprach sich der Ständerat mit 30 zu 8 Stimmen gegen eine Annahme aus. Die zweite Motion (Mo. 19.4558) hatte Marco Chiesa bereits im Mai 2021 zurückgezogen, nachdem sie gemäss der Kommission bereits mit den Vorgaben des Rundschreibens Nr. 44 der ESTV erfüllt worden war.

Im Mai 2020 reichte Marco Chiesa (svp, TI) zwei parlamentarische Initiativen für Änderungen der Pauschalbesteuerung ein, nachdem er sich bereits im Jahr 2019 mit zwei Motionen dieses Themas angenommen hatte. In seiner ersten Initiative (Pa.Iv. 20.421) wollte er Besteuerung nach dem Aufwand, also die sogenannte Pauschalbesteuerung, zukünftig auch ausländischen Personen ermöglichen, die in der Schweiz erwerbstätig sind – bisher war sie auf in der Schweiz nicht erwerbstätige Ausländerinnen und Ausländer beschränkt. Dabei solle das in der Schweiz erworbene Nettoeinkommen separat besteuert werden.
Mit seiner zweiten parlamentarischen Initiative (Pa.Iv. 20.422) beabsichtigte er, auch mit Schweizerinnen oder Schweizern verheirateten Ausländern oder Ausländerinnen Zugang zur Pauschalbesteuerung zu gewähren – bisher durfte bei einer Besteuerung nach dem Aufwand keiner der Ehegatten die Schweizer Staatsbürgerschaft besitzen. Dabei sollten die Übergangsbestimmungen der Revision von 2012, die bis Ende 2020 in Kraft sind, weiterhin gelten, damit die ausländischen Ehegatten ihr Recht auf Besteuerung nach dem Aufwand nicht verlieren würden.
Andere Länder, beispielsweise Italien, hätten attraktivere Pauschalbesteuerungsregeln als die Schweiz, begründete Chiesa seine zwei Vorstösse. Unter anderem kenne gerade Italien eben auch eine Besteuerung nach dem Aufwand bei in Italien Erwerbstätigen. Folglich müsse hier die Schweiz nachziehen, um diesbezüglich wettbewerbsfähig zu bleiben, zumal sie mit der Besteuerung nach dem Aufwand «nicht zu vernachlässigende Steuereinnahmen» generiere.
Mitte April 2021 beriet die WAK-SR die beiden Initiativen und entschied mit 10 zu 2 Stimmen gegen Folgegeben. Die Akzeptanz für eine Anpassung der Regelungen der Pauschalbesteuerung in der Bevölkerung sei gering, überdies könnten die Vorstösse nur geringes zusätzliches Steuersubstrat generieren.
In der Sommersession 2021 zog der Initiant seinen Vorstoss ohne Begründung zurück.

Fast drei Jahre nach dem Nationalrat entschied sich der Ständerat in der Sommersession 2021, die Motion der WAK-SR für eine «Berücksichtigung von allgemeinen Abzügen und Sozialabzügen bei im Ausland beschränkt steuerpflichtigen Personen» nun doch noch abzuschreiben. Der Ständerat beriet die Abschreibung zusammen mit der parlamentarischen Initiative Chiesa (svp, TI; Pa.Iv. 20.405). Während die parlamentarische Initiative Chiesa Personen mit Wohnsitz im Ausland und teilweiser Steuerpflicht in der Schweiz betraf, beschäftigte sich die Motion der WAK-SR umgekehrt mit Personen mit Wohnsitz in der Schweiz und teilweiser Steuerpflicht im Ausland, wie Kommissionssprecher Ettlin (mitte, OW) die Unterschiede darlegte. Der Bundesrat sollte gemäss der angenommenen Kommissionsmotion bei Verhandlungen von Doppelbesteuerungsabkommen dafür sorgen, dass die allgemeinen Abzüge und Sozialabzüge der betroffenen Personen im Ausland vollständig berücksichtigt werden. Der Bundesrat halte aber – so Ettlin – eine Verpflichtung des Auslands zur Gewährung von Abzügen gemäss schweizerischem Recht nicht für möglich und habe stattdessen vorgeschlagen, den betroffenen Personen die vollen Abzüge zu gewähren und gleichzeitig sicherzustellen, dass im Ausland nicht zusätzliche Abzüge gewährt würden. Anders als zuvor der Nationalrat pflichtete der Ständerat dieser Ansicht bei und schrieb die Motion somit stillschweigend ohne Umsetzung ab.

Neben zwei parlamentarischen Initiativen zur Besteuerung nach dem Aufwand reichte Marco Chiesa (svp, TI) im März 2020 eine parlamentarische Initiative für eine Revision der Besteuerung des Erwerbseinkommens an der Quelle ein. Er störte sich daran, dass quellenbesteuerte nichtansässige Personen sowohl in der Schweiz als auch im Ausland Sozialabzüge machen können, sofern sie in der Schweiz nicht als «quasiansässig» gelten. Damit würden sie gegenüber Personen mit Wohnsitz in der Schweiz bevorzugt, kritisierte Chiesa. Folglich solle diese Möglichkeit aus dem DBG und dem StHG gestrichen werden. In der Sommersession 2021 beschäftigte sich der Ständerat mit der Initiative, wobei Erich Ettlin (mitte, OW) die Kommissionsposition erläuterte. Die Umsetzung der parlamentarischen Initiative führe ebenfalls zu einer ungleichen Behandlung von Personengruppen, indem «Personen mit Wohnsitz in der Schweiz und teilweiser Steuerpflicht im Ausland» weiterhin Steuerabzüge machen könnten, nicht aber «Personen mit Wohnsitz im Ausland und teilweiser Steuerpflicht in der Schweiz». Zudem sei eine parlamentarische Initiative der falsche Weg für eine solche Änderung. Vielmehr solle aufgrund eines noch im Jahr 2021 erscheinenden Verwaltungsberichts entschieden werden, ob diesbezüglich eine Kommissionsmotion eingereicht werden soll. Marco Chiesa verwies hingegen darauf, dass diese zusätzlichen Abzüge auch ein Treiber der Migration seien – zumal sich die Arbeit in der Schweiz für die betroffenen Personen dadurch auch mit einem niedrigeren, «unfairen» Einkommen lohne – und gerade die Grenzkantone durch die von ihm geforderte Änderung deutlich mehr Steuereinnahmen verzeichnen könnten. Mit 33 zu 5 Stimmen gab der Ständerat der parlamentarischen Initiative jedoch keine Folge.

Im Zeichen der Corona-Pandemie stand auch eine parlamentarische Initiative von Marco Chiesa (svp, TI), mit der der Initiant «bestimmte Produkte mit Schutzwirkung», insbesondere Masken, Handdesinfektionsmittel und Handschuhe, von der Mehrwertsteuer ausnehmen oder zu einem reduzierten Satz besteuern wollte. Bereits jetzt seien Ausnahmen bei der Mehrwertsteuer möglich – etwa aus sozialen oder konjunkturellen Gründen –, nun sollten auch die Kosten dieser momentan unentbehrlichen Produkte gesenkt werden, um das Alltagsbudget der Menschen zu entlasten, forderte Chiesa. Mit denselben Überlegungen habe der Bundesrat auch bereits die Zölle auf diese Produkte ausgesetzt.
Mit 11 zu 1 Stimme entschied sich die SGK-SR gegen Folgegeben. Mit dem Vorschlag würden nicht die Preise reduziert, sondern lediglich die Marge der Importeure erhöht, argumentierte die Kommission. Zudem käme es zu Abgrenzungsproblemen, etwa mit Bauschutzmasken. Schliesslich könne das Thema in die Revision des Mehrwertsteuergesetzes aufgenommen werden, falls die Problematik im Herbst 2021 noch relevant sein sollte.

Im Januar 2021 beriet die WAK-SR die Motion Chiesa (svp, TI) für ein Ende der steuerlichen Doppelbelastung bei Beteiligungen an Aktien- oder Genossenschaftskapital: Dieses wird bisher sowohl bei den Unternehmen durch Gewinnsteuern als auch bei den Eigentümerinnen und Eigentümern durch Vermögenssteuern besteuert. Die Kommission teilte wie der Bundesrat die Ansicht, dass eine solche Doppelbelastung eher bei den Kapitalsteuern als – wie vom Motionär vorgeschlagen – bei den Vermögenssteuern behoben werden solle, und verwies auf die verschiedenen bestehenden Möglichkeiten der Kantone, die Doppelbelastung zu reduzieren. Diese spiele folglich «in der Praxis kaum noch eine Rolle». Mit 9 zu 0 Stimmen bei 4 Enthaltungen beantragte die Kommission die Motion zur Ablehnung. In der Frühjahrssession 2021 behandelte der Ständerat den Vorstoss, ohne dass ein Minderheitsantrag auf Annahme gestellt worden wäre. Stillschweigend folgte der Ständerat dem Antrag seiner Kommission und lehnte die Motion ab.

In der nationalrätlichen Debatte zur parlamentarischen Initiative Chiesa (svp, TI) für eine Verdoppelung des Maximalabzugs für Krankenkassenprämien bei der direkten Bundessteuer in der Wintersession 2020 wiesen die Kommissionssprechenden Benjamin Roduit (mitte, VS) und Barbara Gysi (sp, SG) auf die weit fortgeschrittenen Arbeiten zur Umsetzung der Motion Grin (svp, VD; Mo. 17.3171) hin. Um Doppelspurigkeiten zu vermeiden, empfahl die Kommissionsmehrheit, der parlamentarischen Initiative keine Folge zu geben. Mit 121 zu 60 Stimmen (bei 3 Enthaltungen) folgte der Nationalrat diesem Antrag und lehnte einen Minderheitsantrag Aeschi (svp, ZG) auf Folgegeben ab.

In zwei Motionen nahm sich Marco Chiesa (svp, TI) der Besteuerung nach dem Aufwand, also der Pauschalbesteuerung an, die erst 2012 revidiert worden war. Diese erlaubt es ausländischen Staatsangehörigen mit Wohnsitz in der Schweiz, anstelle der ordentlichen Steuer eine Besteuerung nach dem Aufwand zu wählen, wenn sie in der Schweiz nicht erwerbstätig sind. Chiesa erachtete jedoch zwei diesbezügliche Formulierungen im StHG respektive im DBG als ungenau oder gar falsch und beantragte deshalb, diese Formulierungen denjenigen des Tessiner Steuergesetzes anzupassen.
In seiner ersten Motion (Mo. 19.4557) verlangte Chiesa, dass die Formulierung im StHG bezüglich der Kontrollrechnung so geändert wird, dass das in anderen Kantonen gelegene unbewegliche Vermögen und dessen Einkünfte für die Bestimmung des Steuersatzes der Staatssteuer nicht relevant sind. Würden diese berücksichtigt, wie es gemäss der Formulierung im StHG vorgesehen wäre, käme es zu einer interkantonalen Doppelbesteuerung, argumentierte er.
Mit seiner zweiten Motion (Mo. 19.4558) sollte die Formulierung «die in der Schweiz angelegten beweglichen Kapitalvermögen» durch «Kapitalvermögen aus schweizerischer Quelle» ersetzt werden, wie es auch das Kreisschreiben Nr. 44 der ESTV präzisiere. Ansonsten könnten die Pauschalbesteuerten «das in der Schweiz angelegte Kapitalvermögen ins Ausland transferieren» und müssten es in der Folge in der Kontrollrechnung nicht aufführen.
Der Bundesrat teilte die Ansicht des Motionärs zu beiden Vorstössen nicht. Da die Veranlagungspraxis bereits dem Anliegen des Motionärs entspreche, sei eine Teilrevision der entsprechenden Artikel nicht nötig, begründete er seine ablehnende Haltung.
In der Sommersession 2020 behandelte der Ständerat die beiden Motionen und gab dabei einem Ordnungsantrag Bischof (cvp, SO) Folge: Er wies die beiden Motionen der WAK-SR zur Vorprüfung zu. Da die beiden Fragen sehr technisch seien, solle man der Kommission die Möglichkeit geben, diese ernsthaft zu prüfen, hatte Bischof seinen Antrag begründet.